genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.266.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79027849--79027881	18	1.9	17	88	11	50	42	12	15	30	1.83
79028918--79028967	25	2.0	25	96	0	91	36	12	18	34	1.87
79030934--79031040	27	4.0	27	77	6	101	32	9	18	39	1.83
79030934--79031040	54	2.0	54	81	3	126	32	9	18	39	1.83
79038074--79038203	29	4.5	29	92	0	215	26	29	13	30	1.94
79038044--79038203	58	2.8	58	91	3	216	26	31	14	28	1.95
79040596--79040763	27	6.2	27	83	4	162	18	23	22	35	1.95
79040596--79040763	54	3.1	53	80	8	196	18	23	22	35	1.95
79044598--79044746	47	3.2	46	85	2	172	30	28	16	23	1.96
79047294--79047390	30	3.2	30	80	10	90	57	13	17	11	1.64
79047302--79047381	15	5.4	15	79	7	83	58	12	17	11	1.62
79047313--79047390	15	5.2	15	75	9	70	56	14	16	12	1.68
79050930--79051134	47	4.2	49	80	8	197	30	29	15	24	1.96
79050994--79051135	52	2.8	52	82	7	152	30	27	15	26	1.96
79058426--79058588	42	3.9	42	78	7	161	28	15	26	28	1.96
79065597--79065723	43	3.0	42	87	5	157	33	22	18	25	1.96
79065591--79065734	44	3.4	42	81	8	157	32	22	19	25	1.97
79070105--79070164	27	2.2	27	87	0	84	21	18	18	41	1.90
79070173--79070258	27	3.2	27	88	6	129	32	15	17	34	1.91
79075293--79075322	16	1.9	16	93	6	53	30	36	6	26	1.82
79081305--79081368	25	2.5	24	80	14	67	34	3	1	60	1.22
79084553--79084737	40	4.6	39	80	5	176	24	23	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79084553--79084737	79	2.3	82	82	7	220	24	23	27	24	2.00
79084553--79084770	79	2.7	79	78	6	174	24	22	27	24	2.00
79097836--79098060	124	1.8	124	85	1	317	30	10	24	34	1.89
79098055--79098184	40	3.2	40	82	4	156	22	24	29	23	1.99
79099566--79099957	49	8.3	49	89	6	612	29	29	8	32	1.87
79099869--79099947	38	2.1	38	97	0	149	25	30	10	34	1.89
79108711--79108877	55	3.0	55	87	3	228	34	23	13	28	1.93
79108711--79108877	56	3.0	55	86	6	221	34	23	13	28	1.93
79110682--79110741	31	1.9	31	86	0	84	26	25	16	31	1.96
79110936--79111100	24	7.0	24	89	6	239	27	21	22	29	1.99
79111150--79111210	20	3.0	20	92	0	104	32	21	11	34	1.89
79111253--79111300	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
79112539--79112857	27	11.8	27	87	2	390	40	8	22	28	1.84
79112781--79113059	27	10.3	27	84	2	213	33	8	20	36	1.84
79112906--79113068	55	3.0	55	84	6	208	33	7	19	39	1.80
79112935--79113075	27	5.3	26	82	4	120	33	7	18	41	1.78
79115803--79115918	42	2.7	42	81	6	128	29	12	27	31	1.92
79118024--79118077	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
79119951--79120117	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
79127951--79128077	40	3.2	40	83	6	150	23	22	28	25	1.99
79134102--79134238	43	3.2	42	81	7	125	34	22	17	25	1.96
79134134--79134246	42	2.6	43	86	6	140	35	22	17	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79137811--79137866	27	2.1	27	100	0	112	28	7	10	53	1.62
79138624--79138695	27	2.6	27	86	6	92	22	16	20	40	1.91
79138700--79138776	27	2.9	27	94	0	136	29	16	15	37	1.90
79152709--79152872	71	2.3	71	97	0	310	34	18	28	18	1.95
79156638--79156696	16	3.3	18	86	6	59	27	5	0	67	1.11
79156653--79156696	8	5.2	8	91	8	70	25	0	0	75	0.81
79156653--79156699	16	2.8	17	90	9	78	25	0	0	74	0.82
79173355--79173521	40	4.2	39	79	3	140	25	27	21	25	1.99
79176179--79176346	56	3.0	56	89	0	237	33	23	14	28	1.94
79177275--79177317	21	2.0	21	86	0	59	55	9	2	32	1.44
79180429--79180510	34	2.4	34	82	13	98	28	18	28	25	1.98
79193830--79193862	18	1.9	17	88	11	50	42	12	15	30	1.83
79196147--79196371	124	1.8	124	85	1	317	31	11	23	34	1.90
79196366--79196495	40	3.2	40	83	4	165	22	25	29	23	1.99
79198153--79198201	25	2.0	25	91	0	80	36	10	18	34	1.85
79200169--79200275	27	4.0	27	77	2	108	33	9	17	39	1.82
79205345--79205525	46	3.9	46	81	12	228	20	20	29	28	1.98
79205347--79205517	93	1.8	93	94	0	306	20	21	29	28	1.98
79208468--79208536	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
79208459--79208546	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
79210909--79211081	46	3.8	46	79	14	214	20	21	29	28	1.98
79212623--79212772	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79212647--79212830	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
79217054--79217203	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
79217078--79217261	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
79221494--79221643	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
79221518--79221701	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
79223626--79223795	45	3.9	44	71	13	129	31	26	17	24	1.97
79225115--79225242	43	3.0	42	80	11	118	21	16	28	33	1.95
79226682--79226866	79	2.3	81	83	7	227	23	27	24	24	2.00
79226675--79226866	40	4.8	39	76	8	163	23	28	23	24	2.00
79230465--79230535	24	3.0	24	93	0	115	36	1	36	25	1.65
79231505--79231534	16	1.9	15	93	6	51	53	23	20	3	1.60
79231948--79232059	27	4.1	27	84	7	138	17	24	20	37	1.94
79231948--79232059	54	2.1	54	86	3	154	17	24	20	37	1.94
79238275--79238350	24	3.2	24	94	0	125	34	1	40	23	1.63
79238275--79238373	48	2.0	48	81	9	112	34	4	39	22	1.73
79241201--79241596	49	8.1	49	98	0	729	27	27	11	33	1.91
79243990--79244098	27	4.0	27	80	8	114	16	23	22	36	1.94
79243990--79244098	54	2.0	54	83	3	139	16	23	22	36	1.94
79253438--79253706	47	5.8	45	72	13	170	28	20	28	21	1.98
79262250--79262395	43	3.4	44	82	10	185	26	19	21	32	1.97
79266459--79266622	39	4.2	39	90	2	247	25	31	19	23	1.98
79266459--79266611	79	1.9	79	92	2	254	24	31	20	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79270593--79270646	27	2.0	27	85	0	72	38	7	14	38	1.75
79272705--79272852	42	3.5	41	76	12	147	29	25	14	29	1.95
79280160--79280310	47	3.2	48	83	3	173	23	16	28	31	1.96
79280161--79280281	47	2.6	47	89	1	181	25	16	26	31	1.96
79284153--79284290	54	2.6	54	90	2	215	34	23	23	18	1.96
79284135--79284290	27	5.8	26	81	6	168	35	21	23	19	1.96
79284399--79284461	26	2.3	26	86	5	81	31	11	23	33	1.90
79288443--79288603	29	5.6	29	80	5	148	26	16	33	24	1.95
79294163--79294190	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
79297497--79297543	23	2.0	23	100	0	94	25	21	34	19	1.96
79304540--79304623	43	1.9	44	80	7	100	26	21	25	27	1.99
79304910--79305016	43	2.5	44	81	4	119	39	19	17	23	1.92
79304989--79305108	44	2.8	44	75	7	129	35	21	22	20	1.96
79305151--79305278	41	3.1	42	89	2	204	30	17	22	28	1.97
79306635--79306871	3	76.7	3	68	15	65	27	10	2	59	1.43
79310072--79310102	16	1.9	16	93	0	53	25	3	9	61	1.42
79311070--79311228	27	5.9	27	81	11	175	34	20	25	20	1.96
79311088--79311228	54	2.6	54	95	2	248	34	21	24	19	1.96
79316086--79316131	15	3.2	15	79	20	62	60	0	4	34	1.16
79316086--79316140	28	2.0	28	96	0	101	61	0	5	32	1.19
79318112--79318201	34	2.6	34	82	6	110	30	24	18	26	1.98
79324065--79324114	19	2.5	20	93	6	84	36	10	22	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79324159--79324346	24	8.0	24	86	7	244	28	23	21	26	1.99
79324158--79324332	70	2.5	70	86	8	239	29	22	21	25	1.99
79324159--79324325	46	3.6	46	87	7	246	29	23	20	26	1.99
79324159--79324346	94	2.0	95	88	5	283	28	23	21	26	1.99
79324538--79324632	31	3.1	31	98	0	181	38	15	22	23	1.92
79327382--79327418	13	2.9	13	80	19	51	16	0	2	81	0.81
79327370--79327418	24	2.0	25	88	4	73	18	0	4	77	0.92
79327382--79327418	19	1.9	19	88	0	56	16	0	2	81	0.81
79329850--79329882	14	2.5	13	90	9	57	12	15	12	60	1.59
79335088--79335112	13	1.9	13	100	0	50	44	32	8	16	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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