genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.124.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   

This is table  124  of  345  ( 41379 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33141426--33141552	28	4.5	28	74	14	118	25	33	13	28	1.93
33141427--33141572	29	5.1	28	75	11	111	26	32	12	28	1.92
33142471--33142558	21	4.3	20	71	22	67	57	5	3	32	1.39
33142619--33142662	19	2.4	19	85	7	56	54	4	6	34	1.47
33143434--33143468	13	2.5	14	90	9	54	17	5	11	65	1.43
33143703--33143813	30	3.7	30	84	3	127	44	2	21	31	1.66
33144007--33144326	80	4.2	77	77	9	271	36	17	16	28	1.92
33144153--33144653	87	5.9	87	82	7	607	36	19	15	27	1.93
33144087--33144736	172	3.9	167	81	9	649	35	19	16	28	1.93
33144087--33144745	259	2.6	245	81	10	771	36	19	16	28	1.93
33156437--33156479	16	2.8	16	86	10	54	51	4	4	39	1.44
33156399--33156488	12	6.6	13	71	15	67	57	3	3	35	1.31
33156560--33156620	17	3.8	17	76	20	60	54	3	6	36	1.43
33157629--33157715	30	2.9	30	77	1	95	43	3	21	31	1.69
33157852--33157898	16	2.9	16	87	0	67	4	23	25	46	1.70
33157852--33157902	24	2.1	24	85	7	68	3	21	23	50	1.65
33157852--33157902	8	6.4	8	80	8	59	3	21	23	50	1.65
33160218--33160244	14	1.9	14	100	0	54	37	0	3	59	1.15
33160218--33160262	6	7.2	6	80	9	54	33	0	4	62	1.15
33162925--33162984	2	30.0	2	90	6	95	48	1	0	50	1.11
33164093--33164132	18	2.3	18	91	4	64	32	0	2	65	1.06
33164198--33164287	39	2.2	41	86	3	121	52	5	2	40	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33164395--33164454	29	2.0	30	84	9	79	50	3	0	46	1.18
33171751--33171793	17	2.6	17	79	17	54	34	4	13	46	1.65
33175512--33175556	23	2.0	23	86	8	65	40	6	13	40	1.71
33183244--33183288	23	2.0	23	82	8	56	37	8	13	40	1.76
33186607--33186738	69	1.9	70	90	1	212	32	11	17	38	1.85
33187495--33187641	39	3.7	39	86	3	170	20	25	26	27	1.99
33190295--33190344	26	1.9	26	84	15	68	28	10	22	40	1.86
33203009--33203039	16	1.9	16	100	0	62	45	6	22	25	1.76
33204730--33204836	29	3.7	29	86	3	153	23	25	13	38	1.91
33212442--33212522	29	2.8	29	90	3	128	20	25	16	37	1.93
33219417--33219441	12	2.1	12	100	0	50	68	0	0	32	0.90
33224913--33224945	12	2.8	12	86	4	50	33	0	0	66	0.92
33225069--33225131	30	2.1	30	90	0	99	57	11	4	26	1.53
33226639--33226708	35	2.0	35	83	8	88	37	1	0	61	1.05
33233877--33233921	22	2.0	22	83	8	56	37	4	13	44	1.64
33237603--33237675	4	16.2	4	76	17	56	72	4	20	2	1.14
33237595--33237659	25	2.8	24	80	13	73	72	3	18	6	1.19
33237603--33237675	9	8.1	9	77	20	57	72	4	20	2	1.14
33237603--33237675	13	5.4	13	75	19	69	72	4	20	2	1.14
33238359--33238391	2	16.5	2	93	0	57	48	0	3	48	1.17
33238604--33238699	41	2.4	40	87	1	138	30	17	19	32	1.95
33247141--33247240	30	3.3	29	70	13	78	40	13	3	44	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33250563--33250601	20	2.0	20	85	10	53	48	2	2	46	1.29
33270995--33271040	20	2.2	20	84	3	56	26	2	4	67	1.21
33271810--33271861	13	4.0	13	78	12	54	63	1	0	34	1.06
33271808--33271860	7	8.0	7	75	12	58	60	1	0	37	1.08
33271807--33271863	20	2.9	20	79	10	73	59	1	0	38	1.08
33271810--33271876	25	2.6	25	79	11	66	59	4	0	35	1.18
33275111--33275219	3	36.3	3	72	7	87	29	6	1	62	1.30
33276451--33276508	30	1.9	30	100	0	116	34	10	17	37	1.84
33282157--33282283	64	2.0	64	95	0	227	28	12	24	34	1.92
33287592--33287636	19	2.3	20	80	3	56	31	8	6	53	1.58
33296626--33296752	64	2.0	64	85	0	173	31	19	14	34	1.92
33296857--33297884	178	5.8	178	91	1	1560	29	18	23	29	1.97
33299520--33299654	3	45.3	3	71	10	80	28	7	2	60	1.38
33300036--33300355	126	2.5	126	78	5	306	27	15	20	35	1.94
33302379--33302631	49	5.3	48	75	7	180	25	27	18	28	1.98
33303205--33303243	20	2.0	20	85	10	53	35	20	0	43	1.52
33305805--33305860	24	2.3	24	93	0	94	26	17	8	46	1.78
33308668--33308711	23	1.9	23	85	0	61	36	9	4	50	1.55
33311958--33312006	5	9.8	5	95	0	89	38	2	0	59	1.09
33313910--33313950	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
33317455--33317613	83	2.0	81	82	8	198	46	8	5	38	1.59
33319776--33319844	31	2.2	32	87	5	97	33	8	10	47	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33320710--33320763	23	2.2	25	84	12	69	40	7	12	38	1.72
33327841--33327942	50	2.0	50	100	0	204	29	3	13	52	1.58
33327910--33327971	30	2.1	30	100	0	124	29	0	16	54	1.42
33328356--33328387	5	6.6	5	92	7	57	18	0	0	81	0.70
33328356--33328386	9	3.3	9	91	8	53	19	0	0	80	0.71
33332794--33332825	5	6.6	5	92	7	57	18	0	0	81	0.70
33334561--33334829	46	5.8	46	74	14	248	20	20	29	29	1.98
33334613--33334775	47	3.5	47	78	14	210	20	19	30	30	1.97
33334557--33334822	93	2.9	93	95	0	460	21	20	30	28	1.98
33336369--33336407	20	2.0	20	85	10	53	5	0	7	87	0.68
33350537--33350630	45	2.1	45	97	0	179	37	12	23	26	1.91
33351783--33351891	55	2.0	54	83	8	139	43	13	22	21	1.87
33353107--33353207	43	2.3	45	81	10	111	29	16	25	27	1.97
33353015--33353655	176	3.7	175	84	6	812	29	18	24	26	1.98
33357339--33357384	19	2.4	19	85	7	58	39	13	26	21	1.90
33362135--33362164	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
33362291--33362352	31	1.9	33	87	9	92	51	3	8	37	1.48
33362364--33362395	14	2.1	16	88	11	50	56	3	6	34	1.40
33369062--33369210	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
33369103--33369210	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
33377128--33377276	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
33377169--33377276	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33388584--33388751	40	4.2	40	80	4	169	23	27	23	25	2.00
33391106--33391266	29	5.6	29	82	4	182	25	31	16	26	1.97
33393376--33393445	27	2.5	28	86	2	97	27	14	25	32	1.94
33398079--33398139	21	2.8	21	77	5	68	36	26	22	14	1.93
33398795--33398900	52	2.0	52	98	0	203	43	9	1	45	1.47
33398944--33399057	51	2.2	52	86	6	153	27	19	12	41	1.87
33399485--33399517	2	17.0	2	93	6	59	48	0	0	51	1.00
33401193--33401301	29	3.8	29	72	8	80	26	31	14	27	1.95
33401193--33401301	58	1.9	57	81	5	130	26	31	14	27	1.95
33406032--33406256	124	1.8	124	85	1	317	31	11	23	34	1.89
33406251--33406380	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
33406213--33406380	80	2.1	80	81	6	198	25	23	27	23	2.00
33414080--33414304	124	1.8	124	85	1	317	31	11	23	34	1.89
33414299--33414428	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
33414261--33414428	80	2.1	80	81	6	198	25	23	27	23	2.00
33429752--33429793	17	2.4	18	88	4	59	78	2	2	16	0.96
33429745--33429793	23	2.1	24	81	11	57	77	4	2	16	1.01
33436340--33436430	37	2.4	37	92	1	155	24	32	18	24	1.97
33436526--33436745	49	4.5	49	91	2	336	29	30	9	30	1.89
33461479--33461594	29	4.0	29	90	4	110	25	22	14	37	1.92
33461492--33461594	29	3.5	29	96	2	188	24	24	14	36	1.93
33461491--33461624	59	2.2	60	89	1	207	25	25	14	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33469009--33469124	29	4.0	29	90	4	110	25	22	14	37	1.92
33469022--33469124	29	3.5	29	96	2	188	24	24	14	36	1.93
33469021--33469154	59	2.2	60	89	1	207	25	25	14	35	1.93
33472823--33472876	21	2.6	21	87	0	63	24	24	31	20	1.98
33473869--33473915	24	2.0	24	86	0	67	44	4	19	31	1.70
33474625--33474715	3	29.7	3	91	4	146	64	3	0	31	1.09
33476589--33476764	59	3.1	55	86	7	255	36	16	14	32	1.89
33476797--33477015	82	2.6	85	80	8	216	39	16	15	28	1.89
33476966--33477076	54	2.1	54	94	0	195	42	18	11	27	1.85
33477177--33477326	79	1.9	79	95	0	273	32	20	18	28	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345