genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.165.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46002861--46002954	40	2.3	40	87	0	125	21	18	27	32	1.96
46002942--46003025	28	3.0	28	89	0	114	21	11	35	30	1.90
46005001--46005076	29	2.6	29	83	4	91	28	31	17	22	1.96
46008706--46008864	43	3.7	42	77	10	153	21	17	28	32	1.96
46019201--46019261	26	2.3	26	97	2	113	47	22	0	29	1.52
46022996--46023063	22	3.1	22	95	0	118	33	25	10	30	1.89
46025285--46025362	3	26.0	3	92	0	120	30	2	2	64	1.21
46026591--46026644	25	2.2	25	82	0	63	25	27	20	25	1.99
46026600--46026651	25	2.1	25	92	0	86	26	25	23	25	2.00
46029001--46029058	25	2.3	25	93	0	98	31	13	29	25	1.94
46040929--46041007	42	1.9	42	92	5	126	17	21	35	25	1.95
46044824--46044917	12	7.8	12	67	9	57	21	38	3	37	1.69
46044812--46044917	24	4.4	24	89	1	149	18	38	4	37	1.72
46049909--46049939	15	2.1	15	93	0	53	19	0	25	54	1.44
46052884--46052992	20	5.5	20	69	10	62	9	30	23	36	1.86
46061485--46061608	44	2.8	44	85	6	144	32	29	19	18	1.96
46065982--46066147	49	3.4	49	98	0	314	28	9	32	29	1.88
46066249--46066370	37	3.3	37	96	0	217	25	18	33	22	1.97
46073732--46073813	40	2.0	40	95	0	146	21	14	28	35	1.93
46074156--46074317	43	3.6	42	76	14	155	11	25	11	51	1.72
46074156--46074317	46	3.6	46	82	7	190	11	25	11	51	1.72
46074154--46074318	89	1.8	90	87	3	244	12	24	11	51	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46075916--46075958	15	2.8	15	82	3	50	37	2	4	55	1.33
46076606--46076632	13	2.1	13	100	0	54	29	0	22	48	1.51
46077744--46077908	43	3.8	43	80	7	174	24	16	26	32	1.97
46078984--46079040	30	1.9	30	85	0	78	15	29	31	22	1.95
46079271--46079312	21	2.0	21	100	0	84	33	14	14	38	1.86
46082287--46082399	44	2.7	41	76	14	113	24	17	25	31	1.97
46082287--46082420	44	3.1	40	73	17	110	24	16	25	33	1.96
46089169--46089193	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
46090309--46090403	42	2.2	43	85	7	122	24	18	26	30	1.98
46090489--46090553	32	2.0	32	96	0	121	33	10	21	33	1.88
46094493--46094538	24	1.9	24	82	8	58	30	30	15	23	1.95
46102203--46102370	40	4.2	40	85	5	207	26	28	22	23	1.99
46102203--46102370	80	2.1	80	87	4	241	26	28	22	23	1.99
46111734--46111947	46	4.5	46	76	10	193	29	19	27	22	1.98
46111822--46112006	98	1.9	97	83	5	239	30	20	27	21	1.98
46111917--46112044	49	2.7	47	80	6	123	28	18	27	25	1.98
46116102--46116209	41	2.6	41	86	2	146	19	21	25	34	1.96
46117955--46118002	24	2.0	24	100	0	96	41	8	20	29	1.81
46118549--46118592	14	2.9	15	86	6	54	13	15	13	56	1.67
46121082--46121234	46	3.3	45	80	10	157	27	19	28	24	1.99
46121108--46121234	46	2.7	46	87	4	166	28	18	29	23	1.97
46121107--46121386	93	3.0	95	77	9	245	25	18	29	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46121113--46121383	48	5.8	46	74	10	185	25	19	29	26	1.98
46132485--46132540	19	2.8	21	73	13	55	58	0	39	1	1.08
46132833--46132857	12	2.1	12	100	0	50	8	32	44	16	1.76
46141365--46141446	34	2.4	33	80	6	92	26	24	21	26	2.00
46143903--46144168	47	5.7	47	79	10	262	22	30	19	28	1.98
46143903--46144168	140	1.9	141	85	3	376	22	30	19	28	1.98
46147537--46147583	23	2.0	23	100	0	94	40	25	8	25	1.84
46149562--46149640	28	2.8	29	84	7	85	36	11	22	29	1.89
46152843--46152942	28	3.4	30	79	6	107	30	14	26	30	1.94
46155275--46155336	25	2.4	26	86	5	90	27	20	22	29	1.99
46155275--46155345	25	2.8	25	84	2	88	28	22	21	28	1.99
46155566--46155648	30	2.7	31	85	3	116	31	20	25	22	1.98
46160257--46160296	16	2.3	18	84	16	50	32	0	30	37	1.58
46165896--46165941	11	4.5	11	78	13	53	34	13	21	30	1.91
46165991--46166061	25	2.8	25	86	2	97	28	23	21	26	1.99
46165990--46166088	25	4.0	24	76	15	69	29	23	21	26	1.99
46166282--46166364	30	2.7	31	81	3	107	31	20	25	22	1.98
46178184--46178308	39	3.2	39	96	0	223	28	28	23	20	1.99
46182706--46182913	40	5.2	39	84	1	218	25	25	22	25	2.00
46182706--46182911	80	2.6	81	84	3	247	25	26	22	25	2.00
46187309--46187378	27	2.5	28	97	2	133	28	12	27	31	1.93
46196305--46196416	40	2.8	39	84	8	129	25	23	27	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46203332--46203497	40	4.2	39	81	3	172	24	27	22	25	2.00
46203348--46203497	79	1.9	79	84	5	205	24	27	22	26	2.00
46204681--46204799	57	2.1	57	82	4	141	25	15	16	42	1.87
46211305--46211471	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
46211321--46211471	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
46212664--46212775	59	1.9	57	84	10	147	27	16	17	38	1.91
46215794--46215918	39	3.2	39	91	2	198	28	26	22	22	1.99
46226859--46227062	46	4.5	45	81	11	188	23	30	20	25	1.98
46226902--46227118	92	2.4	91	82	4	249	22	31	19	26	1.98
46226902--46227110	46	4.6	44	79	11	181	22	31	19	27	1.97
46237959--46238052	42	2.2	43	83	7	120	32	24	15	26	1.96
46256451--46256541	28	3.2	28	90	0	137	23	34	20	21	1.97
46259210--46259427	40	5.5	40	88	2	289	22	24	27	25	2.00
46260995--46261211	46	4.7	47	77	13	191	22	30	21	26	1.98
46261041--46261214	94	1.9	92	84	9	237	22	29	20	27	1.98
46263525--46263653	43	3.0	43	83	0	168	20	17	31	31	1.96
46272657--46272807	43	3.5	43	76	8	137	34	23	16	25	1.95
46275496--46275581	46	1.9	45	88	4	129	29	30	19	20	1.97
46280151--46280317	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
46280151--46280317	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
46281142--46281187	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
46285153--46285179	11	2.5	11	100	0	54	29	0	18	51	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46287358--46287523	40	4.2	40	82	3	176	25	27	21	25	1.99
46287358--46287523	80	2.1	78	82	8	194	25	27	21	25	1.99
46288350--46288395	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
46293120--46293251	40	3.3	39	78	9	133	27	27	19	25	1.99
46293134--46293256	40	3.1	39	82	4	147	26	29	20	23	1.99
46303276--46303363	42	2.1	42	93	0	149	26	20	21	31	1.98
46307969--46308078	40	2.8	40	85	0	148	26	23	26	23	2.00
46307969--46308118	40	3.8	39	80	7	133	26	22	26	24	2.00
46311557--46311770	46	4.6	46	74	13	156	24	27	18	30	1.98
46311595--46311767	94	1.9	92	85	7	242	24	26	19	30	1.98
46320625--46321043	131	3.2	130	81	5	477	27	19	19	34	1.96
46324209--46324270	27	2.3	27	86	10	99	19	9	27	43	1.82
46325869--46325906	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
46331829--46331856	12	2.3	12	100	0	56	21	25	10	42	1.85
46334450--46334579	40	3.2	40	77	13	142	24	26	24	23	2.00
46334466--46334617	40	3.8	40	80	5	155	22	26	24	26	2.00
46334466--46334617	80	1.9	80	83	5	200	22	26	24	26	2.00
46338047--46338139	47	2.0	47	89	0	141	44	18	26	10	1.82
46338800--46338920	64	1.9	64	84	3	163	33	21	13	32	1.92
46338947--46339222	133	2.1	133	88	2	421	25	19	25	30	1.98
46339306--46339411	46	2.4	45	80	6	117	32	20	24	22	1.98
46340896--46340930	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46342388--46342820	131	3.3	132	82	3	435	26	19	20	34	1.96
46342536--46342827	132	2.2	131	82	4	347	26	20	19	33	1.96
46363334--46363383	23	2.0	26	85	11	70	48	0	36	16	1.46
46367343--46367494	39	3.9	39	92	0	232	23	23	31	21	1.98
46367343--46367524	39	4.6	39	87	3	213	23	23	31	21	1.98
46375083--46375152	27	2.5	28	90	2	115	25	12	28	32	1.93
46381282--46381397	43	2.7	43	78	6	137	24	18	28	29	1.98
46392642--46392957	46	6.7	48	75	15	189	23	29	19	27	1.98
46392642--46393002	47	7.7	47	72	15	212	23	29	19	27	1.98
46392691--46392821	49	2.7	49	84	10	169	25	29	19	26	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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