genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.319.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95711367--95712028	86	7.6	86	83	6	754	27	18	18	35	1.94
95711373--95712078	171	4.1	169	82	8	794	27	18	18	36	1.94
95711367--95712028	257	2.5	256	82	10	774	27	18	18	35	1.94
95712173--95712395	85	2.7	82	72	7	191	26	17	21	34	1.95
95712173--95712411	81	2.9	81	72	7	214	24	16	21	37	1.93
95713606--95713658	23	2.5	22	79	17	58	0	45	0	54	0.99
95714043--95714086	20	2.1	21	84	12	56	15	13	2	68	1.31
95714151--95714221	3	23.7	3	100	0	142	33	0	0	66	0.92
95714556--95714681	29	4.7	27	66	11	71	34	5	5	54	1.47
95714778--95714809	14	2.3	14	94	0	55	25	12	6	56	1.59
95715201--95715234	2	17.5	2	93	6	61	50	0	0	50	1.00
95717457--95717510	26	2.1	26	100	0	108	51	3	7	37	1.48
95718902--95718927	6	4.3	6	100	0	52	19	0	0	80	0.71
95718926--95718968	6	7.2	6	94	0	77	48	0	34	16	1.46
95719799--95719938	69	2.0	69	92	0	235	27	25	16	30	1.96
95720419--95720535	60	2.0	60	83	10	150	40	17	5	35	1.75
95720529--95720580	8	6.4	8	77	4	50	59	1	1	36	1.19
95720524--95720558	16	2.1	17	89	5	54	54	5	0	40	1.24
95721969--95721995	14	1.9	14	100	0	54	51	0	0	48	1.00
95724877--95724906	15	2.0	15	93	0	51	43	26	3	26	1.70
95725343--95725385	5	8.4	5	92	2	68	60	0	18	20	1.36
95732411--95732435	7	3.6	7	100	0	50	12	24	16	48	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95734492--95734675	95	1.9	96	84	3	246	37	15	32	14	1.88
95743715--95743779	8	7.6	9	79	20	61	67	0	1	30	1.00
95743823--95743862	20	2.1	19	86	9	55	37	0	0	62	0.95
95744267--95744291	11	2.3	11	100	0	50	24	0	0	76	0.80
95744267--95744589	10	33.6	10	67	16	107	30	1	3	63	1.22
95744338--95744419	21	3.8	20	75	15	67	35	2	4	57	1.33
95744359--95744422	22	3.0	21	77	11	67	34	0	3	62	1.11
95744440--95744513	26	2.8	26	82	12	80	32	2	0	64	1.07
95744422--95744590	63	2.7	65	81	8	172	30	2	2	65	1.18
95766730--95766953	72	3.1	72	82	1	198	43	13	7	35	1.72
95766858--95767040	99	1.8	99	89	0	285	44	11	8	34	1.71
95766977--95767180	71	2.8	71	76	5	214	48	11	4	34	1.61
95771483--95771559	30	2.5	31	83	4	95	12	14	19	53	1.73
95771481--95771565	15	5.7	15	77	5	82	11	14	17	56	1.67
95777983--95778024	20	2.1	20	82	8	50	26	11	21	40	1.88
95778769--95778801	17	1.9	17	100	0	66	18	0	3	78	0.87
95781686--95781732	21	2.2	21	77	7	51	36	8	8	46	1.65
95787743--95787793	22	2.3	23	80	12	61	49	13	3	33	1.61
95787818--95787858	16	2.6	16	82	14	50	60	0	0	39	0.96
95787831--95787874	17	2.6	17	82	10	54	65	2	0	31	1.05
95788012--95788139	10	12.8	10	66	25	58	63	3	2	31	1.23
95788012--95788101	5	18.2	5	71	15	62	62	1	2	34	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95788164--95788197	15	2.3	15	90	10	52	67	0	0	32	0.91
95789429--95789461	17	1.9	17	93	0	57	18	6	6	69	1.30
95789667--95789830	44	3.8	44	79	3	170	24	25	18	31	1.98
95789940--95790235	44	6.9	44	85	7	394	29	28	14	27	1.95
95790103--95790224	37	3.1	37	80	17	156	29	29	14	26	1.95
95790059--95790224	81	2.0	81	91	4	273	28	28	15	27	1.96
95789940--95790239	125	2.3	128	87	6	421	29	28	14	27	1.95
95798415--95798455	20	2.0	20	100	0	82	9	29	4	56	1.53
95802204--95802254	22	2.3	23	80	12	61	49	13	3	33	1.61
95802283--95802321	17	2.2	18	86	13	55	61	0	0	38	0.96
95802292--95802337	17	2.5	19	82	10	60	65	2	0	32	1.05
95802292--95802337	19	2.5	19	80	16	53	65	2	0	32	1.05
95802481--95802589	29	3.8	29	76	15	120	61	0	1	35	1.13
95802475--95802587	30	3.5	32	79	15	99	61	0	1	35	1.12
95802443--95802584	18	7.6	19	67	24	79	60	0	3	35	1.19
95802650--95802683	15	2.3	15	90	10	52	67	0	0	32	0.91
95808986--95809014	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
95809101--95809147	24	2.0	24	91	4	78	48	36	4	10	1.57
95809657--95809836	46	3.9	46	87	2	254	20	23	15	41	1.90
95809657--95809836	93	2.0	91	87	2	261	20	23	15	41	1.90
95809818--95809933	45	2.6	45	81	2	153	18	25	18	37	1.93
95809958--95810098	33	4.3	33	71	15	103	21	25	21	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95812809--95812862	20	2.8	20	77	2	65	66	0	0	33	0.92
95812813--95812866	27	2.0	26	82	13	65	62	0	0	37	0.95
95813088--95813155	30	2.3	30	82	10	77	30	22	4	42	1.73
95819142--95819311	46	3.7	46	74	17	172	30	27	20	21	1.98
95821716--95821784	30	2.3	30	80	14	81	59	17	14	8	1.60
95824721--95824896	46	3.8	46	73	14	164	31	28	19	21	1.97
95824732--95824900	93	1.8	93	90	2	277	29	28	19	21	1.98
95826464--95826524	17	3.5	17	77	16	70	39	9	14	36	1.80
95826464--95826517	17	2.9	19	83	10	85	38	11	12	37	1.79
95826496--95826540	23	2.0	23	86	4	65	37	6	17	37	1.76
95831789--95831818	15	2.0	15	100	0	60	33	6	26	33	1.83
95838033--95838085	16	2.9	19	83	16	85	39	11	13	35	1.80
95838064--95838108	23	2.0	23	86	4	65	37	6	17	37	1.76
95838373--95838407	18	2.0	17	88	5	52	31	0	0	68	0.90
95846695--95846960	78	3.4	78	90	0	424	33	19	22	24	1.97
95846745--95847695	376	2.5	374	93	0	1614	32	18	23	25	1.97
95847122--95847335	78	2.7	78	94	1	358	32	19	23	24	1.98
95846447--95847855	454	3.1	452	83	8	1651	32	18	22	26	1.97
95847497--95847790	78	3.8	78	89	3	450	31	19	23	25	1.98
95847804--95847958	45	3.5	45	82	3	188	32	15	29	22	1.95
95848302--95848344	19	2.4	19	88	7	63	37	13	11	37	1.82
95848310--95848346	19	1.9	19	100	0	74	37	10	16	35	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95848310--95848369	19	2.8	22	85	9	72	36	8	16	38	1.79
95848634--95848670	18	2.1	17	90	5	56	32	0	0	67	0.91
95850158--95850189	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
95851761--95851858	42	2.3	42	87	6	137	28	25	13	32	1.93
95851930--95852078	31	4.8	31	90	3	237	26	27	18	26	1.98
95852054--95852182	50	2.5	51	86	5	181	25	22	15	36	1.93
95852298--95852326	14	2.0	15	93	6	51	55	10	6	27	1.59
95854367--95854407	19	2.2	19	90	0	64	51	0	9	39	1.35
95856392--95856565	39	4.5	39	93	0	294	18	23	28	28	1.98
95858298--95858369	19	3.9	19	82	10	105	40	9	13	36	1.78
95858348--95858392	23	2.0	23	86	4	65	37	6	17	37	1.76
95858658--95858693	18	1.9	19	88	5	56	30	0	0	69	0.89
95867849--95867880	12	2.6	13	85	14	50	12	6	0	81	0.87
95867865--95867889	9	2.8	9	100	0	50	12	8	0	80	0.92
95867905--95867944	18	2.4	17	87	8	55	52	2	0	45	1.14
95869034--95869081	23	2.1	23	92	0	78	41	10	29	18	1.84
95873206--95873269	31	2.1	31	87	0	92	25	21	15	37	1.93
95873483--95873594	24	4.8	24	93	4	185	25	22	24	28	1.99
95873483--95873594	47	2.4	48	92	4	185	25	22	24	28	1.99
95873650--95873692	20	2.2	20	100	0	86	32	18	11	37	1.87
95873729--95873776	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
95875019--95875296	27	9.9	27	79	8	250	41	8	22	28	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95875119--95875191	38	1.9	38	91	0	119	39	6	30	23	1.81
95875093--95875221	65	2.0	65	90	0	204	41	6	25	26	1.81
95875056--95875246	92	2.1	92	85	0	256	42	8	21	26	1.81
95875038--95875273	119	2.0	119	86	0	328	41	9	22	26	1.83
95875021--95875296	146	1.9	146	89	0	426	40	8	22	27	1.83
95877122--95877368	49	5.0	50	82	2	300	25	18	27	29	1.98
95877227--95877310	28	3.2	28	65	25	83	23	16	29	29	1.96
95877456--95877499	12	3.5	12	76	11	52	50	0	22	27	1.50
95877450--95877511	26	2.4	26	97	0	106	45	0	24	30	1.54
95877466--95877511	14	3.4	14	76	11	60	41	0	26	32	1.56

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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