genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.258.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76252601--76252777	40	4.4	40	85	7	218	25	27	22	24	1.99
76252601--76252775	79	2.2	81	82	8	216	26	28	22	23	1.99
76276453--76276606	42	3.7	41	83	4	193	30	14	24	29	1.95
76276453--76276625	85	2.1	83	80	6	188	29	13	26	30	1.94
76276631--76276675	22	2.0	22	100	0	90	26	24	4	44	1.72
76280257--76282396	718	3.0	716	95	0	3915	31	17	15	36	1.91
76282288--76282454	71	2.4	71	91	0	280	31	21	12	34	1.91
76293627--76293701	18	4.2	18	75	10	73	26	2	24	46	1.66
76293634--76293733	36	2.8	36	80	8	89	24	5	22	49	1.70
76293775--76293839	34	1.9	34	84	6	87	16	15	26	41	1.88
76294859--76294917	29	2.0	29	100	0	118	38	23	16	20	1.92
76302978--76303014	20	1.9	19	89	10	58	75	2	5	16	1.10
76302984--76303024	20	2.1	19	86	13	57	68	2	9	19	1.29
76303309--76303352	21	2.0	22	83	12	56	36	0	6	56	1.26
76303309--76303358	22	2.3	22	82	6	57	36	0	6	58	1.23
76303379--76303408	7	4.3	7	100	0	60	26	0	0	73	0.84
76303458--76303506	21	2.4	19	75	15	53	28	0	2	69	1.00
76303721--76303780	31	1.9	31	89	0	93	58	11	1	28	1.43
76304082--76304113	8	4.0	8	95	0	55	0	15	0	84	0.63
76304079--76304119	13	3.2	13	89	3	57	0	19	0	80	0.71
76305925--76306087	46	3.5	48	80	11	144	30	19	26	23	1.98
76305978--76306192	46	4.6	48	80	8	201	26	18	30	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76305978--76306189	47	4.5	48	80	8	206	27	17	30	24	1.98
76312437--76312578	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
76312476--76312604	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
76317261--76317310	25	2.0	25	96	0	91	32	18	8	42	1.79
76319823--76319866	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
76329621--76329721	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
76329650--76329725	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
76331675--76331711	11	3.5	11	92	3	58	10	16	43	29	1.82
76335088--76335486	48	8.3	48	96	0	717	34	5	28	31	1.81
76335627--76335729	37	2.8	37	93	0	170	23	18	32	26	1.97
76337671--76337704	11	3.2	11	91	4	52	29	0	0	70	0.87
76342591--76342658	25	2.8	25	75	2	66	16	25	17	41	1.89
76342722--76342819	26	3.8	26	81	2	110	19	24	21	34	1.96
76342798--76342851	24	2.2	24	83	9	74	18	27	18	35	1.94
76342809--76342864	24	2.3	25	78	12	62	23	28	14	33	1.94
76342785--76342926	73	1.9	73	84	5	189	21	24	19	35	1.96
76345642--76345905	46	5.6	49	78	13	222	24	28	19	28	1.98
76345697--76345908	94	2.3	92	80	10	238	24	29	18	26	1.98
76345691--76345910	46	4.7	46	80	9	227	24	30	19	26	1.98
76347516--76347606	28	3.2	28	90	4	139	31	23	24	20	1.98
76347712--76347776	28	2.3	28	91	0	103	32	7	27	32	1.85
76348024--76348063	16	2.5	16	100	0	80	5	25	25	45	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76348024--76348067	8	5.5	8	88	0	70	4	22	22	50	1.67
76351775--76351982	40	5.2	40	80	2	220	26	22	26	25	2.00
76358577--76358664	28	3.1	29	79	10	94	35	21	22	20	1.96
76358770--76358833	28	2.3	28	91	2	103	31	7	28	32	1.85
76361437--76361513	17	4.7	17	71	20	74	54	1	2	41	1.22
76371486--76371597	23	4.9	23	78	4	118	33	18	23	25	1.97
76371486--76371597	46	2.4	46	91	4	181	33	18	23	25	1.97
76391065--76391113	20	2.5	20	89	0	71	48	0	18	32	1.48
76391588--76391899	46	6.7	47	71	16	181	27	19	29	23	1.98
76391627--76391902	47	5.9	48	72	11	191	27	19	29	24	1.98
76392296--76392380	41	2.1	41	100	0	170	20	9	18	51	1.73
76398554--76398578	13	1.9	13	100	0	50	16	4	16	64	1.44
76401495--76401541	24	2.0	24	91	0	76	36	2	38	23	1.67
76402744--76402854	27	4.1	27	80	12	120	16	22	22	38	1.92
76403923--76404092	43	4.0	43	80	9	186	28	14	24	32	1.94
76406551--76406732	39	4.6	39	84	0	220	24	30	21	23	1.99
76411119--76411215	42	2.3	42	78	0	95	31	15	25	26	1.96
76414995--76415035	20	2.0	20	86	9	57	36	0	2	60	1.10
76415233--76415274	12	3.5	12	81	12	59	69	0	0	30	0.89
76417258--76417290	17	2.0	17	94	5	59	24	24	27	24	2.00
76422103--76422234	29	4.6	29	84	1	140	25	17	32	25	1.97
76429877--76430008	29	4.6	29	84	1	140	25	17	32	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76434097--76434122	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
76434158--76434245	41	2.2	41	83	2	106	44	20	17	18	1.87
76434177--76434354	82	2.2	82	83	7	211	39	23	20	17	1.92
76434177--76434354	41	4.4	40	85	5	191	39	23	20	17	1.92
76434511--76434571	7	8.7	7	81	0	68	22	0	26	50	1.49
76434511--76434661	21	6.8	21	70	11	104	27	1	23	47	1.60
76434558--76434642	25	3.6	25	68	12	79	31	2	21	44	1.65
76434537--76434672	46	3.0	46	96	0	254	30	2	24	43	1.66
76434699--76434832	7	19.1	7	78	6	110	18	0	39	41	1.51
76435105--76435149	14	3.2	14	81	12	65	24	0	26	48	1.51
76435159--76435217	29	2.0	29	100	0	118	35	10	13	40	1.78
76440185--76440244	24	2.5	24	89	8	95	25	23	8	43	1.81
76440566--76440686	9	13.6	9	79	1	118	47	14	1	35	1.55
76440566--76440686	18	6.8	18	83	1	145	47	14	1	35	1.55
76440562--76440686	27	4.6	27	84	2	135	48	14	1	36	1.54
76446329--76446379	21	2.4	21	80	0	66	29	19	49	1	1.60
76446633--76446699	31	2.2	31	83	0	80	17	4	17	59	1.53
76446773--76446893	43	2.8	43	100	0	242	21	33	19	24	1.97
76448290--76448398	27	4.0	26	84	8	128	17	24	22	34	1.96
76448290--76448398	54	2.0	54	85	3	148	17	24	22	34	1.96
76461593--76461655	26	2.4	26	97	0	117	39	9	25	25	1.86
76462847--76462972	42	3.0	42	84	5	148	30	25	17	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76465803--76465916	43	2.7	43	91	1	185	24	21	28	25	1.99
76466483--76466515	16	1.9	18	88	11	52	18	12	18	51	1.76
76467495--76467544	17	2.9	17	85	8	66	54	12	0	34	1.38
76475917--76475965	15	3.3	15	80	11	64	20	34	6	38	1.77
76480092--76480175	36	2.3	36	81	4	98	15	30	8	45	1.76
76486257--76486359	53	1.9	53	84	7	138	11	20	11	56	1.66
76491039--76491090	26	2.0	26	100	0	104	38	11	11	38	1.78
76494053--76494220	46	3.6	45	83	6	194	21	25	21	31	1.98
76498859--76498957	42	2.3	42	79	5	110	31	21	19	28	1.97
76498859--76499003	44	3.3	44	76	14	133	32	21	18	27	1.97
76502428--76502473	20	2.3	21	82	14	62	26	17	28	28	1.98
76502502--76502607	28	3.7	27	75	21	81	27	17	26	28	1.98
76504066--76504237	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
76504059--76504234	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
76511645--76511816	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
76511638--76511813	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
76520471--76520527	28	2.0	28	100	0	114	71	0	14	14	1.14
76520504--76520562	20	3.0	20	72	5	57	76	1	10	11	1.10
76520479--76520546	24	2.8	23	80	10	66	72	1	11	14	1.20
76522835--76522865	15	2.1	15	93	0	53	38	22	0	38	1.54
76523057--76523145	25	3.6	25	83	3	108	31	21	25	21	1.98
76524978--76525021	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76534306--76534466	29	5.6	29	89	0	223	25	15	33	25	1.95
76542344--76542504	29	5.6	29	89	0	223	25	15	33	25	1.95
76546853--76546953	39	2.5	40	85	1	132	30	22	24	21	1.99
76546853--76547034	40	4.6	40	82	4	181	28	22	26	23	1.99
76548663--76548693	15	2.1	15	100	0	62	25	16	32	25	1.96
76554837--76554903	20	3.3	20	91	4	109	37	10	17	34	1.85
76554848--76554903	11	5.5	11	71	16	57	37	10	17	33	1.85
76554951--76555033	25	3.4	24	81	8	105	27	18	21	32	1.96
76555242--76555330	38	2.6	33	77	17	92	38	15	21	24	1.92
76556673--76556735	30	2.1	30	88	5	92	20	38	0	41	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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