genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.257.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75930273--75930352	27	3.0	27	94	0	133	25	18	20	36	1.95
75930356--75930456	27	3.7	27	88	2	141	34	16	17	30	1.93
75933635--75933743	37	2.9	37	95	0	191	26	31	19	22	1.98
75933909--75934090	101	1.8	99	92	2	310	30	22	8	37	1.85
75933909--75934090	50	3.6	50	96	1	312	30	22	8	37	1.85
75934049--75934287	47	5.1	47	91	1	356	26	28	12	32	1.92
75934140--75934262	22	5.3	22	63	27	58	25	29	13	32	1.93
75942684--75942728	17	2.7	17	79	3	56	28	31	15	24	1.96
75945972--75946187	40	5.5	40	88	4	280	25	29	22	22	1.99
75953665--75953808	39	3.7	39	92	0	243	26	20	29	22	1.99
75953666--75953848	78	2.3	79	90	1	278	24	22	29	23	1.99
75961188--75961331	39	3.7	39	92	0	243	26	20	29	22	1.99
75961189--75961371	78	2.3	79	90	1	278	24	22	29	23	1.99
75968462--75968628	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
75971932--75972024	44	2.1	44	82	7	109	30	25	17	26	1.97
75978668--75978741	29	2.6	29	93	0	130	28	14	31	25	1.95
75978725--75978800	29	2.6	29	82	0	98	23	19	34	22	1.97
75978668--75978800	58	2.3	58	81	2	142	26	17	32	24	1.97
75983203--75983323	43	2.9	42	86	1	143	32	28	17	21	1.96
75983210--75983323	42	2.7	43	86	1	140	32	28	18	20	1.96
75987323--75987492	93	1.8	92	91	1	277	22	20	28	28	1.99
75987327--75987497	46	3.7	46	78	11	188	22	20	27	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75987722--75987759	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
75994426--75994598	46	3.7	46	79	10	208	21	20	27	29	1.98
75994423--75994593	93	1.8	93	93	0	297	21	21	28	28	1.98
75994822--75994859	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
75997461--75997546	43	2.0	43	90	0	136	30	30	19	19	1.97
76000573--76000666	47	2.0	47	93	0	161	29	6	17	46	1.72
76009362--76009452	37	2.4	37	92	1	155	24	32	18	24	1.97
76009548--76009713	49	3.4	49	96	0	296	28	31	9	29	1.89
76011368--76011402	12	2.9	12	95	0	61	54	8	22	14	1.67
76018504--76018601	28	3.5	28	85	4	117	30	16	23	29	1.96
76023381--76023437	23	2.5	22	86	8	71	22	24	17	35	1.95
76026068--76026176	24	4.6	23	85	7	137	33	23	17	24	1.96
76026068--76026176	48	2.3	48	91	3	175	33	23	17	24	1.96
76030026--76030209	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
76030066--76030254	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
76041613--76041765	39	3.9	39	88	0	216	24	29	20	25	1.99
76041582--76041764	78	2.3	79	89	1	269	23	28	22	25	1.99
76048595--76048701	42	2.5	43	77	10	114	25	17	25	31	1.97
76053252--76053278	7	3.9	7	100	0	54	74	0	11	14	1.08
76059826--76059884	23	2.5	24	78	15	61	69	0	15	15	1.19
76065191--76065298	43	2.5	43	82	5	139	25	12	23	38	1.90
76068713--76068797	35	2.4	35	82	0	98	29	12	15	42	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76071318--76071411	44	2.1	44	98	0	179	10	6	32	50	1.63
76071331--76071423	44	2.1	44	93	0	159	11	5	34	48	1.63
76076228--76076393	24	7.0	24	91	4	248	28	21	21	28	1.98
76076228--76076393	47	3.5	48	90	4	248	28	21	21	28	1.98
76076228--76076394	71	2.3	71	91	3	264	28	20	22	28	1.99
76076446--76076489	20	2.2	20	95	0	79	31	18	13	36	1.90
76076526--76076573	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
76079880--76079940	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
76081480--76081551	34	2.1	34	86	0	99	36	6	12	44	1.69
76081631--76081668	9	4.2	9	93	0	67	18	0	23	57	1.40
76081611--76081668	27	2.1	27	84	6	73	20	1	22	55	1.53
76089494--76089554	32	1.9	32	100	0	122	18	4	13	63	1.46
76089501--76089574	32	2.4	31	86	6	96	21	5	13	59	1.54
76096556--76096722	40	4.2	40	81	2	176	23	27	22	26	1.99
76100877--76101075	68	3.0	67	73	19	184	40	4	5	50	1.43
76100947--76101064	62	2.0	62	84	5	161	41	4	4	50	1.41
76114971--76114996	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
76115089--76115337	41	6.1	41	92	0	401	34	23	24	17	1.96
76115495--76115592	7	13.4	7	70	8	52	27	1	24	46	1.59
76115507--76115587	21	3.7	21	75	12	81	28	1	25	44	1.62
76115510--76115603	46	2.0	46	95	0	170	29	2	25	42	1.67
76115630--76115758	7	18.1	7	69	10	66	21	0	41	37	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76116528--76116567	21	1.9	21	85	10	55	40	2	10	47	1.50
76123760--76123838	25	3.3	25	66	16	76	31	29	5	34	1.79
76123710--76124010	49	6.3	49	94	2	479	29	29	8	32	1.86
76125448--76125506	21	2.8	22	85	7	70	23	0	6	69	1.12
76125477--76125535	26	2.4	24	83	10	75	28	0	3	67	1.06
76129892--76130072	40	4.5	40	80	7	197	24	25	23	25	2.00
76129892--76130070	80	2.2	81	86	3	245	24	26	24	25	2.00
76137961--76138141	40	4.5	40	80	7	197	24	25	23	25	2.00
76137961--76138139	80	2.2	81	86	3	245	24	26	24	25	2.00
76139963--76140190	40	5.7	40	89	0	330	25	28	22	22	1.99
76139963--76140190	120	1.9	120	90	0	366	25	28	22	22	1.99
76141612--76141863	47	5.3	47	91	3	371	29	29	8	32	1.87
76141662--76141740	25	3.3	25	66	16	76	32	29	5	32	1.79
76141612--76141863	49	5.3	49	91	4	374	29	29	8	32	1.87
76144582--76144614	12	2.8	12	100	0	66	48	6	9	36	1.60
76145087--76145117	16	1.9	16	93	0	53	16	3	9	70	1.26
76145277--76145380	43	2.4	43	95	0	190	18	26	30	24	1.98
76146850--76147048	68	3.0	67	72	18	191	39	4	6	50	1.47
76146920--76147036	62	1.9	59	86	5	162	39	4	5	50	1.47
76147491--76147571	29	2.8	30	76	14	80	41	18	13	25	1.87
76147678--76147717	17	2.2	19	83	16	50	40	25	5	30	1.77
76151060--76151133	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76159147--76159221	29	2.6	29	89	4	107	26	16	32	25	1.96
76166276--76166555	136	2.0	139	92	4	467	38	24	13	23	1.91
76179507--76179609	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
76183097--76183185	17	5.4	17	72	17	62	42	2	4	50	1.35
76183144--76183188	17	2.6	17	96	0	81	46	0	4	48	1.22
76186696--76186845	78	1.9	78	90	0	237	25	26	24	24	2.00
76187768--76187813	24	1.9	24	86	8	67	34	13	26	26	1.92
76200459--76200497	15	2.6	14	84	11	51	76	2	0	20	0.90
76203073--76203141	21	3.3	21	70	9	61	43	18	23	14	1.87
76203048--76203147	42	2.4	42	86	1	130	42	20	21	17	1.90
76203048--76203169	41	2.9	42	82	2	138	40	18	21	18	1.91
76205376--76205457	26	3.2	26	94	0	146	31	6	25	36	1.81
76205544--76205573	10	3.0	10	95	0	51	10	26	10	53	1.66
76207067--76207207	27	5.2	27	79	11	164	17	22	23	36	1.95
76207064--76207207	54	2.7	54	91	2	227	17	22	23	36	1.95
76207067--76207225	81	2.0	79	82	13	191	19	23	21	35	1.96
76209318--76209359	21	2.0	21	86	9	59	45	0	0	54	0.99
76210218--76210262	21	2.2	20	84	11	56	71	4	0	24	1.05
76210597--76210651	25	2.3	24	76	14	60	41	0	1	56	1.10
76210652--76210690	20	1.9	21	89	5	62	41	0	2	56	1.13
76217734--76217769	18	2.0	18	100	0	72	50	0	0	50	1.00
76217973--76218043	18	3.8	19	73	15	67	56	0	8	35	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76218416--76218462	19	2.5	19	76	10	51	72	4	2	21	1.12
76222557--76222586	14	2.1	14	93	0	51	33	3	36	26	1.73
76222654--76222683	14	2.1	14	93	0	51	13	3	40	43	1.60
76222712--76222745	13	2.6	13	95	0	59	26	0	38	35	1.57
76224145--76224281	41	3.4	40	91	2	202	18	24	21	35	1.96
76224145--76224312	81	2.1	82	80	5	189	19	23	22	35	1.96
76224337--76224362	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
76228540--76228578	19	2.1	19	100	0	78	38	0	25	35	1.56
76244477--76244658	40	4.6	39	84	10	219	25	28	21	23	1.99
76244477--76244658	79	2.3	80	84	8	230	25	28	21	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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