genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.243.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71452492--71452569	27	2.9	27	83	7	97	42	20	15	21	1.89
71455423--71455614	81	2.4	81	81	9	214	29	28	13	28	1.94
71455427--71455628	27	7.5	27	81	5	185	30	27	13	29	1.94
71458958--71459000	21	2.0	21	86	0	59	32	0	25	41	1.56
71459632--71459710	25	3.2	25	72	0	77	24	24	18	32	1.97
71470542--71470708	49	3.4	49	77	10	157	23	28	21	25	1.99
71474727--71474835	47	2.3	46	86	7	141	29	29	8	33	1.86
71477388--71477428	20	2.0	20	85	9	55	46	17	7	29	1.74
71484172--71484211	21	2.0	21	85	5	55	22	25	40	12	1.89
71492489--71492521	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
71499150--71499211	26	2.4	26	84	7	74	17	19	20	41	1.90
71499208--71499261	25	2.2	25	89	0	81	24	27	16	31	1.96
71499208--71499273	25	2.6	25	81	9	80	24	28	16	30	1.97
71500692--71500749	26	2.2	26	96	0	107	34	3	24	37	1.72
71502533--71502818	136	2.1	137	96	0	520	24	18	25	31	1.97
71506556--71506663	26	4.2	26	95	3	193	34	3	24	37	1.73
71514171--71514195	13	1.9	13	100	0	50	16	20	8	56	1.65
71520085--71520117	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
71525484--71525610	8	14.0	9	74	21	81	21	2	0	76	0.90
71525482--71525588	6	17.8	6	76	19	68	19	0	0	79	0.79
71525482--71525588	22	5.0	21	75	15	94	19	0	0	79	0.79
71525483--71525609	28	4.4	29	79	14	104	20	2	0	77	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71531192--71531419	40	5.7	39	82	4	240	21	25	18	34	1.96
71531293--71531353	20	3.0	20	67	9	61	14	26	21	37	1.92
71531192--71531419	120	1.9	120	80	3	271	21	25	18	34	1.96
71541099--71541158	29	2.1	29	93	0	102	41	30	0	28	1.56
71541105--71541152	15	3.3	15	73	5	53	43	27	0	29	1.55
71541534--71541582	10	4.8	10	80	14	55	40	22	22	14	1.90
71541534--71541582	21	2.4	21	89	3	73	40	22	22	14	1.90
71543954--71543999	20	2.2	21	84	3	58	13	19	21	45	1.84
71543961--71544008	21	2.3	20	89	3	69	10	14	22	52	1.72
71546702--71546755	27	2.0	27	92	0	90	27	18	22	31	1.97
71547462--71547501	14	2.9	14	88	0	53	50	7	32	10	1.64
71554082--71554123	22	2.0	21	85	4	57	59	9	2	28	1.41
71554236--71554268	12	2.8	12	86	4	50	51	9	3	36	1.49
71554300--71554338	20	1.9	21	89	5	62	38	23	17	20	1.93
71557179--71557349	93	1.8	93	94	0	306	21	21	29	28	1.98
71557183--71557354	46	3.7	46	78	13	208	21	20	28	29	1.98
71561675--71561707	12	2.8	12	86	4	50	51	9	3	36	1.49
71561739--71561777	20	1.9	21	89	5	62	35	23	20	20	1.96
71564077--71564183	26	4.1	26	91	0	160	40	17	14	28	1.88
71565947--71566040	30	3.2	30	95	1	172	32	23	18	25	1.97
71575988--71576014	10	2.7	10	100	0	54	40	29	11	18	1.85
71580878--71580917	19	2.1	19	85	0	53	25	32	17	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71581463--71581522	31	1.9	32	83	10	79	28	28	13	30	1.94
71582157--71582196	14	2.9	14	92	0	53	10	30	7	52	1.62
71588128--71588154	10	2.7	10	100	0	54	18	11	29	40	1.85
71592041--71592068	10	2.8	10	100	0	56	32	10	21	35	1.88
71592699--71592743	10	4.5	10	85	0	54	40	22	24	13	1.90
71592698--71592745	20	2.4	20	78	0	60	39	20	25	14	1.91
71597091--71597138	15	3.3	15	73	5	53	31	0	25	43	1.55
71597085--71597144	29	2.1	29	90	0	93	30	0	28	41	1.56
71600274--71600321	15	3.3	15	76	5	62	27	0	29	43	1.55
71600268--71600327	29	2.1	29	96	0	111	26	0	31	41	1.56
71600268--71600311	14	3.1	14	74	6	52	27	0	34	38	1.57
71600931--71601016	30	2.9	30	77	5	86	27	24	17	30	1.97
71603604--71603645	16	2.8	16	85	7	61	76	4	16	2	1.07
71603690--71603721	12	2.7	12	95	0	55	50	9	15	25	1.74
71614161--71614268	26	4.2	26	96	0	198	37	25	6	30	1.81
71618262--71618286	13	1.9	13	100	0	50	28	0	8	64	1.22
71620074--71620130	29	2.0	29	92	0	96	45	29	0	24	1.53
71620349--71620383	9	3.8	9	88	7	52	80	11	8	0	0.92
71620348--71620383	10	3.7	10	88	7	56	80	11	8	0	0.90
71622581--71622677	30	3.2	30	71	8	90	27	15	28	27	1.96
71623821--71623877	29	2.0	29	89	0	87	22	0	31	45	1.53
71624195--71624242	15	3.3	15	73	5	53	29	0	27	43	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71624189--71624232	14	3.1	14	74	6	52	27	0	34	38	1.57
71624189--71624248	29	2.1	29	93	0	102	28	0	30	41	1.56
71623685--71624427	371	2.0	371	96	0	1371	33	11	24	29	1.91
71625226--71625270	14	3.3	14	78	6	56	48	15	0	35	1.45
71628779--71628887	26	4.2	25	93	5	173	35	24	4	34	1.76
71631690--71631745	30	1.9	28	85	7	76	12	30	3	53	1.55
71632775--71632809	19	1.9	19	88	11	56	14	5	11	68	1.37
71633055--71633111	29	2.0	29	92	0	96	24	0	29	45	1.53
71635534--71635631	30	3.3	30	72	4	81	27	25	16	30	1.96
71640327--71640384	31	1.9	29	86	6	80	15	29	3	51	1.60
71643851--71644005	39	4.0	39	93	0	265	21	19	30	27	1.98
71643869--71644033	78	2.1	79	87	3	244	21	20	30	27	1.98
71650890--71650976	39	2.2	39	89	0	129	20	19	31	28	1.97
71652479--71652526	15	3.3	15	76	5	62	27	0	29	43	1.55
71652473--71652531	29	2.0	29	96	0	109	27	0	30	42	1.56
71652473--71652516	14	3.1	14	74	6	52	27	0	34	38	1.57
71652473--71652540	29	2.3	29	89	2	91	25	1	30	42	1.64
71654276--71654383	6	17.2	6	70	17	51	5	21	1	71	1.16
71659547--71659610	33	1.9	33	87	0	92	28	29	15	26	1.96
71664034--71664206	46	3.7	46	77	13	183	21	20	27	30	1.98
71664031--71664201	93	1.8	93	91	0	279	21	21	28	29	1.98
71671652--71671820	46	3.7	46	74	12	166	29	26	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71671657--71671826	92	1.8	92	89	0	268	29	26	20	23	1.99
71672246--71672305	30	2.0	30	86	0	84	30	25	6	38	1.81
71673260--71673356	30	3.2	30	67	9	81	27	27	15	28	1.96
71674993--71675118	40	3.2	39	80	6	139	21	25	24	28	1.99
71674932--71675118	80	2.3	80	78	12	204	22	27	24	25	2.00
71683016--71683141	40	3.2	39	80	6	139	21	25	24	28	1.99
71682955--71683141	80	2.3	80	78	12	204	22	27	24	25	2.00
71685212--71685320	24	4.6	23	85	7	137	33	23	17	24	1.96
71685212--71685320	48	2.3	48	91	3	175	33	23	17	24	1.96
71693044--71693152	24	4.6	23	85	7	137	33	23	17	24	1.96
71693044--71693152	48	2.3	48	91	3	175	33	23	17	24	1.96
71699915--71700010	40	2.4	40	82	3	122	27	26	14	32	1.95
71705897--71705972	40	1.9	40	94	0	134	28	22	15	32	1.95
71710413--71710461	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
71711282--71711448	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
71728782--71728949	56	3.0	56	84	0	219	35	22	13	27	1.92
71732919--71732996	34	2.3	33	78	8	95	26	19	24	29	1.98
71744313--71744400	34	2.6	33	80	8	106	28	18	26	27	1.98
71749344--71749492	58	2.6	60	82	9	179	34	17	25	22	1.95
71749344--71749549	49	3.9	52	80	12	199	35	16	25	21	1.95
71755819--71755981	27	6.0	28	79	4	122	31	11	20	37	1.87
71755788--71755967	81	2.2	81	79	9	181	31	11	18	38	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71755819--71755981	54	3.0	53	71	7	141	31	11	20	37	1.87
71756921--71756972	27	1.9	27	92	0	86	36	25	11	26	1.90
71760414--71760473	27	2.3	26	82	2	66	21	21	20	36	1.95
71761805--71761862	28	2.1	28	96	0	107	51	13	5	29	1.63
71767326--71767397	33	2.2	33	100	0	144	33	19	5	41	1.75
71781785--71781836	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
71782750--71782805	28	2.0	28	92	0	94	35	21	10	32	1.88
71783228--71783292	27	2.4	27	79	5	78	24	18	23	33	1.96
71786287--71786336	22	2.3	22	86	6	66	10	26	30	34	1.89
71791471--71791515	20	2.2	20	92	0	72	11	20	40	28	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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