Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   

This is table  16  of  345  ( 41379 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5446479--5446531
19
2.6
21
82
14
58
43
0
0
56
0.99
5454366--5454399
6
5.5
6
86
6
50
17
20
17
44
1.87
5454440--5454560
53
2.3
53
88
0
179
17
17
22
42
1.88
5454766--5454821
18
3.2
18
77
7
53
35
10
14
39
1.81
5458973--5459005
15
2.2
15
100
0
66
51
0
18
30
1.46
5463115--5463149
2
17.5
2
87
0
52
57
0
42
0
0.99
5463115--5463149
10
3.5
10
92
0
61
57
0
42
0
0.99
5467523--5467567
18
2.5
18
81
0
54
17
6
2
73
1.15
5473909--5473933
11
2.3
11
100
0
50
36
8
0
56
1.29
5481828--5481857
15
2.0
15
100
0
60
26
53
13
6
1.64
5483520--5483570
15
3.5
15
70
5
50
60
7
0
31
1.25
5486537--5486597
30
2.0
30
87
6
88
36
14
4
44
1.67
5494927--5494976
25
2.0
25
88
0
73
46
8
4
42
1.52
5505063--5505131
30
2.3
31
82
5
95
42
2
2
52
1.31
5506633--5506698
25
2.6
25
80
4
80
30
0
6
63
1.18
5506824--5506885
28
2.2
28
82
5
72
25
11
3
59
1.46
5506878--5506985
25
4.2
25
75
14
71
25
7
5
61
1.45
5506849--5507005
75
2.1
75
81
9
178
28
8
5
58
1.48
5506949--5507003
24
2.3
24
84
9
69
30
10
3
54
1.52
5507505--5507949
222
2.0
221
98
0
854
30
17
14
36
1.90
5509835--5509859
2
12.5
2
100
0
50
52
0
0
48
1.00
5515843--5516054
51
4.2
51
90
0
334
31
22
12
33
1.91
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5515840--5516054
102
2.1
102
94
0
376
31
22
12
33
1.91
5518740--5518778
19
2.0
20
90
5
62
20
0
7
71
1.10
5518759--5518804
25
1.9
23
86
8
65
28
0
8
63
1.24
5520008--5522367
786
3.0
786
97
0
4515
34
20
10
35
1.86
5522904--5522939
13
2.8
14
84
16
51
27
25
0
47
1.52
5522891--5522931
18
2.2
19
87
12
59
29
24
0
46
1.53
5523036--5523093
23
2.5
23
80
0
71
46
36
3
13
1.61
5523471--5523517
15
3.1
15
81
0
67
48
12
2
36
1.53
5524442--5524505
32
2.0
32
85
8
87
46
7
0
45
1.32
5524585--5524642
30
1.9
30
82
6
73
36
3
0
60
1.14
5525009--5525037
13
2.1
14
93
6
51
44
3
0
51
1.18
5527239--5527276
18
2.1
19
85
5
51
47
5
7
39
1.55
5527840--5527908
13
5.2
13
74
10
68
47
0
10
42
1.37
5528956--5528995
19
2.1
19
95
0
71
72
0
12
15
1.12
5529882--5529929
15
3.1
16
83
16
57
70
2
0
27
0.98
5529873--5529943
11
6.5
11
76
12
58
66
2
1
29
1.15
5536104--5536149
12
3.8
12
88
0
56
34
0
0
65
0.93
5536115--5536152
12
3.2
12
92
0
58
34
0
0
65
0.93
5536224--5536294
34
2.1
35
89
2
108
40
8
8
42
1.66
5552616--5552665
21
2.4
21
86
0
64
36
0
20
44
1.52
5552627--5552666
21
1.9
21
94
0
71
27
0
22
50
1.50
5554699--5554724
11
2.4
11
100
0
52
34
0
19
46
1.50
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5554760--5554808
25
1.9
26
84
12
66
36
4
4
55
1.38
5554944--5554978
2
17.5
2
100
0
70
51
0
0
48
1.00
5555784--5555822
2
19.5
2
100
0
78
48
0
0
51
1.00
5560019--5560079
19
3.1
19
76
6
59
50
0
1
47
1.10
5565776--5565825
23
2.1
24
92
7
84
64
4
12
20
1.43
5566073--5566178
23
4.5
23
74
14
83
63
3
6
26
1.36
5566666--5566699
18
1.9
18
88
5
52
50
0
8
41
1.34
5567622--5567668
16
2.9
16
78
9
51
76
8
4
10
1.13
5571580--5571604
11
2.3
11
100
0
50
36
40
0
24
1.55
5578099--5578132
17
2.0
17
88
0
50
64
8
0
26
1.22
5585801--5585875
22
3.4
22
65
7
62
25
8
8
58
1.54
5585801--5585884
44
1.9
44
97
0
159
25
9
9
55
1.61
5590903--5590954
24
2.2
24
82
6
61
23
36
25
15
1.93
5598321--5598361
7
6.1
7
83
11
59
53
0
0
46
1.00
5599895--5599933
16
2.2
17
86
13
53
69
0
0
30
0.89
5608627--5608668
21
2.0
21
81
9
50
54
7
2
35
1.41
5611001--5611034
17
2.0
17
88
0
50
47
0
0
52
1.00
5611162--5611242
29
2.8
29
98
0
153
49
14
11
24
1.76
5611162--5611264
29
3.5
29
90
2
125
48
15
13
22
1.80
5612160--5612229
31
2.3
30
80
7
79
64
5
14
15
1.47
5612583--5612618
17
2.1
17
94
0
63
47
16
8
27
1.75
5614053--5614141
29
3.0
28
73
14
79
40
16
10
32
1.82
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5618358--5618426
34
2.0
34
91
0
111
57
14
5
21
1.58
5621130--5621160
15
2.1
15
100
0
62
19
38
12
29
1.89
5623160--5623186
8
3.4
8
100
0
54
51
0
22
25
1.48
5652304--5652350
19
2.5
19
79
6
60
78
6
6
8
1.08
5652505--5652572
19
3.7
18
80
11
68
66
1
32
0
1.01
5653132--5654338
299
4.1
297
88
5
1651
56
6
8
28
1.54
5653288--5654338
146
7.1
145
86
6
1398
56
6
8
29
1.53
5653863--5653926
13
4.7
13
78
14
58
70
1
1
26
1.05
5653869--5653926
16
3.9
15
76
13
57
68
1
1
27
1.08
5656210--5656347
72
1.9
72
93
0
240
21
26
21
31
1.98
5656885--5656928
17
2.6
17
85
7
54
47
11
6
34
1.66
5659812--5659922
47
2.4
47
84
6
154
25
16
23
35
1.95
5667038--5667148
47
2.4
47
84
6
154
25
16
23
35
1.95
5671291--5671349
26
2.4
25
86
8
77
44
11
6
37
1.68
5671656--5671705
20
2.5
19
81
9
64
10
8
6
76
1.17
5677821--5677865
20
2.4
18
82
13
56
64
4
4
26
1.32
5686219--5686247
14
2.0
15
93
6
51
68
0
0
31
0.89
5688938--5688972
11
2.9
12
87
12
54
48
2
0
48
1.16
5688928--5688970
11
3.7
11
84
9
50
46
2
2
48
1.27
5691655--5691709
23
2.3
24
82
11
69
47
1
5
45
1.36
5709901--5709937
19
1.9
19
100
0
74
37
24
10
27
1.88
5711028--5711081
27
2.0
27
86
10
76
50
0
0
50
1.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5712483--5713029
277
2.0
276
95
0
995
36
8
18
36
1.82
5714917--5715074
35
4.5
35
77
2
129
33
15
22
29
1.94
5716168--5716213
24
1.9
24
90
0
74
17
8
41
32
1.80
5717149--5717273
35
3.5
35
81
3
126
31
23
11
34
1.90
5717148--5717293
70
2.1
69
78
6
150
30
23
11
33
1.91
5719415--5719472
5
10.8
5
80
12
62
43
0
1
55
1.10
5719416--5719473
8
6.7
9
74
21
61
43
0
1
55
1.10
5719418--5719473
12
4.5
12
81
16
69
42
0
1
55
1.10
5720792--5720830
18
2.1
19
90
4
62
41
0
10
48
1.37
5721070--5721204
39
3.4
39
74
6
112
23
20
28
28
1.99
5721327--5721367
19
2.2
19
87
12
59
46
0
24
29
1.53
5725482--5725511
14
2.1
14
93
0
51
46
36
0
16
1.47
5727988--5728035
23
2.1
24
77
14
57
64
2
4
29
1.23
5729499--5729560
23
2.8
23
80
11
67
48
0
0
51
1.00
5729503--5729563
31
2.0
31
83
6
79
47
0
0
52
1.00
5731394--5731432
20
1.9
21
89
5
62
28
0
2
69
1.02
5733406--5733436
16
1.9
16
93
0
53
25
0
6
67
1.14
5745933--5746090
25
6.4
25
84
7
225
18
27
19
34
1.96
5745933--5746132
25
8.4
23
81
10
181
18
27
19
35
1.95
5748170--5748198
5
6.0
5
92
8
51
82
0
0
17
0.66
5759038--5759130
2
47.0
2
97
2
179
49
0
50
0
1.00
5759687--5759715
14
2.1
14
93
6
51
13
0
0
86
0.58
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5760570--5761135
127
4.5
125
86
3
650
26
15
19
37
1.92
5760570--5761135
257
2.2
250
81
7
642
26
15
19
37
1.92
5760570--5761168
252
2.3
255
80
7
651
26
15
19
38
1.92
5763588--5763628
21
2.0
21
85
9
57
48
2
0
48
1.14
5776848--5776926
39
2.0
39
95
0
140
41
5
12
40
1.65
5783067--5783117
16
3.5
15
77
20
54
31
5
0
62
1.19
5785383--5785421
19
2.0
20
90
5
62
48
0
0
51
1.00
5788437--5788494
16
3.5
15
79
13
53
12
5
3
79
1.02
5788506--5788552
21
2.2
22
88
11
71
42
0
4
53
1.20
5788521--5788608
21
4.6
20
71
26
75
37
1
0
61
1.04

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345