genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.246.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72363724--72363771	25	2.1	23	81	14	55	35	6	4	54	1.45
72366934--72367109	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
72366931--72367102	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
72372894--72373081	40	4.7	40	89	1	270	25	28	22	23	1.99
72372874--72373081	80	2.6	79	89	3	310	26	28	21	23	1.99
72377842--72378017	46	3.8	45	79	12	205	20	20	29	29	1.98
72377839--72378010	93	1.8	93	94	0	308	20	20	29	28	1.98
72381082--72381167	36	2.3	36	90	9	138	26	33	19	19	1.96
72381208--72381601	49	7.9	49	91	2	617	30	27	7	34	1.85
72381238--72381601	151	2.4	147	93	1	611	30	27	7	34	1.85
72385109--72385183	15	5.0	15	77	3	71	52	16	18	13	1.75
72393317--72393668	50	7.0	50	79	2	382	25	18	26	29	1.98
72393275--72393666	101	3.9	98	79	3	361	25	17	26	30	1.97
72393317--72393683	151	2.4	151	92	0	581	25	17	26	29	1.98
72394485--72394533	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
72395349--72395513	40	4.2	39	78	8	165	26	21	27	25	1.99
72404120--72404478	48	7.5	48	85	2	301	25	29	18	26	1.98
72404167--72404491	48	6.8	48	89	0	490	26	30	17	25	1.97
72406084--72406130	18	2.6	18	89	0	67	34	2	2	61	1.20
72406768--72406801	9	3.7	9	84	7	50	76	2	0	20	0.92
72408631--72408661	16	1.9	16	100	0	62	51	6	9	32	1.60
72410130--72410193	33	1.9	33	90	6	103	35	23	4	35	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72423061--72423116	27	2.1	28	93	6	98	48	14	8	28	1.74
72423088--72423416	78	4.2	78	80	6	301	44	11	10	32	1.75
72425712--72425899	49	3.8	49	84	2	259	27	18	25	28	1.98
72425707--72425897	100	1.9	100	95	0	346	27	19	25	28	1.99
72430188--72430348	27	6.0	27	83	0	214	32	8	19	39	1.81
72430191--72430341	54	2.8	54	92	0	248	31	7	21	40	1.80
72430334--72430584	27	9.3	27	86	0	331	39	8	23	29	1.84
72430199--72430368	81	2.1	81	77	2	180	34	7	20	38	1.81
72430334--72430584	54	4.6	54	92	0	403	39	8	23	29	1.84
72439731--72439878	45	3.4	44	78	10	153	29	25	18	27	1.98
72449093--72449137	21	2.1	22	83	4	56	57	0	4	37	1.19
72449274--72449329	27	2.2	25	77	17	62	51	0	0	48	1.00
72449290--72449344	27	2.0	27	93	6	94	45	0	0	54	0.99
72455116--72455282	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
72463119--72463285	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
72467362--72467702	37	9.1	37	88	2	450	36	24	20	17	1.94
72467362--72467702	75	4.6	75	85	3	465	36	24	20	17	1.94
72467362--72467702	112	3.0	111	88	5	474	36	24	20	17	1.94
72470948--72471002	27	2.0	27	89	6	85	47	1	0	50	1.11
72484117--72484333	40	5.4	40	91	2	314	25	26	22	25	2.00
72485536--72485581	21	2.2	21	96	0	83	21	13	0	65	1.26
72492100--72492313	40	5.5	40	90	6	316	25	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72492100--72492313	78	2.7	77	89	6	315	25	27	22	24	2.00
72495775--72495992	40	5.6	40	91	2	336	25	30	20	22	1.98
72495775--72495990	79	2.8	79	91	2	330	25	31	20	22	1.98
72498992--72499072	33	2.4	35	77	10	96	29	24	17	28	1.97
72501260--72501426	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
72501260--72501426	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
72507696--72507740	22	2.1	21	84	12	56	64	4	2	28	1.25
72522076--72522147	25	2.9	25	80	0	81	23	22	22	31	1.98
72525289--72525406	40	3.0	40	92	0	191	22	17	28	31	1.97
72529019--72529062	10	4.4	10	86	8	54	38	15	13	31	1.87
72529022--72529061	21	1.9	21	94	0	71	37	17	15	30	1.90
72529107--72529171	25	2.6	25	85	0	85	27	26	21	24	1.99
72537795--72537853	20	3.0	20	94	0	100	38	10	18	32	1.84
72537904--72538046	24	6.0	24	91	4	209	28	22	22	26	1.99
72537904--72538046	47	3.0	47	90	5	207	28	22	22	26	1.99
72537904--72538047	71	2.0	72	89	4	220	29	22	22	26	1.99
72538238--72538332	31	3.1	31	98	0	181	38	15	22	23	1.92
72542575--72542619	14	3.1	14	80	3	54	71	8	2	17	1.23
72545739--72545924	50	3.6	50	78	4	149	32	26	17	23	1.97
72549113--72549278	42	3.9	42	74	7	138	27	16	25	30	1.97
72550734--72550941	40	5.2	40	83	2	211	25	25	22	26	2.00
72550734--72550939	80	2.6	81	83	3	238	25	25	22	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72559391--72559598	40	5.2	39	84	1	218	25	25	22	25	2.00
72559391--72559596	80	2.6	81	84	3	247	25	26	22	25	2.00
72567453--72567660	40	5.2	39	84	1	218	25	25	22	25	2.00
72567453--72567658	80	2.6	81	84	3	247	25	26	22	25	2.00
72576309--72576335	11	2.5	11	100	0	54	0	11	0	88	0.50
72577887--72578010	44	2.9	43	81	8	144	25	16	24	33	1.96
72578951--72579080	40	3.2	41	79	13	146	24	26	24	23	2.00
72585343--72585510	40	4.2	40	80	4	169	23	27	23	25	2.00
72591558--72591744	40	4.7	40	81	4	180	28	23	25	21	1.99
72591558--72591711	80	1.9	80	86	0	218	27	22	26	22	1.99
72591562--72591744	80	2.3	80	81	0	213	28	24	26	21	1.99
72591562--72591779	80	2.7	80	77	3	181	27	24	26	21	1.99
72599580--72599766	40	4.7	40	81	4	180	28	23	25	21	1.99
72599580--72599733	80	1.9	80	86	0	218	27	22	26	22	1.99
72599584--72599766	80	2.3	80	81	0	213	28	24	26	21	1.99
72599584--72599801	80	2.7	80	77	3	181	27	24	26	21	1.99
72602944--72602977	15	2.3	15	94	0	59	52	20	11	14	1.73
72603039--72603071	16	2.1	16	94	0	57	42	9	6	42	1.61
72604108--72604142	16	2.2	16	89	0	52	37	22	11	28	1.89
72606574--72606660	43	2.0	44	88	2	131	19	2	37	40	1.64
72606992--72607281	7	40.1	7	69	13	63	36	40	1	22	1.61
72606991--72607041	13	3.6	14	76	7	59	35	43	0	21	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72607059--72607129	15	4.9	15	72	16	60	38	42	0	19	1.52
72607057--72607147	22	4.2	22	67	12	62	39	37	0	23	1.55
72607108--72607143	15	2.4	15	95	0	63	44	36	0	19	1.51
72607179--72607277	14	7.0	14	83	3	83	31	47	0	21	1.51
72607179--72607277	21	4.7	21	81	5	83	31	47	0	21	1.51
72607463--72607531	29	2.4	29	75	18	72	30	4	2	62	1.29
72607686--72607867	40	4.5	39	82	4	193	30	18	17	32	1.94
72607699--72607855	81	1.9	82	88	5	239	29	17	19	34	1.94
72607686--72607867	80	2.3	79	83	6	242	30	18	17	32	1.94
72615126--72615174	24	2.0	25	84	4	64	46	30	4	18	1.67
72615572--72615645	24	3.1	24	92	0	112	31	6	40	21	1.79
72617076--72617184	27	4.0	26	81	8	119	15	22	24	37	1.93
72623441--72623514	24	3.1	24	92	0	112	31	6	40	21	1.79
72626598--72626805	40	5.2	40	84	0	218	26	22	25	25	2.00
72626599--72626805	80	2.6	80	81	6	240	26	22	26	25	2.00
72628294--72628404	27	4.2	26	79	10	116	16	20	23	39	1.92
72632710--72632779	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
72632710--72632791	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
72640301--72640370	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
72640301--72640382	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
72642514--72642577	31	2.1	31	96	0	119	23	21	15	39	1.92
72642768--72642910	24	6.0	24	91	4	209	26	22	22	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72642768--72642909	47	3.0	48	90	5	207	26	22	22	28	1.99
72642767--72642910	71	2.0	72	89	4	220	26	22	22	29	1.99
72642957--72643017	20	3.0	20	90	0	95	32	22	11	32	1.90
72643142--72643267	64	1.9	66	96	3	238	29	19	20	30	1.97
72646535--72646635	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
72646564--72646635	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
72654380--72654480	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
72654409--72654480	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
72657247--72657318	20	3.6	20	100	0	144	19	37	31	11	1.87
72659523--72659645	46	2.7	46	96	0	219	28	25	22	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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