genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.249.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73337019--73337187	25	6.8	24	68	12	74	25	14	21	37	1.92
73337019--73337187	75	2.3	75	82	2	187	25	14	21	37	1.92
73339674--73339713	19	2.0	20	86	13	57	52	10	10	27	1.66
73354246--73354455	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
73358806--73358875	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
73366889--73366958	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
73374968--73375037	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
73388611--73388696	18	4.8	18	95	1	147	16	33	39	10	1.83
73390663--73390834	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
73390656--73390831	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
73398275--73398310	18	1.9	19	88	5	56	63	0	25	11	1.27
73399652--73399781	28	4.5	29	94	4	219	38	14	23	23	1.92
73399652--73399781	58	2.3	57	93	4	217	38	14	23	23	1.92
73401504--73401678	46	3.8	46	78	13	196	29	28	21	21	1.98
73401511--73401682	93	1.8	93	93	0	299	28	28	21	21	1.99
73413571--73413652	41	2.0	41	92	0	137	41	14	8	35	1.77
73414685--73414741	28	2.0	28	96	0	105	40	14	12	33	1.83
73415219--73415250	15	2.1	15	100	0	64	31	0	21	46	1.52
73417023--73417242	40	5.6	40	82	4	250	25	26	22	24	2.00
73424623--73424752	40	3.3	39	83	4	163	23	28	25	23	1.99
73428473--73428554	8	9.9	8	77	12	67	31	0	2	65	1.05
73428507--73428552	10	5.1	9	78	17	51	41	0	2	56	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73429988--73430020	15	2.2	15	89	10	50	45	12	0	42	1.41
73430579--73430603	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
73432287--73432439	40	3.8	40	79	5	148	25	28	23	22	2.00
73440314--73440466	40	3.8	40	79	5	148	25	28	23	22	2.00
73443453--73443504	25	2.0	26	85	3	70	19	13	3	63	1.44
73447036--73447151	26	4.6	25	74	13	62	18	21	21	37	1.94
73447097--73447164	24	2.8	25	72	4	75	19	25	20	35	1.96
73447083--73447163	25	3.3	24	73	13	67	19	22	20	37	1.95
73447231--73447292	25	2.5	25	89	0	88	25	25	17	30	1.97
73451713--73451804	46	2.0	46	93	0	157	43	17	14	25	1.86
73456742--73456929	29	6.5	29	85	4	238	26	30	16	27	1.97
73464854--73465013	29	5.5	29	82	4	180	25	31	16	26	1.97
73467616--73467763	38	3.9	38	77	4	156	34	25	12	28	1.91
73478841--73479047	40	5.2	40	81	3	220	26	22	27	24	2.00
73478845--73479051	79	2.6	80	80	3	231	26	22	27	24	2.00
73488096--73488246	40	3.8	40	80	6	164	26	23	27	23	2.00
73488133--73488262	40	3.3	39	78	11	147	23	23	26	25	2.00
73490094--73490301	40	5.2	40	81	2	211	25	22	26	25	2.00
73492748--73492893	41	3.6	40	75	5	132	33	27	14	24	1.94
73501637--73501675	20	2.0	20	89	0	60	48	2	12	35	1.55
73504385--73504516	29	4.6	29	83	1	88	25	32	16	25	1.96
73504384--73504516	58	2.3	59	80	5	137	25	32	16	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73515106--73515277	46	3.7	46	77	11	199	22	20	27	29	1.99
73515103--73515272	92	1.8	93	93	1	297	22	21	28	28	1.99
73520831--73520974	39	3.6	39	87	0	189	23	22	30	23	1.99
73522948--73523030	38	2.2	38	80	2	105	65	2	12	20	1.37
73522956--73523018	12	5.1	12	74	14	56	58	3	14	23	1.50
73523343--73523413	30	2.4	29	85	2	97	22	35	25	16	1.95
73523467--73523500	17	2.0	17	88	0	50	23	5	0	70	1.09
73523956--73524101	71	2.1	70	94	1	249	28	11	17	42	1.84
73525487--73525575	34	2.6	34	83	11	112	29	23	23	23	1.99
73532887--73533104	47	4.6	45	75	13	172	25	18	31	24	1.98
73532844--73533052	91	2.3	89	80	8	208	24	20	29	25	1.99
73533916--73534047	55	2.4	55	79	9	128	25	25	26	23	2.00
73535968--73536068	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
73535997--73536068	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
73540247--73540337	24	3.8	24	95	0	155	34	28	17	19	1.95
73540320--73540393	29	2.6	29	97	0	139	28	32	14	24	1.95
73548093--73548230	24	5.8	24	97	0	251	35	26	17	20	1.95
73548213--73548286	29	2.6	29	97	0	139	28	32	14	24	1.95
73554733--73554833	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
73554762--73554833	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
73556600--73557638	349	3.0	349	97	0	1981	40	14	11	33	1.83
73559973--73560119	43	3.5	42	77	5	127	20	19	29	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73560091--73560190	51	2.0	51	83	0	128	24	18	27	31	1.97
73565169--73565245	25	3.2	25	63	17	63	35	11	27	25	1.91
73565181--73565256	22	3.3	22	67	16	64	34	13	27	25	1.93
73565156--73565269	47	2.4	47	94	0	183	34	10	28	26	1.90
73565210--73565309	31	3.2	31	64	25	82	35	11	28	26	1.90
73565250--73565286	17	2.2	17	100	0	74	35	5	29	29	1.80
73565203--73565333	64	2.0	64	100	0	262	34	10	28	26	1.90
73565267--73565346	25	3.3	25	66	22	71	32	10	28	28	1.89
73566742--73566969	40	5.7	40	94	1	341	25	29	22	23	1.99
73568774--73569060	47	6.1	47	95	1	524	32	12	28	26	1.92
73568774--73569060	139	2.0	140	95	1	522	32	12	28	26	1.92
73570418--73570547	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
73570434--73570585	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
73570434--73570583	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
73578384--73578510	40	3.2	39	76	8	130	22	28	24	24	2.00
73580259--73580369	45	2.4	46	89	3	179	35	9	31	23	1.88
73582857--73582911	27	2.1	26	89	3	83	30	25	9	34	1.87
73582860--73582918	27	2.2	27	84	6	75	30	27	8	33	1.86
73583024--73583113	27	3.2	28	81	7	112	18	24	24	32	1.97
73583034--73583124	27	3.2	28	81	4	94	20	26	20	31	1.98
73583024--73583138	55	2.1	56	82	8	137	18	24	22	34	1.96
73583574--73583612	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73590628--73590690	27	2.3	27	86	8	92	31	28	7	31	1.86
73590796--73590884	27	3.2	28	78	10	103	19	24	24	31	1.98
73590806--73590895	27	3.3	27	78	7	74	21	26	21	31	1.98
73591343--73591381	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
73592464--73592842	40	9.5	40	97	0	659	23	20	29	26	1.99
73592870--73593037	57	2.9	57	84	0	219	22	17	29	30	1.96
73592874--73593030	28	5.6	27	73	8	116	21	17	29	31	1.96
73592902--73593003	29	3.6	29	75	7	100	21	15	32	30	1.95
73596382--73596990	47	13.0	47	92	1	970	33	11	28	25	1.91
73596736--73596858	22	5.3	22	63	30	60	31	13	30	25	1.93
73596969--73597087	46	2.6	46	93	0	202	35	10	30	24	1.88
73599822--73599888	32	2.1	32	94	0	116	29	31	7	31	1.85
73599952--73600121	42	4.0	42	85	0	223	32	28	16	21	1.95
73605421--73605448	13	2.2	13	100	0	56	64	0	14	21	1.29
73610860--73610913	21	2.6	21	87	0	72	35	16	12	35	1.87
73610946--73611017	25	2.9	25	87	0	108	26	26	22	25	2.00
73610948--73611030	25	3.4	25	80	11	84	28	22	22	25	1.99
73610946--73611042	50	1.9	50	81	8	117	27	24	22	24	2.00
73616367--73616407	21	2.0	21	95	0	73	34	14	19	31	1.92
73616458--73616516	25	2.4	25	78	13	68	30	18	25	25	1.98
73619512--73619575	29	2.2	29	91	0	101	26	32	15	25	1.95
73619520--73619580	29	2.1	29	96	0	113	26	26	16	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73626523--73626555	13	2.5	13	95	0	57	18	6	24	51	1.68
73631426--73631464	6	6.5	6	85	8	53	15	2	0	82	0.79
73631426--73631464	11	3.2	12	85	10	53	15	2	0	82	0.79
73632628--73632667	13	3.1	13	82	13	55	82	2	0	15	0.77
73632659--73632688	5	6.2	5	92	7	53	60	20	0	20	1.37
73637419--73637456	19	2.0	19	94	0	67	21	13	13	52	1.73
73640435--73640462	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
73640971--73641005	17	2.0	18	88	5	54	11	42	31	14	1.81
73642485--73642540	14	4.0	14	73	0	58	39	0	28	32	1.57
73642485--73642540	21	2.7	21	80	0	67	39	0	28	32	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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