genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.270.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   

This is table  270  of  345  ( 41379 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80413377--80413522	40	3.7	40	78	5	127	23	28	23	23	1.99
80421329--80421458	40	3.2	40	84	4	174	23	29	24	22	1.99
80428826--80428899	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
80436619--80436692	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
80440372--80440544	43	4.0	44	74	10	151	32	23	16	27	1.96
80445103--80445163	28	2.2	28	82	5	79	26	34	14	24	1.94
80445384--80445418	16	2.2	16	89	0	52	20	25	14	40	1.90
80451149--80451217	32	2.2	32	94	2	122	34	26	8	30	1.86
80452118--80452150	18	1.9	17	88	11	50	45	18	12	24	1.83
80458039--80458248	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
80462295--80462504	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
80470429--80470638	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
80477428--80477656	46	5.0	45	76	8	205	24	31	19	25	1.98
80484459--80484610	80	1.9	80	85	5	209	26	22	26	24	2.00
80484459--80484603	40	3.6	40	81	3	159	28	22	26	22	1.99
80484497--80484626	40	3.3	39	78	11	147	24	23	26	26	2.00
80486851--80487018	40	4.2	40	77	7	144	24	25	23	26	2.00
80486867--80487018	80	1.9	80	83	5	200	23	26	23	26	2.00
80487810--80488058	55	4.7	53	79	7	240	35	18	24	21	1.95
80487811--80488060	108	2.4	109	80	9	302	35	18	24	22	1.96
80488250--80488280	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
80499519--80499690	93	1.8	93	94	0	308	27	30	21	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80499511--80499686	46	3.8	46	81	10	214	28	29	21	21	1.98
80502071--80502148	15	5.2	15	80	6	79	55	14	16	14	1.70
80502069--80502148	30	2.7	30	80	7	99	55	13	17	13	1.70
80506946--80507035	40	2.2	40	80	7	112	23	24	28	23	1.99
80511394--80511569	46	3.8	45	80	10	203	20	21	30	28	1.98
80511390--80511562	93	1.9	93	95	0	310	20	21	30	27	1.98
80515107--80515165	30	2.0	30	86	0	82	28	23	8	38	1.84
80519367--80519517	39	3.9	39	92	0	230	25	19	30	24	1.98
80537062--80537164	43	2.4	43	82	4	120	32	29	15	23	1.95
80540586--80540658	35	2.1	35	100	0	146	35	5	19	39	1.75
80542054--80542401	43	8.2	43	94	1	585	11	23	33	31	1.90
80542558--80542716	29	5.5	28	71	10	124	22	20	28	28	1.98
80542587--80542741	29	5.4	28	70	9	89	21	18	31	27	1.97
80542555--80542723	58	2.9	58	95	0	295	22	19	29	28	1.98
80546676--80546748	35	2.1	35	100	0	146	35	5	19	39	1.75
80548917--80548985	28	2.5	28	90	4	106	26	14	28	30	1.95
80552824--80552955	29	4.6	29	81	1	131	24	32	17	25	1.97
80560557--80560688	29	4.6	29	81	1	131	24	32	17	25	1.97
80562742--80563034	49	6.1	49	91	5	474	29	27	8	33	1.87
80562742--80563013	140	1.9	140	96	0	508	29	28	8	33	1.87
80567094--80567845	40	18.8	40	94	0	1288	25	27	21	25	2.00
80568573--80568645	35	2.1	35	100	0	146	35	5	19	39	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80571131--80571169	21	1.9	20	89	5	60	43	23	2	30	1.67
80585679--80585727	26	1.9	26	87	4	73	20	8	16	55	1.66
80586451--80586493	16	2.6	17	81	3	52	55	6	27	9	1.57
80595829--80595865	19	1.9	19	100	0	74	27	13	10	48	1.75
80598973--80599181	40	5.2	40	86	3	296	25	24	28	22	1.99
80604765--80604944	39	4.6	40	86	3	190	23	31	21	23	1.99
80604797--80604944	76	1.9	77	94	1	262	24	31	20	24	1.98
80604795--80604953	39	4.2	39	87	5	227	24	31	20	23	1.98
80612841--80613025	39	4.7	40	89	0	160	24	31	20	23	1.98
80612871--80613025	39	3.9	39	91	0	247	25	31	20	23	1.98
80625341--80625400	17	3.6	16	74	17	50	26	28	10	35	1.89
80627983--80628165	40	4.7	40	76	8	162	24	24	27	23	2.00
80631345--80631387	21	2.0	21	100	0	86	30	23	18	27	1.98
80636010--80636194	79	2.3	82	83	7	229	24	24	27	23	2.00
80636011--80636202	40	4.8	40	79	7	151	24	24	28	22	2.00
80636010--80636227	79	2.7	79	79	6	183	24	23	27	24	2.00
80639264--80639293	12	2.5	12	94	0	51	16	20	0	63	1.31
80639317--80639350	17	2.0	17	88	0	50	14	14	0	70	1.17
80639419--80639475	5	11.0	5	75	20	55	3	17	1	77	1.00
80639419--80639475	16	3.7	14	82	15	60	3	17	1	77	1.00
80639417--80639486	20	3.3	20	73	18	63	4	18	1	75	1.04
80642792--80642840	17	2.8	17	80	17	55	0	20	8	71	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80643926--80644074	27	5.6	27	84	7	196	28	12	20	38	1.89
80647851--80647901	24	2.1	24	96	0	93	19	25	23	31	1.98
80647856--80647907	24	2.2	24	89	0	77	21	28	19	30	1.97
80648138--80648169	15	2.1	15	94	0	55	28	6	6	59	1.46
80650721--80650767	16	2.9	16	87	0	67	10	21	19	48	1.78
80654875--80654981	29	3.8	28	74	8	99	24	30	16	28	1.97
80655204--80655255	16	3.3	16	76	12	54	9	17	19	53	1.70
80691860--80691961	28	3.6	28	86	1	132	32	22	24	20	1.98
80692067--80692131	28	2.3	28	92	5	105	29	6	29	35	1.82
80699708--80699809	28	3.6	28	83	1	105	33	21	24	20	1.97
80703327--80703492	49	3.4	49	80	5	208	31	27	14	26	1.95
80706307--80706462	27	5.8	27	91	1	242	30	25	7	37	1.82
80706296--80706491	54	3.6	54	83	1	223	33	23	7	35	1.82
80706307--80706462	53	2.9	54	90	1	251	30	25	7	37	1.82
80706307--80706462	80	1.9	81	90	1	251	30	25	7	37	1.82
80706262--80706608	27	12.9	27	80	4	191	36	23	7	32	1.83
80706423--80706664	54	4.4	54	76	8	195	40	21	7	31	1.80
80706455--80706666	27	7.8	27	76	6	185	41	20	7	30	1.80
80706443--80706703	137	1.9	136	80	8	298	41	20	8	29	1.82
80706657--80706761	27	3.9	27	71	12	81	39	19	19	22	1.93
80707579--80707639	25	2.4	25	91	0	95	22	26	21	29	1.99
80707595--80707666	24	3.0	24	78	13	67	29	20	22	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80707858--80707933	31	2.5	31	97	2	145	28	18	26	26	1.98
80712187--80712220	13	2.6	13	95	0	59	14	20	41	23	1.89
80732735--80732912	40	4.5	40	82	4	182	25	26	20	26	1.99
80734807--80734849	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
80737541--80737897	179	2.0	179	98	0	696	33	21	12	31	1.91
80742222--80742377	68	2.2	68	77	13	149	20	28	16	35	1.94
80745302--80745403	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
80756063--80756220	39	4.0	39	91	0	244	24	19	31	24	1.98
80756075--80756250	39	4.5	40	87	0	169	23	22	31	22	1.98
80764153--80764314	39	4.2	39	90	2	245	23	19	32	24	1.98
80764170--80764344	39	4.5	40	86	2	160	23	22	32	22	1.98
80777576--80777631	28	2.0	29	82	3	69	14	17	44	23	1.85
80784245--80784300	25	2.3	25	87	6	80	55	5	1	37	1.33
80784291--80784331	18	2.3	19	79	12	50	53	2	4	39	1.35
80784263--80784324	25	2.4	26	81	2	63	61	3	3	32	1.28
80784510--80784546	18	2.0	20	89	10	60	35	5	0	59	1.20
80785462--80785518	30	1.9	29	89	10	89	31	3	8	56	1.47
80785641--80785673	11	2.9	12	86	13	52	66	0	0	33	0.92
80791945--80791975	9	3.3	9	95	4	53	80	0	0	19	0.71
80804515--80804581	13	5.1	13	75	10	73	32	7	23	35	1.83
80804523--80804579	27	2.1	28	83	3	71	38	7	22	31	1.81
80808072--80808174	8	11.9	8	77	20	84	71	0	1	25	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80808099--80808199	37	2.8	36	83	5	116	69	1	1	26	1.10
80808069--80808174	53	2.1	50	85	5	140	70	0	1	26	1.03
80808071--80808193	9	13.7	9	74	16	87	69	1	1	26	1.06
80808081--80808172	26	3.5	26	76	18	82	72	1	2	23	1.02
80809944--80810059	51	2.3	51	80	0	133	39	6	12	41	1.68
80814055--80814105	26	2.0	25	88	3	75	31	0	3	64	1.11
80816760--80816931	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
80816753--80816928	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
80823728--80823830	29	3.6	29	87	0	143	25	33	15	26	1.95
80831683--80831785	29	3.6	29	87	0	143	25	33	15	26	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345