genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.25.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8244094--8244184	21	4.3	20	81	10	85	4	45	18	31	1.69
8245890--8245940	25	2.0	25	85	7	68	29	21	19	29	1.98
8245984--8246018	10	3.4	10	92	7	61	34	17	17	31	1.93
8245979--8246018	21	1.9	21	94	0	71	37	17	15	30	1.90
8245978--8246030	21	2.5	20	84	3	70	37	16	13	32	1.88
8246328--8246403	31	2.5	31	88	0	116	30	17	27	25	1.97
8249239--8249422	40	4.6	40	83	6	230	25	23	26	24	2.00
8249239--8249422	80	2.3	80	87	3	255	25	23	26	24	2.00
8249685--8249728	22	2.0	22	82	8	54	31	11	13	43	1.80
8256081--8256245	9	17.9	9	70	17	90	35	2	14	47	1.58
8256118--8256245	18	7.0	18	72	13	100	35	3	14	46	1.61
8256076--8256266	74	2.6	74	92	3	330	35	2	14	47	1.58
8256449--8256643	62	3.2	60	65	20	154	58	3	4	33	1.32
8256454--8256810	119	3.1	118	84	12	510	56	4	4	35	1.39
8256558--8256602	14	3.3	14	96	3	83	64	0	0	35	0.94
8256560--8256610	14	3.9	12	92	5	57	60	1	0	37	1.08
8256389--8256829	104	4.1	105	86	8	607	55	4	5	35	1.41
8256389--8256804	223	1.9	223	92	1	708	56	3	5	34	1.41
8259107--8259147	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
8261426--8261479	16	3.8	16	70	27	57	48	3	9	38	1.53
8261699--8261753	22	2.5	21	80	8	65	30	38	7	23	1.82
8261714--8261779	7	9.1	7	80	6	69	28	36	4	30	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8261825--8261858	15	2.4	14	90	5	50	41	29	2	26	1.70
8261825--8261858	7	4.7	7	85	7	50	41	29	2	26	1.70
8261878--8261917	15	2.7	14	84	7	53	47	35	0	17	1.48
8261875--8261932	22	2.6	22	77	0	62	46	31	0	22	1.52
8261876--8261998	14	8.4	14	70	9	57	47	28	0	24	1.52
8262290--8262486	41	4.8	41	89	0	279	25	21	22	30	1.99
8262549--8262655	39	2.7	38	87	10	142	18	23	23	34	1.96
8264019--8264075	19	2.8	19	75	17	53	54	1	0	43	1.10
8264178--8264216	17	2.4	17	86	4	53	28	0	5	66	1.12
8264907--8264937	15	2.1	15	100	0	62	16	19	32	32	1.94
8266169--8266340	46	3.8	45	79	14	201	20	19	29	29	1.97
8266165--8266332	89	1.9	91	93	2	295	20	20	30	28	1.98
8269243--8269311	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
8269234--8269321	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
8271694--8271868	46	3.8	45	78	11	194	21	20	29	28	1.98
8271690--8271860	92	1.8	93	92	1	290	21	21	29	27	1.98
8274580--8274614	16	2.1	17	94	5	63	25	0	2	71	1.00
8276503--8276624	51	2.4	52	76	8	133	33	18	13	35	1.89
8283731--8283783	14	3.8	14	87	0	70	39	7	18	33	1.79
8284059--8284090	13	2.3	15	89	10	50	68	6	9	15	1.36
8284237--8284288	15	3.2	15	73	19	50	44	0	1	53	1.11
8286619--8286737	46	2.5	47	81	8	118	25	30	16	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8286649--8286757	48	2.3	47	79	14	118	21	30	21	27	1.98
8292246--8292301	28	2.0	28	96	0	103	51	8	14	25	1.70
8304693--8304817	45	2.7	46	78	9	141	30	26	20	23	1.98
8307213--8307274	15	4.1	16	85	8	85	58	14	16	11	1.64
8310223--8310414	46	4.2	47	69	22	131	29	27	20	22	1.99
8313209--8313266	30	2.0	30	93	3	100	25	17	24	32	1.96
8316435--8316468	18	1.9	17	88	5	50	70	0	2	26	1.01
8316721--8316851	19	6.7	21	81	11	77	39	16	7	36	1.77
8316721--8316796	22	3.6	22	73	16	72	42	17	5	35	1.72
8316757--8316866	19	5.9	19	91	6	190	37	15	10	37	1.81
8316986--8317026	21	2.0	21	85	0	55	9	2	14	73	1.19
8317232--8317492	45	5.8	45	73	7	224	26	27	16	29	1.97
8317432--8317881	78	5.8	78	89	2	690	24	24	19	32	1.97
8317432--8317881	155	2.9	156	93	2	744	24	24	19	32	1.97
8317432--8317881	233	1.9	233	89	1	697	24	24	19	32	1.97
8317823--8318410	220	2.7	220	91	1	930	27	21	18	32	1.97
8329916--8329948	16	2.0	17	88	5	50	69	0	0	30	0.88
8330239--8330328	19	4.9	19	86	8	141	36	14	10	38	1.80
8330239--8330328	35	2.4	36	87	9	128	36	14	10	38	1.80
8338279--8338325	6	8.0	6	86	9	62	80	2	0	17	0.80
8338283--8338325	11	3.8	11	85	14	61	81	2	0	16	0.79
8342828--8342964	55	2.5	55	79	2	150	16	24	26	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8343559--8343615	30	1.9	30	88	0	87	38	17	21	22	1.93
8343588--8343790	41	5.0	41	89	1	266	37	24	20	17	1.94
8343808--8343926	54	2.2	55	86	3	170	48	34	0	15	1.52
8346281--8346327	22	2.2	21	84	3	58	36	21	8	34	1.84
8346298--8346393	17	5.2	19	92	7	146	35	15	10	38	1.82
8346693--8346895	66	3.1	65	80	4	219	45	28	0	25	1.60
8346785--8346897	22	5.2	23	69	18	62	46	30	0	23	1.53
8347194--8347261	8	9.1	8	81	12	74	69	1	0	29	0.98
8347187--8347258	7	10.0	7	79	11	83	69	1	0	29	0.97
8351188--8351239	19	2.8	19	81	16	56	23	0	3	73	1.00
8351367--8351469	43	2.4	44	88	1	145	25	23	30	21	1.99
8356353--8356384	5	6.6	5	92	7	57	81	0	0	18	0.70
8356354--8356384	9	3.3	9	95	4	53	80	0	0	19	0.71
8360803--8360834	5	6.6	5	92	7	57	81	0	0	18	0.70
8360804--8360834	9	3.3	9	95	4	53	80	0	0	19	0.71
8362433--8362476	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
8364142--8364195	11	5.3	11	70	17	53	37	11	18	33	1.86
8364131--8364195	20	3.2	20	93	0	112	35	10	20	33	1.87
8364246--8364364	23	5.1	23	94	2	211	26	21	21	30	1.98
8364579--8364642	31	2.1	31	90	0	101	39	15	21	23	1.92
8371097--8371170	3	25.0	3	97	2	141	67	0	0	32	0.91
8378057--8378103	22	2.2	21	84	3	58	36	21	8	34	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8378074--8378152	19	4.2	19	90	9	126	35	16	10	37	1.82
8378074--8378146	36	2.0	38	94	5	132	35	15	10	38	1.82
8378075--8378162	36	2.4	35	85	14	117	35	15	10	38	1.82
8378525--8378739	87	2.4	87	76	15	217	27	20	17	34	1.95
8378476--8379489	220	4.6	220	91	0	1557	27	21	17	32	1.96
8380520--8380584	7	8.9	7	77	15	60	1	13	0	84	0.69
8380527--8380586	18	3.3	18	82	13	79	1	13	0	85	0.69
8382320--8382561	44	5.5	43	68	10	130	28	26	16	29	1.97
8382266--8383172	177	5.2	170	85	5	1156	26	24	17	31	1.97
8384036--8384068	17	1.9	17	93	0	57	18	0	6	75	1.00
8387586--8387637	23	2.2	23	86	6	68	11	3	3	80	0.97
8387586--8387638	24	2.2	25	86	10	74	11	3	3	81	0.96
8387582--8387648	34	2.0	34	85	5	91	8	4	4	82	0.95
8387768--8387805	17	2.3	17	90	4	60	18	0	7	73	1.06
8387771--8387805	18	2.0	17	94	5	61	17	0	8	74	1.06
8390107--8390131	4	6.2	4	100	0	50	76	0	24	0	0.80
8390894--8391004	47	2.4	47	83	6	145	25	16	22	36	1.94
8392986--8393250	46	5.7	45	74	12	180	23	29	19	28	1.98
8392985--8393253	94	2.9	93	77	9	280	23	28	19	28	1.98
8393600--8393656	30	1.9	30	88	0	87	26	28	15	29	1.96
8408829--8409187	47	7.7	47	72	14	260	24	28	18	28	1.98
8408828--8409187	94	3.9	94	79	8	389	24	28	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8408828--8409187	141	2.6	139	80	9	369	24	28	18	28	1.98
8410225--8410391	83	2.0	83	100	0	334	31	16	10	41	1.82
8412177--8412228	25	2.0	26	92	7	88	11	38	23	26	1.89
8413323--8413392	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
8413323--8413404	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
8415561--8415591	16	1.9	16	100	0	62	25	29	32	12	1.93
8415567--8415803	43	5.5	43	90	0	375	30	32	25	12	1.92
8415744--8415867	64	1.9	64	95	0	221	29	31	26	12	1.92
8415875--8415978	38	2.7	38	86	0	136	30	25	22	22	1.99
8424714--8424745	16	2.0	16	100	0	64	50	12	0	37	1.41

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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