genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.105.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28297047--28297108	30	2.1	30	82	8	74	51	9	8	30	1.63
28303773--28303847	3	26.3	3	74	17	54	22	1	4	72	1.10
28303767--28303844	11	7.2	11	80	8	88	23	1	3	71	1.09
28304057--28304091	12	2.9	12	91	0	52	68	0	0	31	0.90
28313182--28313221	3	13.3	3	94	0	71	32	0	35	32	1.58
28315326--28315370	14	3.1	14	78	6	54	44	0	0	55	0.99
28316019--28316044	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
28316750--28316791	21	2.0	21	81	9	50	35	0	2	61	1.09
28321880--28321919	2	20.5	2	94	5	73	50	0	0	50	1.00
28327071--28327113	17	2.5	17	85	7	52	65	0	2	32	1.06
28331854--28331957	48	2.1	49	80	15	126	29	34	15	20	1.93
28333357--28333398	11	3.8	11	81	9	50	33	0	23	42	1.55
28334019--28334065	16	2.9	16	80	3	58	38	2	2	57	1.23
28334019--28334065	19	2.4	21	76	20	57	38	2	2	57	1.23
28334072--28334097	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
28335219--28335305	44	2.0	44	83	0	111	24	18	24	33	1.97
28336824--28336862	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
28337297--28337338	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
28337414--28337446	17	1.9	17	93	0	57	75	0	24	0	0.80
28337415--28337449	13	2.8	13	91	4	54	74	0	25	0	0.82
28338101--28338181	27	3.0	27	74	13	78	35	1	25	37	1.64
28338181--28338226	23	1.9	25	83	16	62	54	4	10	30	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28338853--28338932	40	2.0	40	100	0	160	40	5	22	32	1.76
28345456--28345481	6	4.3	6	100	0	52	46	15	19	19	1.85
28346390--28346433	21	2.1	21	83	8	54	13	11	0	75	1.06
28346635--28346672	19	2.0	20	89	5	60	44	13	2	39	1.57
28353618--28353661	21	2.1	21	83	8	54	13	11	0	75	1.06
28353652--28353717	13	5.8	11	77	16	64	37	1	1	59	1.16
28353644--28353718	29	2.6	29	80	6	80	36	2	1	60	1.20
28353652--28353712	3	21.3	3	73	21	51	36	1	1	60	1.16
28354516--28354676	43	3.7	43	76	14	170	29	27	18	24	1.98
28361056--28361091	18	2.1	17	89	5	54	5	19	0	75	1.00
28361402--28361430	12	2.4	12	100	0	58	34	0	0	65	0.93
28361863--28361933	24	3.0	24	72	13	67	52	1	2	43	1.24
28361898--28361943	24	2.0	23	91	8	76	56	0	0	43	0.99
28361940--28361966	13	2.1	13	100	0	54	70	7	0	22	1.12
28365548--28365573	9	2.9	9	100	0	52	57	0	7	34	1.27
28367212--28367830	44	13.7	44	72	10	304	29	21	16	31	1.96
28367212--28367830	89	6.9	88	72	8	350	29	21	16	31	1.96
28367212--28367507	133	2.2	132	80	3	299	30	23	16	29	1.96
28369090--28369134	18	2.5	18	88	0	63	33	17	15	33	1.92
28370951--28371124	96	1.8	96	83	0	231	28	18	18	33	1.96
28371176--28371354	96	1.9	96	82	6	229	32	20	13	33	1.92
28371035--28371399	44	8.1	44	75	8	311	30	20	16	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28379084--28379141	29	2.0	29	89	0	89	20	37	10	31	1.86
28380944--28381005	31	2.0	31	81	12	74	59	4	8	27	1.46
28386067--28386153	43	2.0	43	100	0	174	20	6	12	59	1.56
28392036--28392096	30	2.0	30	100	0	122	52	9	6	31	1.60
28394829--28394872	20	2.1	20	83	8	52	72	2	13	11	1.21
28396432--28396463	16	2.0	16	93	0	55	71	0	0	28	0.86
28396980--28397016	4	9.2	4	100	0	74	51	24	0	24	1.49
28407740--28407770	16	1.9	16	100	0	62	41	0	12	45	1.42
28409546--28409587	16	2.5	17	88	3	59	47	2	0	50	1.14
28413249--28413315	34	2.0	34	100	0	134	14	11	17	55	1.69
28415503--28415539	19	1.9	19	89	10	58	75	0	8	16	1.02
28415737--28415790	22	2.3	23	81	12	65	62	1	5	29	1.28
28417585--28417696	56	2.0	56	92	0	188	17	17	25	39	1.92
28418383--28418430	21	2.2	23	78	17	66	47	0	16	35	1.47
28419559--28419613	25	2.3	23	78	12	58	43	3	16	36	1.65
28419639--28419807	76	2.2	73	78	9	167	57	4	6	31	1.43
28419679--28419885	23	8.6	25	70	14	105	56	4	6	32	1.44
28419687--28419792	25	4.0	28	68	20	77	59	4	6	29	1.43
28420162--28420200	16	2.4	16	86	0	51	43	28	5	23	1.75
28420356--28420453	30	3.3	30	97	0	178	18	6	51	24	1.69
28420390--28420443	18	3.3	18	66	28	57	20	7	50	22	1.73
28421144--28421654	91	5.7	89	80	11	426	35	18	17	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28421479--28421511	14	2.4	14	94	0	57	63	6	12	18	1.48
28421134--28422046	147	5.5	172	78	12	642	35	18	16	28	1.93
28421588--28422183	73	8.2	73	82	9	668	33	19	15	30	1.94
28421582--28422178	147	4.1	143	87	6	706	33	19	16	30	1.94
28422352--28422396	13	3.4	13	87	6	72	68	6	11	13	1.37
28422174--28422540	100	3.8	101	86	6	453	38	19	17	24	1.93
28422365--28422540	90	2.0	87	87	3	253	36	21	18	23	1.95
28433480--28433561	26	3.2	25	66	11	67	52	6	12	29	1.62
28433577--28433631	25	2.3	23	78	12	58	43	3	16	36	1.65
28433704--28433809	25	4.0	28	70	20	86	58	4	6	30	1.44
28433701--28433905	23	8.4	25	70	12	104	56	4	6	33	1.45
28434188--28434226	16	2.4	16	91	0	60	43	25	5	25	1.75
28434386--28434483	30	3.3	30	91	0	160	19	5	50	25	1.68
28434420--28434474	18	3.4	18	67	27	59	21	5	47	25	1.72
28435106--28435293	33	5.8	32	78	6	135	34	10	22	32	1.88
28435106--28435225	33	3.7	33	83	6	138	36	10	21	31	1.87
28435211--28435325	33	3.5	33	80	5	126	33	13	23	28	1.93
28441061--28441163	44	2.3	45	83	3	118	31	21	13	33	1.92
28451080--28451229	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
28451104--28451287	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
28452372--28452404	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
28453234--28453336	44	2.3	45	83	3	118	32	22	12	33	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28455713--28455800	21	4.1	22	77	10	92	35	26	23	14	1.94
28455718--28455799	44	1.9	41	82	7	101	32	28	24	14	1.94
28455991--28456085	28	3.6	24	81	13	93	46	33	4	15	1.66
28456005--28456088	28	3.0	28	91	1	132	46	30	3	19	1.66
28458463--28458492	8	3.8	8	100	0	60	26	20	0	53	1.46
28459373--28459410	18	2.1	18	85	0	58	39	2	0	57	1.12
28459416--28459453	18	2.1	19	85	5	51	71	5	0	23	1.07
28459534--28459594	13	4.7	13	77	0	59	31	4	27	36	1.78
28466121--28466205	42	2.0	42	93	4	145	40	5	21	32	1.77
28471989--28472037	24	2.0	24	84	0	62	30	0	2	67	1.02
28483892--28483937	14	3.2	14	77	17	58	30	4	0	65	1.12
28483892--28483937	15	3.3	13	80	14	56	30	4	0	65	1.12
28494824--28494883	6	10.8	6	78	10	58	18	1	1	78	0.92
28494826--28494871	15	3.3	15	80	19	55	17	0	2	80	0.81
28494833--28494882	16	3.2	14	83	16	55	18	2	2	78	0.95
28494826--28494893	27	2.5	26	83	11	75	17	2	1	77	0.96
28494861--28494893	11	2.8	12	86	13	50	18	6	0	75	1.00
28495999--28496039	21	2.0	21	100	0	82	14	14	12	58	1.63
28496431--28496460	15	2.0	15	93	0	51	50	0	10	40	1.36
28497828--28497864	18	2.1	18	90	10	58	35	8	2	54	1.44
28498433--28498581	73	2.0	73	100	0	298	34	10	16	38	1.82
28508614--28508650	18	2.1	18	100	0	74	40	16	16	27	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28513588--28513624	18	1.9	18	89	10	56	54	5	2	37	1.38
28520687--28520788	53	1.9	53	86	4	143	27	16	26	29	1.97
28520741--28520846	47	2.2	47	88	5	151	26	13	26	33	1.93
28531864--28531918	27	2.0	29	86	13	80	40	7	3	49	1.48
28531953--28532012	31	2.0	31	83	9	79	38	11	13	36	1.81
28534551--28534584	3	11.3	3	100	0	68	64	0	35	0	0.94
28537328--28537374	15	3.2	15	75	6	60	55	4	8	31	1.49
28537552--28537589	5	7.4	5	94	5	67	57	0	0	42	0.98
28540092--28540123	12	2.7	12	90	0	55	65	0	0	34	0.93
28542439--28542478	20	2.0	20	85	4	55	60	5	17	17	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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