genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.98.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26553690--26553792	44	2.3	45	84	3	127	30	21	13	34	1.92
26553712--26553797	46	1.9	44	90	4	136	29	23	13	33	1.93
26555446--26555514	21	3.3	21	89	0	102	20	37	28	13	1.90
26559024--26559127	51	2.0	51	98	0	199	39	12	14	33	1.84
26561032--26561177	71	2.0	72	94	1	258	40	17	17	23	1.91
26562877--26562954	39	2.0	39	100	0	156	51	7	12	28	1.67
26565205--26565252	26	1.9	24	87	8	69	64	6	0	29	1.18
26570913--26570951	17	2.3	17	95	0	69	61	2	5	30	1.31
26584440--26584469	13	2.3	13	94	0	51	23	13	16	46	1.82
26585144--26585192	20	2.4	21	86	10	66	46	0	2	51	1.12
26586104--26586144	21	2.0	21	100	0	82	39	4	51	4	1.45
26590656--26590742	42	2.1	42	100	0	174	29	8	16	45	1.75
26591230--26591274	24	1.9	23	86	4	63	31	4	6	57	1.44
26592453--26592500	23	2.1	22	81	11	53	10	12	10	66	1.44
26599756--26599900	63	2.3	63	78	7	159	33	31	8	27	1.86
26601454--26601568	43	2.7	43	78	9	126	26	18	24	30	1.98
26602084--26602129	23	2.0	24	86	4	67	17	2	28	52	1.56
26612010--26612060	22	2.4	21	76	20	52	68	3	1	25	1.17
26612039--26612107	25	2.8	26	86	6	90	63	0	0	36	0.94
26615186--26615240	28	1.9	29	85	3	76	12	27	21	38	1.90
26615188--26615264	29	2.7	29	79	2	75	14	25	22	37	1.92
26619080--26619142	31	2.0	31	96	0	117	33	20	11	34	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26622466--26622501	13	2.8	14	84	16	51	27	25	0	47	1.52
26622453--26622493	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
26622655--26622743	21	4.1	21	81	5	97	39	24	20	15	1.91
26622655--26622743	44	2.1	42	85	4	115	39	24	20	15	1.91
26623112--26623169	15	3.8	15	88	2	89	51	12	0	36	1.39
26627398--26627679	51	5.8	51	71	12	232	28	16	17	36	1.92
26627398--26627921	96	5.5	95	77	8	483	28	19	16	35	1.94
26627403--26628452	89	11.4	95	74	11	566	30	19	15	34	1.93
26627549--26628491	44	20.7	45	71	9	297	30	20	15	34	1.93
26627877--26628496	44	13.9	44	75	7	394	31	20	14	34	1.92
26627879--26628356	132	3.6	133	79	3	480	32	19	13	34	1.90
26627877--26628356	221	2.2	221	84	3	617	32	19	13	34	1.90
26628258--26628547	139	2.1	138	82	1	355	28	20	16	34	1.95
26633944--26633978	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
26637602--26637643	4	10.8	4	79	5	50	71	0	7	21	1.09
26639757--26639793	4	9.5	4	88	5	58	48	2	0	48	1.15
26641454--26641551	42	2.3	42	75	6	101	18	24	15	41	1.89
26644740--26644783	20	2.1	21	88	12	65	59	6	2	31	1.36
26646401--26646460	31	1.9	31	86	0	84	25	6	13	55	1.62
26655324--26655976	328	2.0	321	93	2	1117	36	17	16	29	1.92
26664123--26664170	25	1.9	25	82	0	60	35	22	16	25	1.95
26664207--26664273	20	3.3	20	87	0	98	32	10	22	34	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26664322--26664428	24	4.4	24	90	4	171	30	19	21	28	1.98
26664636--26664699	31	2.1	31	93	0	110	37	15	23	23	1.93
26666475--26666558	6	13.5	6	78	12	80	75	3	4	16	1.12
26668090--26668142	19	3.1	16	81	13	52	73	3	1	20	1.08
26672868--26672912	22	2.0	22	82	0	54	2	40	0	57	1.11
26673223--26673267	11	4.1	11	82	0	54	35	0	4	60	1.17
26683612--26683861	86	2.9	87	78	9	225	29	14	20	36	1.92
26683700--26684004	71	4.1	73	84	9	388	31	15	19	33	1.93
26683950--26684066	58	2.0	59	89	1	182	25	18	24	30	1.98
26689359--26689609	86	2.9	87	78	9	225	29	14	19	35	1.92
26689544--26689753	71	2.9	73	92	2	343	30	16	21	30	1.96
26689699--26689816	58	2.0	60	88	3	177	26	18	24	30	1.98
26689908--26689944	17	2.2	17	100	0	74	32	29	16	21	1.95
26695051--26695445	86	4.8	84	77	12	288	29	15	21	33	1.94
26695307--26696780	72	19.5	71	75	14	761	30	16	20	32	1.95
26695307--26695516	71	2.9	73	92	2	343	30	16	21	30	1.96
26695462--26695578	58	2.0	59	89	1	182	25	18	24	30	1.98
26696064--26696780	151	4.8	148	87	5	948	30	16	20	32	1.95
26696043--26696780	72	9.8	76	89	5	865	30	16	19	32	1.94
26697513--26697565	22	2.4	22	93	0	97	45	30	3	20	1.69
26697570--26697629	17	3.5	17	67	13	50	75	16	5	3	1.12
26698448--26698492	11	4.1	11	82	0	54	35	0	4	60	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26698448--26698606	24	7.0	24	68	21	67	35	5	4	54	1.42
26698811--26698836	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
26702621--26702683	29	2.2	30	77	13	69	9	12	3	74	1.17
26703618--26703681	26	2.4	25	80	10	65	35	4	3	56	1.36
26703941--26704034	25	3.9	23	79	8	107	28	4	5	61	1.37
26703942--26704081	49	2.9	47	82	10	144	27	7	5	60	1.44
26704082--26704131	25	2.0	25	88	7	75	24	4	14	58	1.53
26713380--26713424	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
26713788--26713827	21	1.9	21	84	0	53	75	0	5	20	0.99
26740583--26740785	31	6.5	31	88	0	280	31	23	15	30	1.95
26740991--26741098	25	4.4	24	88	4	119	25	23	23	27	2.00
26741004--26741097	25	3.8	25	92	1	154	25	23	25	25	2.00
26741128--26741158	16	1.9	16	93	0	53	35	16	19	29	1.93
26741889--26741971	27	3.1	26	89	3	121	20	24	22	32	1.98
26742010--26742342	27	12.3	27	78	5	208	30	8	20	40	1.82
26742095--26742301	81	2.6	79	82	7	229	28	8	21	42	1.81
26742121--26742328	80	2.6	81	83	3	233	28	7	21	41	1.81
26742012--26742488	54	8.8	54	74	6	205	33	7	19	38	1.81
26742294--26742450	27	5.8	27	81	3	154	42	6	18	33	1.76
26742279--26742488	81	2.6	81	71	0	195	38	6	19	35	1.78
26746110--26746290	46	3.9	46	80	9	224	20	22	29	27	1.99
26746112--26746282	93	1.8	93	94	0	306	20	22	29	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26758166--26758209	19	2.2	19	84	8	52	25	4	11	59	1.51
26762901--26762933	2	16.5	2	93	0	57	51	0	0	48	1.00
26765014--26765058	23	1.9	24	86	13	67	44	11	13	31	1.78
26768012--26768053	21	2.0	21	85	0	57	38	0	19	42	1.51
26768413--26768481	25	2.8	25	84	0	84	20	26	18	34	1.96
26768449--26768558	50	2.2	50	82	8	125	27	24	18	30	1.98
26780344--26780388	23	2.0	22	83	12	56	42	6	13	37	1.70
26780540--26780611	3	24.0	3	100	0	144	33	0	0	66	0.92
26781969--26781995	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
26789415--26789486	35	2.1	35	97	0	135	40	5	23	30	1.77
26795078--26795164	25	3.5	25	79	6	88	20	25	14	39	1.91
26795094--26795186	25	3.7	25	79	2	71	21	26	18	33	1.96
26795170--26795242	25	3.0	25	80	6	87	26	32	15	26	1.95
26795177--26795255	25	3.2	25	78	7	81	22	30	18	27	1.98
26798272--26798410	40	3.5	40	82	4	140	25	29	21	23	1.99
26798279--26798463	79	2.3	81	83	7	227	25	28	22	23	1.99
26803560--26803619	30	2.0	30	86	0	84	31	23	8	36	1.84
26807815--26807843	14	2.1	14	100	0	58	72	0	0	27	0.85
26811594--26811640	20	2.3	21	85	10	62	57	0	0	42	0.98
26811716--26811762	24	2.0	23	83	8	58	61	8	4	25	1.43
26813367--26813531	88	1.9	88	93	0	285	38	10	20	30	1.86
26815166--26815262	49	2.0	49	87	0	140	47	7	14	30	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26817899--26817934	14	2.6	14	86	0	54	61	11	8	19	1.54
26818847--26818875	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
26823710--26823768	29	2.0	29	83	0	73	57	11	8	22	1.61
26824863--26824902	21	1.9	21	89	0	62	85	10	2	2	0.80
26832796--26832907	53	2.1	54	88	1	163	49	17	25	8	1.74
26833739--26833904	88	1.9	88	88	0	251	31	21	24	22	1.98
26833732--26833929	88	2.2	88	81	2	245	31	21	21	24	1.98
26833978--26834096	46	2.6	45	85	5	143	28	22	23	25	1.99
26834081--26834110	14	2.1	14	93	0	51	26	13	40	20	1.89
26834856--26834895	20	2.1	19	85	4	53	15	7	7	70	1.33

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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