genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.183.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52015125--52015198	37	2.0	37	100	0	148	40	13	2	43	1.58
52016460--52016518	26	2.3	26	85	5	84	35	15	25	23	1.94
52019780--52019942	85	1.9	85	83	5	213	25	18	26	30	1.98
52022731--52022916	40	4.7	40	89	2	250	25	21	27	25	1.99
52037057--52037198	40	3.6	39	81	1	140	26	23	27	22	2.00
52045135--52045318	40	4.6	39	77	6	147	28	23	26	22	1.99
52053001--52053187	40	4.7	40	79	4	162	29	23	24	21	1.99
52053001--52053154	80	1.9	80	83	0	200	29	22	25	22	1.99
52058441--52058487	22	2.1	22	84	7	60	46	6	10	36	1.64
52059574--52059631	15	3.9	15	77	8	57	39	8	0	51	1.33
52064396--52064432	14	2.5	15	87	12	51	67	5	0	27	1.12
52066810--52067094	71	4.0	69	80	4	250	25	20	22	31	1.98
52066894--52067330	71	6.2	71	78	6	307	24	19	21	34	1.96
52067138--52067302	67	2.4	69	83	4	199	24	19	24	32	1.98
52068299--52068336	16	2.4	16	95	0	67	23	21	26	28	1.99
52071373--52071535	39	4.2	39	91	0	236	25	31	19	22	1.98
52084021--52084067	15	3.1	15	93	0	85	31	21	12	34	1.91
52084354--52084380	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
52086350--52086387	20	1.9	20	88	0	58	10	34	31	23	1.89
52091402--52091592	40	4.8	39	78	7	172	23	28	24	24	1.99
52091442--52091592	78	1.9	80	85	5	209	23	28	23	25	1.99
52106726--52106804	29	2.7	29	80	5	88	27	30	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52113940--52114002	32	2.0	32	100	0	126	25	17	12	44	1.84
52118374--52118515	40	3.6	39	81	10	155	26	21	26	26	1.99
52133183--52133216	17	2.0	17	100	0	68	35	17	5	41	1.74
52136482--52136524	5	8.4	5	80	14	52	79	0	13	6	0.93
52138885--52139035	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
52138922--52139051	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
52146882--52147032	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
52146919--52147048	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
52158407--52158647	47	5.1	47	90	3	349	34	12	27	25	1.91
52158407--52158613	96	2.2	94	92	1	342	34	12	28	24	1.92
52158483--52158604	22	5.3	22	65	30	67	34	13	27	24	1.93
52160474--52160588	40	2.9	40	73	8	101	31	26	17	24	1.97
52162879--52162976	41	2.4	41	96	0	178	27	28	20	23	1.99
52163128--52163167	18	2.2	18	95	0	71	27	17	15	40	1.89
52164639--52164705	27	2.5	27	87	0	89	40	13	14	31	1.85
52165059--52165118	22	2.7	22	78	0	66	25	25	18	31	1.97
52166691--52166715	13	1.9	13	100	0	50	32	0	4	64	1.12
52167394--52167508	45	2.5	46	83	8	135	24	20	13	41	1.88
52167408--52167515	47	2.4	45	84	6	119	23	20	13	42	1.88
52171173--52171226	27	2.0	27	85	0	72	44	7	9	38	1.65
52171473--52171705	49	4.7	50	79	2	254	25	18	26	29	1.98
52171482--52171705	101	2.2	100	83	3	274	25	18	26	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52171473--52171751	150	1.9	150	83	4	366	26	18	25	29	1.98
52175302--52175340	19	2.1	19	100	0	78	53	15	5	25	1.62
52182110--52182241	29	4.6	29	88	0	165	29	15	31	24	1.95
52189926--52190057	29	4.6	29	88	0	165	29	15	31	24	1.95
52192813--52192964	27	5.6	27	83	3	207	30	18	8	42	1.80
52192814--52192965	54	2.8	53	89	5	234	30	17	8	42	1.79
52192813--52192962	81	1.9	81	89	0	237	30	18	8	42	1.80
52192814--52193028	54	4.0	54	85	3	227	34	19	7	38	1.81
52192794--52193006	81	2.6	81	77	7	216	34	19	7	38	1.81
52192956--52193162	80	2.6	81	82	3	231	40	21	9	28	1.84
52192956--52193266	54	5.7	53	78	6	205	40	19	9	30	1.83
52192983--52193167	81	2.3	81	82	6	216	39	21	9	29	1.85
52192915--52193251	27	12.4	27	78	7	184	38	20	9	32	1.84
52194136--52194287	26	5.9	26	92	0	254	26	21	23	28	1.99
52194505--52194575	31	2.3	31	92	0	124	29	16	25	28	1.97
52197781--52197986	40	5.2	40	94	1	344	27	26	22	23	2.00
52199365--52199390	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
52208880--52208919	16	2.5	16	84	11	55	7	0	10	82	0.84
52210845--52211065	40	5.6	40	92	1	356	27	25	23	23	2.00
52212424--52212449	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
52217709--52217891	40	4.6	40	91	2	280	26	26	22	24	2.00
52219419--52219610	40	4.8	39	75	10	140	22	26	23	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52219419--52219610	80	2.4	79	82	3	215	22	26	23	26	2.00
52227441--52227633	40	4.8	39	76	9	140	22	26	24	26	2.00
52227441--52227633	80	2.4	80	82	2	217	22	26	24	26	2.00
52227483--52227634	40	3.8	39	82	4	160	24	26	23	25	2.00
52230698--52230779	43	1.9	43	92	0	137	20	21	30	26	1.98
52235062--52235161	39	2.6	39	88	3	148	24	23	26	27	2.00
52238918--52239020	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
52241261--52241412	40	3.8	40	81	4	180	25	24	26	23	2.00
52241262--52241412	80	1.9	81	84	4	207	25	24	26	23	2.00
52241262--52241454	40	4.8	39	76	9	147	27	24	25	22	2.00
52241296--52241454	80	2.0	80	80	2	176	29	24	23	22	1.99
52248733--52248791	28	2.1	28	100	0	118	16	10	23	49	1.77
52253407--52253443	19	1.9	19	88	0	56	21	16	43	18	1.88
52253430--52253486	22	2.6	22	97	0	105	10	31	29	28	1.90
52265446--52265529	29	2.9	29	98	0	159	33	14	25	27	1.94
52265439--52265573	58	2.3	58	82	6	159	28	15	30	25	1.96
52270360--52270417	29	2.0	29	96	0	107	15	24	36	24	1.94
52270976--52271034	28	2.1	27	90	3	91	28	23	27	20	1.99
52270978--52271052	28	2.5	29	78	12	80	28	20	28	24	1.99
52271878--52271963	43	2.0	43	86	0	118	27	31	18	22	1.97
52274627--52274813	96	1.9	97	88	8	281	24	31	19	25	1.98
52274627--52274941	46	6.7	46	75	14	183	24	29	19	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52274627--52274849	96	2.3	96	83	11	266	23	30	19	26	1.98
52278905--52278962	15	3.9	15	74	0	53	58	12	17	12	1.63
52280170--52280241	36	2.0	36	94	0	126	27	26	12	33	1.92
52282766--52282923	43	3.7	43	83	2	194	32	27	17	22	1.96
52286863--52287094	49	4.7	49	83	5	286	29	27	18	24	1.98
52286863--52287093	100	2.3	99	85	4	295	29	27	18	24	1.98
52292754--52292973	79	2.8	78	82	7	232	25	24	27	23	2.00
52292754--52292973	40	5.6	38	79	10	194	25	24	27	23	2.00
52294093--52294127	13	2.6	13	90	4	52	60	2	8	28	1.41
52300547--52300767	40	5.6	41	78	12	214	24	23	27	23	2.00
52300547--52300731	80	2.3	82	85	8	238	24	24	28	22	1.99
52308359--52308579	40	5.6	41	78	12	214	24	24	27	23	2.00
52308359--52308550	80	2.4	82	83	10	238	23	25	28	22	1.99
52322312--52322381	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
52322312--52322393	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
52331390--52331697	40	7.6	39	85	8	393	26	28	22	22	1.99
52331390--52331697	83	3.8	81	92	3	478	26	28	22	22	1.99
52331390--52331697	123	2.5	120	85	7	408	26	28	22	22	1.99
52333237--52333327	46	2.0	46	91	0	146	27	30	7	34	1.85
52333301--52333639	47	7.1	48	89	4	472	25	27	12	34	1.91
52333343--52333639	47	6.2	47	92	3	477	24	27	12	35	1.92
52333346--52333639	96	3.1	95	95	1	500	25	27	12	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52333343--52333639	143	2.1	142	96	2	551	24	27	12	35	1.92
52337495--52337584	28	3.2	27	73	7	81	28	28	18	23	1.98
52337494--52337616	57	2.2	57	85	4	169	28	29	19	22	1.98
52337644--52337937	40	7.4	40	96	0	527	26	28	21	23	1.99
52337644--52337937	159	1.8	160	96	0	545	26	28	21	23	1.99
52339642--52339732	46	2.0	46	91	0	146	27	30	7	34	1.85
52339706--52339948	47	5.1	48	86	4	305	26	27	11	34	1.90
52339706--52339948	96	2.5	96	85	5	289	26	27	11	34	1.90
52339771--52339851	25	3.4	25	70	16	89	28	22	11	38	1.88
52339867--52339946	25	3.2	25	65	31	64	30	28	10	31	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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