genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.204.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   

This is table  204  of  345  ( 41379 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58677519--58677545	4	6.8	4	100	0	54	51	0	0	48	1.00
58679187--58679394	96	2.2	96	83	3	249	30	21	16	30	1.96
58679403--58679681	89	3.1	89	73	8	287	27	23	17	31	1.97
58679314--58679708	89	4.4	88	72	8	268	26	23	19	31	1.98
58679314--58679710	178	2.2	178	89	0	614	26	22	19	31	1.98
58680060--58680207	46	3.2	46	86	1	199	24	27	14	33	1.95
58680603--58680705	53	1.9	53	94	0	179	48	4	21	25	1.70
58687225--58687398	33	5.3	32	81	3	177	33	12	22	31	1.91
58687222--58687398	65	2.7	65	79	0	192	34	12	22	31	1.91
58687222--58687429	33	6.4	33	79	4	143	35	13	22	29	1.92
58689952--58689991	20	2.0	20	95	0	71	40	22	15	22	1.91
58693981--58694028	21	2.2	21	82	14	62	50	0	14	35	1.44
58694730--58694957	33	7.0	33	81	3	192	35	13	22	28	1.92
58694715--58694888	65	2.7	64	75	9	181	36	10	21	31	1.88
58694730--58694921	98	2.0	98	80	4	217	34	12	22	30	1.91
58696513--58696539	4	6.8	4	100	0	54	51	0	0	48	1.00
58700157--58700279	48	2.6	46	85	11	151	34	8	5	51	1.57
58701886--58701929	18	2.4	18	92	0	70	20	27	9	43	1.82
58702405--58702450	20	2.4	20	89	7	69	36	17	6	39	1.76
58705440--58705821	126	3.0	126	92	1	622	25	20	20	34	1.96
58707263--58707322	25	2.4	25	85	0	84	20	25	25	30	1.99
58707388--58707434	10	4.7	10	94	5	78	31	19	10	38	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58707368--58707434	21	3.3	21	87	4	84	31	19	10	38	1.85
58714370--58714406	10	3.7	10	92	7	58	32	18	10	37	1.86
58714336--58714400	21	3.0	21	81	2	67	32	16	12	38	1.86
58722288--58722371	25	3.4	24	78	4	78	23	17	21	36	1.94
58722300--58722372	25	2.9	25	83	0	92	23	16	24	35	1.95
58722449--58722484	10	3.7	10	88	3	56	33	16	11	38	1.84
58722418--58722483	21	3.2	21	81	8	66	25	18	13	42	1.87
58726775--58726873	28	3.5	28	87	4	119	27	15	27	30	1.96
58734746--58734844	28	3.5	28	87	4	119	27	15	27	30	1.96
58736822--58736922	49	2.1	49	98	0	193	37	8	10	42	1.71
58740243--58740288	23	2.0	22	83	12	56	32	2	10	54	1.47
58743473--58743517	23	2.0	23	86	0	63	68	0	26	4	1.08
58745594--58745923	27	12.2	27	84	1	320	25	13	20	41	1.88
58746338--58746529	80	2.4	81	83	5	219	41	18	17	22	1.90
58746338--58746555	41	5.4	41	79	7	214	40	19	16	22	1.91
58746338--58746555	121	1.8	121	80	9	266	40	19	16	22	1.91
58747065--58747166	21	4.7	22	68	17	61	44	31	2	21	1.67
58747067--58747291	103	2.2	103	90	2	344	44	28	3	24	1.70
58747067--58747328	103	2.5	102	86	4	314	44	28	3	24	1.69
58747321--58747358	15	2.6	15	91	4	60	50	23	2	23	1.62
58748437--58748488	19	2.7	20	84	6	70	26	38	1	32	1.68
58748511--58748547	19	1.9	19	100	0	74	27	24	27	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58751317--58751483	9	19.0	9	71	14	64	46	17	1	34	1.57
58751325--58751468	43	3.5	43	80	12	167	47	17	0	34	1.53
58751300--58751432	43	2.7	50	78	18	172	48	15	0	36	1.46
58751339--58751466	36	3.4	36	75	17	118	47	17	0	34	1.53
58753307--58753474	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
58761308--58761475	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
58767820--58767848	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
58768254--58768329	21	3.6	21	83	0	89	31	17	47	3	1.66
58768585--58768650	31	2.1	31	94	0	114	15	10	22	51	1.73
58771581--58771683	29	3.6	29	90	0	152	27	15	33	24	1.95
58771577--58771703	58	2.2	58	80	1	148	27	15	33	23	1.95
58775425--58775630	102	2.0	103	99	0	405	36	16	17	28	1.92
58778878--58778941	26	2.4	26	79	10	67	34	23	12	29	1.92
58778894--58778943	26	1.9	26	88	8	75	36	22	12	30	1.90
58781709--58781769	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
58783890--58783925	13	2.8	13	100	0	72	16	5	16	61	1.53
58784877--58785148	39	7.0	39	90	0	418	23	25	27	23	2.00
58790931--58791035	27	3.9	26	82	7	111	19	25	20	35	1.95
58790933--58791035	54	1.9	54	84	4	136	19	25	20	34	1.96
58794363--58794504	40	3.5	40	91	1	214	27	25	19	27	1.99
58795856--58795997	40	3.5	40	91	1	214	27	25	19	27	1.99
58797893--58797978	37	2.3	37	97	0	163	23	33	19	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58798027--58798246	48	4.6	48	92	0	341	29	27	8	34	1.87
58798224--58798481	47	5.6	47	95	3	438	30	29	8	31	1.87
58801948--58802339	40	9.8	40	92	1	617	25	27	20	26	1.99
58804236--58804321	37	2.3	37	97	0	163	23	33	19	23	1.97
58804370--58804589	48	4.6	48	91	2	334	30	27	8	34	1.86
58804567--58804736	47	3.6	47	97	0	304	29	30	8	31	1.88
58804370--58804730	96	3.8	93	81	7	327	29	28	8	32	1.86
58804370--58804636	144	1.9	143	84	5	351	29	28	8	33	1.86
58812678--58812725	25	1.9	25	82	0	60	37	14	31	16	1.89
58813272--58813666	27	14.6	27	86	0	495	40	20	7	31	1.81
58813272--58813666	54	7.3	54	90	0	583	40	20	7	31	1.81
58813272--58813722	108	4.2	108	86	3	550	39	21	8	31	1.82
58813272--58813727	27	16.9	26	78	7	365	39	20	8	31	1.82
58813650--58813775	27	4.7	27	76	9	87	37	23	8	30	1.85
58813766--58814004	27	8.9	27	83	4	250	36	17	20	25	1.94
58813794--58814004	81	2.6	81	88	0	289	36	17	20	25	1.94
58814424--58814622	6	32.3	6	75	16	167	19	17	14	49	1.79
58814427--58814559	25	5.6	25	81	12	163	19	18	14	47	1.83
58814446--58814599	37	4.3	37	80	12	187	19	18	14	48	1.82
58814424--58814571	68	2.2	68	96	0	269	19	17	14	48	1.81
58814424--58814599	68	2.6	67	90	5	239	19	18	14	48	1.81
58816326--58816390	32	2.0	33	87	3	96	26	23	21	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58816354--58816418	28	2.4	28	84	2	78	29	26	21	23	1.99
58816866--58816954	27	3.3	27	87	3	108	30	12	16	40	1.86
58816879--58816989	27	4.1	27	83	8	111	29	9	20	39	1.85
58820930--58821206	48	5.8	48	73	11	219	26	19	25	29	1.98
58828929--58829037	24	4.6	23	85	7	137	33	23	17	24	1.96
58828929--58829037	48	2.3	48	91	3	175	33	23	17	24	1.96
58836934--58837001	28	2.5	28	90	4	104	30	25	14	29	1.95
58839678--58839764	24	3.6	24	90	0	147	36	24	16	22	1.94
58847564--58847597	17	1.9	18	94	5	61	41	5	14	38	1.70
58847584--58847635	19	2.7	19	88	11	88	48	13	9	28	1.74
58851967--58852015	17	2.7	18	76	23	50	55	18	0	26	1.43
58852219--58852252	17	1.9	18	94	5	61	41	5	14	38	1.70
58852239--58852290	19	2.7	19	90	0	86	51	11	9	26	1.68
58855920--58856023	48	2.2	48	89	0	154	25	15	27	31	1.95
58856032--58856132	48	2.1	48	92	0	166	20	16	31	30	1.95
58859389--58859427	18	2.0	20	85	14	55	48	5	15	30	1.66
58861432--58861466	7	5.0	7	92	0	61	42	40	0	17	1.49
58865035--58865147	27	4.1	27	81	8	122	18	23	22	36	1.95
58872696--58872795	28	3.6	28	81	6	114	18	24	23	35	1.96
58872696--58872808	27	4.2	26	83	8	127	17	23	22	37	1.94
58872697--58872801	55	1.9	54	86	5	149	18	22	21	37	1.94
58874012--58874339	167	2.0	167	90	1	523	19	23	23	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58880976--58881111	46	3.0	46	100	0	272	33	6	27	32	1.83
58880976--58881141	46	3.6	46	94	1	224	33	7	28	31	1.84
58881115--58881225	47	2.4	47	89	3	161	36	9	27	27	1.87
58883782--58884084	40	7.6	40	92	0	473	25	22	27	25	2.00
58883782--58884100	120	2.7	120	92	0	523	25	22	27	25	2.00
58886774--58886849	22	3.3	22	67	16	64	30	10	31	27	1.90
58886766--58886838	25	3.0	25	66	18	73	31	8	30	30	1.86
58886752--58886921	92	1.8	93	91	3	281	33	7	30	28	1.84
58886752--58886921	47	3.7	47	90	3	274	33	7	30	28	1.84
58888704--58888829	40	3.1	41	79	6	125	25	24	26	23	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345