genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20540356--20540393	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
20540944--20540982	18	2.2	18	86	9	53	43	5	0	51	1.24
20542194--20542257	31	2.1	30	88	8	94	57	14	3	25	1.51
20543831--20543903	38	1.9	38	97	0	137	27	19	8	45	1.78
20545047--20545154	54	2.0	54	100	0	216	27	12	22	37	1.91
20551246--20551289	17	2.5	17	96	3	79	40	11	6	40	1.68
20552060--20552099	21	1.9	21	85	10	55	32	0	5	62	1.17
20553400--20553443	22	2.0	22	83	12	56	56	6	6	29	1.51
20553648--20553814	8	21.5	8	65	16	50	58	0	6	34	1.28
20555661--20556020	180	2.0	180	89	2	553	29	22	17	31	1.96
20556978--20557028	9	5.5	10	80	15	56	0	13	1	84	0.71
20556978--20557019	13	3.4	12	81	15	50	0	16	0	83	0.65
20556987--20557027	17	2.4	17	87	4	55	0	12	2	85	0.70
20556978--20557058	26	3.2	24	77	10	72	2	9	3	83	0.85
20557000--20557058	22	2.7	22	89	5	84	3	5	5	86	0.78
20556978--20557058	28	2.9	27	80	5	72	2	9	3	83	0.85
20556986--20557059	39	1.9	38	83	2	94	2	8	5	83	0.88
20567740--20567783	22	2.0	22	83	12	56	56	6	6	29	1.51
20567989--20568192	8	26.1	8	67	16	83	58	0	5	34	1.27
20571977--20572143	24	6.8	25	73	10	76	34	20	24	20	1.96
20572001--20572144	24	5.9	25	71	14	79	34	21	25	18	1.96
20572049--20572125	24	3.2	23	80	7	82	35	24	25	14	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20572236--20572298	25	2.5	25	97	0	117	39	23	22	14	1.91
20583115--20583173	28	2.1	28	100	0	118	52	0	10	37	1.35
20587064--20587313	26	10.0	24	71	17	111	60	5	4	29	1.39
20587348--20587440	24	3.7	23	70	19	69	66	7	3	22	1.32
20588245--20588270	7	3.7	7	100	0	52	84	0	0	15	0.62
20588248--20588290	5	8.6	5	85	14	54	81	0	2	16	0.79
20588984--20589104	44	2.8	44	83	2	145	28	19	20	31	1.97
20597544--20597599	20	2.8	20	97	2	105	51	8	19	19	1.73
20597544--20597593	5	10.0	5	75	16	50	52	8	20	20	1.71
20601298--20601544	26	10.0	24	71	16	116	60	5	5	28	1.41
20601578--20601669	27	3.5	25	74	18	80	64	6	3	26	1.33
20604828--20604902	22	3.2	22	68	17	69	37	6	13	42	1.70
20616164--20616200	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
20617379--20617473	40	2.5	38	81	8	113	20	24	25	30	1.98
20629216--20629253	19	2.0	19	85	10	51	57	2	0	39	1.12
20636250--20636454	102	2.0	101	96	0	374	31	15	18	35	1.92
20636653--20636708	28	2.1	26	81	15	62	64	7	1	26	1.29
20640153--20640422	4	68.2	4	95	2	429	49	27	0	22	1.53
20640306--20640340	2	17.5	2	100	0	70	51	48	0	0	1.00
20649617--20649727	42	2.6	42	91	2	179	46	18	7	27	1.75
20650302--20650343	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
20659855--20659937	41	2.0	41	97	0	157	46	14	6	32	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20660882--20660953	36	2.0	35	84	7	92	68	0	29	2	1.04
20664207--20664466	40	6.6	40	91	4	413	27	26	23	23	2.00
20664207--20664466	79	3.3	79	94	3	427	27	26	23	23	2.00
20664207--20664466	119	2.2	118	91	4	416	27	26	23	23	2.00
20672171--20672432	40	6.6	40	92	1	429	26	26	23	23	2.00
20676512--20676626	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
20676512--20676645	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
20678094--20678151	16	3.9	15	76	15	57	55	0	1	43	1.10
20678829--20678924	44	2.2	45	96	3	178	29	2	23	44	1.65
20682748--20682775	13	2.2	13	100	0	56	21	28	7	42	1.79
20685455--20685504	8	6.4	8	76	4	57	58	0	2	40	1.10
20685508--20685540	17	1.9	17	88	11	50	78	3	9	9	1.05
20690010--20690059	3	16.7	3	91	8	84	30	0	0	70	0.88
20690795--20690837	6	7.2	6	100	0	86	51	16	16	16	1.77
20690872--20690902	6	5.2	6	92	0	53	48	16	19	16	1.81
20690925--20690949	12	2.1	12	100	0	50	40	20	24	16	1.91
20691584--20691623	5	8.0	5	100	0	80	60	0	0	40	0.97
20692380--20692432	27	2.0	27	96	0	97	20	32	37	9	1.85
20692573--20692673	6	17.2	6	91	8	163	64	0	35	0	0.94
20692589--20692673	3	28.7	3	97	2	163	65	0	34	0	0.93
20692706--20692736	6	5.2	6	92	0	53	80	0	19	0	0.71
20692708--20692754	18	2.7	18	83	3	60	72	0	27	0	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20692706--20692739	12	2.8	12	95	0	59	79	0	20	0	0.73
20693194--20693222	14	2.1	14	100	0	58	55	0	0	44	0.99
20693324--20693376	14	3.8	14	80	7	63	64	0	5	30	1.17
20693226--20694399	147	8.1	147	86	6	1563	59	7	5	27	1.49
20693455--20693494	13	3.2	13	82	7	55	70	5	2	22	1.19
20693455--20693489	12	2.8	13	86	8	54	74	5	0	20	1.02
20693218--20694401	289	4.1	286	88	5	1632	58	7	5	27	1.49
20693226--20694399	145	8.1	147	86	5	1593	59	7	5	27	1.49
20698527--20698560	17	2.0	17	94	0	59	0	32	0	67	0.91
20698648--20698730	27	3.1	27	89	0	76	12	34	32	20	1.89
20698662--20698743	27	3.0	27	98	0	155	7	37	31	23	1.82
20700361--20700391	2	15.5	2	100	0	62	48	0	51	0	1.00
20703598--20703632	7	5.1	7	96	3	63	42	0	42	14	1.45
20712466--20712539	30	2.4	30	79	2	85	44	12	9	33	1.74
20717141--20717171	15	2.1	15	100	0	62	48	12	19	19	1.81
20717247--20717300	24	2.2	25	90	6	92	29	29	16	24	1.97
20743275--20743325	23	2.2	23	80	16	61	31	5	3	58	1.40
20746987--20747075	48	1.9	45	81	6	106	30	4	12	52	1.58
20747102--20747126	11	2.3	11	100	0	50	92	0	8	0	0.40
20749316--20749340	4	6.2	4	100	0	50	28	24	0	48	1.52
20756397--20756445	20	2.5	20	89	0	71	8	26	46	18	1.76
20761546--20761570	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20768839--20768874	18	2.1	18	89	5	56	33	25	0	41	1.55
20769305--20769348	20	2.1	21	87	4	63	9	13	4	72	1.24
20769663--20769695	12	2.8	12	86	13	50	66	24	9	0	1.20
20777703--20777829	64	2.0	64	93	0	218	32	18	14	34	1.91
20777903--20778196	133	2.2	132	92	1	480	25	20	24	28	1.99
20777945--20778571	45	14.0	44	72	7	296	28	20	23	28	1.99
20780332--20780370	2	19.5	2	94	0	69	48	2	0	48	1.15
20783379--20783436	26	2.2	26	90	0	89	37	22	5	34	1.76
20784852--20784879	8	3.5	8	100	0	56	39	0	0	60	0.97
20785452--20785483	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
20785482--20785521	3	13.3	3	100	0	80	35	0	0	65	0.93
20786293--20786482	105	1.8	105	90	0	308	34	18	20	26	1.96
20786747--20786804	15	4.0	14	74	14	55	18	0	27	53	1.45
20787254--20787308	21	2.6	21	82	0	65	10	0	38	50	1.37
20788148--20788198	25	2.1	25	85	3	68	33	29	5	31	1.81
20788225--20788342	37	3.2	37	82	0	155	14	46	13	25	1.81
20790421--20790457	14	2.5	15	86	8	58	51	0	10	37	1.37
20791936--20792075	62	2.3	62	91	0	226	45	15	3	35	1.63
20791999--20792322	46	6.8	46	75	15	232	45	15	3	36	1.63
20791937--20792317	16	23.8	17	67	18	187	45	14	3	36	1.62
20792061--20792238	82	2.2	81	91	1	284	44	14	3	38	1.61
20792137--20792254	51	2.4	48	78	13	134	44	14	1	38	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20792224--20792321	9	11.0	9	72	18	80	46	17	2	33	1.59
20797362--20797390	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
20798077--20798142	31	2.1	31	94	0	114	15	10	22	51	1.73
20798696--20798729	15	2.3	15	100	0	68	11	17	11	58	1.62
20799689--20799727	19	2.1	19	90	4	62	38	0	5	56	1.22
20801237--20801275	20	1.9	21	94	5	71	38	35	10	15	1.81
20802501--20802560	21	2.6	22	82	12	59	33	5	0	61	1.17
20802509--20802581	11	6.5	11	72	17	60	32	2	0	64	1.08
20802514--20802581	25	2.9	24	85	8	86	32	2	0	64	1.08
20802509--20802581	22	3.2	22	82	16	87	32	2	0	64	1.08

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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