genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.94.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25670390--25670421	16	2.0	16	93	0	55	71	6	0	21	1.07
25671551--25671577	7	3.9	7	100	0	54	55	0	0	44	0.99
25673608--25673665	20	2.9	20	73	0	62	34	22	8	34	1.85
25677263--25677303	17	2.4	17	91	0	64	19	14	7	58	1.59
25680398--25680493	45	2.2	44	98	1	183	35	14	10	39	1.80
25682808--25682847	20	2.0	21	85	9	57	47	0	0	52	1.00
25682911--25682968	15	3.6	15	74	17	62	51	1	0	46	1.11
25687278--25687310	18	1.9	17	88	11	50	54	0	21	24	1.45
25689857--25690200	172	2.0	172	97	0	643	40	20	16	22	1.91
25691495--25691598	26	4.0	26	91	0	172	33	7	23	35	1.83
25696731--25696808	21	3.7	21	89	0	111	16	14	42	26	1.86
25699066--25699125	31	1.9	32	89	3	95	38	1	1	58	1.18
25701280--25701373	40	2.3	41	82	10	106	28	13	26	30	1.94
25703035--25703127	46	2.0	46	97	0	177	43	6	9	40	1.63
25703212--25703276	32	2.0	32	100	0	130	58	3	9	29	1.44
25703224--25703275	16	3.2	16	70	20	54	57	3	11	26	1.51
25705040--25705647	44	13.6	43	76	9	346	31	22	16	30	1.96
25705072--25705649	89	6.4	88	76	4	555	31	21	15	30	1.95
25705072--25705647	133	4.3	133	78	6	568	31	21	15	30	1.95
25707381--25707425	22	2.0	22	95	0	81	42	31	8	17	1.80
25722458--25722497	21	2.0	20	85	5	53	25	0	27	47	1.52
25725560--25725734	42	4.0	42	79	13	178	29	28	13	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25725630--25725765	48	2.9	48	89	5	179	30	28	11	29	1.92
25725834--25725942	31	3.5	31	91	0	182	27	27	19	25	1.99
25738596--25738627	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
25741166--25741210	20	2.3	19	85	7	63	75	2	0	22	0.91
25743382--25743511	50	2.6	51	85	2	181	36	16	21	24	1.94
25743487--25743697	31	6.8	31	88	1	307	27	20	26	25	1.99
25743717--25743927	47	4.6	46	77	10	139	29	14	25	30	1.95
25743797--25743970	41	4.0	41	79	14	133	28	13	27	31	1.94
25743766--25743936	48	3.7	48	81	10	182	29	13	26	30	1.94
25743858--25743970	41	2.7	41	85	6	140	30	14	26	29	1.95
25747244--25747286	3	14.3	3	100	0	86	32	0	0	67	0.91
25752293--25752333	21	2.0	21	95	0	73	26	17	12	43	1.84
25760494--25760554	31	2.0	31	87	6	88	34	6	11	47	1.66
25761660--25761715	27	2.1	27	100	0	112	39	17	14	28	1.89
25763141--25763399	18	14.6	18	65	19	73	13	2	60	23	1.45
25763157--25763238	6	13.7	6	77	10	69	17	1	64	17	1.36
25763141--25763221	36	2.2	36	82	6	101	17	1	62	18	1.39
25763190--25763325	21	6.3	21	68	10	62	13	2	61	22	1.46
25763242--25763542	129	2.4	129	86	3	396	11	3	59	25	1.50
25763259--25763399	36	3.9	36	73	14	105	10	2	60	26	1.40
25763444--25763490	18	2.6	18	79	0	58	8	4	59	27	1.45
25763484--25763526	9	4.8	9	77	11	52	11	0	62	25	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25763386--25763538	42	3.7	41	70	18	109	11	4	58	24	1.52
25763433--25763641	102	2.1	99	92	2	346	11	4	57	25	1.52
25763486--25763703	60	3.6	60	74	8	192	12	4	57	25	1.53
25763583--25763625	9	4.8	9	79	0	50	11	2	62	23	1.40
25763304--25764168	225	3.9	224	75	11	800	11	4	58	25	1.52
25763512--25763655	36	4.3	35	68	15	88	12	4	58	24	1.54
25763707--25763758	6	8.7	6	79	8	52	11	3	65	19	1.40
25763688--25763758	36	2.0	36	86	5	99	15	4	61	18	1.49
25763707--25764112	12	33.8	12	67	11	64	10	4	59	25	1.49
25763583--25763907	135	2.5	134	85	5	412	13	4	58	23	1.54
25763811--25763985	24	7.3	24	71	2	100	11	4	59	25	1.49
25763841--25763947	48	2.2	49	81	3	119	11	3	60	24	1.46
25763793--25764240	72	6.1	71	73	13	246	10	4	58	26	1.50
25763879--25764127	30	8.2	30	73	11	139	8	4	60	27	1.43
25763850--25764046	42	4.8	43	70	12	137	9	4	60	25	1.46
25763817--25764156	120	2.9	116	88	8	494	10	4	58	26	1.49
25763891--25764251	24	15.4	24	69	13	148	9	4	59	26	1.48
25764093--25764126	12	2.8	12	86	0	50	0	5	58	35	1.22
25763804--25764223	18	23.3	18	66	10	99	9	4	59	26	1.48
25763808--25764202	120	3.4	116	82	10	439	9	4	59	26	1.49
25763844--25764186	111	3.0	109	84	7	375	9	4	59	26	1.48
25764063--25764256	72	2.7	72	85	1	255	10	5	58	26	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25764231--25764312	15	5.5	15	69	5	58	14	3	57	24	1.54
25764230--25764311	30	2.7	30	74	7	76	15	3	56	24	1.56
25764193--25764311	60	2.0	60	88	3	177	15	3	56	24	1.55
25764282--25764330	12	4.1	12	78	0	53	16	4	57	22	1.56
25764282--25764328	24	2.0	24	83	8	60	14	4	57	23	1.55
25764306--25764383	30	2.6	30	75	0	84	15	3	56	24	1.56
25764362--25764402	9	4.6	9	82	11	57	12	2	63	21	1.40
25764380--25764418	12	3.2	12	81	0	51	7	2	58	30	1.39
25764380--25764450	24	3.0	24	80	0	70	15	8	53	22	1.69
25775899--25775926	14	2.0	14	100	0	56	57	0	0	42	0.99
25775921--25775969	11	4.6	10	83	16	55	30	2	0	67	1.02
25775923--25775969	10	4.3	11	84	15	62	27	2	0	70	0.99
25775920--25775969	23	2.3	21	90	10	75	30	2	0	68	1.01
25779415--25779443	6	4.8	6	100	0	58	17	13	0	68	1.20
25780823--25780883	21	2.8	21	85	5	68	16	24	26	32	1.96
25782076--25782201	63	2.0	63	98	0	243	36	15	12	35	1.85
25782936--25783062	35	3.6	35	82	8	134	42	29	9	18	1.82
25784843--25784931	30	3.0	30	94	0	151	33	46	0	20	1.51
25797295--25797423	46	2.8	46	93	0	222	30	28	20	20	1.98
25797300--25797442	46	3.1	45	86	4	137	29	28	20	20	1.98
25800274--25800384	57	2.0	57	90	1	179	34	18	19	27	1.95
25802196--25802251	25	2.2	25	96	0	103	25	16	14	44	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25804038--25804064	13	2.1	13	100	0	54	48	7	44	0	1.31
25807379--25807598	43	5.2	42	67	18	143	25	27	18	28	1.98
25807438--25807568	41	3.1	41	71	16	124	25	25	19	28	1.99
25807395--25807624	84	2.7	83	92	1	370	25	26	18	28	1.98
25809501--25809530	15	2.1	15	93	6	53	36	26	6	30	1.82
25811488--25811586	27	3.4	27	70	24	78	28	25	16	30	1.96
25811493--25811629	60	2.3	59	82	8	152	27	24	18	29	1.98
25814919--25814984	34	1.9	35	84	9	91	19	25	10	43	1.83
25816083--25816219	60	2.3	59	83	8	161	25	23	21	29	1.99
25818655--25818682	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
25820701--25820806	28	3.7	27	70	23	74	26	25	18	29	1.98
25820706--25820842	60	2.3	59	82	8	152	26	24	19	29	1.99
25824895--25824945	26	2.0	27	84	7	70	29	0	3	66	1.09
25825372--25825461	26	3.2	26	68	24	74	54	10	0	35	1.34
25825344--25825461	59	2.0	60	93	1	202	53	12	0	33	1.39
25829333--25829410	26	3.2	26	77	12	69	3	19	2	74	1.09
25829338--25829370	17	1.9	17	88	11	50	6	18	0	75	1.00
25829355--25829415	15	4.2	14	76	13	61	4	18	3	73	1.14
25829572--25829621	3	17.0	3	95	4	93	68	0	0	32	0.90
25829806--25829844	20	2.0	20	94	0	69	53	12	0	33	1.39
25830190--25830240	26	2.0	26	84	0	66	41	3	3	50	1.39
25830409--25830491	41	2.0	41	95	0	148	48	9	26	15	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25831253--25831292	21	2.0	20	85	5	53	50	2	5	42	1.37
25838600--25838658	29	2.0	29	83	6	75	38	3	6	50	1.45
25838739--25838771	16	2.1	16	94	0	57	48	0	0	51	1.00
25838746--25838792	21	2.1	21	88	7	67	55	2	0	42	1.12
25839169--25839211	22	1.9	22	85	4	59	39	4	0	55	1.20
25840890--25840930	21	1.9	21	90	5	64	68	2	4	24	1.22
25841230--25841295	28	2.4	28	77	10	64	33	3	1	62	1.20
25847509--25847533	9	2.8	9	100	0	50	24	0	8	68	1.16
25851352--25851390	19	2.1	19	100	0	78	51	5	12	30	1.62
25852433--25852465	13	2.7	12	90	9	57	27	0	0	72	0.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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