genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.181.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51240267--51240432	71	2.3	71	91	3	262	28	21	21	27	1.99
51240626--51240689	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
51250056--51250085	13	2.3	13	94	0	51	13	33	33	20	1.91
51252556--51252739	40	4.6	39	79	6	156	28	22	26	22	1.99
51260267--51260366	38	2.5	40	82	4	123	31	23	25	21	1.98
51260267--51260416	40	3.8	40	82	6	162	28	22	26	22	1.99
51260306--51260448	40	3.6	39	84	1	160	25	22	27	23	1.99
51267982--51268165	40	4.6	39	79	6	156	28	22	26	22	1.99
51274785--51274988	40	5.1	40	86	1	266	22	20	29	27	1.98
51274781--51274992	80	2.7	80	86	2	302	23	20	28	27	1.99
51276793--51276940	74	2.0	74	91	0	242	27	13	12	47	1.78
51280259--51280418	29	5.5	30	85	8	204	27	25	13	33	1.94
51282886--51282975	33	2.7	32	86	3	108	25	21	28	24	1.99
51285804--51285829	13	2.0	13	100	0	52	38	23	15	23	1.92
51290390--51290583	27	7.2	27	88	3	302	34	19	20	25	1.96
51293651--51293868	27	8.1	27	85	1	294	37	19	18	25	1.94
51293655--51293869	54	4.0	54	89	0	333	37	19	18	24	1.94
51302354--51302399	10	4.5	10	81	5	56	13	23	21	41	1.88
51302351--51302399	21	2.4	20	82	3	62	12	22	22	42	1.86
51309995--51310161	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
51309995--51310161	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
51314097--51314172	26	2.9	26	84	0	98	31	19	7	40	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51319821--51320084	49	5.4	49	97	0	465	28	9	32	29	1.88
51320186--51320307	37	3.3	37	97	0	226	25	19	33	21	1.97
51322362--51322496	29	4.7	29	98	0	252	25	16	33	24	1.96
51322980--51323078	41	2.4	41	80	11	114	26	24	24	25	2.00
51325799--51326062	49	5.4	49	97	0	465	28	9	32	29	1.88
51326164--51326284	37	3.3	37	95	2	217	25	19	33	21	1.97
51333128--51333291	40	4.1	40	87	1	213	26	29	21	22	1.99
51340183--51344408	705	6.0	705	99	0	8333	32	21	15	31	1.94
51344686--51344849	40	4.1	40	85	1	204	26	29	20	23	1.99
51348761--51348803	17	2.5	17	88	7	61	30	16	20	32	1.95
51348772--51348805	17	2.0	17	100	0	68	23	17	23	35	1.95
51351155--51351221	34	2.0	34	90	0	107	53	13	11	20	1.71
51356321--51356379	30	1.9	31	86	3	84	18	23	1	55	1.51
51356382--51356406	12	2.1	12	100	0	50	16	8	0	76	1.02
51360907--51360946	20	2.1	19	85	4	53	30	2	0	67	1.04
51364513--51364567	27	2.0	27	100	0	110	25	10	18	45	1.82
51367510--51367667	68	2.3	68	96	0	289	24	31	13	31	1.94
51367510--51367693	68	2.7	68	90	6	268	23	29	14	33	1.94
51369293--51369525	115	2.0	115	99	0	457	35	12	14	37	1.84
51371767--51371796	15	2.0	15	93	0	51	33	16	10	40	1.82
51372359--51372397	19	2.0	20	85	5	53	35	10	5	48	1.59
51373436--51373555	58	2.1	58	91	0	195	33	13	15	38	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51377675--51377744	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
51377675--51377756	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
51385638--51385707	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
51385638--51385719	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
51387833--51387882	19	2.6	19	79	17	59	58	6	0	36	1.23
51387889--51387928	20	2.0	20	85	9	55	67	2	5	25	1.23
51393445--51393543	28	3.5	29	82	6	114	30	15	26	28	1.96
51395543--51395575	14	2.4	14	90	10	50	0	9	3	87	0.63
51396388--51396448	29	2.1	30	90	3	97	40	27	9	21	1.85
51396430--51397515	164	6.7	163	77	13	899	34	20	17	27	1.95
51396710--51396744	14	2.5	14	95	0	61	60	5	17	17	1.55
51396634--51396819	90	2.1	89	88	2	273	37	17	16	28	1.92
51396728--51396894	73	2.2	73	84	6	219	34	20	17	27	1.95
51396882--51396908	14	1.9	14	100	0	54	62	7	14	14	1.51
51396806--51397034	86	2.6	87	82	7	259	33	21	18	26	1.96
51397195--51397225	14	2.2	14	94	0	53	64	6	16	12	1.47
51397130--51397299	88	2.0	85	91	3	277	35	19	19	25	1.95
51397347--51397378	12	2.5	13	95	5	57	59	6	15	18	1.57
51397284--51397533	84	3.0	82	81	12	316	39	19	16	24	1.92
51397533--51397693	71	2.4	66	81	12	172	33	24	14	27	1.94
51406272--51406330	31	1.9	31	82	6	75	52	8	5	33	1.54
51406958--51407016	16	3.3	18	72	13	59	3	6	13	76	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51406948--51407026	36	2.3	32	85	14	104	3	7	10	78	1.07
51406970--51407053	43	2.0	43	95	2	152	2	7	13	77	1.07
51407006--51407040	16	2.2	16	90	10	54	0	8	2	88	0.61
51408924--51409115	40	4.8	39	78	6	138	25	22	28	23	2.00
51408924--51409108	79	2.3	82	81	9	222	24	23	27	24	2.00
51409553--51409582	15	2.0	15	100	0	60	26	6	13	53	1.64
51413228--51413293	33	2.0	33	93	0	114	40	4	19	34	1.72
51418955--51419177	20	11.4	19	69	17	95	57	5	13	22	1.58
51418922--51419151	20	11.8	20	68	15	126	59	7	11	21	1.56
51418922--51419049	58	2.2	57	84	5	159	60	9	10	18	1.56
51419470--51419562	18	5.0	19	73	12	77	58	8	5	27	1.50
51424439--51424463	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
51424564--51424655	29	3.2	29	98	0	175	26	27	16	30	1.97
51424527--51424655	58	2.2	58	86	2	170	25	31	16	26	1.96
51426321--51426394	21	3.4	21	74	22	64	33	14	25	25	1.94
51426318--51426394	22	3.5	22	78	5	86	33	14	25	25	1.94
51426494--51426624	34	3.8	33	83	6	122	45	11	8	35	1.71
51426635--51426659	13	1.9	13	100	0	50	16	12	16	56	1.68
51429385--51429418	18	1.9	17	94	5	59	26	8	0	64	1.22
51432288--51432347	27	2.2	28	80	11	72	20	20	18	41	1.90
51438481--51438538	6	9.5	6	73	3	53	75	3	5	15	1.11
51438481--51438538	25	2.4	24	88	2	80	75	3	5	15	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51446953--51447030	39	2.0	39	94	0	138	29	11	24	34	1.91
51454487--51454557	37	1.9	37	94	0	124	22	30	22	23	1.99
51454485--51454571	37	2.3	36	84	5	120	25	31	20	22	1.98
51454640--51454943	49	6.1	49	91	4	493	29	26	8	34	1.87
51454640--51454943	100	3.1	99	91	4	524	29	26	8	34	1.87
51467401--51467456	15	3.9	15	74	4	53	12	12	14	60	1.59
51472602--51472664	24	2.6	24	100	0	126	20	17	26	34	1.95
51480428--51480490	24	2.6	24	100	0	126	20	17	26	34	1.95
51480504--51480530	13	2.1	13	100	0	54	29	14	22	33	1.94
51483010--51483103	29	3.2	29	92	5	163	30	15	27	25	1.96
51490416--51490480	29	2.2	29	97	0	121	29	16	27	26	1.97
51494048--51494260	40	5.3	40	90	4	324	24	28	23	23	2.00
51497857--51497897	22	2.0	22	85	9	59	46	7	9	36	1.65
51502414--51502519	23	4.6	23	97	0	194	22	32	28	16	1.96
51514655--51514689	14	2.4	14	95	4	61	51	25	0	22	1.48
51514922--51515111	40	4.8	39	86	5	222	22	25	23	27	2.00
51522149--51522315	40	4.2	40	82	2	176	25	26	21	26	1.99
51526472--51526662	40	4.8	39	86	5	222	22	25	23	28	1.99
51529216--51529256	10	3.8	11	81	15	50	36	0	2	60	1.10
51546018--51546064	24	2.0	24	95	0	85	38	14	19	27	1.91
51550775--51550925	43	3.5	43	80	2	178	27	15	25	32	1.95
51559362--51559612	40	6.5	39	85	8	311	25	27	23	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51559362--51559612	116	2.2	116	85	7	323	25	27	23	23	2.00
51559395--51559612	76	2.8	76	86	7	289	26	27	23	22	2.00
51567475--51567727	39	6.5	40	89	4	342	25	27	24	22	2.00
51571458--51571615	53	2.9	55	82	1	194	18	24	18	38	1.93
51590539--51590589	25	2.0	26	88	11	79	56	0	41	1	1.10
51610204--51610263	30	2.0	30	87	6	86	30	23	6	40	1.80
51613551--51613610	30	2.0	30	83	0	75	30	21	5	43	1.74
51618170--51618311	27	5.3	27	84	1	151	25	19	19	35	1.95
51618239--51618323	27	3.2	27	86	1	73	25	21	23	29	1.99
51631961--51632035	27	2.7	27	81	6	89	25	33	14	26	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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