genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.216.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62514410--62514618	46	4.6	44	77	11	147	24	19	30	25	1.98
62516875--62517005	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
62516875--62517005	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
62518809--62518842	14	2.4	14	100	0	68	20	14	26	38	1.91
62526628--62526653	12	2.2	12	100	0	52	15	11	15	57	1.65
62527410--62527569	46	3.5	46	72	13	148	26	20	26	25	1.99
62527363--62527612	93	2.7	92	82	8	299	26	20	28	23	1.99
62529417--62529519	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
62534631--62534733	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
62541562--62541742	40	4.5	40	81	4	195	26	23	25	24	2.00
62541564--62541738	80	2.2	81	83	3	219	25	24	25	25	2.00
62545719--62545744	12	2.2	12	100	0	52	15	11	15	57	1.65
62552364--62552414	26	2.0	26	84	7	68	39	23	13	23	1.91
62552374--62552426	26	2.0	27	82	10	65	37	24	13	24	1.91
62564073--62564104	16	1.9	17	93	6	57	43	0	0	56	0.99
62572466--62572596	30	4.5	30	85	8	162	28	25	13	32	1.94
62572465--62572596	58	2.3	58	84	4	167	28	25	13	32	1.94
62574460--62574634	46	3.8	46	76	6	183	20	21	29	28	1.98
62574505--62574577	20	3.3	20	67	26	58	17	20	34	27	1.95
62574456--62574627	92	1.9	92	91	0	281	20	22	29	27	1.98
62576731--62576866	51	2.7	51	75	4	148	41	13	6	38	1.70
62579556--62579689	51	2.6	51	75	4	144	41	13	6	38	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62580526--62580638	54	2.1	54	91	3	183	31	16	14	37	1.89
62581696--62581752	21	2.6	21	83	5	60	64	3	1	29	1.20
62581770--62581808	9	4.4	9	83	6	53	66	0	0	33	0.92
62584901--62585150	40	6.4	40	88	5	334	26	22	26	25	2.00
62588750--62588913	40	4.1	40	79	4	161	25	27	21	25	1.99
62596761--62596939	40	4.4	40	80	3	189	25	24	26	23	2.00
62596761--62596953	80	2.4	80	82	2	217	26	24	26	22	2.00
62596882--62596965	40	2.1	40	82	4	98	26	27	26	20	1.99
62598529--62598703	40	4.4	40	84	5	214	25	22	26	25	2.00
62598529--62598703	79	2.2	79	82	6	212	25	22	26	25	2.00
62611694--62611751	30	1.9	31	82	3	73	37	6	24	31	1.82
62612567--62612774	54	3.9	54	78	8	199	37	16	22	23	1.93
62614349--62614380	16	2.0	16	100	0	64	18	0	37	43	1.51
62617735--62617862	48	2.7	48	83	2	168	28	31	17	21	1.97
62622239--62622387	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
62622280--62622387	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
62630357--62630505	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
62630398--62630505	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
62634879--62635109	48	4.9	48	78	11	251	26	24	20	28	1.99
62638791--62638844	27	2.0	27	85	3	74	35	20	22	22	1.96
62638846--62639085	27	8.9	27	89	0	327	24	19	20	35	1.95
62641868--62642116	27	9.3	27	87	2	286	23	18	20	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62641896--62642142	81	3.1	81	88	2	320	24	17	20	38	1.93
62642017--62642198	27	6.7	26	84	3	112	24	11	23	41	1.87
62642100--62642198	27	3.6	27	87	4	128	24	7	24	44	1.78
62647454--62647536	41	2.0	41	97	0	157	28	21	4	44	1.73
62648257--62648290	17	2.1	17	88	5	52	8	0	17	73	1.08
62651550--62651722	46	3.7	46	75	13	174	22	20	26	30	1.98
62659301--62659465	71	2.3	72	96	1	305	18	26	17	36	1.93
62659301--62659499	71	2.8	71	89	4	235	20	27	17	35	1.95
62664556--62664786	48	4.9	48	76	11	251	26	25	19	27	1.99
62682806--62682977	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
62682798--62682973	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
62685355--62685443	30	3.0	30	79	11	94	56	15	17	10	1.67
62685355--62685437	15	5.6	14	73	10	58	55	16	18	9	1.68
62685366--62685443	15	5.2	15	75	9	70	55	15	17	11	1.69
62696996--62697028	17	1.9	17	93	0	57	15	12	15	57	1.65
62697234--62697394	81	2.0	81	100	0	322	31	11	19	37	1.87
62716131--62716227	40	2.4	40	81	8	108	26	28	17	26	1.98
62722792--62722946	43	3.6	43	90	0	247	30	31	24	12	1.93
62722944--62723018	38	2.0	38	91	0	123	29	26	22	21	1.99
62742081--62742105	11	2.3	11	100	0	50	32	24	8	36	1.84
62743188--62743259	30	2.4	30	100	0	144	19	29	31	19	1.96
62744359--62744418	29	2.1	29	100	0	120	38	16	16	28	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62756899--62756970	3	23.7	3	94	2	126	66	0	1	31	1.00
62769776--62769978	40	5.1	40	84	1	264	34	27	19	17	1.95
62774171--62774323	40	3.8	40	78	9	143	22	23	28	25	2.00
62782151--62782301	39	3.8	39	79	10	139	23	22	28	25	1.99
62789503--62789656	39	3.9	39	93	1	263	34	29	18	16	1.94
62789503--62789663	79	2.0	79	96	0	295	35	28	18	17	1.94
62793501--62793684	27	6.8	27	89	0	215	42	18	17	21	1.89
62796056--62796168	27	4.2	27	89	4	165	32	22	14	30	1.93
62796148--62796236	27	3.3	26	87	3	106	37	14	16	31	1.89
62796067--62796195	54	2.4	53	84	7	145	33	18	15	32	1.92
62796160--62796239	27	3.0	27	90	0	115	35	17	18	28	1.94
62801272--62801298	14	1.9	14	100	0	54	14	37	29	18	1.91
62803517--62803615	40	2.3	43	83	8	123	29	17	25	28	1.97
62810021--62810047	11	2.5	11	100	0	54	44	18	11	25	1.83
62812447--62812497	16	3.2	16	97	0	93	21	11	13	52	1.72
62816516--62816723	40	5.2	39	84	1	218	25	25	22	25	2.00
62816516--62816721	80	2.6	81	84	3	247	25	26	22	25	2.00
62824640--62824847	40	5.2	39	82	1	209	25	25	23	25	2.00
62824640--62824845	80	2.6	81	84	3	247	24	26	23	25	2.00
62828115--62828227	33	3.4	33	75	12	90	31	15	27	24	1.96
62827978--62828205	105	2.2	102	82	5	271	32	15	25	25	1.96
62834044--62834095	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62843656--62843717	31	2.0	31	87	0	88	41	16	16	25	1.88
62846990--62847191	49	4.3	46	78	11	178	25	20	31	23	1.98
62846984--62847174	92	2.1	94	84	9	250	23	19	31	25	1.98
62848259--62848313	29	1.9	28	85	10	76	16	21	43	18	1.88
62850012--62850195	67	2.8	64	75	11	178	29	17	30	22	1.97
62853294--62853354	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
62863588--62863618	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
62863585--62863624	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
62863810--62864064	55	4.8	54	79	8	249	21	24	15	38	1.92
62869047--62869147	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
62877001--62877101	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
62882503--62882757	55	4.8	54	80	7	256	21	25	16	36	1.94
62890920--62891018	28	3.5	28	87	4	119	27	15	27	30	1.96
62896699--62896862	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
62896699--62896896	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
62901624--62901700	36	2.1	37	97	2	147	20	31	19	28	1.97
62901803--62901925	49	2.5	49	95	0	219	29	33	10	26	1.90
62905029--62905127	41	2.4	41	80	11	114	24	24	25	26	2.00
62905611--62906077	29	16.3	29	95	2	818	24	33	17	25	1.96
62908127--62908204	37	2.1	37	100	0	156	20	32	19	28	1.97
62908307--62908429	49	2.5	49	95	0	219	29	33	10	26	1.90
62911531--62911629	41	2.4	41	80	11	114	24	24	25	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62912113--62912596	29	16.9	29	96	1	863	24	33	16	25	1.96
62914651--62914762	37	3.1	36	97	2	208	20	31	19	28	1.97
62914865--62914987	49	2.5	49	95	0	219	29	33	10	26	1.90
62917666--62917722	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
62917664--62917734	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
62917675--62917729	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
62917779--62917966	24	8.0	23	90	6	265	28	21	21	27	1.99
62917780--62917965	93	2.0	94	90	5	297	27	22	22	27	1.99
62925053--62925109	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
62925051--62925121	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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