genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.89.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24374620--24374680	31	2.0	31	83	3	79	31	6	1	60	1.32
24375685--24375945	104	2.5	102	81	13	296	36	18	17	27	1.94
24375750--24375945	104	1.9	105	88	7	299	37	20	16	25	1.93
24375908--24375988	42	1.9	43	89	2	128	35	18	16	29	1.92
24375803--24376084	145	1.9	146	84	8	370	35	21	17	26	1.95
24376604--24376642	18	2.1	19	85	4	53	61	0	0	38	0.96
24387494--24387549	23	2.4	23	73	8	60	30	1	1	66	1.12
24387841--24387883	2	21.5	2	85	0	59	53	2	0	44	1.13
24390972--24391002	16	1.9	16	100	0	62	58	16	0	25	1.38
24391777--24391872	47	2.0	47	100	0	192	39	23	8	28	1.84
24395993--24396043	24	2.3	22	83	12	61	43	11	3	41	1.60
24396728--24396781	21	2.4	24	87	9	78	18	0	29	51	1.46
24397241--24397620	126	3.0	126	92	1	618	33	17	21	27	1.96
24401110--24401151	17	2.4	18	88	4	59	42	9	26	21	1.83
24403933--24404214	91	3.1	90	80	8	293	30	13	15	40	1.87
24404027--24404094	29	2.3	31	87	5	95	26	14	19	39	1.90
24405384--24405434	20	2.5	20	75	12	50	52	35	1	9	1.46
24406570--24406608	21	1.9	20	84	5	51	28	0	5	66	1.12
24406597--24406649	17	3.1	17	76	10	54	39	3	0	56	1.17
24406598--24406649	16	3.1	16	78	10	50	40	3	0	55	1.18
24408404--24408443	12	3.3	12	89	6	55	60	0	32	7	1.25
24412403--24412499	33	2.8	35	72	20	89	44	3	1	51	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24417784--24418011	46	5.0	46	93	1	359	21	23	15	39	1.91
24421894--24421927	18	1.9	18	88	5	52	44	23	0	32	1.54
24426926--24426989	32	2.0	32	90	0	101	23	25	10	40	1.87
24432352--24432444	43	2.2	44	92	3	154	51	13	6	27	1.66
24432466--24432505	19	2.2	18	90	4	62	42	12	2	42	1.56
24437081--24437173	43	2.2	44	92	3	154	51	13	6	27	1.66
24438658--24438688	14	2.2	14	100	0	62	25	6	12	54	1.62
24441106--24441147	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
24443727--24443834	26	4.2	26	90	0	171	31	8	24	36	1.85
24445320--24445372	26	2.0	26	82	7	63	39	18	15	26	1.90
24450618--24450673	22	2.5	22	88	0	76	57	5	14	23	1.58
24450637--24450679	22	2.0	22	85	0	59	55	9	13	20	1.66
24452431--24452488	11	5.4	11	75	10	57	68	12	1	17	1.28
24452449--24452487	20	2.0	20	89	0	60	69	15	2	12	1.30
24452771--24452796	11	2.4	11	100	0	52	57	15	0	26	1.38
24453526--24453558	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
24457602--24457641	18	2.2	18	90	0	62	37	17	2	42	1.63
24457608--24457646	18	2.2	18	100	0	78	30	17	5	46	1.70
24457676--24457701	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
24458746--24458778	14	2.4	14	90	5	50	78	0	0	21	0.75
24467910--24467939	15	2.0	15	93	0	51	43	10	26	20	1.83
24471567--24471626	29	2.0	30	90	3	95	36	1	5	56	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24478995--24479022	14	2.0	14	100	0	56	57	14	0	28	1.38
24480278--24480311	17	2.1	16	88	5	50	38	0	0	61	0.96
24481490--24481568	40	2.0	40	92	2	133	27	8	7	55	1.58
24481759--24481820	3	20.3	3	83	9	72	29	3	4	62	1.31
24485384--24486159	131	5.9	131	88	2	1040	25	16	24	33	1.96
24485246--24486159	262	3.5	261	85	4	1131	25	17	24	33	1.96
24485246--24486159	393	2.3	397	85	3	1214	25	17	24	33	1.96
24486406--24486466	22	2.9	21	82	4	77	22	0	27	49	1.50
24487048--24487098	9	5.9	8	75	24	50	60	3	0	35	1.15
24487783--24487915	35	3.8	34	81	4	149	12	42	22	22	1.87
24496499--24496556	18	3.2	18	71	9	55	58	1	5	34	1.30
24500457--24501105	35	17.9	35	71	12	193	27	20	16	35	1.93
24500500--24500784	109	2.6	107	77	7	308	28	20	15	36	1.93
24502575--24502654	36	2.2	36	80	8	92	43	1	6	48	1.36
24507269--24507327	29	2.1	29	84	9	77	38	0	10	50	1.36
24509365--24509489	49	2.6	48	81	10	130	32	4	7	55	1.48
24509400--24509512	47	2.3	49	80	10	142	35	5	5	53	1.46
24512126--24512259	66	2.0	67	91	1	216	23	20	13	43	1.87
24512267--24512374	38	2.8	38	81	1	117	34	15	13	36	1.88
24512467--24512629	48	3.5	45	73	12	134	33	23	15	28	1.95
24516101--24516164	22	2.7	23	77	20	60	15	15	0	68	1.21
24516133--24516200	19	3.5	18	79	15	73	10	19	0	70	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24517077--24517271	27	7.2	27	88	0	264	40	18	8	32	1.81
24517077--24517342	27	9.9	27	84	6	238	38	19	9	32	1.84
24517077--24517342	81	3.3	81	84	3	279	38	19	9	32	1.84
24517332--24517497	27	6.2	27	85	0	199	30	22	8	39	1.83
24517332--24517497	54	3.1	54	86	0	226	30	22	8	39	1.83
24517734--24517785	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
24517824--24517883	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
24518002--24518103	31	3.3	31	87	0	150	19	17	13	49	1.80
24518002--24518117	6	18.8	6	71	15	85	18	18	12	50	1.78
24518024--24518117	31	2.7	36	74	19	99	19	19	12	48	1.80
24524624--24524714	42	2.2	42	86	4	121	30	25	17	26	1.97
24524667--24524864	48	4.1	48	87	1	272	27	24	19	28	1.99
24524667--24524864	96	2.1	96	90	1	308	27	24	19	28	1.99
24524868--24524952	37	2.3	37	83	4	100	25	25	18	29	1.98
24526395--24526490	48	2.0	48	83	6	122	23	14	32	29	1.94
24542246--24542325	27	3.0	27	92	3	126	43	0	0	56	0.99
24542670--24542714	23	2.0	23	95	0	81	37	8	24	28	1.86
24542664--24542728	23	2.6	25	78	14	80	36	10	23	29	1.88
24543911--24543957	20	2.3	20	82	7	51	53	10	4	31	1.55
24544539--24544573	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
24545308--24545348	17	2.5	16	85	14	57	29	12	2	56	1.49
24555251--24555283	17	1.9	17	93	0	57	69	12	12	6	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24568522--24568835	48	6.5	48	77	5	276	28	20	28	23	1.99
24568536--24568835	144	2.1	144	81	5	338	27	20	28	23	1.99
24585533--24585611	29	2.7	29	98	0	149	36	15	24	24	1.93
24586974--24587015	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
24596086--24596218	24	5.5	24	73	16	73	40	19	23	16	1.91
24596091--24596196	24	4.4	25	77	13	87	40	20	23	15	1.90
24598972--24599002	16	1.9	16	100	0	62	38	16	6	38	1.74
24599852--24599903	20	2.6	20	81	0	59	36	13	1	48	1.54
24599869--24599912	20	2.2	20	84	8	54	38	9	2	50	1.47
24599939--24600274	20	16.8	20	72	8	202	40	14	6	38	1.72
24600087--24600130	22	2.0	22	86	0	61	40	13	6	38	1.71
24599978--24600162	102	1.8	100	83	4	246	39	14	7	38	1.74
24599958--24600196	102	2.4	100	75	9	234	41	14	7	37	1.73
24600160--24600274	59	1.9	59	82	3	142	40	13	5	40	1.67
24600149--24600260	39	2.8	39	87	4	136	41	14	5	38	1.68
24600299--24600340	20	2.1	20	86	8	59	35	16	2	45	1.61
24600395--24600576	20	9.1	20	72	4	71	39	12	7	41	1.70
24600438--24600578	20	7.1	20	72	9	90	38	14	6	41	1.71
24600696--24600798	40	2.6	39	76	13	111	39	12	6	40	1.70
24602228--24602253	11	2.4	11	100	0	52	7	15	19	57	1.62
24607648--24607693	22	2.1	22	100	0	92	36	21	19	21	1.95
24609120--24609170	19	2.7	18	84	9	57	64	15	9	9	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24610765--24610791	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
24611735--24611784	10	5.2	10	81	13	52	26	6	0	68	1.13
24611917--24611964	21	2.3	21	92	0	78	37	18	0	43	1.51
24612542--24612621	41	2.0	41	92	5	135	26	13	2	57	1.49
24618167--24618231	5	12.6	5	79	11	69	18	3	1	76	0.99
24618152--24618231	20	4.0	21	73	19	64	18	3	1	76	1.01
24618152--24618233	25	3.5	21	73	23	67	19	3	1	75	1.02
24620845--24621122	96	2.9	96	90	0	421	27	15	26	30	1.96
24621762--24621819	20	2.9	19	77	10	62	24	5	1	68	1.19
24627343--24627413	26	2.8	25	83	8	90	19	4	1	74	1.06

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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