genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.224.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65137527--65137584	27	2.1	27	93	0	98	36	17	17	29	1.92
65139831--65139935	52	2.0	52	98	0	201	45	21	1	30	1.63
65146403--65146439	19	1.9	19	100	0	74	48	10	16	24	1.77
65153250--65153300	16	3.1	16	70	25	52	29	31	19	19	1.97
65153671--65153722	21	2.5	21	96	0	95	15	26	44	13	1.84
65154875--65155199	46	6.8	49	72	11	232	23	31	19	26	1.98
65155946--65155970	13	1.9	13	100	0	50	64	16	4	16	1.44
65158577--65158918	54	6.3	53	77	12	252	40	16	8	33	1.79
65158584--65158889	81	3.8	80	79	8	291	40	17	8	33	1.80
65158558--65158917	81	4.4	81	77	10	283	40	16	9	33	1.81
65158558--65158918	27	13.4	27	74	10	192	40	16	9	33	1.81
65159194--65159355	41	4.0	41	91	0	252	22	23	29	25	1.99
65159503--65159561	22	2.7	21	79	10	64	22	25	20	32	1.98
65162446--65162805	54	6.7	54	74	10	274	39	20	10	30	1.85
65162446--65162805	81	4.5	81	77	8	315	39	20	10	30	1.85
65162439--65162805	27	13.6	27	71	9	214	39	19	10	30	1.85
65162597--65162847	27	9.3	27	74	10	111	38	17	13	29	1.89
65162597--65162845	54	4.6	52	76	10	207	38	18	13	30	1.88
65163082--65163197	41	2.8	41	89	0	178	21	23	29	25	1.99
65163493--65163553	32	1.9	32	82	0	77	24	22	18	34	1.96
65166268--65166321	27	2.0	27	85	0	72	31	16	20	31	1.95
65166310--65166720	27	15.3	27	78	7	334	39	18	9	31	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65166446--65166732	107	2.7	108	86	3	409	39	17	10	33	1.83
65167000--65167161	82	2.0	82	87	0	234	21	22	29	26	1.99
65167000--65167144	41	3.5	41	92	0	236	20	21	31	26	1.98
65167767--65167826	27	2.3	27	82	8	70	25	16	26	31	1.96
65170566--65170630	28	2.3	28	91	0	103	35	27	7	29	1.85
65170737--65170826	28	3.2	27	84	7	110	20	23	23	33	1.97
65170737--65170826	27	3.2	28	82	7	112	20	23	23	33	1.97
65170748--65170837	27	3.2	28	78	7	76	22	26	20	31	1.98
65170737--65170851	55	2.1	56	80	11	130	19	24	21	34	1.96
65182210--65182235	10	2.6	10	100	0	52	46	7	15	30	1.74
65192300--65192338	19	2.1	19	95	0	69	58	7	5	28	1.47
65196954--65197073	48	2.5	48	80	2	125	28	16	27	27	1.97
65199150--65199245	46	2.1	46	90	1	149	16	27	31	25	1.97
65205136--65205195	27	2.2	27	85	8	86	33	0	1	65	1.03
65205147--65205202	27	2.1	27	83	6	71	37	0	3	58	1.15
65207130--65207162	14	2.3	15	89	5	50	3	18	0	78	0.87
65209555--65209579	13	1.9	13	100	0	50	32	8	20	40	1.81
65213109--65213206	33	2.9	35	70	19	82	46	3	1	48	1.24
65213157--65213213	30	1.9	30	82	13	73	47	3	0	49	1.18
65213364--65213407	20	2.2	20	100	0	88	52	25	0	22	1.48
65213406--65213430	13	1.9	13	100	0	50	40	28	8	24	1.83
65218245--65218292	23	2.1	23	96	0	87	35	8	18	37	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65227684--65227742	31	1.9	31	82	6	75	72	1	1	23	1.02
65227798--65228051	3	83.3	3	65	15	85	61	2	7	28	1.37
65227720--65227813	35	2.7	33	75	18	82	71	2	8	18	1.22
65227789--65227988	69	2.8	68	76	11	172	62	2	8	27	1.34
65227939--65228049	47	2.5	44	77	13	118	57	3	9	29	1.46
65227996--65228057	20	2.8	23	73	16	67	59	1	4	33	1.28
65227970--65228056	47	1.9	46	90	6	142	58	2	6	32	1.37
65229073--65229111	15	2.4	15	87	12	51	5	7	41	46	1.55
65230912--65231048	60	2.3	59	81	8	143	27	23	20	29	1.99
65234728--65235193	89	5.2	88	71	16	326	28	21	19	31	1.97
65234769--65235258	44	11.0	43	69	16	189	28	19	19	32	1.96
65234858--65235257	89	4.5	85	71	15	249	27	20	19	33	1.96
65234729--65235340	181	3.4	181	83	6	622	28	19	19	32	1.96
65234718--65235340	45	13.8	44	69	15	242	28	19	19	32	1.96
65235046--65235346	96	3.3	95	73	13	302	29	18	18	33	1.95
65235332--65235518	44	4.3	44	73	10	141	26	22	21	29	1.99
65235332--65235738	130	3.1	130	87	1	519	26	23	20	30	1.98
65235399--65235601	44	4.7	43	78	6	221	25	25	20	29	1.99
65235399--65235634	44	5.4	44	76	8	160	24	26	19	30	1.98
65242676--65242734	31	1.9	31	82	6	75	72	1	1	23	1.02
65242790--65242946	3	52.3	3	68	17	78	61	1	6	29	1.31
65242893--65242952	20	2.7	23	75	17	72	60	0	3	36	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65246445--65246470	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
65248628--65248671	19	2.3	19	84	7	54	36	2	4	56	1.32
65248634--65248672	19	2.0	20	90	5	62	41	0	5	53	1.23
65251024--65251071	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
65251666--65251700	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
65251763--65251832	33	2.2	30	82	12	79	27	2	5	64	1.30
65262652--65262773	37	3.3	37	97	0	226	21	33	19	25	1.97
65262875--65263093	49	4.5	49	93	3	363	30	31	8	30	1.86
65267203--65267378	46	3.8	46	78	12	198	20	21	29	28	1.98
65267200--65267371	93	1.8	93	94	0	308	20	21	29	27	1.98
65271441--65271630	40	4.8	40	82	5	217	24	27	23	24	2.00
65274098--65274214	44	2.6	46	85	4	141	29	19	23	28	1.98
65274286--65274396	44	2.5	44	82	0	132	36	18	13	30	1.90
65275740--65275832	3	30.7	3	73	10	73	33	6	1	59	1.30
65275815--65275947	72	1.9	71	85	4	187	27	5	3	63	1.33
65280758--65280916	52	3.1	52	93	0	273	30	28	18	22	1.98
65281282--65281327	23	1.9	24	83	16	60	36	10	6	45	1.65
65287208--65287237	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
65293240--65293427	24	8.0	24	92	5	287	27	21	22	28	1.99
65293239--65293426	93	2.0	94	92	3	317	27	21	22	28	1.99
65293485--65293541	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
65293473--65293543	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65293478--65293532	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
65298462--65298591	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
65298462--65298625	40	4.1	40	78	4	145	21	28	25	25	1.99
65304626--65304812	24	8.0	24	91	6	278	27	21	21	28	1.99
65304640--65304811	92	1.9	93	95	1	310	27	22	21	28	1.99
65304870--65304926	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
65304858--65304928	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
65304863--65304917	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
65320279--65320462	40	4.6	40	89	3	264	27	27	22	22	1.99
65326899--65326927	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
65332927--65333221	143	2.1	143	99	0	581	21	10	29	39	1.86
65333704--65333814	29	3.9	29	90	1	152	31	14	28	25	1.95
65333765--65333837	28	2.6	28	84	0	83	31	17	27	23	1.97
65341484--65341614	29	4.6	29	88	0	165	29	15	30	24	1.95
65343704--65343856	39	3.9	39	92	0	252	23	20	32	23	1.98
65343705--65343886	39	4.6	39	89	0	247	23	21	31	23	1.98
65351471--65351756	140	2.1	137	91	5	461	22	9	28	39	1.85
65352238--65352367	29	4.6	29	86	2	156	30	15	30	24	1.96
65352239--65352367	57	2.3	57	83	2	161	30	15	30	24	1.95
65353213--65353250	16	2.2	19	86	13	55	55	0	18	26	1.43
65354452--65354604	39	3.9	39	92	0	252	23	20	32	23	1.98
65354453--65354634	39	4.6	39	89	0	247	23	21	31	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65363273--65363425	39	3.9	39	92	0	252	23	20	32	23	1.98
65363274--65363455	39	4.6	39	89	0	247	23	21	31	23	1.98
65371352--65371502	77	1.9	79	93	2	261	23	20	31	23	1.98
65371351--65371502	39	3.9	39	91	2	243	23	20	32	23	1.98
65371352--65371532	39	4.6	39	88	2	238	23	21	31	23	1.98
65380332--65380380	25	2.0	25	91	0	80	38	0	2	59	1.09
65380336--65380389	25	2.2	25	83	6	65	37	0	3	59	1.15
65383666--65383933	46	5.8	46	73	12	226	29	27	20	23	1.99
65383719--65383885	47	3.6	46	81	11	214	28	26	19	24	1.99
65383673--65383938	93	2.9	92	89	1	406	28	27	20	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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