genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.186.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52912749--52912841	22	4.3	21	67	15	64	45	30	2	22	1.64
52912941--52913082	7	20.0	7	76	7	63	39	37	0	22	1.59
52913008--52913079	14	5.1	14	81	8	76	34	44	0	20	1.52
52913008--52913079	21	3.5	20	78	14	74	34	44	0	20	1.52
52913060--52913107	25	1.9	25	83	8	62	37	43	0	18	1.51
52913088--52913122	15	2.4	15	90	4	54	45	34	0	20	1.51
52913083--52913127	22	2.0	22	82	0	54	44	33	0	22	1.53
52913926--52914012	40	2.2	40	85	0	129	21	19	18	40	1.92
52915830--52915956	66	1.9	66	95	0	227	47	11	16	25	1.79
52917732--52917917	76	2.4	76	80	1	194	39	26	19	15	1.91
52917732--52917917	38	4.9	38	81	0	174	39	26	19	15	1.91
52921197--52921387	40	4.8	39	78	7	172	23	28	24	24	1.99
52921237--52921387	78	1.9	80	85	5	209	23	28	23	25	1.99
52929218--52929407	40	4.8	39	77	8	163	23	28	23	24	1.99
52929258--52929407	78	1.9	79	83	6	198	23	28	22	25	1.99
52933414--52933596	39	4.7	39	94	0	321	28	28	22	20	1.98
52934230--52934261	2	15.5	2	93	6	55	46	0	3	50	1.17
52934230--52934258	15	1.9	15	100	0	58	48	0	3	48	1.18
52934303--52934343	2	20.5	2	89	0	64	51	4	0	43	1.23
52934303--52934343	12	3.4	12	96	0	73	51	4	0	43	1.23
52936627--52936720	6	15.3	6	75	16	77	50	14	15	19	1.79
52936636--52936720	31	2.7	31	85	0	116	50	14	16	18	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52936896--52936927	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
52937259--52937402	27	5.3	27	85	3	157	26	19	17	36	1.94
52937383--52937723	27	12.7	26	82	6	308	31	8	21	38	1.83
52937438--52937723	81	3.5	80	87	2	360	30	8	21	39	1.83
52937492--52937723	107	2.2	108	91	0	367	30	7	21	40	1.81
52937492--52937723	27	8.6	27	91	0	358	30	7	21	40	1.81
52943162--52943342	38	4.7	39	89	2	285	29	29	20	19	1.98
52943156--52943342	77	2.4	77	88	1	286	30	29	20	19	1.97
52943989--52944023	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
52950253--52950323	35	2.0	35	91	0	115	26	25	11	36	1.90
52955445--52955516	35	2.1	35	87	10	103	27	22	9	40	1.85
52957873--52958004	50	2.6	52	86	3	178	37	12	14	34	1.84
52959984--52960136	39	3.9	39	86	0	207	23	30	20	25	1.99
52959953--52960135	78	2.3	79	88	1	260	22	29	22	25	1.99
52963510--52963723	40	5.4	40	91	5	330	23	22	28	25	1.99
52963510--52963723	79	2.7	80	91	5	330	23	22	28	25	1.99
52971510--52971725	40	5.4	40	91	3	307	24	22	27	25	2.00
52971510--52971725	79	2.7	80	89	5	307	24	22	27	25	2.00
52980559--52980687	40	3.2	39	83	6	143	24	21	27	25	1.99
52984367--52984498	48	2.8	48	81	3	151	36	25	13	24	1.92
52989996--52990028	18	1.9	17	88	11	50	30	15	12	42	1.83
52991025--52991083	22	2.7	22	78	0	64	32	23	22	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52991433--52991754	54	6.0	54	74	9	300	27	10	22	39	1.87
52991433--52991748	108	2.9	108	93	1	519	27	10	22	39	1.87
52991434--52991759	27	12.1	27	76	10	231	27	10	23	38	1.87
52995996--52996020	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
53016040--53016358	48	6.6	48	72	2	228	26	18	30	24	1.98
53016025--53016305	144	2.0	144	84	2	377	27	16	29	26	1.97
53016040--53016351	144	2.2	144	82	3	369	26	17	30	25	1.98
53022017--53022073	28	2.0	28	96	0	105	35	0	21	43	1.52
53023466--53023491	12	2.2	12	100	0	52	42	0	19	38	1.51
53023710--53024028	48	6.7	45	75	10	183	26	19	30	24	1.98
53023710--53024028	96	3.3	96	81	4	281	26	19	30	24	1.98
53023710--53024027	144	2.2	144	81	6	360	25	19	30	24	1.98
53032174--53032233	30	2.0	30	86	0	84	28	23	8	40	1.83
53038218--53038559	47	7.3	47	93	0	549	32	9	29	28	1.89
53041105--53041340	40	5.9	40	90	3	370	22	22	30	25	1.99
53041105--53041340	79	3.0	79	94	3	404	22	22	30	25	1.99
53042243--53042314	29	2.5	28	84	6	92	27	13	25	33	1.94
53044050--53044088	2	19.5	2	94	0	69	48	0	0	51	1.00
53044737--53044821	39	2.2	40	86	2	118	29	31	21	17	1.96
53044890--53045045	47	3.3	46	83	4	181	27	28	9	33	1.88
53045328--53045412	42	2.0	42	100	0	170	42	16	4	36	1.69
53045897--53045990	49	1.9	49	100	0	188	42	22	8	26	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53048920--53049049	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
53048936--53049087	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
53048936--53049085	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
53056900--53057029	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
53056916--53057067	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
53056916--53057065	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
53062259--53062398	50	2.8	49	84	5	183	27	19	24	29	1.98
53066645--53066724	27	3.0	27	86	0	106	43	21	12	22	1.86
53072442--53072570	27	4.8	27	82	7	120	28	20	8	42	1.81
53072415--53072542	54	2.4	54	80	10	129	30	22	8	38	1.84
53072445--53072599	54	2.9	54	77	3	154	30	20	8	40	1.82
53072564--53072742	27	6.7	26	84	6	191	42	20	7	29	1.80
53072559--53072798	54	4.5	53	81	6	207	42	19	7	31	1.79
53072556--53072743	81	2.3	79	82	7	252	41	19	7	30	1.80
53072550--53072804	27	9.4	27	80	8	175	40	19	8	32	1.81
53074081--53074128	25	1.9	25	91	0	78	35	25	14	25	1.94
53074176--53074231	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
53074165--53074231	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
53074281--53074432	24	6.4	23	83	4	169	30	21	19	28	1.97
53074281--53074432	47	3.2	47	83	3	171	30	21	19	28	1.97
53074281--53074432	71	2.1	71	85	1	205	30	21	19	28	1.97
53074630--53074693	31	2.1	31	84	0	83	40	14	21	23	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53081441--53081509	30	2.3	30	89	0	102	30	33	20	15	1.94
53087911--53087939	11	2.5	12	94	5	51	13	13	3	68	1.33
53088316--53088340	13	1.9	13	100	0	50	52	8	32	8	1.60
53092652--53092867	108	2.0	108	90	0	342	35	17	15	31	1.92
53097128--53097228	29	3.5	27	81	5	94	28	32	16	21	1.96
53097675--53097705	14	2.2	14	100	0	62	12	25	29	32	1.93
53107855--53107982	65	2.0	65	95	0	229	42	18	14	23	1.88
53107988--53108065	26	2.9	26	73	7	66	29	15	16	38	1.90
53112693--53112954	131	2.0	131	90	0	416	33	20	15	29	1.94
53116239--53116276	13	2.8	13	96	4	67	44	15	7	31	1.75
53122603--53122744	53	2.6	53	83	2	167	36	19	23	20	1.95
53131047--53131160	56	2.0	56	98	0	219	26	1	14	57	1.48
53134503--53134568	27	2.4	27	80	5	71	19	18	37	24	1.93
53136922--53136952	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
53138959--53139136	51	3.5	50	81	11	202	29	15	28	26	1.96
53138959--53139136	52	3.5	52	82	10	208	29	15	28	26	1.96
53148255--53148395	55	2.6	55	74	8	151	12	24	31	31	1.92
53149545--53149786	48	5.0	48	94	0	412	31	26	6	35	1.81
53154148--53154176	13	2.3	13	94	5	51	68	0	6	24	1.13
53156706--53156881	46	3.8	46	78	10	205	21	20	28	29	1.98
53156703--53156874	93	1.8	93	93	0	299	21	20	29	28	1.98
53159569--53159648	15	5.4	15	78	12	85	11	17	12	58	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53159560--53159639	30	2.7	30	81	11	92	12	17	13	56	1.68
53162025--53162199	46	3.8	46	78	11	205	21	20	29	29	1.98
53162022--53162191	47	3.7	47	78	13	183	21	21	28	28	1.99
53162022--53162192	92	1.8	93	93	1	299	21	21	29	28	1.98
53164879--53164962	29	2.9	29	82	10	100	10	16	15	57	1.65
53164888--53164966	15	5.4	15	80	10	92	10	17	12	59	1.60
53167343--53167518	46	3.8	46	80	10	214	21	21	28	28	1.98
53167340--53167511	93	1.8	93	94	0	308	21	21	29	27	1.99
53168638--53168692	28	2.0	28	96	0	101	5	34	18	41	1.73
53174674--53174738	33	2.0	33	90	0	103	27	13	27	30	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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