genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.227.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66091274--66091455	101	1.8	101	90	4	296	27	18	24	29	1.98
66091223--66091619	150	2.6	151	88	1	571	27	17	24	30	1.97
66091430--66091612	101	1.8	100	90	1	294	27	16	25	30	1.97
66097470--66097559	40	2.2	40	82	7	121	24	28	23	23	1.99
66105404--66105493	40	2.2	40	82	7	121	24	28	23	23	1.99
66109629--66109742	27	4.3	27	82	13	146	34	22	23	19	1.97
66109629--66109741	28	4.2	28	81	13	139	34	22	23	19	1.96
66109620--66109742	55	2.3	52	83	6	149	32	23	25	18	1.97
66114185--66114246	27	2.3	26	86	8	81	35	24	22	17	1.95
66116660--66116761	49	2.1	49	94	0	177	39	16	22	21	1.92
66118827--66118957	40	3.3	40	81	2	165	24	23	27	24	2.00
66126795--66126945	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
66126831--66126961	40	3.3	40	79	2	156	25	23	27	23	2.00
66135383--66135428	23	2.0	23	100	0	92	30	4	17	47	1.67
66135695--66135760	19	3.2	19	66	25	53	21	13	25	39	1.90
66135688--66135773	43	2.0	43	93	0	145	23	15	25	36	1.94
66138715--66138753	11	3.5	11	80	13	53	56	28	0	15	1.40
66139427--66139588	43	3.8	42	78	8	139	32	25	18	24	1.97
66142336--66142506	93	1.8	93	96	0	315	27	29	22	20	1.98
66142328--66142508	46	3.9	46	81	9	233	27	29	21	20	1.98
66144883--66144971	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
66144883--66144962	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66144894--66144971	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
66154347--66154376	15	2.0	15	100	0	60	20	20	33	26	1.97
66156160--66156334	43	4.0	43	75	12	135	33	25	16	25	1.96
66156168--66156329	85	1.9	86	82	8	206	32	24	16	25	1.96
66168047--66168076	15	2.0	15	100	0	60	20	20	33	26	1.97
66169861--66170035	43	4.0	43	75	12	135	33	25	16	25	1.96
66169869--66170030	85	1.9	86	82	8	206	32	24	16	25	1.96
66173610--66173692	24	3.6	22	85	12	105	31	25	18	25	1.97
66181473--66181535	24	2.6	24	100	0	126	34	26	17	20	1.95
66191025--66191066	19	2.2	19	100	0	84	52	4	0	42	1.22
66191456--66191502	3	15.7	3	100	0	94	65	0	0	34	0.93
66194747--66194790	18	2.4	18	88	7	63	72	4	9	13	1.24
66195219--66195253	18	2.0	18	88	5	54	40	0	25	34	1.56
66195886--66195958	37	1.9	39	83	5	96	21	19	28	30	1.98
66195862--66195974	38	2.9	39	72	6	104	22	19	27	30	1.98
66200356--66200552	34	5.7	34	88	0	250	28	15	21	34	1.94
66200363--66200552	68	2.8	68	89	1	281	27	15	21	35	1.94
66201300--66201406	54	2.0	54	98	0	205	48	16	11	23	1.78
66203164--66203192	13	2.2	13	100	0	58	55	0	0	44	0.99
66203489--66203542	25	2.2	24	96	3	99	46	9	18	25	1.79
66204167--66204277	27	4.1	27	95	2	197	22	30	37	9	1.85
66204167--66204277	53	2.1	54	94	1	197	22	30	37	9	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66204371--66204412	22	1.9	22	90	9	68	69	0	28	2	1.01
66210804--66211925	284	3.9	285	86	7	1507	27	5	8	59	1.48
66210804--66211948	143	8.0	143	84	7	1451	27	5	8	58	1.49
66211964--66211992	14	2.0	15	93	6	51	48	3	0	48	1.18
66212669--66212721	27	2.0	27	100	0	106	7	37	33	20	1.81
66213092--66213143	18	2.8	19	74	11	54	51	0	0	48	1.00
66221850--66222057	40	5.2	40	82	2	202	25	23	25	25	2.00
66221852--66222057	80	2.6	80	83	3	236	25	23	26	24	2.00
66227144--66227218	23	3.2	23	62	23	57	29	10	32	28	1.90
66227119--66227287	47	3.6	47	95	0	284	30	12	31	26	1.93
66227261--66227357	46	2.1	47	86	1	133	35	7	27	29	1.84
66227349--66227389	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
66229644--66229971	40	8.2	40	94	0	541	27	21	25	25	2.00
66233466--66233540	23	3.2	23	62	23	57	29	10	32	28	1.90
66233441--66233609	47	3.6	47	95	0	284	30	12	31	26	1.93
66233583--66233672	46	2.0	46	88	0	135	34	7	30	27	1.85
66233674--66233708	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
66240686--66240892	40	5.2	40	82	3	202	25	23	26	25	2.00
66240688--66240892	79	2.6	80	83	3	236	25	23	26	24	2.00
66246383--66246567	40	4.6	39	85	4	217	28	22	25	23	2.00
66246382--66246588	80	2.6	80	83	4	247	26	22	26	25	2.00
66246381--66246588	40	5.2	39	83	5	211	26	22	25	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66251746--66251953	40	5.2	39	82	3	202	25	25	23	25	2.00
66251746--66251952	80	2.6	80	82	3	238	25	26	23	25	2.00
66259707--66259913	40	5.2	39	80	6	202	25	26	23	25	2.00
66259707--66259912	80	2.6	80	81	4	229	25	26	23	25	2.00
66261695--66261748	20	2.6	21	91	2	83	33	7	31	27	1.84
66264571--66264595	6	4.2	6	100	0	50	68	0	32	0	0.90
66266229--66266267	18	2.2	18	86	9	53	61	0	7	30	1.24
66266290--66266421	44	3.0	44	95	0	246	48	21	16	13	1.80
66270723--66270798	40	1.9	40	86	0	107	17	14	32	35	1.90
66271579--66271618	20	2.0	21	90	5	64	32	10	17	40	1.83
66277247--66277286	18	2.3	18	91	4	64	27	27	32	12	1.93
66277702--66277777	40	1.9	40	88	0	116	15	14	34	35	1.88
66280745--66280987	111	2.2	111	86	2	344	27	24	18	30	1.98
66281011--66281064	28	1.9	28	88	0	81	27	25	12	33	1.93
66281362--66281485	48	2.5	49	85	6	160	25	21	12	40	1.88
66281329--66281485	53	3.1	53	79	9	198	27	23	11	37	1.89
66287207--66287370	43	3.9	43	78	4	145	32	29	16	21	1.95
66290904--66290940	7	5.4	7	96	3	67	70	0	0	29	0.88
66296987--66297067	29	2.8	29	79	5	76	29	13	27	29	1.94
66298368--66298400	18	1.9	17	88	11	50	45	12	15	27	1.81
66300607--66300641	8	4.4	8	88	0	52	45	20	22	11	1.82
66300880--66300944	28	2.3	29	89	2	105	24	15	30	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66303906--66303965	24	2.7	22	92	7	95	33	28	18	20	1.96
66311711--66311773	24	2.6	24	100	0	126	34	26	17	20	1.95
66319422--66319481	29	2.0	29	90	3	93	35	8	25	31	1.85
66321233--66321307	29	2.6	29	89	4	107	26	16	32	25	1.96
66329139--66329219	28	2.9	26	80	10	81	27	13	33	25	1.94
66329148--66329219	28	2.5	28	88	2	99	26	15	31	26	1.95
66330923--66331093	93	1.8	93	91	0	279	21	21	28	29	1.98
66330927--66331098	46	3.7	46	75	16	174	21	20	27	29	1.98
66339602--66339769	40	4.2	40	80	4	169	23	27	23	25	2.00
66350988--66351150	27	6.0	28	77	12	139	38	20	9	31	1.85
66350988--66351150	81	2.0	81	82	9	199	38	20	9	31	1.85
66350988--66351180	54	3.6	54	76	4	174	38	19	10	31	1.86
66351056--66351194	27	5.1	27	80	5	104	38	17	13	30	1.88
66352858--66353029	54	3.2	53	84	3	209	26	18	18	37	1.93
66352858--66353026	81	2.1	82	82	3	216	26	17	18	37	1.93
66352858--66353029	27	6.4	27	82	2	184	26	18	18	37	1.93
66353994--66354642	326	2.0	326	95	0	1181	25	20	21	32	1.98
66358813--66358856	22	2.0	22	100	0	88	31	27	18	22	1.97
66371543--66371639	46	2.1	46	86	9	144	54	7	16	21	1.66
66371555--66371646	46	2.0	46	100	0	184	50	8	15	26	1.73
66379009--66379121	39	2.9	39	78	5	113	28	5	21	45	1.73
66383333--66383412	29	2.7	29	86	5	108	27	32	15	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66391231--66391310	29	2.7	29	86	5	108	27	32	15	25	1.95
66394759--66394800	16	2.7	16	85	3	59	57	19	16	7	1.62
66395023--66395099	28	2.8	28	84	5	93	25	16	31	25	1.97
66398945--66399037	48	1.9	48	86	0	132	21	19	27	31	1.97
66407583--66407624	21	2.0	21	100	0	84	28	28	14	28	1.95
66410212--66410321	39	2.8	39	81	8	118	28	28	21	21	1.99
66410227--66410331	39	2.7	39	88	2	140	25	28	21	23	1.99
66416421--66416596	46	3.8	46	78	5	185	21	20	28	28	1.98
66416418--66416589	93	1.8	93	91	2	283	22	20	29	27	1.99
66432519--66432779	24	11.0	24	90	5	397	27	21	22	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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