genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.344.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102382976--102383047	33	2.2	33	82	7	85	51	13	5	29	1.64
102385901--102385950	26	2.0	26	84	4	66	42	6	2	50	1.38
102388128--102388219	33	2.7	34	78	10	98	29	26	2	42	1.67
102388196--102388240	21	2.1	21	87	0	63	26	31	2	40	1.68
102388238--102388321	18	4.3	21	72	13	72	26	29	2	41	1.68
102388226--102388309	39	2.2	39	91	0	132	30	29	2	36	1.70
102388227--102388321	39	2.4	39	89	0	127	28	30	2	38	1.69
102388329--102388359	3	10.3	3	92	0	53	0	35	0	64	0.94
102392444--102392475	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
102394510--102394548	4	10.2	4	89	10	64	74	0	25	0	0.82
102397509--102397538	14	2.1	14	93	0	51	46	36	0	16	1.47
102401856--102401929	37	2.0	37	100	0	148	29	16	21	32	1.95
102411036--102411091	22	2.5	22	82	2	58	26	7	1	64	1.29
102411389--102411427	16	2.5	15	84	8	51	10	5	2	82	0.93
102421072--102421237	81	2.0	82	87	4	237	45	11	10	31	1.75
102425707--102425764	28	2.1	28	100	0	116	34	3	20	41	1.69
102430706--102430745	15	2.4	16	84	16	55	45	0	7	47	1.31
102432156--102432209	28	2.0	26	85	7	72	53	7	31	7	1.56
102438548--102438581	14	2.4	14	86	13	52	41	0	0	58	0.98
102440675--102440710	19	1.9	19	94	5	65	50	5	2	41	1.40
102448997--102449033	14	2.7	14	95	4	67	10	8	8	72	1.27
102448996--102449032	13	2.6	15	87	12	60	10	5	8	75	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102452844--102452912	31	2.3	30	82	5	84	47	13	7	31	1.69
102457735--102457910	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
102457731--102457902	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
102459564--102459667	39	2.7	39	95	0	190	12	24	24	39	1.89
102459585--102459649	21	3.2	21	70	12	73	12	24	21	41	1.87
102459567--102459669	18	5.4	18	68	13	71	13	24	24	37	1.91
102462360--102462417	30	2.0	28	83	9	73	53	0	0	46	1.00
102480285--102480334	24	2.1	24	88	7	75	20	14	22	44	1.86
102485582--102485615	16	2.2	15	89	5	50	44	2	0	52	1.16
102488631--102488666	16	2.2	17	90	5	56	27	0	0	72	0.85
102494087--102494121	17	2.1	17	100	0	70	45	11	5	37	1.64
102495883--102496009	46	2.8	46	90	0	200	24	31	8	35	1.86
102496033--102496367	47	7.1	47	94	0	589	25	28	12	33	1.92
102498300--102498335	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
102505638--102505674	16	2.3	16	90	0	56	45	2	8	43	1.47
102508894--102508919	12	2.2	12	100	0	52	26	34	23	15	1.94
102514905--102515012	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
102519078--102519398	46	7.0	46	90	2	430	38	15	24	21	1.92
102519689--102519722	17	2.0	17	94	0	59	50	0	17	32	1.47
102520268--102520372	27	3.9	26	86	5	122	19	24	22	33	1.97
102527576--102527643	24	2.8	25	76	13	70	69	4	1	25	1.16
102539289--102539455	35	4.6	36	84	8	196	35	24	9	30	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102539284--102539455	75	2.4	73	83	8	217	35	23	9	30	1.88
102544931--102544978	20	2.3	21	92	3	80	45	0	4	50	1.21
102545458--102545488	9	3.3	9	91	8	53	19	3	0	77	0.90
102549912--102549952	5	8.6	5	84	10	59	19	2	0	78	0.87
102549912--102549951	9	4.3	9	93	6	71	20	2	0	77	0.88
102549912--102549951	14	2.9	14	82	14	55	20	2	0	77	0.88
102551094--102551212	51	2.3	53	80	4	125	18	18	18	44	1.87
102551328--102551371	18	2.4	18	84	0	61	34	15	15	34	1.90
102552967--102553005	3	13.0	3	94	0	69	0	30	0	69	0.89
102555119--102555166	20	2.4	20	76	10	53	25	8	2	64	1.32
102555248--102555287	19	2.2	19	86	8	57	45	2	0	52	1.14
102555327--102555495	88	1.9	86	80	4	196	37	8	14	39	1.77
102555326--102555513	88	2.2	87	79	5	195	36	8	13	42	1.75
102563645--102563691	26	1.9	25	83	12	62	59	0	2	38	1.09
102563646--102563703	29	2.0	29	90	6	91	55	0	3	41	1.17
102565578--102565636	22	2.5	25	73	18	63	49	0	0	50	1.00
102567346--102567376	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
102575436--102575602	35	4.6	35	83	7	183	34	23	10	31	1.88
102575431--102575602	75	2.4	73	82	8	208	34	23	10	31	1.89
102577321--102577353	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
102577634--102577953	46	7.0	46	89	0	444	21	22	14	41	1.89
102580709--102580768	30	2.0	30	100	0	120	36	20	16	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102582003--102582033	16	1.9	16	93	0	53	51	3	0	45	1.17
102599969--102600028	22	2.7	22	75	10	59	51	1	5	41	1.33
102616140--102616357	111	2.0	111	88	0	328	41	16	6	35	1.75
102621048--102621533	162	3.0	162	96	0	911	27	17	20	34	1.95
102637536--102637585	15	3.3	15	94	5	84	28	14	18	40	1.89
102638706--102638971	46	6.0	45	85	8	339	21	23	15	39	1.92
102638884--102638959	38	2.0	38	100	0	152	21	26	18	34	1.96
102641104--102641155	11	4.7	11	76	9	52	63	3	0	32	1.12
102642056--102642096	17	2.4	17	88	8	57	75	0	17	7	1.02
102642124--102642163	16	2.5	16	88	8	55	65	0	35	0	0.93
102643388--102644142	381	2.0	381	99	0	1483	40	9	18	31	1.83
102644447--102644861	46	8.9	46	90	1	560	40	14	23	21	1.90
102644565--102644640	25	3.2	25	61	21	63	42	10	25	22	1.85
102649147--102649178	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
102650693--102650718	13	2.0	13	100	0	52	30	7	23	38	1.83
102663572--102663606	17	1.9	17	88	11	52	65	5	2	25	1.28
102665468--102665637	81	2.1	81	93	2	288	28	26	18	25	1.98
102692112--102692281	81	2.1	81	91	2	270	27	24	20	27	1.99
102699123--102699166	10	4.1	11	86	11	56	86	0	13	0	0.57
102699339--102699394	29	1.9	29	92	0	94	35	1	7	55	1.38
102700361--102700397	4	9.2	4	93	0	65	27	0	72	0	0.84
102701470--102701531	28	2.2	28	88	0	88	56	14	3	25	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102701925--102701955	3	10.3	3	100	0	62	32	35	0	32	1.58
102706246--102706278	10	3.4	10	83	8	50	27	0	0	72	0.85
102711105--102711162	20	2.8	21	80	10	66	65	3	1	29	1.19
102711135--102711174	18	2.1	18	86	9	53	62	5	2	30	1.29
102711317--102711343	14	1.9	14	100	0	54	37	0	0	62	0.95
102711317--102711346	13	2.2	13	94	5	51	40	0	0	60	0.97
102715473--102715522	20	2.5	20	100	0	100	64	0	12	24	1.27
102716391--102716415	13	1.9	13	100	0	50	40	48	0	12	1.40
102716379--102716414	18	2.0	18	88	0	54	41	47	0	11	1.39
102716440--102716486	6	7.5	6	86	9	67	78	4	0	17	0.90
102716440--102716480	20	2.0	20	85	0	55	78	4	0	17	0.93
102716506--102716545	9	4.6	9	90	6	64	25	7	20	47	1.75
102717589--102717641	5	10.0	5	80	11	61	41	0	1	56	1.10
102717586--102717642	8	6.6	9	74	22	59	43	0	1	54	1.10
102717587--102717642	12	4.5	12	81	16	69	42	0	1	55	1.10
102718953--102718991	18	2.1	19	90	4	62	41	0	10	48	1.37
102719231--102719365	39	3.4	39	74	6	112	23	20	28	28	1.99
102720074--102720099	5	5.2	5	100	0	52	42	19	19	19	1.90
102721124--102721160	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
102721212--102721244	9	3.7	9	91	0	57	39	24	12	24	1.89
102721212--102721246	18	1.9	18	100	0	70	37	22	11	28	1.89
102725565--102725605	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102727623--102727727	54	1.9	54	83	7	133	40	21	13	23	1.89
102729286--102729328	22	2.0	22	90	9	70	25	9	0	65	1.22
102729622--102729652	6	5.2	6	100	0	62	16	67	0	16	1.23
102735553--102735640	44	2.0	44	97	0	167	36	7	22	32	1.83
102738408--102738519	55	2.0	55	100	0	224	25	26	17	30	1.97
102742337--102742508	86	2.0	86	97	0	326	40	18	20	20	1.91
102747149--102747282	65	2.0	66	98	1	261	24	8	12	53	1.67
102751550--102751601	21	2.5	20	80	20	54	57	1	0	40	1.10
102751736--102751779	18	2.5	17	81	3	52	59	4	0	36	1.18
102752334--102752369	17	2.3	15	90	9	54	69	0	0	30	0.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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