genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.18.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6147196--6147265	24	2.9	24	89	0	104	22	12	31	32	1.92
6147965--6147996	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
6149519--6149647	44	2.8	45	82	4	152	34	13	24	27	1.93
6155559--6155687	44	2.8	45	82	4	152	34	13	24	27	1.93
6162104--6162182	25	3.3	25	69	16	76	31	29	3	35	1.75
6162054--6162513	49	9.7	49	91	5	705	29	29	7	33	1.85
6162274--6162343	22	3.3	22	63	25	60	28	30	11	30	1.92
6162216--6162494	90	3.0	90	90	8	468	30	28	8	33	1.86
6162054--6162494	188	2.3	186	91	3	679	29	29	7	33	1.85
6162332--6162538	98	2.2	94	86	6	258	33	26	6	33	1.82
6169105--6169214	42	2.6	42	88	7	163	29	27	13	30	1.94
6169173--6169296	47	2.7	46	86	2	167	29	27	16	27	1.97
6169314--6169493	31	5.8	31	92	0	297	25	27	20	27	1.99
6169469--6169645	50	3.5	50	92	0	291	25	23	15	35	1.95
6181464--6181498	6	5.8	6	96	0	52	8	17	40	34	1.80
6184671--6184699	6	4.8	6	100	0	58	34	13	17	34	1.89
6193190--6193232	23	1.9	23	85	4	61	53	4	0	41	1.21
6208634--6208749	19	5.8	19	75	17	103	38	0	4	56	1.25
6215341--6215389	23	2.1	23	96	0	89	28	12	10	48	1.73
6230765--6230797	16	2.0	17	88	5	50	51	12	3	33	1.54
6230956--6231000	18	2.5	17	80	19	56	44	0	4	51	1.21
6230956--6231010	20	2.9	18	86	10	58	41	0	5	52	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6230963--6231008	19	2.3	21	85	11	69	39	0	6	54	1.26
6230963--6231010	20	2.4	19	89	6	69	37	0	6	56	1.25
6232695--6232746	6	8.7	6	84	0	68	19	5	13	61	1.52
6232695--6232746	18	2.9	18	88	0	77	19	5	13	61	1.52
6232864--6233043	89	2.0	89	91	0	288	29	13	17	38	1.89
6233258--6233287	15	2.0	15	93	0	51	13	10	40	36	1.78
6235005--6235064	29	2.1	28	87	3	84	26	3	11	58	1.49
6237198--6237316	33	3.7	32	76	6	105	30	21	12	35	1.91
6237194--6237326	65	2.0	66	81	4	153	30	21	13	33	1.92
6237270--6237376	33	3.3	33	87	5	137	29	22	10	37	1.87
6240877--6240915	18	2.2	17	95	4	69	0	43	0	56	0.99
6243725--6243772	8	6.0	8	78	7	53	20	0	6	72	1.05
6243860--6243913	27	2.0	27	96	0	99	33	9	0	57	1.31
6243868--6243953	9	9.7	9	70	16	63	34	4	0	60	1.17
6243866--6243901	17	2.1	18	89	5	56	33	8	0	58	1.28
6243874--6243959	44	2.0	43	86	2	118	36	5	1	56	1.31
6244011--6244044	12	2.8	12	91	8	52	26	0	0	73	0.83
6244015--6244044	12	2.4	13	94	5	53	26	0	0	73	0.84
6244614--6244674	30	2.0	32	93	6	108	31	6	3	59	1.39
6253113--6253156	4	11.0	4	95	0	61	25	6	25	43	1.79
6256433--6256535	42	2.5	42	85	0	134	15	24	16	43	1.86
6256448--6256514	21	3.2	21	71	0	71	14	23	16	44	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6258429--6258540	25	4.5	25	81	0	125	37	18	19	24	1.94
6260658--6260749	44	2.1	44	85	4	123	33	23	20	21	1.97
6261172--6261210	16	2.4	16	87	8	53	5	15	0	79	0.90
6261216--6261252	18	2.1	18	89	0	56	56	0	0	43	0.99
6261489--6261546	3	19.3	3	73	19	50	63	1	1	32	1.14
6266544--6266593	10	5.0	10	81	13	59	68	2	8	22	1.26
6267249--6267433	93	2.0	93	84	0	244	33	27	12	25	1.93
6268311--6268387	21	3.8	20	75	16	54	71	3	1	23	1.10
6268322--6268370	18	2.8	18	78	12	57	71	2	2	24	1.07
6268326--6268391	7	9.7	7	77	19	61	74	1	1	22	0.99
6268320--6268400	28	2.8	28	78	17	87	75	1	1	22	0.95
6268342--6268412	30	2.3	29	82	17	83	77	1	2	18	0.97
6273145--6273316	93	1.8	93	94	0	308	28	29	20	20	1.98
6273138--6273313	46	3.8	46	78	12	207	29	29	20	20	1.98
6287725--6287774	10	5.0	10	80	9	57	70	2	4	24	1.15
6291768--6291811	23	2.0	21	86	8	61	75	15	2	6	1.12
6297396--6297420	7	3.6	7	100	0	50	60	0	0	40	0.97
6297518--6297546	14	2.1	14	100	0	58	48	6	20	24	1.74
6297821--6297847	6	4.5	6	100	0	54	0	18	0	81	0.69
6302787--6302960	45	3.9	45	91	0	260	23	22	27	25	2.00
6309810--6309839	14	2.1	14	93	0	51	16	0	36	46	1.47
6321248--6321468	45	5.0	45	86	2	261	26	20	25	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6323330--6323398	22	3.1	22	81	10	86	42	18	23	15	1.89
6324566--6324659	7	14.1	7	71	18	51	47	1	1	50	1.15
6324575--6324617	20	2.2	20	86	0	59	53	0	0	46	1.00
6324863--6324887	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
6331634--6331734	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
6337207--6337307	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
6345167--6345266	27	3.5	27	85	9	103	30	27	14	29	1.95
6347462--6347529	22	3.0	22	83	10	93	42	19	22	16	1.89
6348696--6348789	7	14.1	7	71	18	51	48	1	1	48	1.15
6365884--6365991	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
6368602--6368798	27	7.3	27	86	1	193	40	19	8	31	1.81
6368596--6368753	54	2.9	54	87	6	214	40	20	7	31	1.80
6368602--6368825	81	2.8	80	77	6	227	38	19	8	33	1.82
6368776--6369150	27	13.9	27	85	3	443	28	23	8	39	1.84
6368737--6369202	27	17.3	27	82	5	201	30	22	8	37	1.85
6368749--6369175	54	7.9	54	79	5	290	29	23	8	38	1.84
6368737--6369195	81	5.7	81	83	2	231	30	23	8	37	1.84
6369220--6369275	27	2.1	26	83	9	69	37	10	12	39	1.78
6369320--6369371	27	1.9	27	84	0	68	40	23	21	15	1.91
6369329--6369393	27	2.4	27	89	5	96	36	20	23	20	1.95
6370550--6370597	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
6370641--6370699	20	3.0	20	92	0	100	35	11	20	32	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6370750--6370892	24	6.0	24	91	4	209	28	22	22	26	1.99
6370750--6370892	47	3.0	47	90	5	207	28	22	22	26	1.99
6370750--6370893	71	2.0	72	89	4	220	29	22	22	26	1.99
6371084--6371178	31	3.1	31	96	0	172	38	15	21	24	1.92
6375086--6375123	20	1.9	20	88	0	58	18	13	31	36	1.89
6380472--6380535	19	3.3	19	77	18	60	0	32	0	67	0.91
6384529--6384559	12	2.7	12	95	5	55	74	0	6	19	1.03
6386567--6386691	55	2.3	55	84	2	162	14	30	30	24	1.95
6386961--6387017	28	2.0	28	89	0	87	26	24	1	47	1.62
6388434--6388462	13	2.1	14	93	6	51	51	0	3	44	1.18
6388976--6389039	31	2.0	32	85	8	87	45	0	7	46	1.32
6389128--6389174	19	2.5	19	76	13	51	38	0	2	59	1.09
6389978--6390021	15	2.9	15	82	0	61	36	2	13	47	1.56
6390610--6390745	26	5.2	26	94	0	236	33	5	25	36	1.78
6393448--6393513	23	2.8	23	95	2	114	10	4	37	46	1.59
6393618--6393658	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
6402737--6402800	18	3.6	18	79	8	76	31	14	14	40	1.85
6402717--6402797	36	2.2	36	80	4	92	34	13	12	39	1.82
6402915--6403033	51	2.3	53	88	4	179	40	19	21	18	1.92
6413495--6413542	21	2.2	22	82	14	64	45	0	18	35	1.50
6414245--6414334	32	2.8	31	77	14	103	31	11	24	33	1.90
6417406--6417578	50	3.4	50	91	0	265	34	16	23	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6417557--6417674	31	3.8	31	90	0	191	27	18	28	25	1.98
6417692--6417863	47	3.7	46	85	3	164	27	15	27	29	1.96
6417690--6417913	48	4.9	48	83	7	209	28	15	26	30	1.96
6417786--6417948	42	3.7	43	83	7	179	30	14	26	28	1.95
6422484--6422649	6	26.8	6	74	17	135	47	15	19	18	1.83
6422484--6422559	37	2.1	37	89	0	116	48	15	19	15	1.81
6422479--6422648	62	2.7	62	95	0	295	47	15	18	18	1.83
6422545--6422640	37	2.6	37	83	5	122	45	15	19	18	1.85
6422479--6422649	25	6.8	25	79	8	133	47	15	18	18	1.83
6422768--6422819	27	2.0	26	84	3	68	38	21	23	17	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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