genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.280.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83504242--83504320	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
83509399--83509425	6	4.5	6	100	0	54	48	37	14	0	1.45
83515319--83515367	3	15.3	3	91	8	71	67	0	0	32	0.91
83515846--83515917	28	2.5	28	86	6	99	31	4	5	58	1.40
83515867--83515911	15	3.1	15	75	12	58	26	0	6	66	1.16
83517890--83517918	14	2.0	15	93	6	51	31	0	0	68	0.89
83521218--83521297	29	2.8	29	75	3	81	15	42	1	41	1.54
83522265--83522296	16	2.0	16	93	0	55	31	21	9	37	1.85
83520606--83523249	670	4.0	667	86	2	3540	31	19	11	37	1.87
83523798--83523854	29	2.0	29	85	0	78	17	40	0	42	1.49
83530212--83530356	40	3.6	39	82	4	112	26	23	27	22	1.99
83530251--83530379	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
83541833--83541981	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
83541874--83541981	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
83546379--83546520	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
83546418--83546546	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
83549577--83549620	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
83564024--83564242	45	5.0	45	87	3	286	25	20	27	26	1.99
83567291--83567349	30	2.0	30	86	6	84	27	25	6	40	1.80
83574807--83575027	45	5.0	45	91	5	326	24	20	28	27	1.99
83578893--83578995	29	3.6	29	92	2	154	26	32	15	26	1.96
83586968--83587070	29	3.6	29	92	2	154	26	32	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83593014--83593059	17	2.8	17	96	3	85	67	0	10	21	1.21
83593521--83593572	21	2.5	21	73	14	54	38	1	19	40	1.63
83596990--83597048	28	2.1	27	90	3	91	35	25	22	16	1.95
83599287--83599331	10	4.5	10	83	10	56	6	11	2	80	0.99
83599287--83599325	21	1.9	21	89	5	62	7	10	2	79	1.02
83606045--83606082	3	12.7	3	100	0	76	65	0	0	34	0.93
83608497--83608663	40	4.2	41	80	5	164	24	26	22	26	2.00
83609486--83609531	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
83616505--83616670	40	4.2	40	81	1	174	24	26	22	26	2.00
83617491--83617536	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
83626358--83626414	6	9.2	6	90	5	87	78	1	3	15	0.96
83628129--83628172	3	14.7	3	83	9	54	72	0	2	25	0.96
83628129--83628173	12	3.8	12	82	11	65	73	0	2	24	0.95
83635403--83635462	30	2.0	30	90	0	93	58	13	1	26	1.45
83639344--83639402	30	2.0	30	83	9	77	25	25	8	40	1.83
83648465--83648645	46	3.9	46	81	9	233	20	21	29	27	1.98
83648467--83648637	93	1.8	93	96	0	315	20	22	29	27	1.98
83651041--83651065	13	1.9	13	100	0	50	32	0	12	56	1.36
83659519--83659550	14	2.3	14	100	0	64	40	6	25	28	1.79
83667637--83667712	40	1.9	40	87	12	113	26	10	11	51	1.71
83668655--83668775	38	3.1	38	86	4	163	32	25	20	21	1.98
83668624--83668775	78	2.0	80	81	7	188	32	26	20	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83672562--83672622	30	2.1	28	84	9	77	32	4	0	62	1.17
83675270--83675354	42	2.0	42	97	0	161	49	21	1	28	1.57
83676201--83676310	57	1.9	58	86	1	159	29	27	19	24	1.98
83676538--83676581	22	2.0	23	86	4	63	40	18	4	36	1.71
83677992--83678181	38	4.9	38	84	2	218	31	25	22	20	1.98
83681399--83681571	40	4.4	39	76	4	159	34	23	18	23	1.96
83681958--83681992	15	2.4	14	86	9	52	22	0	31	45	1.53
83681930--83681988	22	2.7	23	78	5	59	25	0	25	49	1.51
83681958--83682020	14	4.6	14	74	21	53	20	0	38	41	1.53
83682189--83682227	14	2.8	14	84	0	51	23	0	28	48	1.51
83682251--83682298	15	3.3	15	82	5	62	18	0	35	45	1.50
83682246--83682295	22	2.3	21	82	3	64	22	0	32	46	1.52
83682287--83682327	14	2.9	15	85	7	59	19	2	43	34	1.64
83682280--83682319	21	1.9	21	84	0	53	15	2	42	40	1.60
83689102--83689249	43	3.4	43	93	0	251	24	21	31	22	1.99
83694257--83694405	51	3.1	49	77	13	166	30	29	18	22	1.97
83694315--83694401	43	2.0	43	90	0	138	26	32	19	21	1.97
83694318--83694433	43	2.7	43	84	4	119	29	34	18	18	1.94
83696950--83697267	155	2.1	155	92	1	530	32	15	33	19	1.92
83702234--83702548	48	6.6	49	77	11	221	25	29	18	26	1.98
83702280--83702597	46	6.7	50	80	10	266	24	29	18	27	1.98
83702229--83702597	94	3.9	93	76	12	319	24	28	18	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83702234--83702597	46	7.7	47	78	12	259	25	29	18	26	1.98
83705199--83705686	245	2.0	245	87	1	701	27	18	17	36	1.93
83707318--83707352	16	2.2	16	94	0	61	45	20	22	11	1.82
83707563--83707651	29	3.1	29	86	1	126	24	13	31	30	1.94
83712636--83712862	49	4.5	50	90	3	314	28	30	13	27	1.94
83716841--83716996	27	5.8	27	89	1	206	32	25	5	37	1.78
83716995--83717175	54	3.4	53	77	4	159	40	19	9	29	1.84
83716995--83717175	27	6.7	26	75	5	137	40	19	9	29	1.84
83717144--83717241	27	3.6	27	68	15	65	42	16	7	33	1.75
83717025--83717255	110	2.1	108	77	6	241	40	18	9	31	1.82
83717281--83717358	27	2.9	27	75	11	70	37	19	20	23	1.95
83718165--83718234	25	2.8	25	91	4	106	27	24	22	25	2.00
83718164--83718259	25	3.9	24	82	9	104	28	22	22	26	1.99
83718165--83718259	50	1.9	50	82	8	122	28	23	23	25	1.99
83720485--83720625	27	5.3	27	85	6	182	28	26	7	38	1.82
83720485--83720625	52	2.7	54	85	6	182	28	26	7	38	1.82
83720629--83720777	27	5.7	26	82	7	97	40	21	9	28	1.84
83720656--83720804	27	5.6	27	83	7	171	42	22	7	28	1.80
83720656--83720803	80	1.9	80	85	5	210	42	21	7	28	1.80
83720656--83720805	53	2.8	55	80	6	175	42	22	7	28	1.80
83720816--83720867	27	1.9	27	88	7	79	40	13	11	34	1.81
83721785--83721854	25	2.8	25	93	0	113	27	25	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83721784--83721879	25	3.9	24	81	9	95	28	23	22	25	2.00
83721785--83721879	50	1.9	50	80	8	113	28	24	23	24	2.00
83722071--83722147	31	2.5	31	93	0	127	27	19	27	25	1.99
83724385--83724528	27	5.3	27	84	3	157	27	25	9	38	1.86
83724560--83724682	27	4.6	27	84	2	167	42	21	8	28	1.81
83724541--83724682	54	2.6	54	84	4	153	40	21	9	27	1.85
83724560--83724709	81	1.9	81	87	5	223	42	21	8	28	1.81
83724560--83724793	27	8.6	28	78	6	162	40	20	8	29	1.83
83724846--83724895	26	2.0	25	84	7	66	34	16	22	28	1.95
83725695--83725764	25	2.8	25	91	0	104	27	24	24	24	2.00
83725695--83725777	25	3.4	25	82	11	84	30	21	24	24	1.99
83725984--83726067	31	2.7	31	92	1	134	27	15	27	29	1.96
83744706--83744745	19	2.0	20	90	4	64	70	12	2	15	1.28
83748964--83749085	61	2.0	61	96	0	226	33	14	19	31	1.92
83760153--83760254	29	3.5	29	90	0	150	27	15	33	23	1.95
83761204--83762211	506	2.0	506	96	0	1863	30	18	22	28	1.98
83774299--83774521	122	1.8	119	84	6	306	41	9	19	30	1.83
83786979--83787004	13	2.0	13	100	0	52	53	15	0	30	1.42
83788596--83788753	38	4.1	37	83	4	190	31	23	22	22	1.98
83788564--83788724	76	2.1	78	87	6	231	33	24	21	21	1.97
83791048--83791257	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
83799088--83799297	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83801211--83801246	2	18.5	2	88	5	56	52	0	0	47	1.00
83804093--83804137	21	2.1	21	91	0	72	26	28	22	22	1.99
83805435--83805483	24	2.1	23	84	3	62	55	14	22	8	1.65
83810015--83810039	13	1.9	13	100	0	50	16	0	0	84	0.63
83813637--83813700	31	2.1	31	84	0	83	26	20	15	37	1.92
83813893--83814086	25	8.0	23	83	10	228	27	23	21	28	1.99
83814145--83814201	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
83814141--83814203	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
83814240--83814287	25	1.9	25	82	0	60	25	14	25	35	1.94
83815445--83815522	27	2.9	27	79	11	88	21	20	21	35	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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