genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.130.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35018485--35018638	42	3.6	42	83	3	166	29	23	14	32	1.95
35019892--35019929	19	2.0	19	94	0	67	21	18	26	34	1.96
35021651--35021808	43	3.7	42	70	12	108	32	23	17	25	1.97
35028032--35028376	172	2.0	172	98	0	663	37	18	8	35	1.81
35033511--35033727	79	2.7	81	78	12	220	26	25	21	26	1.99
35033544--35033728	40	4.7	40	81	7	216	27	25	21	25	2.00
35037677--35037740	33	1.9	33	90	0	101	40	9	25	25	1.85
35045052--35045100	24	2.0	24	100	0	98	38	28	8	24	1.84
35048600--35048626	12	2.2	12	100	0	54	7	22	40	29	1.81
35049449--35049550	30	3.5	28	67	23	75	37	10	11	40	1.77
35049453--35049571	59	2.0	59	95	0	211	34	11	10	42	1.77
35050949--35051344	47	8.4	47	90	0	594	28	30	8	32	1.87
35051140--35051218	25	3.3	25	66	16	76	31	29	5	34	1.79
35054234--35054359	25	5.1	25	74	12	109	33	18	23	24	1.97
35054234--35054359	49	2.6	49	82	5	157	33	18	23	24	1.97
35069646--35069691	22	2.1	22	95	0	83	28	17	19	34	1.94
35084370--35084530	39	4.1	39	91	0	259	22	20	32	23	1.98
35084370--35084561	39	4.9	39	88	0	249	22	21	32	22	1.98
35093841--35093959	25	4.8	25	91	1	177	27	23	24	24	2.00
35094165--35094228	27	2.4	27	86	2	94	23	23	20	32	1.98
35094207--35094387	27	6.8	27	73	6	127	30	9	19	39	1.84
35094247--35094387	54	2.6	53	80	7	142	31	8	19	41	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35094344--35094400	27	2.1	27	87	3	80	31	5	21	42	1.75
35094381--35094615	27	8.8	27	88	3	332	38	8	22	30	1.83
35094824--35094866	17	2.6	17	88	3	70	16	34	30	18	1.93
35099435--35099509	37	2.0	37	100	0	150	46	16	2	34	1.61
35101564--35101733	45	3.7	46	75	7	168	22	20	27	29	1.98
35101560--35101728	91	1.9	91	88	2	259	22	20	28	28	1.98
35105343--35105574	49	4.7	49	82	3	302	28	26	18	26	1.98
35110175--35110305	46	2.8	46	94	0	226	20	22	28	28	1.99
35111943--35112041	28	3.5	28	87	4	128	26	15	28	30	1.96
35134186--35134231	23	2.0	23	86	0	65	23	30	8	36	1.85
35141701--35141781	38	2.1	38	88	0	117	22	19	23	34	1.96
35141791--35141864	25	3.2	25	60	25	61	20	22	31	25	1.98
35141779--35142073	45	6.6	45	86	2	362	24	23	26	26	2.00
35152161--35152225	28	2.3	28	92	5	105	33	29	7	29	1.85
35152331--35152421	28	3.2	28	87	4	130	21	24	21	31	1.98
35159726--35159757	8	4.0	8	91	0	55	46	25	25	3	1.67
35160004--35160068	28	2.3	28	92	5	105	33	29	7	29	1.85
35160183--35160263	28	2.9	28	88	1	117	22	24	20	32	1.98
35161576--35161636	30	2.0	30	87	0	86	39	6	24	29	1.80
35163849--35163905	27	2.1	27	100	0	114	24	3	35	36	1.73
35166941--35166981	18	2.3	19	91	8	68	12	14	46	26	1.80
35167099--35167154	27	2.1	27	89	0	85	33	16	14	35	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35170129--35170184	27	2.1	27	89	0	85	28	16	23	32	1.96
35170173--35170569	27	14.7	27	77	5	221	40	19	10	29	1.85
35170831--35170946	41	2.8	41	90	0	178	22	21	29	26	1.99
35171096--35171155	22	2.7	22	81	0	57	21	25	21	31	1.98
35174963--35175145	40	4.7	39	81	9	212	26	26	21	25	2.00
35174963--35175145	78	2.3	80	84	7	232	26	26	21	25	2.00
35180999--35181185	40	4.7	40	81	4	180	28	23	25	21	1.99
35180999--35181152	80	1.9	80	86	0	218	27	22	26	22	1.99
35181003--35181185	80	2.3	80	81	0	213	28	24	26	21	1.99
35181003--35181220	80	2.7	80	77	3	181	27	24	26	21	1.99
35189034--35189185	40	3.8	40	82	3	171	28	23	25	23	1.99
35189034--35189187	80	1.9	80	85	0	209	28	22	25	22	1.99
35198112--35198292	48	3.9	47	77	7	174	29	14	22	32	1.94
35200083--35200327	40	6.1	40	84	2	260	25	26	22	25	2.00
35200096--35200325	120	1.9	120	84	5	304	23	27	23	25	2.00
35207395--35207548	42	3.6	42	86	3	193	27	21	16	33	1.95
35210357--35210512	47	3.3	47	74	15	178	21	19	30	28	1.98
35210398--35210573	46	3.8	46	73	7	167	21	19	28	30	1.98
35210349--35210565	93	2.3	93	91	0	353	22	20	28	29	1.98
35214596--35215325	49	14.5	49	77	12	567	33	9	27	29	1.89
35214826--35214968	67	2.1	67	97	0	268	37	7	23	31	1.83
35214777--35215086	116	2.7	116	96	0	559	34	9	26	29	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35214875--35214919	18	2.5	18	96	0	81	42	0	17	40	1.50
35215003--35215036	17	2.0	17	100	0	68	41	0	23	35	1.55
35214954--35215085	66	2.0	66	100	0	264	34	9	27	28	1.87
35215051--35215122	36	2.0	36	97	0	135	34	6	27	30	1.83
35215057--35215116	18	3.3	18	68	25	54	35	5	26	33	1.78
35214727--35215268	182	3.0	177	80	15	660	33	9	27	29	1.88
35215388--35215460	37	2.0	37	100	0	146	21	20	32	24	1.97
35220639--35220795	47	3.4	47	72	15	153	24	17	28	29	1.97
35220633--35220850	93	2.3	93	88	0	301	25	19	26	28	1.99
35227870--35227964	43	2.2	43	77	3	111	28	26	17	27	1.98
35229770--35229895	40	3.2	39	80	6	139	21	25	24	28	1.99
35236684--35236770	43	2.0	43	100	0	174	36	11	27	24	1.90
35239185--35239277	43	2.2	44	83	11	113	27	27	18	25	1.98
35244185--35244210	13	2.0	13	100	0	52	0	7	0	92	0.39
35245331--35245403	36	2.0	36	100	0	146	27	26	10	35	1.90
35247250--35247332	25	3.3	25	69	15	64	36	12	26	25	1.91
35250751--35250934	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
35250791--35250979	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
35258869--35259052	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
35258909--35259097	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
35260820--35260859	21	2.0	21	85	5	55	17	27	42	12	1.85
35262134--35262277	48	3.1	47	73	9	123	25	25	20	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35264051--35264085	16	2.2	16	100	0	70	25	8	28	37	1.85
35267514--35267643	40	3.3	39	84	4	172	23	28	24	23	2.00
35275431--35275559	40	3.3	39	85	4	179	24	28	24	22	1.99
35275431--35275556	39	3.2	39	86	7	166	23	29	25	22	1.99
35283389--35283556	40	4.2	40	80	4	169	23	27	24	24	2.00
35285477--35285533	30	1.9	30	88	0	87	26	24	7	42	1.80
35290417--35290538	37	3.3	37	94	0	208	22	31	18	27	1.97
35290638--35290999	49	7.4	49	96	0	652	30	33	8	27	1.87
35299234--35299281	21	2.2	22	85	3	62	27	12	20	39	1.89
35306091--35306414	48	6.7	48	72	8	228	29	18	28	22	1.98
35306179--35306413	97	2.4	96	84	2	301	28	19	29	22	1.98
35306078--35306412	145	2.3	144	82	6	383	28	18	28	23	1.98
35314206--35314389	40	4.6	40	87	5	239	25	26	22	25	2.00
35316363--35316465	29	3.6	29	85	0	134	25	32	15	27	1.96
35324284--35324386	29	3.6	29	87	0	143	25	33	15	26	1.95
35334259--35334401	40	3.6	40	88	3	200	25	27	21	25	1.99
35334213--35334401	80	2.4	80	81	4	220	25	26	21	25	2.00
35338274--35338405	47	2.8	48	75	10	126	25	16	30	28	1.97
35344201--35344250	25	2.0	25	100	0	100	32	8	28	32	1.86
35360635--35360756	43	2.9	40	82	11	145	31	16	23	27	1.96
35361083--35361120	19	2.0	19	100	0	76	42	15	10	31	1.81
35363292--35363378	44	2.0	44	86	4	122	35	13	26	24	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35363523--35363729	53	3.9	54	79	8	215	35	17	24	22	1.95
35368782--35368812	15	2.1	15	93	0	53	35	6	19	38	1.77
35371026--35371233	67	3.2	64	75	12	181	31	16	29	22	1.96
35376509--35376733	40	5.6	40	80	7	249	26	27	21	24	1.99
35376509--35376733	83	2.8	80	84	4	274	26	27	21	24	1.99
35380167--35380341	46	3.8	46	77	10	185	29	30	20	20	1.97
35380175--35380345	93	1.8	93	89	0	270	28	30	20	20	1.98
35384486--35384605	47	2.5	49	73	9	122	34	18	24	23	1.96
35384630--35384825	55	3.6	54	80	5	218	35	18	25	21	1.96
35384630--35384836	53	3.9	54	79	6	215	34	17	25	22	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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