genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17739392--17739439	21	2.3	21	82	7	62	39	2	16	41	1.60
17739592--17739622	16	1.9	16	93	0	53	35	0	22	41	1.54
17743064--17743145	39	2.0	41	83	4	105	30	19	18	31	1.96
17747490--17747687	27	7.3	27	83	2	218	28	23	8	39	1.83
17747490--17747682	81	2.4	81	87	3	264	29	23	7	39	1.83
17747719--17747894	27	6.5	27	86	3	230	42	21	7	28	1.80
17747908--17747959	27	1.9	27	84	7	70	40	9	13	36	1.77
17748785--17748871	20	4.3	20	89	2	131	40	11	18	29	1.86
17748921--17749043	26	4.8	26	94	1	203	26	24	24	25	2.00
17749189--17749280	42	2.2	42	90	0	139	30	14	20	34	1.92
17749304--17749413	31	3.5	31	89	0	175	30	16	25	27	1.96
17759356--17759432	23	3.4	22	75	12	84	29	16	23	29	1.96
17759331--17759433	46	2.2	47	84	3	129	31	17	23	28	1.97
17763255--17763291	17	2.1	17	90	10	56	75	2	5	16	1.10
17764067--17764147	40	2.0	40	85	0	108	35	9	14	39	1.80
17766106--17766164	21	2.7	22	78	2	66	55	6	5	32	1.48
17766352--17766394	20	2.2	20	91	8	70	69	9	0	20	1.15
17766404--17766660	104	2.4	102	83	8	293	59	12	1	26	1.42
17766710--17766770	26	2.2	30	85	11	85	45	18	0	36	1.49
17766703--17766762	26	2.4	25	81	10	77	50	16	0	33	1.46
17772116--17772279	42	3.7	42	86	8	204	29	27	14	29	1.95
17772186--17772291	49	2.2	48	93	3	176	32	28	12	27	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17772390--17772538	31	4.8	31	87	3	228	26	26	19	27	1.99
17772514--17772690	50	3.5	50	91	0	291	25	22	16	36	1.94
17775824--17775872	25	2.0	25	91	0	80	30	46	6	16	1.71
17778628--17778885	132	2.0	132	83	3	331	25	16	20	36	1.94
17780111--17780279	75	2.3	74	81	11	190	34	21	11	31	1.90
17780115--17780281	35	4.6	35	81	7	165	34	22	11	31	1.90
17786865--17786925	27	2.2	27	97	2	113	49	24	9	16	1.76
17787046--17787074	15	1.9	15	100	0	58	72	6	6	13	1.26
17788304--17788332	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
17789252--17789293	17	2.4	18	88	4	59	54	21	4	19	1.62
17791116--17791195	38	2.2	36	84	8	99	46	25	1	27	1.61
17791339--17791410	7	10.1	7	75	3	54	22	0	30	47	1.52
17791351--17791417	21	3.2	21	74	4	55	23	0	25	50	1.49
17791721--17792133	41	10.2	40	82	4	445	24	17	23	34	1.96
17791721--17792133	81	5.1	80	82	3	495	24	17	23	34	1.96
17792200--17792270	35	2.0	35	86	0	97	43	22	7	26	1.78
17793058--17793100	21	2.0	21	82	8	52	27	13	4	53	1.60
17793429--17793468	3	13.3	3	100	0	80	32	0	0	67	0.91
17795795--17795856	25	2.4	25	82	15	74	35	0	3	61	1.12
17795871--17795949	21	3.6	21	72	12	77	36	2	6	54	1.39
17795896--17795990	25	4.0	25	76	13	101	35	1	4	58	1.24
17795920--17796145	87	2.6	88	90	4	341	36	2	4	56	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17795804--17796063	134	2.0	133	94	1	414	36	1	4	57	1.29
17799407--17799454	3	16.3	3	95	4	89	0	31	0	68	0.90
17801692--17801733	22	2.0	22	85	4	59	35	11	2	50	1.52
17808125--17808160	19	1.9	18	88	5	54	30	8	11	50	1.67
17809334--17809372	6	6.5	6	96	0	60	69	10	20	0	1.17
17811717--17811775	3	19.7	3	100	0	118	33	0	0	66	0.92
17811906--17811945	18	2.3	17	86	4	53	25	2	7	65	1.32
17811928--17812004	23	3.3	23	70	21	63	31	6	5	57	1.46
17816410--17816434	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
17817289--17817400	30	4.1	27	71	20	88	46	0	1	50	1.17
17817289--17817344	28	2.0	28	89	6	87	50	0	0	50	1.00
17817366--17817411	9	5.1	9	91	0	65	47	0	0	52	1.00
17818675--17818735	3	20.3	3	93	0	104	67	0	32	0	0.91
17822400--17822483	43	2.0	43	100	0	168	32	32	7	28	1.84
17837595--17837695	24	4.1	25	72	9	75	36	15	22	24	1.94
17837883--17837934	23	2.2	23	82	3	59	26	21	28	23	1.99
17837891--17837944	23	2.3	23	83	3	63	25	20	27	25	1.99
17854944--17854993	26	1.9	26	88	8	75	64	2	10	24	1.35
17854991--17855066	6	12.2	6	70	13	55	72	2	23	1	1.05
17854991--17855066	25	3.0	25	77	7	66	72	2	23	1	1.05
17863553--17863588	17	2.1	17	100	0	72	41	11	22	25	1.86
17864881--17864987	33	3.3	33	85	1	135	33	23	9	33	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17864847--17864994	33	4.5	32	78	9	111	29	22	11	35	1.90
17871256--17871281	13	2.0	13	100	0	52	46	7	7	38	1.61
17871733--17871780	21	2.2	22	82	14	64	47	0	16	35	1.47
17872460--17872707	33	7.6	33	78	3	196	36	13	21	28	1.91
17872465--17872671	98	2.1	98	80	1	218	35	13	21	29	1.91
17874239--17874277	19	2.1	19	100	0	78	15	5	25	53	1.62
17883656--17883690	2	17.5	2	88	11	54	48	2	0	48	1.16
17884364--17884395	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
17885845--17885988	33	4.4	33	77	0	135	23	16	38	21	1.93
17885845--17885988	66	2.2	66	82	2	164	23	16	38	21	1.93
17886691--17887047	180	2.0	180	88	2	538	32	19	8	39	1.82
17887619--17887792	50	3.5	50	91	0	276	29	28	15	25	1.96
17888414--17888454	9	4.6	9	84	0	55	46	19	7	26	1.76
17888475--17888539	6	10.5	6	86	6	94	18	0	3	78	0.88
17890014--17890040	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
17891315--17891400	43	2.0	42	82	6	102	26	26	19	26	1.99
17894296--17894353	11	5.1	12	78	16	61	81	0	0	18	0.70
17894302--17894344	6	7.2	6	89	10	70	83	0	0	16	0.64
17897536--17897639	19	5.2	21	65	13	67	15	25	18	41	1.89
17897518--17897657	39	3.6	39	87	0	190	15	25	20	38	1.91
17898341--17898396	15	3.3	17	83	16	64	73	3	1	21	1.08
17898341--17898384	16	2.8	16	86	10	56	75	2	0	22	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17899999--17900100	51	2.0	51	92	0	168	26	21	25	26	2.00
17904858--17904914	18	3.0	18	73	14	60	14	26	22	36	1.92
17904860--17904998	39	3.6	39	90	0	215	12	25	23	38	1.90
17910701--17910764	31	2.1	31	93	0	110	23	23	15	37	1.93
17910957--17911051	25	3.9	23	88	5	100	29	23	18	28	1.98
17910971--17911051	25	3.3	24	91	5	119	29	23	17	29	1.97
17911101--17911167	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
17911101--17911156	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
17915786--17915827	17	2.6	16	92	7	75	11	7	4	76	1.15
17915786--17915858	16	4.6	16	74	6	67	17	5	5	71	1.25
17916014--17916061	19	2.5	20	83	10	55	8	8	10	72	1.27
17916019--17916061	18	2.4	17	81	11	50	9	9	9	72	1.30
17917562--17917593	8	4.0	8	100	0	64	25	0	0	75	0.81
17919173--17919237	27	2.3	29	76	13	71	3	3	30	63	1.25
17920062--17920123	30	2.1	30	90	6	99	41	29	9	19	1.83
17920092--17920213	57	2.2	55	86	5	165	42	18	11	27	1.84
17920453--17920642	72	2.6	72	83	4	247	35	23	14	25	1.93
17920594--17920790	53	3.5	53	70	11	169	38	22	14	25	1.92
17920647--17920923	62	4.5	63	73	17	240	35	23	14	26	1.93
17920573--17920876	115	2.6	115	96	1	547	37	23	14	24	1.92
17928328--17928498	75	2.4	75	84	7	212	32	11	23	33	1.90
17928331--17928494	35	4.5	36	83	8	174	32	10	23	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17931846--17931881	12	3.0	12	87	0	54	41	5	27	25	1.77
17931842--17931873	16	1.9	17	93	6	57	40	6	28	25	1.79
17933831--17933871	2	20.5	2	94	0	73	48	0	2	48	1.14
17936977--17937086	18	6.1	18	79	0	112	36	15	14	33	1.88
17936977--17937086	36	3.1	36	86	0	148	36	15	14	33	1.88
17939164--17939294	57	2.2	59	79	4	140	20	20	16	41	1.90
17939418--17939516	18	5.5	18	81	0	108	32	17	17	33	1.93
17939418--17939519	36	2.8	36	86	0	141	32	16	16	34	1.92
17939526--17939573	18	2.7	18	78	12	53	35	6	18	39	1.76
17943776--17943809	16	2.1	16	100	0	68	50	0	17	32	1.47

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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