genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.100.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27126923--27126977	29	1.9	29	92	3	94	56	10	12	20	1.66
27131734--27131758	6	4.2	6	100	0	50	52	16	16	16	1.76
27134181--27134219	16	2.3	18	86	8	55	51	15	7	25	1.70
27135211--27135267	28	2.0	30	86	6	82	35	0	1	63	1.05
27135212--27135276	28	2.3	28	81	7	69	32	1	3	63	1.19
27140655--27140688	2	17.5	2	93	6	61	50	0	0	50	1.00
27140946--27140983	19	2.0	20	84	5	51	47	15	10	26	1.78
27154331--27154370	21	1.9	21	90	10	64	20	7	12	60	1.56
27154675--27154723	19	2.7	18	84	9	55	42	2	4	51	1.32
27155324--27155357	2	16.5	2	93	6	59	47	0	2	50	1.16
27156790--27156851	29	2.1	31	84	6	83	30	9	8	51	1.63
27158491--27158558	33	2.1	33	83	8	86	50	16	7	26	1.71
27158551--27158588	19	2.0	19	100	0	76	47	15	10	26	1.78
27159373--27159414	2	21.0	2	95	0	75	52	0	0	47	1.00
27161061--27161222	26	6.2	26	96	0	279	34	4	23	37	1.77
27170031--27170058	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
27176788--27176836	23	2.1	23	88	0	71	12	30	30	26	1.92
27179459--27179505	25	1.9	25	86	4	69	19	25	17	38	1.92
27179451--27179517	24	2.7	25	76	15	68	19	29	17	32	1.95
27179645--27179735	25	3.7	25	77	4	87	18	26	16	38	1.92
27179695--27179747	24	2.2	24	96	0	97	22	26	16	33	1.96
27179695--27179759	24	2.7	24	90	0	85	21	24	18	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27182772--27182839	26	2.6	26	78	2	64	33	22	13	30	1.92
27188277--27188344	21	3.2	21	65	0	55	45	17	20	16	1.85
27188258--27188433	42	4.2	41	77	5	138	46	15	21	17	1.84
27196912--27196976	11	6.1	11	75	5	62	36	13	16	32	1.89
27196912--27196962	21	2.4	21	90	0	75	37	11	19	31	1.88
27196914--27196974	32	1.9	31	83	3	77	36	11	18	34	1.86
27197008--27197075	25	2.7	25	86	8	102	30	27	17	23	1.97
27197008--27197092	25	3.4	25	84	7	93	31	23	20	24	1.98
27197298--27197375	31	2.5	31	85	6	106	25	17	26	29	1.98
27198747--27198801	12	4.7	11	80	12	65	76	5	1	16	1.06
27198747--27198801	18	3.1	16	82	17	65	76	5	1	16	1.06
27204347--27204505	45	3.7	43	80	9	148	31	27	17	23	1.97
27208048--27208183	46	3.0	47	90	2	197	22	23	13	40	1.89
27211778--27211838	25	2.4	25	80	0	68	60	1	4	32	1.28
27219076--27219144	2	34.5	2	95	0	120	1	0	46	52	1.09
27232551--27232643	32	2.9	32	82	7	109	22	13	19	44	1.86
27234469--27234507	20	2.0	20	89	0	60	48	15	12	23	1.79
27238253--27238294	6	7.2	6	86	5	59	69	0	0	30	0.89
27238253--27238294	17	2.4	17	88	4	57	69	0	0	30	0.89
27246127--27246160	11	3.1	11	91	0	50	64	2	0	32	1.08
27246689--27246727	18	2.1	18	85	4	51	51	0	0	48	1.00
27249381--27249422	16	2.6	16	81	7	50	64	4	7	23	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27249447--27249494	21	2.3	22	82	10	64	66	2	31	0	1.03
27254463--27254519	24	2.5	22	78	13	62	77	3	15	3	1.05
27254462--27254522	12	5.0	12	72	9	52	77	3	16	3	1.04
27256650--27256687	15	2.5	15	83	12	51	52	0	0	47	1.00
27256648--27256685	17	2.1	19	85	9	53	55	0	0	44	0.99
27257074--27257098	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
27257993--27258031	21	1.9	19	85	10	51	33	0	5	61	1.18
27261240--27261319	39	2.1	39	92	0	133	33	15	13	37	1.86
27262091--27262204	58	1.9	59	80	5	133	26	15	14	42	1.86
27263822--27263855	17	2.1	17	88	5	52	52	5	11	29	1.61
27263808--27263909	51	2.0	51	90	0	159	46	3	17	32	1.67
27270923--27270956	11	3.1	11	91	8	52	44	0	0	55	0.99
27270935--27270980	20	2.3	20	88	7	67	58	0	0	41	0.98
27271980--27272017	20	1.9	20	84	10	51	42	13	23	21	1.88
27273906--27274028	46	2.7	46	97	0	228	34	13	26	25	1.93
27273998--27274059	31	2.0	31	96	0	115	33	9	27	29	1.88
27273952--27274105	77	2.0	77	97	0	290	36	12	24	25	1.92
27274030--27274215	46	4.0	46	87	1	239	40	14	22	22	1.90
27273906--27274133	123	1.9	123	97	0	429	36	13	25	25	1.92
27285758--27285819	29	2.1	30	91	8	101	16	24	30	29	1.96
27285807--27285853	18	2.6	18	83	6	60	17	8	29	44	1.78
27288340--27288393	17	3.0	17	78	10	54	51	5	0	42	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27288840--27288879	11	3.6	11	79	0	53	20	15	7	57	1.61
27289519--27289594	29	2.6	29	82	15	86	42	2	5	50	1.39
27300890--27300944	23	2.2	26	81	9	62	18	5	3	72	1.18
27300873--27300944	27	2.7	25	72	10	63	19	4	4	72	1.18
27301718--27301768	21	2.4	21	93	0	84	15	21	29	33	1.94
27307681--27307720	20	2.0	20	85	0	53	15	15	47	22	1.82
27308518--27308557	13	3.1	13	92	0	62	17	30	35	17	1.93
27317084--27317212	55	2.4	53	80	7	134	25	34	24	16	1.95
27321249--27321373	47	2.7	47	85	5	164	28	30	19	22	1.98
27321205--27321373	93	1.8	93	89	5	270	27	29	20	23	1.98
27321205--27321370	46	3.6	46	79	8	185	27	29	19	22	1.98
27323826--27323877	19	3.2	15	78	21	52	51	3	7	36	1.49
27324248--27324359	19	5.8	19	81	9	129	34	16	12	36	1.86
27324262--27324359	36	2.6	37	80	9	117	33	16	12	37	1.86
27324273--27324369	19	5.3	19	82	7	76	35	14	13	37	1.85
27325175--27325282	44	2.4	44	89	3	153	27	28	14	28	1.96
27325262--27325537	44	6.3	44	73	12	226	27	25	17	28	1.98
27325257--27325537	132	2.1	132	93	0	481	28	25	17	28	1.97
27326434--27326497	1	64.0	1	84	0	83	0	7	0	92	0.40
27326434--27326497	11	6.1	11	89	7	98	0	7	0	92	0.40
27326434--27326497	28	2.3	29	91	5	105	0	7	0	92	0.40
27332732--27332791	28	2.1	28	82	11	70	61	5	3	30	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27332914--27332965	19	3.2	15	78	21	52	51	3	7	36	1.49
27333333--27333398	19	3.2	21	87	6	64	36	19	9	34	1.84
27333350--27333446	19	5.1	19	92	7	162	36	15	10	38	1.82
27333350--27333446	36	2.5	37	90	9	151	36	15	10	38	1.82
27333372--27333428	17	3.5	15	88	11	53	35	15	10	38	1.82
27336600--27337784	602	2.0	602	95	0	2120	32	17	11	38	1.86
27338360--27338532	93	1.9	93	91	2	285	27	30	21	20	1.98
27338353--27338528	46	3.8	46	75	12	180	28	29	21	20	1.98
27340658--27340767	31	3.5	31	97	0	202	25	26	18	30	1.98
27340791--27340882	42	2.2	42	88	0	130	34	19	14	31	1.91
27341015--27341150	26	5.3	26	87	3	190	26	22	22	27	1.99
27341015--27341150	52	2.7	51	92	5	224	26	22	22	27	1.99
27341200--27341286	20	4.3	20	92	2	140	31	18	10	40	1.84
27341994--27342056	27	2.3	27	83	5	83	23	23	15	36	1.94
27342111--27342218	27	3.9	28	79	15	109	30	7	19	42	1.78
27342108--27342277	54	3.1	55	79	5	168	31	9	18	40	1.83
27342174--27342297	27	4.6	27	80	7	128	26	8	23	41	1.82
27342337--27342405	27	2.6	27	88	0	102	42	10	17	30	1.82
27342398--27342528	28	4.9	27	79	8	135	32	6	21	40	1.78
27342398--27342528	54	2.4	53	80	6	156	32	6	21	40	1.78
27344868--27344946	31	2.5	31	95	0	140	24	26	18	30	1.98
27344970--27345061	42	2.2	42	90	0	139	34	20	14	30	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27345217--27345354	26	5.4	26	92	0	217	26	23	23	27	2.00
27345404--27345489	20	4.3	20	92	5	140	31	18	10	39	1.85
27345404--27345489	39	2.2	40	91	6	140	31	18	10	39	1.85
27346179--27346230	27	1.9	27	84	7	70	23	25	21	30	1.99
27346328--27346397	27	2.6	27	86	4	88	24	4	25	45	1.71
27346429--27346710	27	10.4	27	77	7	142	36	9	21	31	1.87
27346509--27346630	55	2.2	54	80	7	138	31	9	22	37	1.85
27348003--27348032	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
27348575--27348649	29	2.6	29	89	4	107	26	16	32	25	1.96
27355343--27355445	18	5.4	18	70	13	80	35	24	25	14	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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