genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.190.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53960935--53960981	25	1.9	25	82	4	60	31	17	17	34	1.92
53969451--53969522	29	2.6	29	86	4	103	26	16	31	25	1.96
53977273--53977344	29	2.5	29	95	2	128	27	15	30	26	1.96
53987537--53987629	24	3.9	24	97	0	168	36	25	18	19	1.94
53988978--53989143	40	4.2	40	81	3	176	24	27	21	25	1.99
53988994--53989105	39	2.8	38	85	4	134	25	29	22	23	1.99
53988994--53989143	79	1.9	78	83	6	196	24	28	22	26	1.99
53989969--53990014	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
53996985--53997151	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
53996985--53997151	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
53997977--53998022	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
54006184--54006215	3	10.7	3	100	0	64	34	0	34	31	1.58
54012579--54012747	43	4.0	43	71	9	139	27	15	24	31	1.96
54019372--54019473	22	4.5	22	79	6	107	34	19	21	24	1.96
54019372--54019506	45	3.0	45	78	11	150	34	17	22	25	1.96
54020842--54021151	48	6.6	48	73	8	188	29	19	24	26	1.98
54020842--54021101	90	2.8	93	74	6	231	31	19	23	26	1.98
54020880--54021152	138	2.0	138	81	7	322	28	19	25	26	1.98
54020831--54021237	186	2.2	185	79	5	417	29	18	24	27	1.98
54027098--54027181	29	3.0	28	85	3	114	28	30	14	26	1.95
54027394--54027436	16	2.7	16	77	0	50	13	18	13	53	1.73
54029666--54029735	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54040651--54040725	29	2.6	29	76	0	87	28	28	14	29	1.95
54040976--54041010	8	4.4	8	88	0	52	5	22	20	51	1.68
54040960--54041010	24	2.1	24	85	0	66	9	21	17	50	1.74
54040960--54041010	16	3.2	16	85	0	57	9	21	17	50	1.74
54042117--54042163	16	2.9	16	78	6	51	21	6	23	48	1.72
54045523--54045694	67	2.6	66	81	7	170	31	16	29	22	1.96
54045547--54045730	67	2.8	64	77	10	196	28	17	30	22	1.97
54049465--54049550	23	3.7	23	77	11	79	38	20	19	20	1.94
54049468--54049519	22	2.3	23	87	9	72	36	23	19	21	1.95
54052643--54052757	43	2.7	43	76	9	117	30	16	22	30	1.96
54069536--54069638	43	2.4	43	81	3	118	27	15	24	33	1.95
54070940--54071072	42	3.2	42	98	0	257	21	26	30	21	1.98
54079662--54079831	43	4.0	43	84	4	195	27	13	26	32	1.94
54081654--54081754	27	3.6	27	87	4	139	36	11	21	29	1.90
54090994--54091039	19	2.3	20	89	10	69	15	21	28	34	1.94
54092898--54092955	16	3.6	16	79	9	64	50	1	0	48	1.11
54092910--54092950	21	2.0	20	85	4	55	48	2	0	48	1.14
54092897--54092954	5	10.7	6	72	20	56	48	1	0	50	1.11
54094451--54094620	43	4.0	42	81	6	180	25	17	23	32	1.97
54097150--54097180	16	1.9	16	93	0	53	54	22	6	16	1.64
54098640--54098709	29	2.4	29	83	6	90	34	11	25	28	1.91
54098655--54098716	29	2.1	29	82	5	72	30	17	29	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54110181--54110262	28	2.9	28	88	0	119	32	10	26	29	1.91
54110669--54110709	21	1.9	22	85	5	57	39	4	24	31	1.76
54118145--54118180	18	2.0	19	89	10	58	55	11	22	11	1.66
54124447--54124515	28	2.4	30	76	13	81	30	30	2	36	1.72
54130585--54130746	48	3.4	48	78	3	166	25	29	17	27	1.98
54130585--54130795	94	2.2	93	79	3	226	24	27	19	27	1.99
54130621--54130790	46	3.7	46	76	10	157	24	28	19	28	1.98
54136896--54136994	28	3.5	29	83	6	114	30	27	15	27	1.96
54144906--54144979	28	2.6	28	91	4	114	31	25	14	28	1.95
54148069--54148210	40	3.6	39	81	1	151	28	24	27	19	1.99
54148106--54148287	39	4.6	39	76	8	136	23	24	29	23	1.99
54148111--54148257	79	1.9	79	81	5	181	21	24	30	23	1.99
54156150--54156333	40	4.6	40	78	4	147	22	24	29	23	1.99
54157778--54157812	16	2.2	16	100	0	70	45	11	5	37	1.64
54159122--54159225	44	2.4	43	83	4	120	31	13	23	31	1.93
54169228--54169398	93	1.8	93	93	0	297	27	29	21	21	1.99
54169220--54169395	46	3.8	46	79	12	207	28	28	21	21	1.98
54171782--54171870	30	3.0	30	79	11	94	56	15	17	10	1.67
54171782--54171864	15	5.6	14	73	10	58	55	16	18	9	1.68
54171793--54171870	15	5.2	15	75	9	70	55	15	17	11	1.69
54174775--54174945	93	1.8	93	92	0	288	28	29	21	21	1.98
54174767--54174942	46	3.8	46	78	12	198	28	28	20	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54182160--54182473	46	6.7	48	70	10	186	27	17	28	26	1.98
54187917--54187959	9	4.4	9	81	16	50	13	4	0	81	0.84
54189662--54189789	48	2.6	49	86	6	172	25	27	21	26	1.99
54192275--54192433	49	3.3	49	95	2	279	31	7	30	30	1.85
54194746--54194946	40	5.1	40	91	0	314	24	21	28	24	1.99
54198674--54198833	49	3.3	49	96	1	288	31	7	30	30	1.85
54201145--54201385	40	6.1	40	93	0	394	24	21	28	24	1.99
54205111--54205270	49	3.3	49	96	1	288	31	7	30	30	1.85
54207582--54207782	40	5.1	40	91	0	314	24	21	28	24	1.99
54211512--54211671	49	3.3	49	96	1	288	31	7	30	30	1.85
54215034--54215265	49	4.7	49	82	3	275	29	27	17	25	1.98
54215034--54215264	101	2.3	99	85	4	295	29	26	17	25	1.98
54218261--54218494	107	2.2	108	80	4	296	36	12	20	30	1.90
54221225--54221320	24	4.0	24	78	8	95	23	20	22	32	1.98
54225344--54225614	47	5.8	46	77	8	201	28	18	29	23	1.98
54225391--54225614	47	4.8	48	78	8	212	28	18	29	23	1.98
54226141--54226165	11	2.3	11	100	0	50	28	0	0	72	0.86
54234935--54235157	49	4.6	49	84	7	244	28	20	27	23	1.99
54234972--54235157	98	1.9	98	88	1	284	27	20	28	23	1.99
54235139--54235204	33	2.0	33	96	0	123	22	13	33	30	1.93
54239058--54239865	92	8.8	92	81	2	847	35	2	16	45	1.60
54239565--54239778	23	9.3	23	65	10	87	38	1	14	45	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54239565--54239942	186	2.0	185	90	0	585	38	1	13	45	1.55
54239652--54239948	93	3.2	93	73	7	278	38	1	14	45	1.54
54242083--54242218	54	2.5	54	86	0	191	28	23	25	22	1.99
54244473--54244642	45	3.8	45	89	0	232	38	19	20	22	1.94
54244475--54244664	45	4.2	45	83	2	211	40	19	18	21	1.92
54244653--54244774	45	2.7	46	84	3	140	45	14	21	18	1.84
54249742--54249791	21	2.5	20	73	23	50	40	6	0	54	1.25
54252042--54252243	40	5.1	40	90	2	309	23	22	27	26	2.00
54254332--54254359	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
54258800--54258999	41	4.9	41	83	6	235	29	26	18	27	1.98
54258800--54259018	82	2.7	82	82	3	280	29	25	18	26	1.98
54273314--54273477	45	3.5	47	78	8	156	21	24	20	34	1.97
54276523--54276661	40	3.5	39	82	2	154	25	23	28	22	1.99
54276522--54276687	79	2.1	79	78	4	174	25	22	27	24	2.00
54280788--54280838	20	2.5	20	87	0	75	13	31	39	15	1.87
54285591--54285870	48	5.8	48	81	2	281	23	25	22	28	1.99
54285592--54285876	96	2.9	96	81	3	311	23	25	22	28	1.99
54288674--54288858	40	4.7	40	79	7	182	24	22	27	25	2.00
54288727--54288891	79	2.1	79	82	6	192	25	20	28	25	1.99
54293803--54293899	39	2.5	39	84	0	131	27	22	28	20	1.99
54293750--54293899	79	1.9	80	86	5	216	26	22	28	22	1.99
54293751--54293932	78	2.3	80	82	9	214	25	23	28	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54299958--54300159	40	5.1	40	81	10	238	24	22	28	25	1.99
54299958--54300138	79	2.3	80	84	9	230	23	22	28	25	2.00
54304087--54304148	31	2.0	31	90	0	97	38	8	24	29	1.84
54305579--54305645	34	2.0	34	93	0	116	40	8	5	44	1.60
54307321--54307445	38	3.3	38	97	0	241	28	13	26	32	1.94
54308038--54308262	40	5.6	40	82	4	195	25	23	28	23	2.00
54308038--54308298	80	3.3	80	82	4	287	26	22	27	23	2.00
54308038--54308262	120	1.9	121	84	6	305	25	23	28	23	2.00
54315363--54315481	38	3.2	38	96	3	224	28	14	26	30	1.95
54316077--54316336	80	3.3	79	83	5	301	25	23	27	23	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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