genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.289.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86602774--86602995	37	5.9	37	89	2	327	27	30	18	24	1.98
86602775--86602995	76	3.0	74	88	6	329	27	30	18	24	1.98
86602774--86602982	113	1.8	113	93	0	364	28	30	17	24	1.97
86603141--86603411	47	5.8	46	83	8	136	24	30	11	33	1.91
86603205--86603830	47	13.1	47	89	4	901	25	30	12	30	1.93
86607733--86607964	40	5.8	40	96	0	401	25	30	21	23	1.99
86609230--86609410	37	4.9	37	95	0	317	25	31	18	23	1.98
86609618--86610194	47	12.1	47	90	3	857	25	30	12	31	1.93
86616012--86616049	14	2.9	13	81	11	51	57	10	13	18	1.63
86622813--86622860	5	9.0	5	79	20	53	75	0	4	20	0.97
86643028--86643130	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
86646263--86646384	42	2.9	42	74	10	115	34	27	13	24	1.93
86654447--86654542	48	2.0	48	100	0	192	25	18	10	45	1.81
86658868--86658961	40	2.4	40	96	1	172	29	30	19	20	1.97
86669579--86669769	39	4.8	40	88	0	199	25	32	20	21	1.98
86669617--86669769	39	3.9	39	91	0	243	25	32	18	22	1.97
86677503--86677664	39	4.2	39	91	2	263	24	32	20	22	1.98
86677511--86677666	77	2.0	78	93	1	269	22	32	20	25	1.98
86684896--86684996	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
86697498--86697560	25	2.5	25	97	2	117	28	28	17	25	1.97
86697548--86697612	27	2.4	27	86	0	85	24	16	21	36	1.94
86697565--86697917	27	13.1	27	87	1	406	29	10	22	37	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86699224--86699412	49	3.8	49	80	4	236	28	24	18	28	1.98
86699230--86699417	100	1.9	100	92	2	315	28	25	19	26	1.99
86703676--86703764	27	3.3	27	88	1	126	40	16	10	32	1.82
86703770--86703843	26	2.8	27	87	4	96	28	27	8	36	1.85
86704556--86704619	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
86704812--86704975	23	7.0	24	91	6	257	28	22	21	27	1.99
86704812--86704975	47	3.5	47	92	5	262	28	22	21	27	1.99
86704833--86704974	70	2.0	69	94	4	250	29	21	21	27	1.98
86705034--86705090	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
86705022--86705092	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
86705027--86705081	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
86705129--86705176	25	2.0	24	83	4	60	25	18	25	31	1.98
86706334--86706405	26	2.7	26	77	10	67	23	20	19	36	1.95
86706448--86706666	27	8.0	27	76	8	176	32	9	17	40	1.81
86706428--86706665	81	2.9	82	75	12	227	32	9	18	39	1.83
86706456--86706734	27	10.3	27	79	6	163	34	8	19	37	1.82
86706659--86707002	27	12.7	27	89	2	467	38	9	24	27	1.86
86707867--86708001	27	5.0	27	87	1	164	30	21	7	40	1.80
86707959--86708199	27	8.9	27	75	9	114	39	18	9	32	1.82
86707992--86708199	54	3.8	54	79	11	194	40	18	9	31	1.82
86707991--86708208	27	8.0	27	78	7	163	38	18	10	32	1.84
86708259--86708326	27	2.5	27	92	0	109	30	19	27	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86708259--86708336	27	2.9	27	84	7	88	30	20	26	21	1.98
86709129--86709288	26	6.2	26	91	1	252	28	21	23	26	1.99
86709129--86709288	52	3.1	52	95	1	288	28	21	23	26	1.99
86709423--86709558	42	3.2	42	95	0	236	27	13	21	37	1.91
86709580--86709658	31	2.5	31	91	0	131	29	17	25	27	1.98
86717914--86718016	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
86723965--86724070	40	2.7	40	84	0	122	26	23	29	20	1.99
86731926--86732109	40	4.6	40	78	4	147	22	24	29	23	1.99
86737200--86737302	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
86740035--86740180	40	3.7	39	89	3	211	23	30	21	23	1.99
86739979--86740180	80	2.5	80	83	3	235	26	29	19	24	1.99
86746850--86747037	40	4.7	40	89	1	252	23	28	22	25	1.99
86746834--86747037	80	2.5	79	87	3	282	25	28	21	24	1.99
86754920--86755028	29	3.8	29	79	8	114	25	29	16	28	1.97
86754917--86755028	58	1.9	58	85	3	154	25	30	16	27	1.96
86755265--86755294	8	3.8	8	95	0	51	20	26	13	40	1.89
86768538--86768574	18	2.1	18	100	0	74	45	32	5	16	1.70
86775973--86776175	40	5.1	39	85	4	237	26	27	21	24	1.99
86775973--86776175	79	2.5	80	83	6	234	26	27	21	24	1.99
86776144--86776604	123	3.8	123	97	0	834	33	25	10	29	1.90
86783468--86783711	40	6.1	40	87	2	303	27	26	21	24	1.99
86783798--86783990	64	3.1	64	60	15	150	34	26	10	28	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86783680--86784136	123	3.8	123	95	1	798	34	25	10	30	1.89
86790643--86790847	40	5.1	40	85	4	234	27	26	21	24	1.99
86790643--86790847	81	2.5	80	83	5	236	27	26	21	24	1.99
86790933--86791121	64	3.0	64	58	16	142	33	26	11	28	1.91
86790816--86791268	123	3.8	122	93	3	751	33	25	10	29	1.89
86790816--86791268	238	1.9	243	92	4	765	33	25	10	29	1.89
86797782--86797985	40	5.1	39	85	4	230	27	26	21	24	1.99
86797954--86798411	245	1.9	243	94	1	819	33	25	10	29	1.90
86797954--86798411	122	3.8	123	96	1	825	33	25	10	29	1.90
86805294--86805474	40	4.5	39	85	2	209	26	26	20	26	1.99
86805445--86805906	123	3.8	123	96	0	827	34	25	10	30	1.89
86807603--86807682	25	3.2	25	75	7	81	27	20	20	32	1.97
86808687--86808796	26	4.2	26	92	0	184	33	5	24	36	1.79
86808687--86808796	52	2.1	52	100	0	220	33	5	24	36	1.79
86810531--86810578	21	2.3	21	85	7	62	12	2	52	33	1.51
86810585--86811008	137	3.1	137	98	0	812	25	19	24	31	1.98
86815581--86815689	24	4.6	23	85	7	137	33	23	17	24	1.96
86815581--86815689	48	2.3	48	91	3	175	33	23	17	24	1.96
86817397--86817480	43	2.0	43	81	9	100	21	15	28	34	1.94
86831526--86831598	26	2.8	26	80	0	101	28	20	21	28	1.98
86831648--86831704	20	2.8	20	72	0	60	35	17	12	35	1.87
86839137--86839209	26	2.8	26	85	0	110	27	20	23	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86839259--86839315	20	2.8	20	72	0	60	35	17	12	35	1.87
86845736--86845774	21	1.9	20	84	5	51	30	7	15	46	1.74
86854145--86854228	43	2.0	43	90	0	132	21	20	30	27	1.98
86861513--86861567	28	2.0	27	82	13	67	38	12	3	45	1.60
86873627--86873671	22	2.0	22	95	0	81	35	8	24	31	1.86
86878346--86878614	47	5.7	46	77	8	222	28	18	28	23	1.98
86878346--86878617	94	2.9	92	81	7	282	29	19	28	23	1.98
86878351--86878614	140	1.9	141	83	3	345	28	18	28	23	1.98
86881316--86881385	27	2.6	27	93	2	113	30	28	14	27	1.95
86883921--86883959	21	1.9	20	84	5	51	23	30	28	17	1.97
86886699--86886732	11	3.1	11	95	0	59	64	14	8	11	1.49
86891921--86891955	11	3.2	11	91	0	61	65	11	8	14	1.46
86894075--86894099	10	2.5	10	100	0	50	20	0	8	72	1.10
86894218--86894526	162	1.9	162	86	4	444	35	10	16	37	1.82
86899089--86899209	27	4.5	27	80	3	138	29	12	28	29	1.93
86899089--86899209	54	2.3	54	88	4	174	29	12	28	29	1.93
86905801--86905929	40	3.2	40	81	5	156	23	24	28	24	1.99
86913570--86913649	15	5.4	15	77	7	83	10	18	13	57	1.64
86913561--86913648	30	3.0	30	80	11	92	10	18	15	55	1.68
86916018--86916198	46	3.9	46	81	9	233	20	21	29	27	1.98
86916020--86916190	93	1.8	93	96	0	315	20	22	29	27	1.98
86921988--86922151	40	4.1	40	79	6	179	25	21	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86931777--86931988	96	2.2	96	89	1	327	25	23	22	29	1.99
86931813--86931990	48	3.7	48	73	0	158	24	24	23	28	2.00
86934434--86934468	11	3.2	11	87	0	52	11	11	17	60	1.59
86938158--86938282	50	2.5	49	82	7	146	24	16	30	28	1.97
86940960--86941085	46	2.6	48	86	8	161	25	22	26	25	2.00
86949915--86949985	18	3.9	18	76	7	81	39	15	4	40	1.67
86950941--86950979	17	2.3	17	82	8	53	10	43	28	17	1.82
86951864--86951910	23	2.0	22	84	8	58	40	31	4	23	1.74
86954428--86954577	6	24.3	6	69	17	76	48	15	15	20	1.81
86954437--86954577	31	4.5	31	89	0	192	48	14	15	20	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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