genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.244.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71816314--71816353	21	2.0	20	85	5	53	10	32	25	32	1.89
71820152--71820197	22	2.1	22	84	11	60	58	17	13	10	1.62
71821030--71821069	21	1.9	21	85	10	55	20	7	2	70	1.24
71821102--71821145	15	2.9	15	90	6	63	38	4	0	56	1.20
71821093--71821145	3	17.7	3	76	7	54	35	3	1	58	1.27
71824428--71824627	100	2.0	100	100	0	400	42	18	21	19	1.90
71832362--71832440	39	2.0	40	95	2	142	35	2	13	48	1.57
71832423--71832501	38	2.1	38	100	0	158	30	7	16	45	1.75
71835286--71835360	34	2.2	34	88	9	118	26	21	25	26	1.99
71838447--71838491	22	2.0	22	83	8	56	20	6	20	53	1.67
71839465--71839522	27	2.1	27	90	0	89	39	25	8	25	1.84
71840143--71840202	31	1.9	31	86	6	86	13	16	28	41	1.86
71845153--71845296	40	3.6	40	82	5	157	23	22	27	25	2.00
71847074--71847232	27	5.9	27	73	5	115	30	10	21	37	1.87
71847074--71847239	54	3.1	54	77	0	170	29	10	22	37	1.87
71856258--71856329	33	2.2	33	100	0	144	33	19	5	41	1.75
71861972--71862012	18	2.2	19	95	4	75	21	24	34	19	1.97
71862100--71862155	28	2.0	28	89	0	85	37	21	12	28	1.90
71865343--71865398	28	2.0	28	85	0	76	37	19	12	30	1.89
71865648--71865702	22	2.5	22	84	0	65	12	27	29	30	1.93
71867457--71867490	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
71870831--71870884	20	2.7	20	91	0	90	11	24	38	25	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71878964--71879541	288	2.0	290	96	0	1061	21	30	21	26	1.98
71889526--71889819	98	3.0	98	94	4	511	31	8	28	30	1.86
71889529--71889819	51	5.9	49	96	2	523	31	8	28	30	1.86
71889526--71889875	98	3.6	97	87	7	381	32	8	28	31	1.86
71889833--71889961	48	2.7	48	90	1	197	34	7	27	30	1.85
71890001--71890128	37	3.4	37	95	1	211	25	17	31	26	1.97
71895483--71895520	13	2.9	14	84	7	53	26	10	13	50	1.73
71898010--71898116	40	2.7	40	83	11	130	23	25	29	21	1.99
71897966--71898148	40	4.6	39	74	8	129	26	23	27	22	1.99
71898010--71898157	80	1.9	80	81	2	181	22	24	30	22	1.99
71901334--71901436	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
71909348--71909450	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
71911315--71911402	44	2.0	44	81	0	104	31	14	11	42	1.82
71913530--71913619	42	2.1	42	87	0	126	28	22	21	27	1.99
71916629--71916682	27	2.0	27	85	0	72	38	7	14	38	1.75
71916929--71917023	49	1.9	49	91	0	154	26	18	27	27	1.98
71921319--71921383	28	2.3	28	91	0	103	32	27	7	32	1.85
71921489--71921551	28	2.2	29	86	8	85	22	23	23	30	1.99
71921499--71921562	28	2.2	28	83	2	74	25	26	18	29	1.98
71924796--71924870	32	2.3	32	80	11	82	48	41	2	8	1.47
71925123--71925168	22	2.1	22	88	4	67	60	17	10	10	1.57
71925238--71925268	7	4.4	7	100	0	62	12	0	0	87	0.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71926004--71926043	21	1.9	21	85	10	55	20	7	2	70	1.24
71926076--71926119	15	2.9	15	83	6	54	38	6	0	54	1.27
71935730--71935809	40	2.0	40	95	0	142	37	5	12	45	1.64
71935735--71935799	20	3.2	20	63	16	53	41	1	12	44	1.51
71935792--71935870	38	2.1	38	95	0	140	30	10	16	43	1.81
71935976--71936088	23	4.8	23	76	14	97	29	23	14	33	1.93
71935985--71936102	24	5.0	24	75	10	100	29	22	15	32	1.95
71935973--71936102	46	2.8	45	83	9	145	30	22	16	31	1.95
71942302--71942329	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
71942329--71942362	2	17.0	2	100	0	68	0	0	50	50	1.00
71943458--71943990	45	11.8	44	71	8	247	31	17	22	28	1.97
71943646--71943991	133	2.6	134	80	4	394	30	18	23	27	1.98
71943646--71943986	89	3.8	89	77	4	258	30	19	23	27	1.98
71943633--71943991	44	8.1	43	72	6	245	30	18	23	27	1.97
71944044--71944144	44	2.3	44	77	0	103	28	21	19	29	1.98
71945659--71945704	3	15.3	3	81	0	56	36	4	0	58	1.18
71945659--71945700	18	2.3	18	91	0	66	38	4	0	57	1.20
71951834--71951877	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
71956058--71956101	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
71960747--71961003	40	6.5	40	88	1	358	23	23	27	25	2.00
71966760--71966827	30	2.3	30	82	10	77	45	4	8	41	1.55
71967633--71967773	66	2.1	66	90	0	228	33	14	12	39	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71970193--71970252	30	2.0	30	93	0	102	58	15	1	25	1.46
71972218--71972287	29	2.4	30	87	2	97	54	2	1	41	1.24
71976957--71977396	24	18.7	23	66	23	120	62	0	12	24	1.30
71976971--71977182	21	9.5	21	66	24	80	63	0	11	25	1.28
71976959--71977428	72	6.7	72	75	16	373	62	0	12	25	1.32
71976997--71977060	29	2.3	29	84	10	80	70	0	12	17	1.17
71977081--71977186	20	5.3	19	73	21	83	64	0	8	27	1.22
71977019--71977236	47	4.8	45	79	11	241	61	0	12	25	1.31
71976995--71977236	89	2.7	90	81	10	287	62	0	11	25	1.29
71976962--71977344	208	1.8	208	88	5	594	62	0	12	25	1.30
71976981--71977406	160	2.6	162	81	9	465	62	0	12	24	1.32
71977210--71977432	95	2.4	91	85	8	270	62	0	11	25	1.32
71977367--71977426	20	3.0	20	78	9	61	65	1	6	26	1.27
71977210--71977432	48	4.8	48	77	12	230	62	0	11	25	1.32
71977419--71977492	11	6.8	10	73	13	58	58	2	16	22	1.51
71977419--71977492	5	13.6	5	74	16	58	58	2	16	22	1.51
71977419--71977492	22	3.4	22	84	0	94	58	2	16	22	1.51
71977414--71977449	17	2.2	16	90	5	54	55	2	13	27	1.52
71976962--71977470	208	2.4	202	80	9	481	61	0	12	25	1.35
71977867--71977921	21	2.5	23	75	19	55	61	0	12	25	1.31
71977979--71978096	5	21.6	5	70	19	51	52	0	16	31	1.44
71977977--71978060	12	6.8	12	69	22	57	51	0	15	33	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71978000--71978075	28	2.7	28	87	4	100	52	0	14	32	1.42
71979995--71980041	20	2.3	20	96	0	85	8	29	40	21	1.83
71981927--71982015	42	2.1	42	82	0	106	28	25	19	26	1.99
71982035--71982240	49	4.2	48	76	6	148	25	29	18	26	1.98
71982062--71982240	49	3.7	49	81	3	209	24	31	18	25	1.98
71982035--71982250	97	2.2	96	79	8	240	25	28	18	26	1.98
71981969--71982246	48	5.8	48	75	7	213	26	28	19	26	1.98
71984465--71984498	17	2.0	17	88	0	50	76	5	0	17	0.98
71984599--71984918	90	3.6	89	88	3	471	55	12	5	26	1.57
71985461--71985811	177	2.0	180	93	1	609	34	17	19	29	1.94
71985704--71986067	110	3.3	108	74	9	297	32	18	16	32	1.93
71986677--71986706	12	2.5	12	94	0	51	50	3	20	26	1.64
71987783--71987877	28	3.2	28	76	10	82	28	23	20	28	1.98
71988036--71988087	27	1.9	27	88	0	77	34	17	23	25	1.96
72006252--72006298	20	2.4	20	78	3	51	12	0	8	78	0.95
72024552--72024643	27	3.4	27	85	5	123	29	23	7	39	1.83
72024525--72024643	54	2.2	54	81	3	132	31	24	8	36	1.85
72026235--72026307	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
72028122--72028173	27	1.9	27	84	7	70	38	23	21	17	1.93
72028997--72029079	25	3.4	24	86	8	105	27	22	24	25	2.00
72029214--72029306	42	2.2	42	90	0	141	29	13	20	36	1.91
72029329--72029407	31	2.5	31	97	0	149	27	16	26	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72031839--72031968	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
72031802--72031968	80	2.1	79	81	7	196	25	23	27	23	2.00
72036538--72036762	124	1.8	124	85	1	317	30	11	23	34	1.90
72036757--72036886	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
72036719--72036886	80	2.1	80	81	6	198	25	23	27	23	2.00
72044588--72044812	124	1.8	124	86	0	324	31	11	23	34	1.89
72044807--72044934	40	3.2	40	79	8	154	23	24	27	25	2.00
72065040--72065087	24	2.0	24	95	0	87	25	27	4	43	1.72
72070206--72070354	49	2.9	50	85	5	192	26	20	25	27	1.99
72072581--72072641	22	2.8	22	80	9	63	21	0	9	68	1.18

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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