genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.208.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59826468--59826901	27	16.0	27	78	10	127	38	8	19	33	1.83
59826546--59826801	54	4.7	54	89	0	334	41	8	21	28	1.81
59826544--59826801	81	3.2	81	87	2	338	41	8	21	28	1.82
59826544--59826851	81	3.8	81	81	4	248	39	8	21	30	1.83
59855646--59855679	16	2.2	15	94	5	59	26	0	0	73	0.83
59856005--59856043	16	2.4	17	82	4	53	69	0	17	12	1.19
59859459--59859491	5	6.6	5	100	0	66	81	0	0	18	0.68
59877032--59877210	55	3.3	54	82	5	218	24	25	16	34	1.95
59877031--59877177	53	2.7	53	85	4	179	23	25	17	33	1.96
59880303--59880344	20	2.1	20	100	0	84	21	23	14	40	1.90
59883242--59883298	28	2.0	28	93	0	96	40	17	10	31	1.84
59883707--59883873	53	3.1	54	77	10	180	22	24	17	35	1.95
59883872--59883977	47	2.3	47	93	0	176	25	24	13	36	1.92
59883979--59884069	47	1.9	47	90	0	146	24	25	17	32	1.97
59889512--59889552	19	2.2	19	100	0	82	60	4	9	24	1.47
59897491--59897563	9	8.6	9	71	25	61	56	19	0	24	1.42
59897491--59897544	10	4.9	11	74	17	58	55	18	0	25	1.43
59897491--59897544	23	2.5	22	87	6	74	55	18	0	25	1.43
59899701--59899747	20	2.3	21	85	3	60	6	21	2	70	1.20
59899696--59899747	21	2.5	20	81	6	59	7	21	1	69	1.24
59901866--59901918	10	4.8	11	76	15	56	54	18	0	26	1.44
59901866--59901918	23	2.4	22	87	6	72	54	18	0	26	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59901866--59901937	9	8.4	9	71	26	59	55	19	0	25	1.43
59902085--59902125	19	2.1	20	86	4	57	46	12	9	31	1.74
59902085--59902193	50	2.1	52	83	6	134	41	12	13	32	1.83
59902250--59902282	16	2.1	16	88	11	50	63	0	0	36	0.95
59902965--59903000	15	2.5	14	86	8	54	66	2	0	30	1.06
59903217--59903245	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
59903439--59903484	21	2.1	22	84	11	60	60	0	2	36	1.09
59906011--59906049	19	2.2	19	86	9	55	10	15	0	74	1.07
59906728--59906760	8	4.1	8	92	0	57	48	24	24	3	1.65
59907371--59907415	20	2.3	20	88	3	65	28	17	26	26	1.98
59907505--59907557	28	1.9	27	88	3	79	28	20	26	24	1.99
59907436--59907580	61	2.4	61	83	8	170	26	20	26	26	1.99
59911935--59912040	48	2.2	48	91	0	176	33	28	5	33	1.81
59915910--59915995	37	2.3	37	93	0	154	22	33	19	24	1.97
59916096--59916315	49	4.5	49	94	2	363	29	30	8	30	1.87
59917894--59918232	123	2.8	123	96	0	606	30	10	25	33	1.90
59918201--59918444	40	6.1	40	88	1	301	24	21	26	27	1.99
59924466--59924804	123	2.8	123	96	0	606	30	10	25	33	1.90
59924773--59925016	40	6.1	40	88	1	301	24	21	26	27	1.99
59929207--59929268	27	2.3	27	91	0	97	40	16	16	27	1.89
59929890--59929958	28	2.5	28	92	2	113	43	26	10	20	1.83
59933024--59933085	27	2.3	27	91	0	97	40	16	16	27	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59933707--59933775	28	2.5	28	92	2	113	43	26	10	20	1.83
59936032--59936132	28	3.6	27	75	7	94	27	29	19	22	1.98
59936301--59936466	43	3.9	43	96	1	298	31	33	23	11	1.90
59936301--59936466	85	1.9	86	96	1	307	31	33	23	11	1.90
59938156--59938227	37	1.9	37	94	0	126	22	34	20	22	1.97
59938361--59938466	48	2.2	48	93	0	176	33	27	5	33	1.80
59942783--59942863	33	2.4	34	78	13	87	43	14	9	32	1.79
59942780--59942893	34	3.4	33	76	9	97	42	15	10	31	1.81
59943384--59943448	32	2.0	32	100	0	130	44	3	15	36	1.62
59957800--59957913	35	3.3	35	81	4	140	28	10	21	40	1.86
59967787--59967953	40	4.2	40	79	1	167	26	27	21	24	1.99
59967778--59967953	80	2.2	79	80	4	203	26	27	21	25	1.99
59972222--59972351	40	3.2	40	77	13	142	24	26	24	23	2.00
59972238--59972389	40	3.8	40	80	5	155	22	26	24	26	2.00
59972238--59972389	80	1.9	80	83	5	200	22	26	24	26	2.00
59974889--59975143	55	4.8	54	79	9	251	37	16	24	21	1.94
59974889--59975096	55	3.8	53	81	7	258	35	16	25	22	1.95
59974896--59975096	108	1.8	110	88	4	309	34	17	24	22	1.96
59975335--59975365	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
59977395--59977433	17	2.3	17	100	0	78	51	0	33	15	1.44
59980387--59980501	62	1.9	59	87	5	167	52	2	2	42	1.29
59980473--59980549	17	4.7	17	70	15	72	57	1	2	38	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60000510--60000570	3	20.0	3	96	3	113	67	0	0	32	0.91
60021203--60021241	13	3.0	13	92	0	60	20	23	23	33	1.97
60026424--60026589	40	4.2	40	81	3	176	25	27	21	25	2.00
60026440--60026549	39	2.8	39	83	5	132	25	29	22	22	1.99
60028965--60029113	39	3.8	40	83	6	171	28	22	25	23	1.99
60036847--60037064	122	1.8	120	81	6	269	31	11	22	33	1.90
60037022--60037204	40	4.6	38	78	7	136	26	22	27	24	2.00
60037020--60037204	80	2.3	80	80	7	198	25	22	27	24	2.00
60038769--60038814	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
60043366--60043495	49	2.7	49	84	4	165	29	18	27	24	1.98
60043269--60043537	142	1.9	145	82	5	341	25	18	29	26	1.98
60050701--60050883	79	2.3	81	85	7	241	25	27	22	24	2.00
60050680--60050883	40	5.1	40	81	8	238	25	27	22	24	2.00
60058779--60058962	40	4.6	40	76	10	189	25	27	22	25	2.00
60058781--60058963	79	2.3	80	84	9	232	25	27	22	25	2.00
60061852--60061880	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
60062794--60062862	35	2.0	35	100	0	138	31	33	8	26	1.87
60066096--60066122	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
60067036--60067104	35	2.0	35	100	0	138	31	33	8	26	1.87
60069728--60069821	6	17.2	5	74	16	64	75	1	4	19	1.03
60069741--60069800	17	3.6	16	78	10	66	75	1	5	18	1.07
60069728--60069814	34	2.6	34	82	10	99	75	1	4	18	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60069768--60069819	21	2.4	22	87	3	70	80	0	5	13	0.88
60069756--60069814	16	3.6	15	78	21	57	79	1	5	13	0.97
60093275--60093512	43	5.5	43	79	5	221	21	14	21	43	1.88
60093267--60093512	85	2.9	85	84	3	287	20	14	21	43	1.87
60093267--60093511	128	1.9	128	86	1	348	20	14	20	44	1.87
60093361--60093531	87	2.0	85	83	2	191	22	14	21	42	1.88
60096329--60096353	13	1.9	13	100	0	50	36	16	8	40	1.77
60099959--60099988	16	1.9	16	93	6	53	50	20	0	30	1.49
60103333--60103415	25	3.3	24	72	21	64	44	2	6	46	1.41
60104829--60105046	27	8.0	27	83	2	222	27	22	13	37	1.91
60104840--60105046	81	2.5	81	82	2	245	27	21	14	37	1.92
60110611--60110719	42	2.6	42	77	1	119	35	26	12	24	1.92
60110604--60110722	43	2.8	44	75	5	127	35	27	13	23	1.92
60115649--60115903	55	4.8	54	79	8	240	22	24	17	35	1.95
60117218--60117301	43	2.0	43	81	13	102	28	30	17	22	1.97
60120730--60120911	40	4.5	40	85	3	190	27	26	21	24	1.99
60120737--60120922	80	2.3	81	78	6	216	26	26	22	23	2.00
60120771--60120911	40	3.5	40	91	0	210	26	26	21	24	1.99
60122510--60122679	27	6.3	27	75	7	148	40	20	7	31	1.80
60122553--60122708	81	1.9	81	85	5	217	41	18	8	31	1.80
60122550--60122679	54	2.4	54	90	0	197	42	18	6	32	1.77
60122662--60122723	27	2.3	27	91	0	97	40	16	16	27	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60122554--60122706	54	2.8	54	83	3	148	42	18	8	30	1.80
60122552--60122725	81	2.1	81	82	6	210	40	17	10	30	1.84
60123343--60123427	28	3.1	27	91	6	143	48	22	9	20	1.78
60126633--60126802	27	6.3	27	77	7	148	40	20	8	31	1.82
60126676--60126831	81	1.9	81	84	5	208	41	17	8	32	1.81
60126785--60126846	27	2.3	27	85	0	88	40	14	16	29	1.88
60126677--60126818	54	2.6	54	85	4	153	42	17	9	30	1.81
60126675--60126848	81	2.1	81	81	6	201	40	17	11	31	1.85
60130038--60130081	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
60134309--60134352	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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