genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19133111--19133218	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
19134654--19134717	26	2.4	26	84	5	83	31	21	14	32	1.93
19134822--19134940	27	4.4	26	80	6	121	19	22	21	36	1.95
19134822--19134938	54	2.2	54	90	0	180	19	22	22	35	1.96
19134822--19134979	54	2.9	54	83	4	160	21	22	19	36	1.95
19134850--19134962	27	4.2	27	80	6	131	18	22	22	37	1.94
19140235--19140341	26	4.2	26	91	2	180	32	7	23	36	1.83
19140235--19140341	51	2.1	52	94	1	189	32	7	23	36	1.83
19141778--19141841	26	2.4	26	84	5	83	31	21	14	32	1.93
19141946--19142104	27	5.9	26	81	8	167	20	23	20	35	1.96
19141946--19142086	54	2.6	53	90	2	210	19	24	21	34	1.96
19144909--19144961	22	2.4	21	72	9	52	50	0	16	32	1.46
19147853--19147898	24	2.0	24	82	4	58	19	6	8	65	1.43
19152564--19152621	25	2.3	25	78	3	62	56	0	3	39	1.16
19152588--19152623	14	2.7	13	83	8	54	52	0	0	47	1.00
19153102--19153156	26	2.1	26	86	0	74	38	9	1	50	1.45
19153412--19153519	37	3.1	36	72	18	93	41	0	4	52	1.28
19154747--19154819	35	2.1	35	97	0	137	41	21	10	26	1.86
19167536--19167569	17	1.9	18	88	5	52	67	5	20	5	1.33
19173155--19173195	19	2.1	20	86	4	57	26	17	7	48	1.73
19181137--19181302	66	2.5	66	86	1	237	31	19	10	38	1.86
19181437--19181585	44	3.5	43	78	8	169	33	22	26	17	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19181393--19181628	86	2.7	86	86	3	305	33	23	23	19	1.97
19181393--19181631	43	5.6	42	71	9	151	33	23	23	20	1.97
19189935--19190032	42	2.4	43	83	6	114	22	18	15	43	1.87
19205687--19205715	14	2.0	15	93	6	51	31	0	0	68	0.89
19206651--19206954	128	2.4	127	89	2	461	26	18	16	38	1.92
19207106--19207138	7	4.7	7	85	14	50	45	42	0	12	1.41
19208861--19208898	16	2.6	14	88	12	51	13	10	0	76	1.02
19210299--19210340	21	1.9	23	85	9	61	71	11	0	16	1.14
19212021--19212062	3	14.0	3	85	9	59	30	2	0	66	1.04
19215506--19215573	6	11.3	6	93	0	118	51	45	0	2	1.16
19218154--19218214	30	2.0	30	100	0	122	29	9	31	29	1.89
19223808--19224090	18	15.3	18	70	11	133	37	15	12	35	1.85
19223889--19224090	72	2.8	72	78	9	200	37	15	11	35	1.84
19224259--19224496	45	5.3	45	92	0	352	39	21	19	19	1.92
19225069--19225128	29	2.0	30	81	9	70	30	8	1	60	1.36
19225265--19225310	6	7.8	6	79	13	51	34	13	0	52	1.40
19225265--19225306	18	2.4	17	84	11	57	33	11	0	54	1.37
19225274--19225310	12	3.2	12	92	3	58	35	10	0	54	1.36
19226612--19226646	2	18.0	2	94	5	63	51	0	0	48	1.00
19226612--19226644	17	1.9	17	100	0	66	51	0	0	48	1.00
19228555--19228761	44	4.8	44	83	2	222	30	24	19	25	1.98
19233497--19233822	48	6.8	48	88	1	458	29	31	15	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19233497--19233818	144	2.2	144	90	2	506	29	31	15	23	1.95
19239268--19239417	43	3.5	42	78	16	139	32	25	17	24	1.97
19240748--19240820	26	2.8	25	83	8	92	28	12	15	43	1.82
19245547--19245620	35	2.1	35	92	0	121	52	5	14	27	1.63
19248983--19249026	23	2.0	22	86	13	63	38	6	11	43	1.67
19250286--19250328	21	2.0	23	90	9	72	55	4	0	39	1.20
19259022--19259054	17	1.9	17	100	0	66	48	6	21	24	1.72
19274675--19274777	46	2.2	46	91	0	161	62	9	4	23	1.45
19276037--19276101	19	3.3	20	78	17	66	47	0	4	47	1.22
19276060--19276101	22	2.0	20	90	9	66	47	0	4	47	1.23
19281784--19281828	22	1.9	25	82	13	60	24	4	6	64	1.37
19283925--19283962	18	2.2	18	85	4	51	34	2	5	57	1.35
19285419--19285510	48	1.9	48	90	0	148	31	10	20	36	1.87
19285725--19285756	16	2.0	16	93	0	55	40	18	9	31	1.83
19286214--19286244	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
19287919--19287979	30	2.0	30	100	0	122	52	13	11	22	1.72
19296400--19296442	15	2.9	15	71	0	50	65	0	0	34	0.93
19296529--19296586	25	2.4	24	77	11	64	65	1	1	31	1.13
19296771--19296815	17	2.6	17	79	6	56	33	0	0	66	0.92
19299524--19299675	39	3.9	39	92	0	241	22	30	23	23	1.99
19303321--19303418	40	2.5	40	76	5	99	31	26	14	27	1.95
19305497--19305555	30	2.0	31	86	6	86	40	0	38	20	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19306782--19306972	40	4.8	40	87	2	242	23	24	28	24	1.99
19313770--19313850	38	2.1	38	100	0	162	29	12	20	37	1.90
19314117--19314547	40	10.8	40	86	4	575	23	22	28	25	1.99
19314114--19314547	80	5.4	80	94	1	701	23	22	28	25	2.00
19315999--19316261	34	7.8	34	73	5	203	28	13	17	41	1.87
19316013--19316261	68	3.7	68	77	6	229	28	13	16	40	1.87
19316002--19316200	102	2.0	102	84	2	265	28	13	17	40	1.87
19316014--19316236	102	2.2	102	82	2	252	28	14	17	39	1.88
19316304--19316617	48	6.7	48	77	7	218	27	20	17	34	1.95
19316410--19316647	44	5.2	44	79	4	215	28	20	15	35	1.93
19324357--19324403	23	2.0	23	100	0	94	53	17	0	29	1.44
19326428--19326471	21	2.0	22	87	12	65	38	11	0	50	1.39
19328342--19328392	26	2.0	24	85	7	66	66	5	3	23	1.30
19328844--19328879	2	18.0	2	88	0	54	50	5	0	44	1.25
19338862--19338910	18	2.8	17	81	6	53	73	8	0	18	1.07
19342866--19342936	32	2.2	32	94	0	124	23	38	18	19	1.93
19346105--19346412	158	1.9	158	92	2	521	32	21	25	21	1.98
19348093--19348126	6	5.7	6	100	0	68	0	14	67	17	1.23
19355204--19355467	132	2.0	132	99	0	519	31	5	25	37	1.78
19359232--19359287	17	3.3	17	76	0	58	39	0	1	58	1.08
19359225--19359289	34	1.9	34	90	0	103	38	0	1	60	1.07
19362204--19362249	24	1.9	24	82	8	58	36	4	8	50	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19364668--19364737	25	2.8	25	76	8	79	34	18	28	18	1.95
19366898--19366945	24	2.0	24	91	0	78	39	6	4	50	1.47
19377346--19377379	17	2.0	17	100	0	68	17	23	17	41	1.90
19379643--19379670	6	4.7	6	100	0	56	0	0	14	85	0.59
19379637--19379678	21	2.0	21	86	9	59	2	0	14	83	0.75
19379969--19380134	44	3.6	44	70	12	127	27	19	18	34	1.95
19380014--19380184	50	3.5	50	70	19	146	28	20	19	30	1.97
19379970--19380945	94	10.4	94	77	6	701	28	18	18	33	1.95
19379909--19380945	188	5.5	187	77	7	825	29	18	18	33	1.95
19380711--19380880	44	3.8	44	71	16	123	28	19	19	32	1.96
19380430--19380935	281	1.8	281	83	5	673	29	19	18	32	1.96
19383505--19383550	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
19383512--19383556	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
19389606--19389631	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
19391282--19391327	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
19391289--19391333	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
19391913--19392050	55	2.5	56	95	3	246	29	24	19	26	1.98
19397287--19397311	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
19405830--19405889	31	1.9	31	96	0	111	33	21	3	41	1.70
19407018--19407080	21	3.0	21	78	2	54	17	22	38	22	1.93
19409880--19409924	11	3.9	11	80	11	54	35	0	2	62	1.08
19411742--19411959	46	4.7	46	85	2	267	41	15	23	18	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19412995--19413087	40	2.4	39	82	10	109	29	27	15	27	1.96
19414327--19414388	25	2.5	26	87	10	78	33	17	22	25	1.96
19414339--19414388	25	2.0	25	92	7	84	38	16	22	24	1.93
19418462--19418577	28	4.2	28	90	2	173	17	23	21	37	1.93
19420215--19420271	29	2.0	29	96	0	105	61	5	19	14	1.51
19421214--19421258	21	2.1	21	95	0	81	46	17	6	28	1.73
19423084--19423165	27	3.1	26	79	11	94	34	17	19	29	1.94
19423149--19423443	27	11.0	27	78	5	238	40	18	10	31	1.84
19423149--19423217	26	2.6	27	88	4	104	39	21	10	28	1.86
19423174--19423441	81	3.3	80	78	7	265	40	18	10	30	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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