genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.298.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   

This is table  298  of  345  ( 41379 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89631756--89631963	80	2.6	80	83	3	249	25	25	22	26	2.00
89633820--89633994	46	3.8	46	74	10	176	22	20	26	30	1.98
89633819--89633989	93	1.8	93	88	0	261	21	20	27	30	1.98
89641403--89641574	46	3.7	46	76	12	174	23	20	25	30	1.99
89649910--89650047	47	2.9	47	93	2	231	32	8	28	29	1.87
89650021--89650073	26	2.0	26	100	0	106	26	15	32	26	1.95
89650047--89650172	49	2.6	48	89	2	200	32	8	30	28	1.87
89649972--89650120	73	2.0	74	90	2	237	30	10	30	28	1.90
89649925--89650169	122	2.0	122	98	0	472	31	9	30	28	1.88
89650164--89650328	48	3.4	48	94	0	294	33	6	27	32	1.81
89651430--89651522	40	2.3	40	83	5	118	23	20	29	26	1.99
89651511--89651694	40	4.6	39	89	4	287	24	21	28	26	1.99
89651511--89651707	80	2.5	80	91	0	324	24	20	28	26	1.99
89655324--89655656	47	7.0	47	91	3	522	33	8	28	28	1.87
89655325--89655656	145	2.3	143	96	1	610	34	8	28	28	1.87
89655648--89655812	48	3.4	48	94	0	294	33	6	27	32	1.81
89663768--89663806	19	1.9	19	90	10	60	76	0	2	20	0.90
89663763--89663808	19	2.5	19	78	21	53	76	0	2	21	0.90
89690883--89690966	31	2.7	31	87	1	125	27	22	16	33	1.96
89691177--89691307	26	5.2	26	91	2	207	27	22	21	28	1.99
89694335--89694439	39	2.7	39	96	1	192	22	29	20	26	1.99
89697232--89697273	21	2.0	21	90	0	66	9	16	30	42	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89700176--89700324	74	2.0	73	93	1	253	32	24	18	24	1.97
89706690--89707050	49	7.4	49	96	0	652	31	8	29	31	1.86
89706690--89707050	195	1.9	195	96	0	677	31	8	29	31	1.86
89709038--89709268	40	5.8	40	95	1	410	25	20	27	25	1.99
89710441--89710564	62	2.0	62	100	0	248	38	6	20	33	1.79
89713118--89713634	49	10.4	49	92	3	854	31	7	29	31	1.86
89713118--89713662	253	2.2	245	92	3	901	31	8	29	31	1.86
89722204--89722237	9	3.8	9	96	0	59	20	14	20	44	1.87
89722911--89723254	40	8.6	40	89	1	503	28	25	21	23	1.99
89731103--89731499	40	10.0	40	92	2	649	27	26	21	24	1.99
89741290--89741323	17	2.0	17	94	0	59	50	23	0	26	1.50
89744659--89744691	16	2.0	17	88	5	50	87	3	9	0	0.63
89749387--89749426	16	2.4	16	87	4	53	72	15	2	10	1.21
89750836--89750881	24	2.0	23	83	12	58	63	13	4	19	1.46
89755697--89755827	40	3.3	40	80	2	156	24	22	28	25	1.99
89762011--89763765	877	2.0	877	96	3	3223	30	12	23	32	1.92
89764555--89764721	40	4.2	40	78	6	153	25	22	27	24	2.00
89772570--89772736	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
89774606--89774733	27	4.8	26	79	7	123	25	14	17	41	1.88
89774606--89774720	54	2.1	54	87	3	160	27	13	19	40	1.88
89774606--89774758	81	1.9	81	83	2	200	26	15	17	40	1.89
89774633--89774749	27	4.3	28	72	16	95	26	12	19	41	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89785359--89785448	29	3.1	29	79	1	101	28	16	26	27	1.97
89788131--89788184	27	2.0	27	100	0	108	25	18	14	40	1.89
89800086--89800243	43	3.7	43	74	11	128	29	24	20	25	1.99
89807371--89807421	25	2.0	25	85	7	68	23	19	25	31	1.98
89810371--89810466	32	3.0	32	85	0	129	34	10	20	34	1.87
89811675--89811705	16	2.0	16	93	6	55	32	0	9	58	1.31
89821432--89821544	46	2.5	44	80	12	122	29	17	25	27	1.98
89821637--89821778	70	2.0	70	95	0	257	43	13	15	27	1.84
89823372--89823499	46	2.8	46	91	0	202	18	19	29	32	1.96
89830242--89830287	5	8.6	5	81	13	56	76	0	4	19	0.96
89836920--89837080	88	1.8	87	95	1	295	37	14	23	24	1.92
89836890--89837080	58	3.2	59	92	2	303	36	14	24	25	1.93
89836920--89837080	29	5.5	29	96	1	295	37	14	23	24	1.92
89844177--89844329	29	5.5	29	87	12	232	35	15	25	24	1.94
89844204--89844276	22	3.0	22	88	11	92	31	16	28	23	1.96
89844254--89844329	30	2.6	29	97	2	143	35	14	25	25	1.93
89844204--89844306	52	2.0	50	96	3	188	33	15	27	24	1.95
89855335--89855488	40	3.9	39	92	2	254	23	33	20	22	1.97
89855335--89855487	79	1.9	79	94	2	272	23	32	20	22	1.98
89861771--89861925	39	3.9	39	92	0	256	23	32	20	22	1.98
89866233--89866533	27	11.3	26	82	5	255	42	21	7	28	1.80
89866233--89866518	81	3.6	81	79	3	292	41	21	7	28	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89866555--89866804	27	9.3	27	88	1	331	35	20	20	24	1.96
89867474--89867523	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
89872555--89872831	27	10.3	27	81	6	260	40	21	8	28	1.83
89872555--89872868	54	5.8	53	78	4	290	39	22	8	28	1.84
89872608--89872832	80	2.8	79	79	8	224	40	20	9	29	1.84
89872555--89872867	27	11.6	27	79	7	219	39	22	8	29	1.84
89872852--89873047	27	7.3	27	87	2	268	34	18	21	25	1.96
89873701--89873752	27	2.0	26	88	3	77	17	25	21	36	1.94
89878337--89878366	14	2.1	15	93	6	53	6	0	16	76	0.99
89882587--89882629	22	2.0	22	85	0	59	48	0	2	48	1.14
89884675--89884746	35	2.1	35	100	0	144	44	8	13	33	1.74
89890070--89890106	19	1.9	19	94	0	65	35	18	10	35	1.86
89891240--89891287	18	2.7	18	96	0	87	33	16	12	37	1.86
89891715--89891948	72	3.2	72	87	2	328	23	6	15	53	1.65
89893996--89894070	13	5.8	13	87	0	105	36	25	8	30	1.85
89894461--89894490	13	2.3	13	94	0	51	26	23	26	23	2.00
89898037--89898079	22	2.0	21	86	4	59	34	11	4	48	1.60
89909002--89909050	24	2.0	24	92	0	80	34	14	14	36	1.86
89911321--89911354	13	2.6	14	90	9	54	26	2	32	38	1.71
89915972--89916005	10	3.6	10	92	7	54	38	11	17	32	1.86
89930624--89930654	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
89930688--89930763	29	2.6	29	81	8	91	27	31	17	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89933188--89933343	77	2.0	77	100	0	312	44	21	7	26	1.79
89937563--89937600	15	2.5	15	86	4	58	0	42	0	57	0.98
89938041--89938116	18	4.2	18	68	11	66	47	1	1	50	1.18
89938026--89938129	54	1.9	55	84	11	144	47	0	2	49	1.23
89938104--89938151	19	2.4	22	83	13	59	35	0	8	56	1.30
89940884--89940923	17	2.4	18	80	16	50	40	0	0	60	0.97
89940958--89941021	12	5.2	12	73	26	55	45	1	1	51	1.20
89940878--89941018	63	2.2	64	81	9	173	41	2	2	53	1.27
89940880--89941034	63	2.5	61	81	11	158	41	1	3	52	1.28
89948256--89948427	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
89948249--89948424	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
89950455--89950538	25	3.4	24	74	18	82	32	25	16	26	1.96
89950425--89950566	49	2.9	50	82	2	171	34	23	14	27	1.93
89953107--89953145	17	2.3	18	82	13	55	41	0	0	58	0.98
89953117--89953194	17	4.8	17	78	9	90	38	1	2	57	1.20
89953107--89953223	48	2.4	49	88	4	166	37	1	3	57	1.26
89954143--89954170	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
89954424--89954633	104	2.1	104	90	3	329	49	9	10	30	1.69
89963634--89963677	19	2.3	19	92	4	70	6	27	29	36	1.83
89963634--89963689	20	2.8	19	89	5	76	7	26	28	37	1.83
89964091--89964140	21	2.4	21	89	0	82	24	28	36	12	1.91
89970949--89971017	32	2.2	32	97	2	131	21	21	8	47	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89973472--89973506	12	2.8	12	91	4	52	57	0	0	42	0.99
89973465--89973524	18	3.4	18	80	13	54	56	3	1	38	1.26
89982300--89982426	37	3.2	39	75	11	125	34	24	16	24	1.95
89982296--89982392	40	2.5	38	78	8	108	31	24	16	26	1.96
89982779--89982811	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
89984029--89984060	15	2.1	15	94	0	55	56	9	0	34	1.32
89990120--89990300	23	7.9	23	74	14	142	23	21	19	35	1.96
89990134--89990301	46	3.7	46	85	1	239	23	21	18	36	1.95
89994423--89994513	45	2.0	45	87	4	130	34	14	8	42	1.76
89994511--89994583	36	2.0	36	89	0	110	32	10	8	47	1.68

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345