genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18906512--18906601	27	3.3	27	76	11	94	43	21	7	27	1.80
18906541--18906667	27	4.6	27	72	13	80	41	19	7	30	1.80
18906567--18906674	27	3.9	27	72	13	85	39	17	9	33	1.82
18906567--18906697	27	4.8	27	71	15	72	39	18	9	32	1.83
18906728--18906788	27	2.3	27	80	5	70	36	18	24	21	1.95
18907594--18907660	25	2.7	24	88	4	89	26	29	22	20	1.99
18907594--18907676	25	3.4	24	83	8	78	30	25	21	22	1.99
18907811--18907902	42	2.2	42	90	0	139	29	13	21	35	1.91
18907926--18908039	31	3.7	31	92	2	187	28	14	26	30	1.95
18919338--18919389	23	2.3	23	83	9	63	21	11	3	63	1.43
18919461--18919511	24	2.1	24	88	0	75	29	21	7	41	1.81
18923850--18923876	14	1.9	14	100	0	54	22	7	11	59	1.56
18930553--18930806	40	6.4	40	92	3	363	26	26	22	24	2.00
18939973--18940027	16	3.5	15	85	9	56	16	1	3	78	0.98
18939988--18940053	5	12.8	5	73	23	57	18	3	1	77	0.98
18939964--18940043	32	2.5	32	82	10	83	18	3	2	75	1.07
18939984--18940033	6	9.0	6	80	12	54	16	2	2	80	0.91
18939967--18940033	22	3.1	22	83	8	68	16	2	2	77	1.01
18939984--18940053	16	4.4	16	79	13	83	18	2	1	77	0.97
18953075--18953140	14	4.6	14	80	12	71	57	1	1	39	1.17
18953111--18953328	12	17.9	12	65	20	64	58	1	4	34	1.29
18953267--18953315	17	2.8	17	87	6	62	65	2	2	30	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18953267--18953328	19	3.4	18	84	6	72	61	1	1	35	1.16
18955627--18955779	43	3.6	43	75	11	163	25	18	27	28	1.98
18955951--18955989	20	1.9	21	89	5	62	48	0	15	35	1.45
18958436--18958479	22	2.0	22	95	0	79	34	18	18	29	1.94
18960238--18960297	19	3.2	18	76	21	61	80	0	6	13	0.91
18960238--18960300	20	3.3	20	73	13	69	79	0	7	12	0.93
18965772--18965800	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
18967528--18967921	27	14.7	27	78	5	329	40	20	9	30	1.83
18967527--18967921	81	4.9	81	85	4	469	40	20	9	30	1.84
18968475--18968542	27	2.6	27	76	6	68	22	19	27	30	1.97
18971073--18971118	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
18971080--18971129	23	2.2	22	82	10	57	40	14	8	38	1.75
18978798--18978842	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
18980322--18980353	10	2.8	12	81	18	50	21	6	0	71	1.07
18980968--18981102	45	3.0	45	96	0	252	36	19	17	27	1.94
18986416--18986502	23	3.7	23	70	10	68	58	2	9	29	1.41
18986446--18986527	33	2.3	38	83	12	102	53	0	12	34	1.38
18986512--18986552	19	2.2	18	86	4	55	68	2	2	26	1.15
18986923--18986969	13	3.9	13	78	18	57	12	0	51	36	1.40
18987799--18987825	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
18988728--18988860	45	3.0	45	82	5	157	34	27	15	23	1.94
19013133--19013194	27	2.3	27	91	0	97	27	16	16	40	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19013174--19013253	27	3.0	27	90	0	124	30	8	20	41	1.82
19013149--19013275	54	2.4	54	80	6	141	27	9	19	43	1.82
19013175--19013287	27	4.1	28	82	5	117	28	7	23	41	1.80
19013241--19013639	27	14.8	27	80	5	306	38	8	21	31	1.83
19013240--19013585	54	6.4	54	86	0	424	39	8	21	30	1.82
19013268--19013585	81	4.0	80	88	2	415	40	8	22	28	1.82
19013575--19013680	27	4.0	27	82	6	119	31	10	19	38	1.86
19013591--19013695	27	3.9	27	79	9	90	34	9	17	39	1.82
19017526--19017587	27	2.3	27	91	0	97	27	16	16	40	1.89
19017567--19017646	27	3.0	27	90	0	124	30	8	20	41	1.82
19017542--19017668	54	2.4	54	80	6	141	27	9	19	43	1.82
19017568--19017680	27	4.1	28	82	5	117	28	7	23	41	1.80
19017661--19017979	27	11.8	27	85	0	388	41	8	21	28	1.82
19017985--19018074	27	3.3	27	85	3	119	32	10	17	40	1.83
19017661--19018033	81	4.6	81	84	0	316	40	8	21	29	1.83
19017985--19018089	27	3.9	27	79	9	90	34	9	17	39	1.82
19020816--19020917	43	2.4	43	85	3	134	25	16	26	31	1.97
19021472--19021559	29	3.1	29	65	15	85	23	6	20	48	1.73
19021451--19021565	55	2.1	55	100	0	230	23	6	22	46	1.76
19023657--19023815	43	3.7	43	82	10	209	22	20	27	30	1.98
19028239--19028394	77	2.0	77	98	0	303	31	10	12	44	1.77
19031576--19031650	23	3.2	23	83	5	89	20	20	21	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19031586--19031664	23	3.4	23	78	5	70	22	17	20	39	1.92
19043675--19043858	39	4.7	39	88	2	253	32	28	20	19	1.97
19043931--19044012	28	2.9	28	81	0	92	29	24	9	36	1.87
19050300--19050470	93	1.8	93	89	0	270	29	27	20	22	1.99
19050295--19050467	46	3.7	46	76	10	181	30	26	20	23	1.98
19056755--19056843	15	5.7	17	69	17	59	70	22	3	3	1.17
19056778--19056811	12	2.9	11	91	8	50	88	2	8	0	0.62
19056807--19056841	15	2.3	15	95	0	61	62	31	0	5	1.18
19056807--19056842	16	2.3	15	90	4	54	63	30	0	5	1.17
19057435--19057465	2	15.5	2	93	0	53	48	3	0	48	1.17
19059435--19059470	12	3.0	12	87	0	54	25	22	5	47	1.73
19066352--19066615	71	3.7	69	83	6	332	25	14	22	37	1.92
19066494--19066740	122	2.0	124	90	3	392	24	13	22	39	1.90
19066185--19066777	263	2.3	257	95	2	1042	25	14	22	36	1.93
19066615--19067054	72	6.1	71	69	11	306	25	16	21	36	1.94
19066845--19067055	74	2.9	74	84	6	268	27	18	23	31	1.97
19067045--19067079	14	2.5	14	90	0	52	17	20	5	57	1.60
19067060--19067221	74	2.1	77	88	4	240	28	19	20	30	1.97
19066899--19067556	165	4.0	166	90	3	962	27	18	20	33	1.96
19067413--19067919	72	6.5	73	75	13	406	29	16	19	34	1.94
19066845--19067714	331	2.7	312	83	9	1025	28	18	20	32	1.96
19067412--19068129	88	9.0	76	73	14	427	28	16	19	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19067901--19067962	30	2.1	30	90	6	99	19	9	29	41	1.83
19067552--19068130	254	2.3	248	85	6	753	27	16	18	36	1.93
19068776--19068811	17	2.2	17	90	5	56	88	2	8	0	0.59
19068778--19068811	12	2.9	11	91	8	50	88	2	8	0	0.62
19068807--19068841	15	2.3	15	95	0	61	62	31	0	5	1.18
19069429--19069461	2	16.5	2	93	0	57	48	3	0	48	1.17
19081646--19081712	28	2.4	28	100	0	134	32	28	8	29	1.88
19084300--19084361	22	2.8	23	82	7	83	33	24	20	20	1.97
19084506--19084628	41	3.0	41	87	2	176	27	29	21	21	1.99
19084867--19085266	27	14.8	28	77	7	190	32	9	17	40	1.81
19084867--19085212	81	4.3	82	75	8	271	31	8	18	41	1.81
19085603--19085635	6	5.5	6	100	0	66	51	0	18	30	1.46
19085592--19085635	18	2.4	18	88	0	61	47	2	20	29	1.62
19095836--19095908	36	2.0	36	94	0	128	38	13	12	35	1.83
19096704--19096750	18	2.6	18	96	0	85	46	10	10	31	1.73
19100062--19100098	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
19102092--19102152	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
19104598--19104754	43	3.7	43	80	6	174	31	25	16	26	1.97
19111987--19112019	17	2.0	17	88	5	50	51	15	9	24	1.72
19112305--19112430	43	2.9	43	85	2	146	33	25	16	24	1.96
19117143--19117176	6	5.7	6	96	0	50	44	0	20	35	1.52
19120808--19120916	40	2.7	40	78	10	116	44	1	0	52	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19123970--19124007	3	12.7	3	94	0	67	36	0	28	34	1.58
19127786--19127850	21	3.2	21	70	12	64	41	20	27	10	1.85
19127780--19127868	39	2.3	39	94	0	160	39	22	25	12	1.89
19128594--19128657	21	3.2	20	69	13	60	10	26	20	42	1.85
19128576--19128664	39	2.3	39	92	0	151	12	24	22	40	1.88
19129112--19129167	12	4.5	12	79	16	60	42	1	1	53	1.21
19129114--19129154	5	8.0	5	83	5	55	41	0	2	56	1.13
19130484--19130522	18	2.1	19	90	4	62	41	0	10	48	1.37
19130761--19130895	39	3.4	39	74	6	112	23	20	28	28	1.99
19131018--19131058	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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