genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.209.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60134951--60135035	28	3.0	28	94	0	152	45	24	9	20	1.80
60147337--60147387	25	2.0	25	96	0	93	52	17	15	13	1.74
60149909--60150130	40	5.6	40	94	1	376	23	22	26	27	2.00
60158511--60158692	40	4.6	40	90	2	278	24	21	26	26	2.00
60188307--60188486	46	3.9	46	78	11	215	21	21	29	27	1.98
60188309--60188478	92	1.8	93	93	1	297	21	21	29	27	1.99
60194429--60194460	6	5.2	6	96	3	55	18	0	0	81	0.70
60199835--60199957	40	3.1	40	92	0	210	35	29	18	16	1.93
60202301--60202333	13	2.5	13	95	0	57	15	30	18	36	1.91
60204605--60204695	27	3.4	27	75	0	92	21	24	17	36	1.95
60205168--60205203	2	18.0	2	94	0	63	52	0	47	0	1.00
60208403--60208470	24	2.8	25	77	2	75	27	26	14	30	1.95
60208494--60208545	25	2.1	25	89	3	79	32	23	17	26	1.96
60210531--60210683	42	3.7	40	74	6	126	30	16	24	28	1.96
60215205--60215377	46	3.7	46	80	7	215	28	28	20	21	1.98
60215210--60215378	93	1.8	93	96	0	311	28	28	20	21	1.98
60215798--60215857	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
60221494--60221665	60	2.9	60	75	11	165	41	2	2	52	1.29
60224273--60224438	40	4.2	40	81	2	185	25	22	27	24	2.00
60224273--60224438	80	2.1	78	84	5	210	25	22	27	24	2.00
60232359--60232523	40	4.2	40	79	3	176	26	21	27	24	2.00
60232359--60232523	77	2.1	79	84	4	210	26	21	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60242032--60242149	40	3.0	40	92	0	200	29	28	18	22	1.98
60244197--60244421	124	1.8	124	84	1	308	31	11	22	34	1.89
60244416--60244545	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
60258157--60258190	17	2.0	17	88	11	52	20	32	35	11	1.89
60262549--60262719	83	2.1	83	89	0	261	24	28	21	25	1.99
60263622--60263836	46	4.6	47	75	10	190	26	27	17	27	1.98
60263622--60263836	94	2.3	94	84	6	267	26	27	17	27	1.98
60266735--60266802	23	2.8	24	85	12	79	70	0	2	26	1.01
60266741--60266777	19	2.1	18	90	10	58	72	0	0	27	0.84
60266754--60266791	15	2.5	16	83	12	53	76	0	0	23	0.79
60266754--60266802	8	6.4	8	79	9	57	71	0	4	24	1.03
60266759--60266797	15	2.7	15	88	4	53	74	0	2	23	0.94
60266794--60266866	31	2.4	30	82	13	78	65	0	2	31	1.06
60266810--60266870	27	2.3	27	80	8	63	67	0	1	31	1.01
60266768--60266869	8	13.5	8	72	16	51	67	0	2	29	1.05
60266814--60266860	15	3.2	15	78	3	51	65	0	2	31	1.04
60267152--60267209	30	1.9	30	85	0	80	17	36	29	17	1.92
60278969--60279099	46	2.8	46	87	0	181	22	22	25	29	1.99
60282694--60282863	41	4.2	40	73	18	143	23	22	26	27	1.99
60285660--60285829	27	6.3	27	80	5	157	40	20	8	31	1.82
60285703--60285858	81	1.9	81	87	5	226	41	19	8	30	1.82
60285812--60285873	27	2.3	27	91	0	97	40	16	16	27	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60285704--60285856	54	2.8	54	86	3	166	41	19	9	29	1.82
60285702--60285875	81	2.1	81	83	6	219	40	18	11	29	1.86
60286494--60286578	28	3.0	28	94	0	152	45	24	9	20	1.80
60287763--60287871	43	2.6	43	82	5	116	22	30	21	25	1.99
60287791--60287871	43	1.9	42	89	2	126	20	32	22	24	1.98
60289881--60289923	21	2.0	21	95	0	77	27	37	13	20	1.91
60292389--60292420	16	1.9	17	93	6	57	9	0	15	75	1.05
60292958--60292997	19	2.1	19	85	0	53	22	2	12	62	1.42
60301921--60301963	21	2.0	21	86	4	59	34	6	9	48	1.62
60308587--60308644	3	19.7	3	96	3	109	32	0	0	67	0.91
60310472--60310516	20	2.3	20	84	3	56	26	17	28	26	1.98
60313111--60313218	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
60318378--60318526	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
60318419--60318526	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
60326496--60326644	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
60326537--60326644	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
60339895--60339997	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
60342005--60342039	17	2.1	17	100	0	70	20	17	11	51	1.75
60347885--60347947	20	3.2	20	90	0	99	28	14	9	47	1.75
60353438--60353475	16	2.3	17	95	4	69	10	0	34	55	1.34
60353449--60353515	16	4.1	16	76	14	66	13	0	32	53	1.40
60353603--60353659	24	2.4	24	96	0	105	17	7	26	49	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60353643--60353676	16	2.3	14	90	10	50	11	5	32	50	1.63
60353494--60353941	169	2.7	160	84	8	546	35	2	20	41	1.66
60353767--60353822	15	3.6	15	77	17	69	17	0	30	51	1.46
60353773--60353848	17	4.6	16	81	10	75	18	0	26	55	1.43
60353971--60354283	127	2.5	126	90	1	475	38	16	18	26	1.91
60354258--60354309	26	2.0	26	96	0	95	30	9	23	36	1.87
60354142--60354435	152	1.9	153	91	0	482	36	14	19	28	1.92
60354291--60354684	126	3.1	125	89	1	610	36	15	18	28	1.92
60359128--60359368	40	6.0	40	86	3	308	23	20	28	27	1.99
60359122--60359346	80	2.8	80	92	1	362	24	21	28	25	1.99
60359128--60359366	120	2.0	120	89	1	363	23	20	28	27	1.99
60362543--60362712	45	3.9	44	74	10	136	27	17	25	30	1.97
60362601--60362712	43	2.7	43	83	8	133	26	18	26	27	1.98
60367568--60367664	33	2.9	33	84	7	133	24	23	24	26	2.00
60372955--60373084	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
60372917--60373084	80	2.1	80	81	6	198	25	23	27	23	2.00
60380787--60381011	124	1.8	124	85	1	317	30	11	23	34	1.90
60381006--60381135	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
60380968--60381135	80	2.1	80	81	6	198	25	23	27	23	2.00
60385419--60385517	42	2.3	42	78	1	117	32	22	18	27	1.97
60385395--60385564	43	4.0	42	75	6	153	32	25	17	24	1.96
60385408--60385564	86	1.8	85	82	9	203	31	25	17	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60385587--60385694	52	2.1	52	98	0	207	23	23	19	34	1.97
60393932--60393961	13	2.3	13	100	0	60	30	23	33	13	1.93
60398159--60398290	29	4.6	29	82	9	137	26	26	15	31	1.96
60405381--60405512	29	4.6	29	82	9	137	26	26	15	31	1.96
60410347--60410450	33	3.2	33	77	2	120	34	10	22	32	1.88
60410354--60410449	32	3.0	32	79	1	111	33	10	22	33	1.88
60413320--60413358	7	5.7	7	81	6	53	10	5	0	84	0.76
60413321--60413373	27	2.0	27	81	7	63	9	9	3	77	1.11
60413304--60413449	74	2.0	74	91	1	240	15	11	7	65	1.47
60419903--60419964	25	2.5	25	82	10	65	22	20	24	32	1.98
60419929--60420006	41	1.9	41	91	0	129	19	23	28	29	1.98
60431135--60431285	75	2.0	75	97	0	284	21	14	26	37	1.92
60432323--60432379	28	2.0	28	86	0	78	24	8	36	29	1.86
60435339--60435393	27	2.0	27	100	0	110	25	7	41	25	1.81
60437128--60437152	13	1.9	13	100	0	50	88	0	8	4	0.64
60437543--60437580	19	2.0	19	100	0	76	36	26	5	31	1.79
60439478--60439695	40	5.5	40	87	2	280	22	24	27	24	2.00
60447512--60447675	71	2.3	71	98	0	319	18	27	17	35	1.94
60447512--60447709	71	2.8	70	91	3	258	20	27	17	34	1.95
60450093--60450208	55	2.1	55	96	1	214	39	6	18	34	1.78
60458855--60458884	14	2.1	14	100	0	60	20	30	6	43	1.77
60459425--60459493	14	4.8	14	82	10	68	59	17	14	8	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60459425--60459493	29	2.4	29	81	11	88	59	17	14	8	1.60
60462483--60462659	49	3.6	49	90	3	234	29	28	17	24	1.97
60462524--60462704	99	1.8	100	90	3	294	28	28	18	24	1.98
60462483--60462704	50	4.5	49	87	3	279	29	27	18	24	1.98
60466931--60467097	46	3.6	45	75	9	156	24	27	20	27	1.99
60474326--60474631	47	6.6	47	70	14	204	23	28	19	28	1.98
60474326--60474633	139	2.2	138	79	9	324	23	28	19	28	1.98
60479406--60479628	46	4.8	45	76	15	188	27	16	30	25	1.96
60481678--60481746	36	1.9	36	87	0	102	30	10	18	40	1.84
60484869--60485041	49	3.7	46	78	7	188	28	27	19	24	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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