genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.231.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67502749--67502821	30	2.4	30	90	6	103	41	9	23	26	1.85
67503879--67503918	21	2.0	21	90	5	64	12	40	27	20	1.88
67509052--67509121	27	2.5	28	93	2	115	27	14	27	31	1.95
67509052--67509133	27	3.0	27	82	8	69	28	15	24	31	1.96
67515924--67516113	29	6.6	29	85	2	240	25	32	16	25	1.96
67521621--67521723	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
67529418--67529520	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
67533151--67533268	39	3.0	39	87	1	173	27	18	27	25	1.98
67540982--67541100	39	3.1	39	85	2	159	22	20	31	26	1.98
67541067--67541115	26	1.9	25	91	4	80	12	22	36	28	1.90
67543718--67543889	46	3.7	46	77	13	201	22	20	27	29	1.99
67549230--67549401	46	3.8	45	80	11	215	21	21	27	29	1.99
67549227--67549396	92	1.8	92	96	0	313	21	21	28	28	1.99
67551747--67551800	22	2.5	22	75	3	56	12	31	35	20	1.90
67552441--67552529	45	2.0	45	97	0	169	33	32	15	17	1.92
67554350--67554457	37	2.9	37	90	0	171	24	32	18	25	1.97
67554502--67554789	48	6.0	48	89	0	441	29	27	6	35	1.83
67554502--67554776	144	1.9	144	95	0	496	29	27	7	35	1.84
67562516--67562783	47	5.7	47	74	15	179	23	29	19	27	1.98
67567749--67567780	1	32.0	1	100	0	64	0	0	0	100	0.00
67568655--67568688	13	2.7	12	83	16	50	58	0	8	32	1.29
67568652--67568688	14	2.8	13	91	4	56	59	0	8	32	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67568982--67569021	20	2.0	20	95	0	71	42	5	10	42	1.60
67574526--67574572	12	3.8	12	76	13	51	63	0	0	36	0.94
67574512--67574550	19	2.1	18	85	9	51	61	2	0	35	1.10
67595072--67595153	20	4.0	20	81	9	85	42	19	25	12	1.86
67600408--67600466	29	2.0	29	93	0	100	20	6	35	37	1.79
67601507--67601536	4	7.2	4	92	7	51	76	0	23	0	0.78
67601509--67601540	13	2.5	13	100	0	64	78	0	21	0	0.76
67601948--67601983	18	1.9	19	94	5	65	41	0	16	41	1.48
67604176--67604393	40	5.5	40	90	2	307	23	23	27	24	2.00
67611280--67611392	22	5.0	22	80	10	122	31	20	21	26	1.98
67611280--67611439	45	3.5	45	78	11	150	33	20	20	25	1.97
67611282--67611439	23	7.0	23	72	13	123	34	20	20	25	1.96
67619178--67619323	67	2.2	67	89	0	229	29	26	21	22	1.99
67620436--67620590	23	6.8	23	74	14	126	36	20	18	25	1.95
67620436--67620581	68	2.1	68	81	9	181	36	19	18	24	1.94
67623055--67623090	18	2.0	18	94	0	63	25	30	16	27	1.97
67625513--67625574	27	2.3	27	94	0	106	4	17	12	64	1.44
67627630--67627743	39	2.9	39	90	0	165	25	21	26	27	1.99
67637698--67637827	40	3.2	40	83	4	165	23	29	25	22	1.99
67640118--67640200	24	3.5	24	88	3	123	25	20	21	32	1.98
67640249--67640306	20	2.9	20	92	0	98	34	18	12	34	1.88
67640352--67640399	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67644417--67644530	39	2.9	39	88	0	138	26	21	26	26	1.99
67648173--67648204	5	6.4	5	100	0	64	78	0	0	21	0.76
67650782--67650835	17	3.2	17	84	10	74	27	16	11	44	1.82
67650928--67650954	5	5.4	5	100	0	54	77	0	0	22	0.76
67655287--67655390	34	3.1	35	78	9	92	25	22	23	28	1.99
67665761--67665792	13	2.3	15	89	10	50	37	9	34	18	1.83
67670137--67670265	46	2.8	46	95	0	222	22	20	27	29	1.99
67680815--67681066	43	5.9	43	77	6	226	41	20	15	22	1.89
67682093--67682117	13	1.9	13	100	0	50	48	4	0	48	1.20
67684233--67684262	15	1.9	16	93	6	53	63	0	0	36	0.95
67688929--67689326	46	8.5	46	74	11	283	23	29	18	27	1.98
67689031--67689328	94	3.2	94	83	1	384	23	30	18	27	1.98
67691121--67691250	40	3.2	40	83	4	165	22	25	29	23	1.99
67699246--67699375	40	3.2	40	83	4	165	22	25	29	23	1.99
67702185--67702771	44	13.0	44	72	11	172	30	19	16	33	1.94
67702288--67702504	89	2.4	89	82	3	240	31	21	16	31	1.95
67702342--67702770	133	3.2	133	83	2	513	31	20	15	32	1.93
67712145--67712190	23	2.0	23	84	16	60	43	19	13	23	1.86
67712225--67712341	27	4.3	26	82	8	128	22	18	18	40	1.92
67712334--67712397	27	2.4	28	86	5	87	39	14	7	39	1.74
67713730--67713773	12	3.7	11	80	14	52	20	50	0	29	1.49
67714679--67714719	21	1.9	23	85	14	61	51	12	24	12	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67715618--67715654	17	2.1	17	90	5	56	78	2	5	13	1.03
67715628--67715666	13	2.9	13	82	17	53	79	0	5	15	0.90
67715725--67715821	9	11.4	8	76	16	56	68	2	3	26	1.16
67715735--67715838	12	8.9	12	74	11	60	67	0	4	26	1.17
67715781--67715820	3	13.3	3	94	0	71	65	0	2	32	1.06
67715918--67715957	17	2.4	17	87	4	55	60	0	5	35	1.19
67719405--67719452	21	2.2	21	85	7	60	60	0	0	39	0.97
67723799--67723901	29	3.6	29	81	5	111	22	16	32	29	1.96
67742904--67743000	45	2.1	46	88	7	144	32	8	30	27	1.86
67746616--67746798	79	2.3	81	83	7	223	25	27	23	24	2.00
67746595--67746798	40	5.1	40	81	8	229	25	27	23	24	2.00
67748844--67749079	40	5.9	40	93	0	400	22	22	29	25	1.99
67749239--67749289	25	2.0	25	81	7	59	33	13	31	21	1.92
67750529--67750553	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
67752901--67753008	47	2.4	44	86	9	137	33	9	29	27	1.88
67753079--67753163	40	2.2	40	84	2	109	17	22	30	29	1.97
67758457--67758703	48	5.1	48	93	1	422	35	6	26	31	1.81
67758457--67758703	98	2.6	96	92	2	422	35	6	26	31	1.81
67758850--67758958	37	2.9	37	90	0	164	24	20	29	25	1.99
67760118--67760381	47	5.6	49	76	7	212	24	29	18	27	1.98
67760172--67760287	46	2.5	46	84	6	146	25	29	18	27	1.98
67760118--67760388	140	1.9	141	83	3	350	24	29	18	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67763605--67763667	30	2.1	30	96	0	117	50	7	20	20	1.73
67773813--67774271	47	9.8	47	91	0	688	27	30	9	32	1.89
67776760--67776800	20	2.0	20	85	9	55	46	17	7	29	1.74
67777492--67777695	40	5.1	40	93	1	313	22	23	28	25	1.99
67780634--67780788	77	2.0	77	82	5	186	33	14	21	30	1.93
67784820--67784877	26	2.2	26	81	6	64	34	3	5	56	1.38
67785068--67785112	22	2.0	22	100	0	90	33	8	8	48	1.65
67795286--67795457	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
67795278--67795453	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
67797832--67797919	29	3.0	29	80	8	97	56	15	17	10	1.66
67797832--67797910	15	5.4	15	77	10	83	58	13	17	10	1.63
67797843--67797919	15	5.2	15	75	9	77	55	15	16	11	1.68
67800866--67801037	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
67800858--67801033	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
67805792--67805869	28	2.8	27	88	3	102	30	23	15	30	1.95
67808500--67808584	42	2.0	42	100	0	170	30	18	23	27	1.98
67809429--67809481	17	3.1	17	88	0	79	52	1	5	39	1.36
67809807--67810297	96	5.2	96	87	5	657	30	9	8	51	1.64
67809794--67810297	187	2.7	185	84	6	660	30	9	8	51	1.64
67812748--67812962	40	5.5	40	93	5	377	26	29	23	20	1.98
67812709--67812959	116	2.1	119	89	6	395	27	29	22	21	1.99
67821035--67821209	39	4.4	40	89	5	259	28	29	21	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67825644--67825819	46	3.8	46	78	10	139	23	27	21	28	1.99
67838787--67838825	7	5.6	7	90	0	60	15	35	0	48	1.45
67841316--67841389	29	2.6	29	93	0	130	28	14	31	25	1.95
67841373--67841448	29	2.6	29	82	0	98	23	19	34	22	1.97
67841316--67841448	58	2.3	58	81	2	142	26	17	32	24	1.97
67849047--67849120	29	2.6	29	93	0	130	28	14	31	25	1.95
67849104--67849179	29	2.6	29	82	0	98	23	19	34	22	1.97
67849047--67849179	58	2.3	58	81	2	142	26	17	32	24	1.97
67851037--67851062	10	2.6	10	100	0	52	30	19	7	42	1.79
67851065--67851144	25	3.3	25	86	5	94	38	18	23	18	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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