genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.262.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77626867--77626959	46	2.0	46	100	0	186	38	15	10	35	1.82
77628242--77628279	19	2.0	19	94	0	67	23	21	2	52	1.59
77633672--77633698	10	2.7	10	100	0	54	18	11	29	40	1.85
77636064--77636096	15	2.2	16	89	10	52	30	0	15	54	1.41
77641730--77641790	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
77647387--77647833	134	3.3	134	86	3	589	28	22	8	40	1.83
77647384--77647831	27	16.7	27	82	5	523	28	22	8	40	1.83
77649136--77649196	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
77649246--77649388	24	6.0	24	91	4	209	28	22	22	26	1.99
77649246--77649388	47	3.0	47	90	5	207	28	22	22	26	1.99
77649246--77649389	71	2.0	72	89	4	220	29	22	22	26	1.99
77656781--77657005	124	1.8	124	84	1	308	31	10	23	35	1.88
77657000--77657129	40	3.2	40	82	4	156	23	25	28	23	1.99
77659959--77660027	28	2.5	28	76	4	70	21	13	21	43	1.86
77663461--77663743	142	2.0	142	95	0	503	33	20	25	20	1.97
77663461--77663678	75	3.0	75	71	13	247	32	20	25	21	1.97
77663868--77663938	28	2.6	28	77	4	74	21	12	23	42	1.87
77667401--77667425	13	1.9	13	100	0	50	8	32	36	24	1.84
77671617--77671691	29	2.6	29	95	0	141	28	14	30	26	1.95
77671617--77671751	29	4.6	29	80	7	130	25	17	31	24	1.97
77675139--77675305	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
77683116--77683282	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77686759--77686917	23	6.9	23	75	12	139	24	22	18	35	1.96
77686809--77686909	45	2.2	45	85	3	141	22	23	17	35	1.95
77687832--77687865	13	2.6	13	90	0	59	23	23	26	26	2.00
77693435--77693477	10	4.0	10	80	16	50	51	27	4	16	1.64
77694207--77694316	42	2.6	43	81	11	129	33	26	18	21	1.96
77694414--77694443	12	2.5	12	94	0	51	30	13	20	36	1.90
77698697--77698809	23	5.0	23	75	16	110	27	19	20	32	1.97
77701292--77701317	13	2.0	13	100	0	52	53	15	15	15	1.73
77703559--77703642	27	3.2	26	86	8	107	34	22	23	19	1.96
77705068--77705143	24	3.2	24	90	0	116	23	39	3	32	1.73
77711361--77711459	27	3.7	26	82	6	117	36	16	26	21	1.94
77711386--77711469	27	3.1	27	83	6	116	34	21	25	19	1.96
77711361--77711469	54	2.0	53	89	1	164	35	18	25	20	1.95
77711886--77711915	16	1.9	15	93	6	51	13	26	13	46	1.80
77712906--77712979	24	3.0	24	96	2	130	21	44	4	29	1.71
77713583--77713675	40	2.3	40	85	10	120	25	29	16	29	1.96
77717218--77717258	13	2.8	16	75	21	52	56	0	0	43	0.99
77722601--77722707	44	2.4	47	85	6	159	31	23	14	29	1.95
77726468--77726529	30	2.1	30	96	0	115	25	14	22	37	1.92
77727007--77727076	35	2.0	35	100	0	140	34	5	25	34	1.80
77731938--77731992	27	2.0	27	82	10	67	41	3	16	38	1.66
77732493--77732576	43	2.0	43	85	0	114	23	14	26	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77734267--77734338	37	2.0	34	81	7	81	5	37	1	55	1.32
77747608--77747656	24	2.0	24	100	0	98	40	4	12	42	1.61
77750059--77750118	31	1.9	31	100	0	120	40	20	10	30	1.85
77750993--77751028	17	2.1	17	90	10	56	13	44	27	13	1.82
77754627--77754782	39	4.0	40	85	3	192	24	32	20	22	1.98
77754627--77754782	79	2.0	79	87	2	224	24	32	20	22	1.98
77755508--77755543	18	2.0	18	100	0	72	38	27	16	16	1.90
77760430--77760506	25	3.1	25	88	1	75	28	20	20	29	1.98
77760445--77760506	25	2.5	25	94	0	106	25	24	22	27	2.00
77760711--77760852	27	5.3	27	87	0	194	22	20	21	35	1.96
77760736--77761048	81	3.9	80	80	10	280	27	13	21	38	1.90
77760837--77761096	27	9.6	27	83	0	306	29	8	22	39	1.84
77760810--77761096	54	5.3	53	87	5	362	28	9	22	38	1.86
77760834--77761096	108	2.4	108	91	2	413	29	8	22	38	1.84
77764776--77764865	29	3.1	29	90	1	128	32	28	11	27	1.91
77775397--77775425	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
77776512--77776694	67	2.8	63	79	10	199	24	31	15	28	1.95
77778308--77778414	42	2.5	43	80	7	119	32	27	16	23	1.96
77779964--77779994	14	2.2	14	94	0	53	54	0	25	19	1.44
77783048--77783081	14	2.5	13	86	9	50	41	2	17	38	1.65
77783589--77783629	21	2.0	20	86	13	57	73	0	4	21	1.02
77785733--77785779	19	2.5	19	79	6	51	55	2	4	38	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77787232--77787269	3	12.7	3	100	0	76	65	0	0	34	0.93
77788099--77788207	20	5.2	20	76	15	105	54	5	0	40	1.24
77788134--77788224	47	2.0	44	80	6	101	49	4	2	43	1.34
77789656--77789893	49	4.8	50	84	2	300	25	18	26	28	1.98
77789655--77789876	101	2.2	98	87	2	309	25	18	27	28	1.98
77791297--77791447	75	2.0	74	94	1	266	41	27	7	23	1.80
77800753--77800858	44	2.4	44	85	3	131	29	19	14	36	1.91
77803355--77803379	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
77808334--77808550	40	5.5	40	89	3	316	25	28	23	23	2.00
77813563--77813689	47	2.7	46	89	4	182	28	33	7	31	1.84
77813611--77813689	25	3.3	25	66	16	67	31	30	5	32	1.79
77815007--77815178	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
77814999--77815174	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
77817556--77817644	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
77817556--77817635	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
77817567--77817644	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
77820591--77820762	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
77820583--77820758	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
77822048--77822225	49	3.7	49	95	1	324	31	28	8	31	1.87
77828172--77828381	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
77836222--77836431	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
77841026--77841242	40	5.5	40	91	3	334	24	27	23	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77847732--77847828	25	3.9	25	80	0	113	28	18	24	27	1.98
77847733--77847828	50	1.9	50	86	0	138	29	18	23	28	1.98
77847752--77847842	25	3.6	25	78	3	74	29	19	24	26	1.98
77849170--77849206	19	1.9	19	89	10	58	32	18	13	35	1.90
77855330--77855367	20	1.9	20	88	0	58	39	7	10	42	1.69
77855726--77855782	23	2.5	22	76	15	71	28	24	15	31	1.96
77855948--77856031	20	4.2	20	79	14	84	39	5	16	38	1.73
77855950--77856013	20	3.2	20	89	8	87	40	6	17	35	1.75
77856022--77856100	20	4.0	20	78	3	79	36	10	15	37	1.81
77855950--77856087	60	2.3	60	77	14	142	39	7	15	36	1.77
77858551--77858694	57	2.5	57	76	8	132	28	18	21	31	1.96
77864847--77864904	24	2.4	25	94	5	102	10	20	5	63	1.44
77870430--77870639	46	4.5	46	74	11	194	28	20	28	22	1.99
77870336--77870742	140	2.9	140	87	3	552	28	19	28	23	1.98
77875560--77875594	17	2.1	17	94	0	61	31	17	34	17	1.93
77877823--77878091	46	5.7	47	71	14	155	27	18	29	24	1.98
77887567--77887860	143	2.1	140	96	1	543	21	10	28	39	1.87
77888504--77888635	29	4.6	29	88	0	165	29	15	31	24	1.95
77912854--77912936	42	2.1	39	88	6	121	14	8	7	69	1.34
77918449--77918485	17	2.2	17	95	0	65	40	16	27	16	1.89
77922476--77922628	42	3.6	42	75	1	128	28	26	15	29	1.96
77924545--77924665	43	2.9	42	79	4	136	27	15	26	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77924745--77924782	20	1.9	20	94	0	67	31	2	26	39	1.70
77933305--77933437	49	2.7	49	86	4	162	29	18	27	24	1.98
77942067--77942091	13	1.9	13	100	0	50	16	32	40	12	1.84
77953449--77953886	50	8.8	50	77	9	396	26	19	25	28	1.99
77953648--77953829	101	1.8	101	89	2	285	26	19	24	29	1.99
77953448--77953886	151	2.9	151	90	1	686	26	19	25	28	1.99
77954090--77954121	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
77958116--77958249	42	3.2	42	95	0	232	36	21	13	28	1.91
77958397--77958491	25	3.8	25	92	0	154	25	22	26	26	2.00
77958372--77958492	50	2.4	49	81	6	145	25	22	24	27	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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