genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.95.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25854921--25854999	9	8.8	9	79	5	79	34	0	2	63	1.08
25854923--25854957	10	3.6	10	96	3	63	28	0	0	71	0.86
25857772--25857829	30	2.0	29	86	3	80	50	0	3	46	1.18
25858798--25858827	2	15.0	2	92	0	51	46	0	0	53	1.00
25865143--25865188	11	4.2	11	91	5	67	47	0	52	0	1.00
25865140--25865178	18	2.2	18	85	0	51	48	0	51	0	1.00
25865288--25865337	15	3.6	14	81	7	57	22	0	4	74	0.99
25865290--25865340	13	3.8	13	76	19	59	21	0	3	74	0.98
25865395--25865433	17	2.3	17	86	8	53	71	0	10	17	1.12
25866957--25867008	24	2.2	24	96	0	95	38	28	9	23	1.86
25867390--25867454	28	2.3	28	84	5	87	26	18	20	35	1.95
25868239--25868331	42	2.2	42	81	7	109	23	27	20	27	1.99
25868262--25868341	42	1.9	42	94	0	142	21	30	18	30	1.97
25869223--25869356	72	1.9	72	90	6	218	40	25	13	20	1.89
25869223--25869375	36	4.3	36	85	4	195	40	26	13	19	1.88
25890828--25890868	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
25890991--25891029	19	2.1	19	85	0	51	43	2	5	48	1.38
25891026--25891073	24	2.0	25	87	4	71	45	2	2	50	1.25
25891395--25891457	30	2.1	30	93	0	108	58	15	3	22	1.51
25892420--25892454	13	2.8	12	91	8	61	88	0	11	0	0.51
25892890--25892921	5	6.6	5	92	7	57	81	0	0	18	0.70
25892891--25892921	9	3.3	9	95	4	53	80	0	0	19	0.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25899115--25899162	25	1.9	25	82	0	60	52	2	0	45	1.12
25918708--25918758	18	2.7	18	81	6	57	19	33	3	43	1.70
25921302--25921343	17	2.5	17	84	7	50	33	0	2	64	1.07
25926368--25926477	4	27.5	4	71	7	80	22	10	1	65	1.32
25926371--25926477	20	5.4	19	80	8	90	22	10	1	65	1.33
25926780--25926813	6	5.3	6	93	6	50	17	0	0	82	0.67
25926781--25926811	7	4.6	7	92	8	55	12	0	0	87	0.55
25926781--25926811	13	2.3	14	94	5	55	12	0	0	87	0.55
25936350--25936393	22	2.0	22	95	0	79	36	11	18	34	1.86
25938861--25939210	46	7.6	46	88	0	448	20	24	12	42	1.87
25938861--25939210	138	2.5	138	88	0	504	20	24	12	42	1.87
25942723--25942770	25	1.9	25	95	0	87	39	14	22	22	1.91
25944049--25944353	46	6.6	46	91	0	430	20	22	13	42	1.87
25946192--25946239	11	4.2	11	79	10	51	62	2	0	35	1.07
25947151--25947780	44	14.1	44	75	5	442	32	17	21	28	1.96
25947152--25947744	89	6.6	88	74	6	379	32	18	20	28	1.96
25947156--25947504	177	2.0	177	83	3	443	30	18	22	28	1.97
25947153--25947744	133	4.4	131	75	7	458	32	18	20	28	1.96
25947533--25947772	133	1.8	133	80	1	293	34	15	20	29	1.94
25947704--25947804	44	2.3	43	76	8	105	31	11	25	30	1.92
25949865--25949910	24	2.0	23	91	4	74	21	4	0	73	1.00
25951858--25951937	2	40.0	2	97	0	151	48	0	1	50	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25952377--25952408	2	16.5	2	93	6	57	50	0	0	50	1.00
25955666--25955693	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
25956288--25956317	7	4.3	7	100	0	60	26	30	13	30	1.94
25956363--25956404	6	6.8	6	91	2	57	19	4	30	45	1.71
25957181--25957243	17	3.6	16	78	8	54	39	6	3	50	1.44
25957230--25957275	21	2.2	22	80	11	60	39	4	2	54	1.32
25959753--25959892	39	3.6	39	88	0	199	40	22	23	13	1.90
25960077--25960144	29	2.3	30	87	5	93	48	5	17	27	1.70
25962490--25962767	46	6.0	46	92	4	432	38	14	24	22	1.92
25962525--25962611	30	3.2	30	61	29	77	35	16	26	21	1.94
25966465--25966590	46	2.7	46	87	2	173	41	13	23	22	1.89
25966470--25966605	46	3.0	46	85	2	166	40	14	22	22	1.90
25967392--25967845	229	2.0	229	98	0	872	33	20	12	33	1.91
25972047--25972091	23	1.9	23	82	13	56	53	0	0	46	1.00
25972045--25972102	24	2.5	23	76	20	57	51	3	0	44	1.18
25972144--25972181	12	2.8	14	77	22	53	63	0	0	36	0.95
25972146--25972174	13	2.3	13	94	5	51	62	0	0	37	0.96
25972462--25972509	16	2.9	16	79	20	55	52	2	0	45	1.12
25972646--25972705	29	2.1	29	84	6	79	55	0	3	41	1.16
25973983--25974042	30	2.0	30	81	15	72	55	0	10	35	1.34
25978075--25978217	60	2.3	62	80	10	161	25	27	20	25	1.99
25978239--25978284	20	2.3	20	82	14	60	28	28	17	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25978251--25978294	19	2.2	20	84	4	54	34	25	18	22	1.96
25979902--25979966	32	2.0	32	93	0	112	27	38	12	21	1.89
25980221--25980285	32	2.0	32	93	0	112	27	38	12	21	1.89
25979687--25980324	319	2.0	319	98	0	1240	32	28	13	26	1.93
25981074--25981159	3	28.7	3	100	0	172	67	0	0	32	0.91
25981283--25981586	72	4.3	71	80	5	296	35	24	16	24	1.94
25981321--25981586	70	3.8	69	80	6	277	37	24	15	23	1.93
25984535--25984565	13	2.4	13	100	0	62	41	16	0	41	1.48
25986344--25986505	54	3.0	53	95	3	290	38	3	13	43	1.62
25987470--25987577	52	2.1	52	98	0	207	17	12	21	48	1.81
25988660--25988718	25	2.3	27	81	18	74	42	0	5	52	1.23
25989408--25989442	12	2.9	12	84	16	54	42	17	17	22	1.88
25991643--25991819	72	2.5	72	85	2	223	34	23	16	24	1.96
25993524--25993583	26	2.5	22	73	21	57	23	6	1	68	1.22
25995004--25995029	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
25996773--25996808	12	3.0	12	87	0	54	25	22	5	47	1.73
26003519--26003806	72	3.9	72	82	10	346	29	16	18	35	1.93
26003760--26003855	49	2.0	49	95	0	174	30	17	19	32	1.95
26003688--26003927	121	2.0	121	95	0	435	31	17	18	33	1.94
26003812--26004083	75	3.7	74	88	2	386	29	18	20	31	1.96
26003934--26004247	173	1.8	171	86	5	463	30	18	19	31	1.96
26004104--26004454	77	4.5	77	76	11	273	29	16	19	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26004436--26004497	30	2.1	30	90	6	99	19	9	29	41	1.83
26004104--26004659	248	2.3	240	85	7	723	28	16	19	35	1.93
26007168--26007220	26	2.0	26	100	0	106	35	22	15	26	1.93
26010255--26010575	46	7.0	46	92	0	437	39	14	23	22	1.91
26015325--26015501	46	3.9	44	79	11	194	22	20	28	28	1.99
26015323--26015493	93	1.8	93	92	0	288	22	21	28	27	1.99
26018159--26018320	43	3.8	43	81	12	199	30	26	19	24	1.98
26022679--26023098	51	8.6	51	73	11	349	33	15	20	31	1.93
26022637--26023030	96	4.1	96	88	0	610	33	15	19	30	1.94
26022637--26023098	192	2.4	190	86	3	557	32	15	20	31	1.94
26023071--26023375	44	6.8	45	74	1	211	34	16	19	30	1.93
26023074--26023375	89	3.4	88	84	0	361	34	16	19	30	1.93
26026216--26026260	8	6.4	7	87	10	58	28	2	0	68	1.01
26026290--26026332	18	2.4	18	81	11	52	20	9	2	67	1.30
26029552--26029699	79	1.9	79	85	2	208	41	14	10	33	1.80
26035418--26035443	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
26039455--26039493	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
26047179--26047340	47	3.5	45	77	9	148	27	18	29	24	1.98
26050406--26050579	89	2.0	89	95	0	312	30	13	12	44	1.80
26054050--26054119	35	2.0	35	97	0	131	25	18	37	18	1.94
26063212--26063255	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
26063989--26064018	16	1.9	15	93	6	51	16	0	0	83	0.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26074799--26074835	15	2.4	16	82	13	51	51	2	5	40	1.39
26083481--26083513	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
26083863--26083926	18	3.5	19	70	18	55	64	6	0	29	1.18
26083992--26084092	19	5.7	19	73	17	85	61	1	5	30	1.31
26084051--26084111	26	2.4	25	84	10	72	63	0	4	31	1.15
26084376--26084400	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
26087501--26087540	17	2.4	17	84	15	57	20	5	0	75	0.99
26087500--26087549	25	2.0	25	84	7	66	22	6	0	72	1.07
26089026--26089640	210	2.9	210	89	0	944	29	22	18	29	1.97
26093080--26093330	124	2.0	124	96	0	466	24	23	14	37	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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