genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.107.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28805114--28805597	92	5.3	90	77	8	358	27	16	17	38	1.91
28805346--28805596	87	2.8	87	79	5	202	29	15	18	36	1.92
28806277--28806375	30	3.3	30	94	0	180	26	50	6	17	1.69
28806901--28806974	25	2.8	26	79	6	87	36	6	2	54	1.41
28806984--28807025	22	1.9	22	90	0	66	28	2	7	61	1.35
28806922--28807040	26	4.4	26	74	17	91	31	5	4	57	1.41
28806990--28807052	26	2.4	25	84	5	72	30	4	6	58	1.43
28807208--28807242	16	2.3	15	90	5	52	31	2	2	62	1.24
28808904--28808938	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
28809058--28809102	20	2.2	20	84	7	56	28	6	2	62	1.33
28813263--28813309	25	1.9	24	83	12	60	36	19	2	42	1.63
28816031--28816089	30	2.0	29	93	3	100	64	3	6	25	1.34
28816031--28816079	16	3.2	16	67	21	50	63	2	8	26	1.34
28818480--28818648	62	2.7	61	78	4	178	27	26	24	21	1.99
28824773--28824818	12	3.8	12	85	2	56	6	13	0	80	0.89
28825493--28825744	62	4.1	61	77	11	226	26	27	26	19	1.99
28827922--28827956	18	1.9	18	94	0	61	31	17	11	40	1.85
28832016--28832149	45	3.0	45	82	4	173	40	20	17	21	1.92
28832362--28832461	38	2.6	38	80	0	101	40	18	10	32	1.83
28834023--28834056	18	1.9	18	94	5	61	47	0	0	52	1.00
28837916--28838025	40	2.8	40	85	0	148	23	26	23	26	2.00
28845970--28846079	40	2.8	40	85	0	148	23	26	23	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28848209--28848248	11	3.5	11	93	6	71	75	7	2	15	1.14
28848208--28848249	12	3.6	12	87	6	68	76	7	2	14	1.10
28848843--28848888	3	15.3	3	100	0	92	32	0	0	67	0.91
28848990--28849025	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
28849240--28849312	33	2.3	30	82	11	92	36	5	2	54	1.38
28851130--28851219	44	2.0	44	80	4	101	48	12	11	27	1.74
28852199--28852224	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
28852195--28852237	17	2.6	17	78	7	54	55	0	0	44	0.99
28862728--28862775	20	2.5	19	78	18	55	56	8	4	31	1.48
28862784--28862828	23	2.0	23	83	12	58	20	0	26	53	1.46
28862927--28862960	16	2.1	17	88	5	52	14	0	32	52	1.42
28863083--28863115	16	2.0	17	94	5	59	12	0	36	51	1.39
28863098--28863152	23	2.5	22	81	3	65	16	0	32	50	1.45
28863238--28863272	17	2.0	18	88	5	54	14	0	31	54	1.40
28862663--28864213	156	9.8	158	87	5	2114	34	1	20	43	1.63
28862663--28864213	315	4.9	312	88	5	2139	34	1	20	43	1.63
28864234--28864538	126	2.4	126	93	0	520	36	16	19	27	1.93
28868155--28868192	18	2.1	18	90	0	58	42	10	26	21	1.85
28869945--28869991	22	2.2	21	85	14	62	46	8	17	27	1.76
28871072--28871212	69	2.0	69	93	0	237	42	10	3	43	1.56
28873035--28873196	26	6.2	26	95	0	288	33	4	24	37	1.77
28874982--28875266	136	2.1	136	95	1	509	24	18	24	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28878816--28878862	3	15.7	3	100	0	94	0	0	31	68	0.90
28893180--28893330	44	3.4	44	73	1	149	31	19	19	29	1.96
28893174--28893394	89	2.5	89	85	0	307	33	17	20	28	1.95
28893180--28893348	44	3.8	44	74	4	142	33	17	20	28	1.95
28893432--28893484	26	2.0	26	100	0	106	49	22	9	18	1.76
28897379--28897413	12	2.9	12	82	0	52	28	2	2	65	1.21
28897537--28897568	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
28897567--28897613	3	15.7	3	100	0	94	0	0	31	68	0.90
28898760--28898821	19	3.2	19	77	6	63	51	4	1	41	1.33
28901308--28901347	15	2.6	16	84	11	57	20	12	2	65	1.38
28901338--28901398	3	20.3	3	100	0	122	32	0	0	67	0.91
28903202--28903237	2	18.0	2	94	0	63	52	0	0	47	1.00
28903690--28903753	3	21.0	3	96	3	119	65	1	0	32	1.02
28904854--28904914	32	1.9	32	82	0	77	6	3	42	47	1.45
28906005--28906034	15	2.0	15	93	0	51	53	0	3	43	1.17
28905980--28906036	27	2.1	27	83	0	69	47	1	8	42	1.45
28907508--28907546	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
28907684--28907871	3	62.7	3	67	15	59	27	7	4	60	1.44
28909302--28909365	31	2.1	31	87	0	92	23	26	15	34	1.95
28909557--28909699	24	6.0	24	91	4	209	26	22	22	28	1.99
28909557--28909698	47	3.0	48	90	5	207	26	22	22	28	1.99
28909556--28909699	71	2.0	72	89	4	220	26	22	22	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28909749--28909809	20	3.0	20	92	0	104	32	21	11	34	1.89
28909852--28909899	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
28917245--28917289	19	2.2	20	80	11	56	62	2	0	35	1.08
28918989--28919288	104	2.9	104	85	1	359	30	19	16	34	1.93
28919043--28919318	104	2.7	104	84	1	347	29	20	16	33	1.95
28922169--28922231	29	2.2	29	82	5	74	42	9	3	44	1.52
28926249--28926302	11	4.9	11	75	20	51	59	0	5	35	1.21
28926249--28926303	14	3.9	14	75	13	51	60	0	5	34	1.20
28928234--28928606	44	8.3	44	71	9	191	28	20	19	31	1.97
28928065--28928346	141	2.0	141	90	1	449	26	17	21	34	1.96
28928268--28928474	88	2.3	89	78	6	222	28	22	20	28	1.98
28928574--28928769	100	2.0	100	92	2	331	29	22	16	31	1.96
28928593--28928758	49	3.3	49	70	11	167	30	24	16	28	1.96
28929730--28929773	20	2.0	22	83	12	56	65	13	11	9	1.46
28929779--28929966	92	2.0	95	93	6	330	35	14	1	48	1.52
28930574--28930707	3	44.0	3	68	14	69	31	4	3	60	1.34
28930571--28930680	27	4.0	28	74	19	90	29	4	2	63	1.28
28930771--28930857	22	3.8	22	77	14	86	35	1	4	58	1.26
28930921--28931037	64	1.9	58	80	13	128	33	5	6	53	1.52
28930968--28931046	23	3.4	23	79	11	81	34	2	6	56	1.38
28931073--28931133	24	2.7	22	80	7	59	37	6	4	50	1.50
28931213--28931284	25	2.8	26	76	6	83	33	6	6	52	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28951225--28951415	73	2.6	72	88	5	278	32	17	18	31	1.94
28951453--28951605	71	2.1	71	91	3	245	28	17	20	33	1.96
28952181--28952223	20	2.2	20	83	8	52	62	18	0	18	1.32
28953329--28953462	3	44.0	3	68	14	69	31	4	3	60	1.34
28953326--28953435	27	4.0	28	74	19	90	29	4	2	63	1.28
28953524--28953613	23	3.9	23	76	15	87	33	1	5	60	1.27
28953677--28953793	64	1.9	58	80	13	128	33	5	6	53	1.52
28953724--28953802	23	3.4	23	79	11	81	34	2	6	56	1.38
28953829--28953889	24	2.7	22	80	7	59	37	6	4	50	1.50
28953969--28954102	25	5.5	25	71	19	88	32	7	6	52	1.55
28958282--28958389	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
28969210--28969264	22	2.5	21	80	11	56	61	0	3	34	1.13
28973299--28973329	14	2.1	15	94	5	55	38	0	0	61	0.96
28982629--28982902	46	6.0	46	89	0	352	20	23	15	40	1.91
28985964--28986001	19	2.0	19	89	0	58	39	7	7	44	1.63
28988860--28988894	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
28997276--28997320	20	2.2	20	88	0	63	37	13	0	48	1.42
29001586--29001610	1	25.0	1	100	0	50	0	0	0	100	0.00
29003337--29003410	25	3.2	25	62	18	68	31	12	12	44	1.78
29003347--29003418	23	3.2	23	62	18	60	34	12	11	41	1.78
29003314--29003449	45	3.0	45	100	0	272	31	13	13	41	1.82
29005720--29005744	13	1.9	13	100	0	50	40	36	16	8	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29009415--29009564	75	2.0	75	100	0	300	32	24	12	32	1.91
29009754--29009957	30	6.8	29	70	8	113	41	4	11	43	1.60
29011528--29011578	14	3.5	15	76	7	52	31	1	0	66	1.03
29013136--29013170	15	2.2	16	90	5	54	11	0	31	57	1.34
29015299--29015329	9	3.4	9	90	0	53	64	0	0	35	0.94
29015320--29015401	39	2.1	39	82	6	96	46	7	7	39	1.60
29015355--29015732	130	2.9	131	94	3	658	56	4	4	34	1.40
29015354--29015757	131	3.1	130	87	8	586	56	4	4	34	1.40
29016234--29016299	30	2.2	30	86	0	87	7	16	46	28	1.74
29016247--29016313	30	2.2	30	89	0	98	8	14	43	32	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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