genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.263.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77959300--77959400	27	3.7	26	86	5	103	22	23	20	32	1.98
77959322--77959433	27	4.1	27	85	11	90	21	23	18	36	1.95
77959533--77959740	27	7.7	27	80	4	215	28	9	21	39	1.85
77959507--77959739	80	2.9	79	80	8	213	28	9	21	40	1.84
77959533--77959740	80	2.6	81	83	3	242	28	9	21	39	1.85
77959422--77959754	27	12.3	27	76	6	199	30	9	20	39	1.85
77959424--77959754	54	6.1	54	73	9	219	30	9	20	39	1.84
77959732--77959889	27	5.9	27	89	0	226	39	9	21	29	1.85
77959706--77959889	54	3.4	54	86	0	188	38	9	21	30	1.85
77959722--77959902	81	2.2	81	82	0	236	37	8	21	32	1.84
77962426--77962585	29	5.5	30	88	8	222	27	25	13	33	1.94
77962426--77962585	59	2.8	57	89	4	223	27	25	13	33	1.94
77964133--77964340	43	4.8	43	83	4	249	24	16	29	29	1.97
77968386--77968653	61	4.4	61	77	6	238	27	25	11	34	1.91
77968614--77968681	27	2.5	28	90	9	113	16	23	17	42	1.88
77968970--77969128	53	3.0	52	80	9	171	27	25	11	35	1.90
77971081--77971107	14	1.9	14	100	0	54	51	0	11	37	1.37
77982764--77983071	46	6.5	46	74	8	185	29	17	28	24	1.97
77984298--77984337	21	2.0	20	95	5	71	10	42	30	17	1.82
77988165--77988203	21	1.9	20	94	5	69	46	23	0	30	1.53
77994568--77994715	42	3.5	42	75	11	124	26	19	26	27	1.99
77997619--77997713	5	19.0	5	100	0	190	40	0	0	60	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77997783--77997818	12	2.9	12	91	4	54	72	0	27	0	0.85
77997777--77997818	13	3.3	13	80	6	50	73	0	26	0	0.83
78003351--78003378	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
78007971--78007999	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
78011666--78011790	58	2.1	60	82	10	150	39	3	14	43	1.61
78013015--78013099	42	2.0	42	100	0	170	23	23	11	41	1.87
78016972--78017048	9	8.3	9	76	9	75	33	2	0	63	1.08
78017558--78017696	9	15.4	9	69	16	67	33	1	1	64	1.12
78017727--78017901	93	1.9	95	82	12	227	35	5	2	56	1.36
78018315--78018354	20	2.0	21	85	14	57	62	2	0	35	1.09
78018342--78018389	11	4.4	10	78	17	51	56	4	0	39	1.19
78018342--78018389	16	2.9	16	84	6	60	56	4	0	39	1.19
78018342--78018393	22	2.3	23	81	15	65	57	3	0	38	1.17
78018342--78018389	5	8.8	5	80	15	51	56	4	0	39	1.19
78018901--78018975	28	2.7	28	78	10	73	58	1	1	38	1.15
78027483--78027705	48	4.7	47	75	11	190	25	30	18	25	1.98
78029465--78029627	39	4.2	39	89	3	247	23	20	30	25	1.98
78032852--78033035	54	3.4	54	90	0	278	34	20	14	30	1.92
78042013--78042049	2	18.0	2	88	5	56	45	2	0	51	1.15
78047512--78047563	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
78048016--78048062	22	2.1	23	96	4	87	21	23	23	31	1.98
78062110--78062272	43	3.8	43	73	10	136	34	23	16	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78067572--78067736	35	4.7	35	77	7	138	26	9	21	43	1.82
78067572--78067736	70	2.4	69	80	8	165	26	9	21	43	1.82
78089577--78089909	48	6.9	48	80	3	373	29	17	25	27	1.98
78089573--78089909	144	2.3	144	88	2	471	29	17	25	27	1.98
78093663--78093702	21	2.0	21	85	5	55	12	37	27	22	1.90
78094761--78094874	43	2.7	43	78	6	133	25	18	24	31	1.97
78095615--78095711	44	2.3	42	84	8	124	23	15	24	36	1.94
78095616--78095778	43	3.8	42	77	11	143	23	15	26	34	1.94
78116082--78116168	24	3.6	24	96	0	165	21	17	25	35	1.95
78116082--78116190	48	2.3	48	91	3	175	24	17	23	33	1.96
78116082--78116190	24	4.5	24	90	2	157	24	17	23	33	1.96
78125915--78126218	38	7.0	38	69	23	167	30	25	14	29	1.95
78125960--78126181	48	4.7	47	80	6	250	31	24	13	29	1.94
78125922--78126138	95	2.4	85	83	14	308	31	25	13	29	1.94
78125936--78126082	48	3.1	48	75	9	183	30	28	12	27	1.93
78125936--78126128	95	2.0	95	96	0	359	32	26	12	27	1.93
78129773--78129800	12	2.3	12	100	0	56	32	42	17	7	1.77
78130668--78130754	23	3.6	23	73	18	70	21	24	22	31	1.99
78133162--78133218	27	2.1	29	87	9	84	54	12	12	21	1.69
78135644--78135668	12	2.1	12	100	0	50	0	44	32	24	1.54
78136475--78136624	42	3.6	43	74	15	109	30	24	14	31	1.94
78141193--78141363	27	6.3	27	80	4	150	39	21	8	30	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78141193--78141363	54	3.2	53	78	6	166	39	21	8	30	1.82
78141365--78141746	27	14.2	27	81	6	382	30	20	6	41	1.78
78141981--78142032	27	2.0	26	88	3	77	17	28	21	32	1.96
78142258--78142407	6	24.8	6	73	17	116	20	16	15	48	1.82
78142283--78142407	30	4.4	30	80	13	147	20	15	15	48	1.80
78144302--78144478	27	6.6	27	82	3	162	39	22	8	29	1.83
78144302--78144478	54	3.3	54	80	4	180	39	22	8	29	1.83
78144475--78144911	27	16.2	26	84	7	462	30	21	6	41	1.78
78144421--78144751	81	4.1	81	86	2	227	31	22	6	38	1.81
78144475--78144911	81	5.4	80	86	2	543	30	21	6	41	1.78
78145146--78145197	27	2.0	26	88	3	77	17	28	21	32	1.96
78145428--78145577	6	24.8	6	74	18	125	21	14	14	50	1.78
78145453--78145577	30	4.4	30	78	11	154	21	14	13	50	1.77
78156122--78156200	28	2.8	28	86	0	104	34	11	25	29	1.91
78158275--78158335	30	2.0	30	83	0	77	32	22	6	37	1.80
78162303--78162335	9	3.7	9	88	12	50	9	0	12	78	0.95
78165172--78165225	20	2.7	20	82	0	72	11	25	20	42	1.85
78165742--78165924	100	1.8	100	88	3	278	23	8	22	45	1.80
78170089--78170200	46	2.4	47	86	3	163	33	30	15	21	1.94
78173060--78173140	40	2.0	40	100	0	162	39	9	29	20	1.85
78187984--78188254	48	5.7	47	73	9	151	25	29	18	26	1.98
78188130--78188296	46	3.6	45	84	8	180	26	29	16	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78201037--78201147	27	4.1	27	82	5	127	36	21	23	18	1.95
78201039--78201144	54	2.0	53	88	1	158	36	19	23	19	1.95
78202581--78202633	24	2.2	24	89	0	79	22	39	3	33	1.72
78211787--78211881	48	2.0	49	89	2	147	23	25	16	34	1.95
78214026--78214143	42	2.8	42	79	3	130	27	23	21	27	1.99
78223225--78223284	21	2.9	21	83	11	79	23	30	36	10	1.87
78223461--78223490	12	2.5	12	100	0	60	6	36	26	30	1.82
78223889--78224008	60	2.0	60	98	0	231	38	25	8	27	1.85
78224526--78224659	47	2.8	48	81	5	146	25	30	18	25	1.98
78237976--78238142	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
78245974--78246140	40	4.2	40	81	2	176	23	26	22	26	2.00
78246963--78247008	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
78259247--78259602	49	7.3	49	93	1	567	33	8	28	29	1.87
78266646--78266721	21	3.5	21	65	16	55	22	13	25	39	1.90
78266650--78266737	45	2.0	45	93	0	149	22	12	25	39	1.89
78270218--78270243	2	13.0	2	100	0	52	0	0	50	50	1.00
78270371--78270413	20	2.2	20	91	0	68	37	25	4	32	1.77
78276230--78276383	58	2.7	57	85	6	195	53	1	0	44	1.11
78279735--78279906	39	4.4	39	89	4	258	25	29	23	22	1.99
78281095--78281125	14	2.2	14	94	0	53	0	19	0	80	0.71
78281047--78281174	57	2.3	56	91	5	213	15	19	9	55	1.67
78286463--78286634	93	1.8	93	94	0	308	27	29	21	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78286456--78286631	46	3.8	46	79	12	207	28	28	21	21	1.98
78286505--78286643	47	3.0	46	75	16	144	29	28	19	22	1.98
78290512--78290699	40	4.7	40	86	3	263	26	26	21	25	2.00
78291839--78291949	49	2.2	50	96	3	215	18	18	10	52	1.74
78295066--78295149	27	3.1	27	88	6	118	17	25	22	34	1.96
78299536--78299622	27	3.2	27	80	9	106	17	21	24	36	1.94
78301169--78301276	44	2.5	44	79	19	129	22	21	26	29	1.99
78301169--78301265	44	2.3	43	87	7	135	23	20	25	29	1.99
78310157--78310382	48	4.6	49	85	3	283	29	27	17	25	1.98
78310153--78310390	101	2.4	98	85	2	325	28	28	18	25	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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