genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.174.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48977167--48977305	27	5.3	24	76	12	66	28	10	23	37	1.87
48977285--48977491	27	7.7	27	85	2	238	36	7	24	31	1.83
48977295--48977491	81	2.4	80	89	3	304	37	7	24	30	1.82
48981968--48982027	28	2.1	28	96	0	111	28	16	23	31	1.96
48983398--48983427	12	2.5	12	88	0	51	20	50	0	30	1.49
48986469--48987162	138	5.0	138	90	1	1045	44	6	8	40	1.62
48986469--48987162	277	2.5	276	89	0	1084	44	6	8	40	1.62
48987138--48987287	75	2.0	75	92	5	250	32	14	7	46	1.72
48990869--48990923	28	2.0	28	92	0	92	34	23	14	27	1.94
48991456--48991490	17	2.1	17	100	0	70	22	5	11	60	1.52
48991289--48991738	230	2.0	230	96	0	837	25	14	18	41	1.88
48991686--48991720	17	2.1	17	100	0	70	22	5	11	60	1.52
49005558--49005639	34	2.4	34	87	2	112	25	25	25	23	2.00
49005574--49005639	34	1.9	34	93	0	114	28	24	22	24	1.99
49011030--49011395	49	7.5	49	95	0	642	30	9	31	29	1.88
49011497--49011581	37	2.3	37	95	0	152	24	20	34	21	1.97
49013667--49014059	29	13.6	29	97	0	714	27	15	31	25	1.96
49017578--49017660	27	3.3	27	60	16	68	31	4	30	33	1.79
49017505--49017820	49	6.5	49	96	0	571	29	8	31	29	1.87
49017922--49018006	37	2.3	37	95	0	152	24	20	34	21	1.97
49027135--49027236	40	2.5	40	87	6	152	28	24	25	21	1.99
49034982--49035024	17	2.6	17	81	3	52	41	20	4	32	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49035178--49035239	15	4.0	15	82	12	72	54	16	14	14	1.71
49039306--49039433	29	4.4	29	96	0	238	24	23	14	38	1.91
49046630--49046837	40	5.2	40	81	2	193	25	24	25	24	2.00
49046632--49046837	80	2.6	80	82	3	227	25	24	26	24	2.00
49054684--49054891	40	5.2	40	81	2	193	25	24	25	24	2.00
49054686--49054891	80	2.6	80	82	3	227	25	24	26	24	2.00
49058511--49058638	29	4.4	29	94	0	229	24	22	14	39	1.91
49066206--49066267	15	4.0	15	75	8	52	50	17	17	14	1.79
49070129--49070328	40	5.0	39	82	4	170	26	27	21	26	1.99
49070129--49070328	80	2.5	80	82	4	226	26	27	21	26	1.99
49074136--49074179	21	2.1	21	100	0	88	43	27	20	9	1.82
49078234--49078441	40	5.2	40	84	2	231	25	26	21	25	2.00
49081729--49081829	28	3.5	29	86	6	125	29	27	13	28	1.95
49096657--49096821	40	4.1	39	80	7	172	26	27	21	24	1.99
49099352--49099486	27	5.0	27	91	0	198	35	20	20	23	1.96
49099849--49099902	6	8.8	6	76	11	56	18	20	12	48	1.81
49106060--49106110	27	1.9	26	88	4	75	21	25	27	25	1.99
49106060--49106119	27	2.3	27	82	2	68	23	25	30	21	1.99
49109427--49109529	29	3.6	29	94	0	170	25	31	15	28	1.96
49109407--49109529	58	2.1	58	86	0	165	24	31	16	27	1.96
49112823--49112942	40	3.0	40	88	1	197	20	22	28	29	1.98
49113619--49113656	19	2.0	19	100	0	76	21	0	21	57	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49124721--49124944	68	3.3	66	85	8	227	33	16	28	21	1.95
49124781--49124978	68	2.9	67	83	8	183	32	16	29	21	1.95
49125467--49125630	71	2.3	71	96	0	301	34	18	28	18	1.95
49124574--49125941	689	2.0	687	89	2	2082	34	13	26	25	1.93
49130346--49130498	40	3.8	40	91	2	238	22	23	28	24	1.99
49134915--49134957	21	1.9	23	81	13	54	55	13	4	25	1.58
49152417--49152464	24	2.0	24	91	0	78	41	6	22	29	1.78
49159018--49159143	43	2.9	43	78	13	109	31	25	17	25	1.97
49159050--49159143	43	2.2	42	85	9	120	30	25	19	24	1.98
49160926--49160958	12	2.6	13	85	9	50	9	45	0	45	1.35
49162007--49162071	28	2.3	28	91	0	103	32	27	9	30	1.88
49162187--49162266	27	2.9	27	86	5	106	21	23	21	33	1.97
49162187--49162277	27	3.2	28	82	4	94	21	25	19	32	1.97
49163687--49163732	16	2.9	16	93	0	74	47	32	6	13	1.68
49165073--49165185	29	4.0	28	82	2	109	28	14	28	29	1.95
49168378--49168450	29	2.5	29	100	0	146	31	15	28	24	1.95
49168437--49168509	29	2.5	29	84	0	92	28	17	26	27	1.98
49176332--49176404	29	2.5	29	100	0	146	31	15	28	24	1.95
49176391--49176463	29	2.5	29	84	0	92	28	17	26	27	1.98
49181954--49182279	47	7.0	47	91	0	492	31	11	29	27	1.92
49181981--49182056	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
49182065--49182183	22	5.0	25	63	19	83	32	11	26	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49182169--49182244	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
49182445--49182586	37	3.8	37	89	0	212	24	18	31	25	1.97
49183834--49184105	40	6.8	40	90	1	402	24	21	27	25	1.99
49186788--49186880	29	3.2	29	93	1	152	29	16	29	25	1.96
49186784--49186917	58	2.3	58	81	5	148	26	15	32	25	1.95
49194360--49194491	29	4.6	29	86	0	156	25	15	33	25	1.95
49200204--49200329	27	4.7	27	86	5	159	39	22	12	25	1.89
49200204--49200329	54	2.3	54	87	5	184	39	22	12	25	1.89
49200338--49200420	27	3.1	27	74	6	78	34	19	20	25	1.96
49200202--49200370	81	2.1	82	79	7	184	37	19	15	27	1.92
49205024--49205048	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
49205050--49205230	47	3.9	46	79	10	140	27	29	9	33	1.89
49205113--49205375	47	5.6	47	96	0	445	26	31	12	30	1.92
49205156--49205230	22	3.3	22	64	29	57	25	30	13	30	1.94
49228595--49228642	20	2.3	21	92	3	80	35	10	18	35	1.85
49228715--49228788	23	3.1	23	92	3	112	33	18	20	27	1.96
49231611--49231694	29	3.0	28	82	3	96	30	28	11	28	1.92
49231904--49231962	16	3.7	16	93	0	100	6	18	23	50	1.70
49231904--49231963	8	7.6	8	78	14	63	6	18	25	50	1.71
49233716--49233844	46	2.8	46	85	0	177	29	29	20	20	1.98
49236180--49236235	15	3.7	15	81	9	78	58	10	16	14	1.62
49237452--49237491	17	2.4	17	86	0	53	42	15	10	32	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49239041--49239169	46	2.8	46	92	0	213	29	28	21	20	1.98
49243715--49243830	28	4.2	28	85	2	146	36	19	25	18	1.94
49245002--49245058	18	3.2	18	75	7	62	64	0	31	3	1.10
49246922--49246946	8	3.1	8	100	0	50	60	24	0	16	1.36
49260863--49260919	26	2.2	26	81	9	62	26	17	19	36	1.94
49263286--49263319	18	1.9	17	94	5	59	8	17	8	64	1.47
49264437--49264483	24	1.9	25	86	4	69	34	25	17	23	1.96
49264520--49264566	20	2.3	20	88	0	67	36	12	21	29	1.91
49264615--49264756	24	6.0	24	91	8	220	29	20	21	28	1.98
49264615--49264735	47	2.6	48	94	5	212	30	19	20	28	1.97
49264948--49265011	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
49271154--49271346	40	4.8	40	81	2	190	25	24	25	23	2.00
49271156--49271346	80	2.4	80	82	3	215	25	24	26	23	2.00
49273838--49273871	18	1.9	17	94	5	59	8	17	8	64	1.47
49274992--49275039	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
49275086--49275141	11	5.5	11	71	16	57	37	14	19	28	1.91
49275075--49275141	20	3.3	20	89	0	98	35	13	20	29	1.91
49275190--49275333	24	6.0	24	89	8	213	29	19	21	29	1.98
49275526--49275589	31	2.1	31	87	0	92	35	15	21	26	1.94
49276419--49276462	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
49280721--49280768	24	2.0	24	84	8	62	31	0	22	45	1.53
49281320--49281348	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49285388--49285737	174	2.0	174	93	0	592	29	20	24	26	1.99
49286718--49286758	14	2.9	14	82	13	57	78	2	4	14	1.03
49289780--49289808	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
49290843--49290876	10	3.3	10	88	8	50	5	20	14	58	1.57
49296550--49296646	48	2.0	48	93	0	167	37	27	7	27	1.83
49297129--49297249	28	4.3	28	88	0	170	34	23	13	28	1.92
49298583--49298634	16	3.2	16	76	10	52	25	23	17	34	1.96
49300784--49300884	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
49307424--49307600	39	4.5	39	75	6	135	25	28	22	24	1.99
49315452--49315551	40	2.5	40	81	3	112	26	29	23	22	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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