genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.191.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54316077--54316300	40	5.6	40	85	3	299	24	24	28	23	2.00
54319468--54319492	7	3.6	7	100	0	50	12	0	28	60	1.32
54321105--54321144	21	1.9	21	84	0	53	67	2	20	10	1.31
54322257--54322326	27	2.5	28	90	2	115	25	12	28	32	1.93
54323999--54324102	27	3.9	27	92	0	163	43	15	14	26	1.85
54326169--54326206	19	2.0	19	85	10	51	15	21	42	21	1.89
54326831--54326871	21	2.0	20	90	4	64	4	7	53	34	1.50
54329797--54329884	27	3.3	25	71	13	77	40	20	15	22	1.90
54329809--54329886	27	2.9	27	84	0	111	39	19	16	24	1.91
54339750--54339802	26	2.0	26	100	0	106	28	18	18	33	1.95
54349740--54349996	40	6.5	40	87	7	298	22	22	28	26	1.99
54349781--54349996	79	2.7	80	88	7	291	23	23	28	25	2.00
54357776--54357843	27	2.5	27	95	2	118	30	26	14	27	1.95
54366366--54366495	40	3.2	40	77	13	142	24	26	24	23	2.00
54366382--54366533	40	3.8	40	80	5	155	22	26	24	26	2.00
54366382--54366533	80	1.9	80	83	5	200	22	26	24	26	2.00
54368762--54368829	27	2.5	27	95	2	118	30	26	14	27	1.95
54371807--54372063	40	6.5	40	89	4	355	22	22	28	26	1.99
54372897--54372921	12	2.1	12	100	0	50	32	0	16	52	1.44
54373480--54373588	56	1.9	56	92	0	182	39	11	11	36	1.79
54380946--54381064	56	2.1	56	92	1	193	37	12	13	36	1.83
54384483--54384526	23	1.9	24	81	9	56	31	0	29	38	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54385121--54385146	11	2.4	11	100	0	52	23	7	19	50	1.73
54390733--54390901	47	3.6	47	74	10	175	30	27	18	23	1.97
54392452--54392713	68	3.9	65	82	9	224	32	18	27	20	1.96
54392520--54392710	64	2.8	64	88	8	256	32	17	28	20	1.95
54399582--54399779	68	2.9	68	90	3	263	33	16	27	21	1.95
54408356--54408394	18	2.2	18	86	9	53	61	0	7	30	1.24
54409702--54409737	18	2.0	18	94	0	63	38	0	30	30	1.58
54417747--54417876	40	3.2	40	77	13	142	24	26	24	23	2.00
54417763--54417914	40	3.8	40	80	5	155	22	26	24	26	2.00
54417763--54417914	80	1.9	80	83	5	200	22	26	24	26	2.00
54419049--54419079	11	2.7	11	95	5	53	16	32	6	45	1.72
54425770--54425937	40	4.2	40	80	7	162	23	26	23	26	2.00
54425786--54425937	80	1.9	80	83	5	200	23	26	23	26	2.00
54432761--54432806	19	2.4	19	100	0	92	28	17	4	50	1.65
54445951--54446114	46	3.6	44	70	8	139	22	21	28	28	1.99
54446858--54446895	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
54448523--54448591	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
54454863--54454900	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
54456527--54456595	28	2.5	28	90	2	113	43	26	10	20	1.83
54469326--54469707	201	1.9	201	91	1	622	22	18	24	33	1.97
54471233--54471381	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
54471274--54471381	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54479348--54479496	80	1.9	80	80	2	174	23	30	24	22	1.99
54479389--54479496	40	2.7	38	83	8	119	22	29	25	23	1.99
54486359--54486410	26	2.0	27	92	3	88	30	15	28	25	1.96
54486387--54486508	56	2.2	56	88	2	174	28	12	22	36	1.91
54490274--54490435	43	3.8	42	78	4	139	30	14	22	33	1.93
54493418--54493635	40	5.5	40	86	3	273	22	23	28	25	1.99
54498250--54498358	26	4.2	26	93	0	191	35	23	7	33	1.83
54500365--54500432	28	2.4	28	95	0	118	23	17	32	26	1.97
54501308--54501332	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
54503698--54503953	40	6.5	40	88	5	355	22	22	28	25	1.99
54503698--54503953	78	3.2	79	87	8	344	22	22	28	25	1.99
54510948--54511047	27	3.5	28	82	5	112	33	28	14	25	1.94
54514906--54515162	40	6.5	40	90	3	362	22	22	28	26	1.99
54515367--54515429	30	2.1	30	100	0	126	36	3	19	41	1.67
54515379--54515427	15	3.3	15	73	21	57	36	4	18	40	1.70
54516899--54517173	48	5.7	48	84	5	308	24	17	30	27	1.97
54516899--54517170	96	2.8	96	84	2	341	24	16	31	27	1.97
54516892--54517173	144	2.0	144	83	5	356	24	17	30	28	1.97
54521358--54521543	55	3.4	54	85	2	230	22	22	18	36	1.95
54521525--54521646	47	2.6	47	94	0	208	27	23	13	36	1.92
54521783--54521869	44	2.0	44	84	4	113	25	25	12	36	1.91
54525403--54525581	48	3.7	48	89	0	268	23	17	30	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54531002--54531046	20	2.2	20	88	0	63	51	2	11	35	1.50
54533079--54533181	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
54536460--54536626	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
54536460--54536626	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
54537451--54537496	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
54543509--54543604	26	3.5	26	85	7	120	32	28	13	26	1.94
54543509--54543604	29	3.5	27	88	4	131	32	28	13	26	1.94
54551493--54551560	26	2.5	28	90	9	115	32	27	13	26	1.93
54553618--54553702	40	2.1	40	84	0	107	27	21	28	23	1.99
54553850--54553981	29	4.6	29	93	0	219	26	15	31	26	1.95
54553847--54553981	58	2.3	58	96	0	243	26	14	31	27	1.95
54554468--54554566	41	2.4	41	80	11	114	26	24	24	25	2.00
54556627--54557032	49	8.1	49	91	4	623	28	8	32	29	1.87
54557134--54557252	37	3.2	37	95	0	211	25	18	33	22	1.97
54562131--54562262	59	2.2	59	91	0	210	34	13	25	26	1.93
54562131--54562262	30	4.5	29	86	2	174	34	13	25	26	1.93
54569464--54569595	29	4.5	29	97	1	237	37	14	23	24	1.92
54569464--54569595	59	2.3	58	95	1	237	37	14	23	24	1.92
54569434--54569595	88	1.8	89	90	1	263	36	14	24	25	1.93
54576804--54576912	23	4.6	24	72	6	98	22	21	19	36	1.95
54576804--54576912	47	2.3	47	88	3	157	22	21	19	36	1.95
54576804--54576898	24	4.0	23	78	4	100	22	23	18	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54576901--54576955	26	2.2	24	80	6	65	32	21	20	25	1.97
54577946--54577984	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
54582003--54582036	17	1.9	17	88	5	50	8	17	44	29	1.79
54585305--54585446	40	3.5	40	82	3	117	28	22	26	23	1.99
54585344--54585472	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
54592168--54592308	70	2.0	70	100	0	282	30	22	25	21	1.99
54596685--54596828	43	3.3	43	81	6	175	31	25	15	27	1.95
54603228--54603315	6	14.3	6	71	17	56	47	13	18	20	1.82
54603241--54603315	31	2.4	31	86	0	96	48	13	17	21	1.81
54605449--54605679	40	5.8	40	88	3	286	28	23	25	22	2.00
54609374--54609505	29	4.6	29	88	0	165	29	15	31	24	1.95
54626631--54626876	40	6.2	40	88	3	307	26	23	26	23	2.00
54628257--54628571	27	11.7	27	89	2	490	24	23	19	33	1.97
54628570--54629116	27	20.3	27	82	4	451	37	7	22	32	1.83
54629121--54629215	27	3.5	27	74	8	86	31	8	18	41	1.81
54645910--54645947	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
54646176--54646343	46	3.6	46	77	13	200	28	27	20	22	1.99
54646177--54646347	93	1.8	93	94	0	306	28	28	21	22	1.99
54656932--54657067	47	3.0	43	77	14	132	29	27	19	22	1.98
54663917--54664086	93	1.8	93	96	0	313	30	28	19	21	1.98
54663911--54664083	46	3.7	46	76	15	203	30	27	19	21	1.98
54672632--54672838	53	3.8	54	76	3	211	19	25	17	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54680834--54680952	29	4.2	30	77	12	126	26	30	13	29	1.94
54680836--54680948	58	2.0	57	85	5	156	25	30	14	29	1.95
54682419--54682451	16	2.1	16	94	0	57	21	6	24	48	1.72
54683652--54683698	15	3.1	15	79	14	51	55	4	4	36	1.39
54683818--54683876	30	2.0	30	86	6	84	49	13	5	32	1.64
54685691--54685781	40	2.3	40	92	0	146	51	15	8	24	1.71
54694364--54694411	6	7.7	6	77	9	51	16	4	0	79	0.89
54699511--54699541	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
54699508--54699547	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
54699734--54699987	55	4.8	53	80	8	216	20	24	17	36	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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