genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.264.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78313606--78313630	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
78314348--78314659	47	6.6	47	73	12	221	27	18	29	24	1.98
78318460--78318504	22	2.0	22	100	0	90	42	17	22	17	1.89
78327733--78327942	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
78335863--78336072	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
78338428--78338601	45	3.8	44	78	12	181	20	22	29	27	1.99
78338433--78338606	46	3.8	46	80	13	223	20	21	29	28	1.98
78341555--78341623	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
78341546--78341633	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
78344018--78344193	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
78344014--78344185	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
78347139--78347207	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
78347130--78347217	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
78349601--78349776	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
78349597--78349768	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
78352826--78352907	25	3.3	25	80	0	101	29	20	20	29	1.98
78357932--78358045	40	2.8	40	82	4	131	24	21	28	26	1.99
78357934--78358086	40	3.8	38	76	10	128	23	21	28	26	1.99
78362009--78362077	34	2.0	34	97	0	129	46	17	11	24	1.81
78362892--78362933	21	1.9	23	85	9	61	40	23	4	30	1.75
78362738--78363330	294	2.0	293	94	0	1035	42	19	9	28	1.83
78366904--78366992	25	3.6	25	84	0	115	31	15	19	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78369836--78369872	18	2.1	18	100	0	74	21	27	10	40	1.86
78382902--78382960	30	2.0	30	82	0	73	38	10	20	30	1.86
78388668--78388754	34	2.6	34	83	3	95	25	22	27	24	2.00
78390403--78390510	27	4.0	26	85	5	126	37	21	22	18	1.94
78390669--78390733	22	3.0	22	80	8	78	32	21	24	21	1.98
78391124--78391262	27	5.1	27	83	5	165	28	23	15	33	1.95
78391125--78391262	54	2.6	54	86	5	183	27	23	15	33	1.95
78391283--78391424	27	5.3	27	81	8	137	29	6	22	41	1.78
78391300--78391424	54	2.3	54	87	2	171	29	6	22	41	1.78
78394981--78395027	20	2.3	20	92	7	78	36	10	19	34	1.86
78395075--78395145	26	2.8	25	87	4	90	23	23	22	29	1.99
78401177--78401201	10	2.5	10	100	0	50	0	24	0	76	0.80
78402371--78402437	20	3.3	20	95	4	118	35	10	19	34	1.86
78402382--78402437	11	5.5	11	75	16	66	35	10	19	33	1.87
78402371--78402451	40	2.0	39	84	13	103	35	11	18	34	1.86
78402485--78402567	25	3.4	25	85	9	100	30	20	21	27	1.98
78402521--78402581	25	2.5	24	84	10	70	26	22	21	29	1.99
78414622--78414789	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
78418674--78418864	43	4.5	41	79	12	165	25	16	25	32	1.96
78418673--78418865	86	2.2	86	81	10	225	25	16	25	32	1.96
78422990--78423030	20	2.0	20	90	0	64	46	2	12	39	1.54
78425519--78425687	58	2.9	58	92	1	286	22	28	11	37	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78425525--78425691	29	5.8	29	85	1	228	22	28	10	38	1.88
78425754--78425785	12	2.5	13	95	5	57	53	12	0	34	1.39
78433320--78433569	40	6.2	40	91	1	385	22	28	24	25	1.99
78441391--78441640	40	6.2	40	91	1	385	22	28	24	25	1.99
78446388--78446554	40	4.2	40	80	5	169	23	27	23	25	2.00
78458620--78458722	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
78473761--78473865	51	2.1	51	94	0	183	20	16	12	50	1.77
78477420--78477627	40	5.2	40	79	2	184	26	22	26	25	2.00
78477420--78477608	80	2.4	80	83	1	227	26	22	26	24	2.00
78494094--78494319	49	4.6	49	80	3	254	29	26	18	26	1.98
78494094--78494319	101	2.3	98	83	3	265	29	26	18	26	1.98
78499798--78499862	20	3.2	20	76	10	62	43	21	24	10	1.84
78499809--78499890	40	2.0	40	88	0	119	41	20	26	10	1.86
78499815--78499893	20	4.0	20	83	0	95	44	21	24	10	1.83
78499808--78499920	60	1.9	59	83	1	145	44	20	25	9	1.82
78499830--78499907	20	3.9	20	82	0	66	43	19	26	10	1.83
78499798--78499920	40	3.1	40	75	9	99	44	19	25	10	1.82
78501119--78501177	29	2.0	30	87	9	86	74	0	20	5	1.00
78503671--78504383	246	2.9	235	83	8	737	32	9	13	44	1.77
78505960--78506035	22	3.5	21	73	18	66	59	1	5	34	1.28
78506021--78506054	13	2.7	13	86	4	52	58	0	5	35	1.22
78506021--78506057	12	3.0	12	84	7	56	59	0	5	35	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78506014--78506071	25	2.3	26	81	6	73	60	0	3	36	1.14
78506037--78506100	30	2.1	31	78	18	73	60	0	6	32	1.21
78507672--78507842	93	1.8	93	91	0	279	29	29	20	21	1.98
78507669--78507839	46	3.7	45	78	14	179	29	28	20	21	1.98
78510165--78510200	18	1.9	19	88	5	56	11	2	5	80	0.98
78510462--78511067	44	13.6	44	84	5	709	27	27	14	31	1.95
78516331--78516612	40	7.1	40	91	2	424	27	28	20	23	1.99
78518998--78519045	20	2.4	20	96	0	87	47	4	18	29	1.67
78519417--78519450	17	1.9	17	88	5	50	2	35	8	52	1.47
78526550--78526617	22	2.8	24	82	8	68	58	1	4	35	1.27
78526612--78526645	13	2.7	13	86	4	52	58	0	5	35	1.22
78526591--78526653	32	1.9	33	83	6	83	57	0	4	38	1.20
78526545--78526670	22	5.4	24	72	11	66	59	0	4	34	1.24
78526612--78526648	12	3.0	12	84	7	56	59	0	5	35	1.20
78540859--78541093	27	8.7	27	85	1	274	29	13	16	40	1.86
78541073--78541191	27	4.4	27	90	2	168	42	20	14	23	1.88
78541073--78541237	27	6.2	27	80	9	144	40	20	15	24	1.90
78541196--78541253	27	2.1	27	90	0	89	37	17	22	22	1.93
78541294--78541337	23	2.0	22	86	13	63	25	15	18	40	1.90
78553189--78553360	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
78553181--78553356	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
78560975--78561106	29	4.6	29	84	1	140	25	17	32	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78562704--78562870	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
78571468--78571652	40	4.6	39	83	5	212	24	21	27	26	1.99
78571468--78571652	79	2.3	81	84	7	236	24	21	27	26	1.99
78571469--78571675	79	2.6	79	80	12	228	26	21	26	26	1.99
78572503--78572857	187	1.9	187	83	3	464	31	16	19	32	1.94
78579445--78579565	29	4.2	29	89	2	156	32	15	28	23	1.95
78583735--78583800	28	2.4	28	92	2	107	19	9	28	42	1.82
78592828--78592858	8	3.8	8	95	4	53	61	0	0	38	0.96
78592812--78592864	14	3.5	15	80	16	65	58	0	0	41	0.98
78594996--78595044	22	2.2	22	96	0	89	34	0	12	53	1.39
78597191--78597230	21	2.0	21	85	9	57	45	5	0	50	1.23
78605463--78605492	10	3.1	10	95	4	53	40	0	40	20	1.52
78607913--78608009	42	2.3	43	84	10	128	24	19	25	29	1.98
78608216--78608264	20	2.4	22	80	13	59	38	2	22	36	1.66
78609563--78609613	25	2.0	25	84	0	66	37	15	9	37	1.81
78610868--78610892	11	2.3	11	100	0	50	64	0	28	8	1.22
78613753--78613835	23	3.7	23	83	4	98	40	24	19	15	1.90
78615537--78615588	25	2.1	25	92	0	86	34	15	13	36	1.87
78626798--78626933	44	3.2	42	83	10	143	25	16	25	32	1.96
78626838--78626951	43	2.7	42	84	9	126	23	16	28	31	1.96
78628473--78628524	25	2.1	25	85	0	68	36	15	9	38	1.80
78631309--78631361	26	2.0	27	85	7	74	26	13	22	37	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78632850--78632905	26	2.2	26	100	0	112	35	26	7	30	1.83
78638629--78638657	8	3.6	8	100	0	58	10	24	24	41	1.86
78639835--78639941	26	4.2	26	95	1	171	35	27	7	29	1.84
78645388--78645556	46	3.7	44	87	4	214	28	17	30	23	1.97
78645388--78645600	92	2.3	92	81	6	234	28	17	30	23	1.97
78646055--78646087	17	2.0	17	88	5	50	39	3	30	27	1.72
78656414--78656439	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
78660270--78660546	49	5.7	48	71	13	208	27	19	29	23	1.98
78660269--78660545	98	2.8	97	84	5	326	26	19	29	23	1.98
78664134--78664355	39	5.6	39	90	0	318	22	30	22	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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