Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   

This is table  284  of  345  ( 41379 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
84787408--84787570
39
4.2
39
93
0
263
24
31
20
23
1.98
84793898--84794001
25
4.2
25
79
0
109
34
18
28
18
1.94
84793832--84793976
50
2.9
50
80
2
130
33
19
26
20
1.96
84796831--84796885
25
2.2
25
81
12
69
54
1
0
43
1.10
84799516--84799576
21
3.0
21
95
2
106
36
0
19
44
1.51
84804625--84804662
13
3.1
12
82
17
51
55
2
0
42
1.14
84804716--84804765
25
2.0
25
84
7
66
50
6
4
40
1.46
84806841--84807004
71
2.3
71
97
0
310
34
18
28
18
1.95
84813917--84814080
71
2.3
71
97
0
310
34
18
28
18
1.95
84822083--84822242
29
5.5
30
88
8
213
26
25
14
33
1.94
84822083--84822242
59
2.8
57
88
4
214
26
25
14
33
1.94
84830125--84830284
29
5.5
30
88
8
213
26
25
14
33
1.94
84830125--84830284
59
2.8
57
88
4
214
26
25
14
33
1.94
84836543--84836583
17
2.4
17
95
0
73
41
17
7
34
1.77
84851345--84851415
36
2.0
36
91
0
115
30
15
2
50
1.58
84859516--84859650
27
5.0
27
76
5
110
29
15
22
32
1.95
84860937--84861156
46
5.0
46
84
9
278
21
24
15
39
1.92
84861069--84861144
38
2.0
38
100
0
152
21
26
18
34
1.96
84863289--84863340
11
4.7
11
76
9
52
63
3
0
32
1.12
84866521--84866686
84
2.0
84
95
0
296
34
12
26
25
1.92
84870846--84870936
45
2.0
45
100
0
182
31
17
19
30
1.95
84881045--84881106
27
2.3
26
76
13
63
38
1
11
48
1.49
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
84887784--84887838
24
2.3
23
82
14
67
29
36
16
18
1.92
84890586--84890637
3
17.3
3
100
0
104
67
0
0
32
0.91
84895591--84895717
40
3.2
39
76
8
130
22
28
24
24
2.00
84895607--84895757
40
3.8
40
77
6
137
23
26
23
26
2.00
84895607--84895756
80
1.9
80
83
8
198
22
26
24
26
2.00
84903612--84903738
40
3.2
39
76
8
130
22
28
24
24
2.00
84903628--84903778
40
3.8
40
77
6
137
23
26
23
26
2.00
84903628--84903777
80
1.9
80
83
8
198
22
26
24
26
2.00
84913883--84914010
37
3.4
37
96
1
229
25
32
17
23
1.97
84914097--84914383
49
5.9
49
95
0
515
29
28
8
33
1.86
84918681--84918877
50
4.0
49
78
5
207
40
18
10
31
1.84
84918687--84918877
100
1.9
100
84
2
258
39
18
9
31
1.83
84945581--84945681
39
2.6
39
84
6
125
21
27
25
24
1.99
84953951--84954129
40
4.5
40
93
2
292
24
29
23
22
1.99
84957216--84957253
19
2.0
19
85
10
51
18
10
0
71
1.14
84966336--84966534
50
4.0
50
76
2
202
42
17
10
30
1.82
84966336--84966534
100
2.0
100
84
2
256
42
17
10
30
1.82
84970790--84970971
80
2.3
80
82
0
211
22
26
23
28
1.99
84970764--84970971
40
5.2
40
81
1
184
22
26
23
27
1.99
84973456--84973493
19
2.0
19
94
0
67
55
26
2
15
1.54
84977472--84977529
13
4.5
12
75
12
53
60
5
3
31
1.35
84978058--84978158
3
34.7
3
70
18
63
62
0
3
32
1.20
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
84978016--84978105
11
7.6
11
70
23
51
62
2
3
32
1.24
84978063--84978158
25
3.8
25
73
22
76
62
1
4
32
1.21
84978016--84978158
19
8.2
18
68
27
78
61
1
4
32
1.24
84979773--84980327
210
2.7
210
86
4
743
28
21
19
31
1.97
84988302--84988511
40
5.2
40
88
2
305
21
28
24
25
1.99
84995030--84995239
40
5.2
40
88
2
305
21
28
24
25
1.99
84997896--84998044
80
1.9
80
81
2
183
22
30
24
22
1.99
84997937--84998044
40
2.7
38
85
8
128
21
29
25
23
1.99
85005285--85005452
40
4.2
40
82
2
196
25
27
22
25
2.00
85013585--85013693
40
2.7
40
84
0
119
24
25
22
26
2.00
85022017--85022223
67
3.1
64
76
10
195
32
16
28
22
1.96
85022521--85022670
28
5.4
27
73
12
126
29
16
28
26
1.96
85022603--85022706
28
3.7
27
77
10
86
29
21
25
24
1.99
85022521--85022680
54
2.9
55
84
5
225
30
16
27
25
1.97
85022521--85022708
56
3.4
56
81
7
161
30
17
27
25
1.97
85026555--85026731
96
1.8
96
91
0
291
25
25
20
28
1.99
85035455--85035625
93
1.8
93
93
0
297
27
29
21
21
1.99
85035447--85035622
46
3.8
46
79
12
207
28
28
21
21
1.98
85038008--85038096
30
3.0
30
80
8
101
57
15
16
10
1.65
85038008--85038087
15
5.4
15
80
7
92
58
13
17
10
1.62
85038019--85038096
15
5.2
15
78
9
79
56
15
16
11
1.67
85040994--85041168
46
3.8
45
80
10
201
28
29
20
21
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
85041002--85041172
93
1.8
93
92
2
290
28
29
21
21
1.98
85040999--85041188
46
4.1
46
70
22
130
28
28
20
22
1.98
85052033--85052198
80
2.1
81
84
1
217
24
26
22
25
2.00
85052048--85052199
40
3.8
40
83
0
187
25
26
22
25
2.00
85062330--85062493
82
2.0
82
89
0
247
33
20
11
34
1.89
85063364--85063513
40
3.7
40
82
4
176
28
26
21
24
1.99
85075691--85075722
16
2.0
16
100
0
64
18
25
25
31
1.98
85075833--85075890
30
1.9
31
85
3
82
25
24
12
37
1.90
85081100--85081142
22
2.0
22
81
9
52
58
4
4
32
1.39
85095441--85095555
56
2.1
56
100
0
230
46
19
5
28
1.71
85098068--85098110
16
2.7
16
82
13
61
27
13
6
51
1.67
85098068--85098113
17
2.8
17
83
9
69
28
15
6
50
1.69
85101576--85101607
16
2.0
16
93
0
55
37
9
6
46
1.61
85109352--85109421
28
2.5
28
93
4
115
31
27
14
27
1.95
85111516--85111625
51
2.2
51
98
0
211
45
19
15
20
1.85
85112344--85112441
48
2.0
48
88
0
142
35
16
26
21
1.94
85123358--85123426
31
2.2
31
82
5
77
36
7
10
46
1.65
85126559--85126600
21
2.0
21
90
0
66
19
4
23
52
1.65
85126430--85126698
138
1.9
138
96
0
493
21
12
22
43
1.86
85129429--85129487
31
1.9
31
96
0
109
28
15
13
42
1.85
85139427--85139493
18
3.7
18
76
7
55
41
16
7
34
1.76
85139500--85139690
18
10.6
18
71
8
120
37
12
11
38
1.79
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
85139500--85139702
36
5.6
36
72
10
155
37
11
11
39
1.78
85139554--85139702
54
2.7
55
76
12
155
35
11
12
40
1.78
85139554--85139702
18
8.3
18
75
5
122
35
11
12
40
1.78
85139866--85139890
6
4.2
6
100
0
50
52
16
16
16
1.76
85139871--85139980
45
2.4
45
87
3
159
41
18
19
20
1.90
85139865--85139995
45
2.7
49
80
13
155
41
19
20
19
1.91
85139958--85139982
12
2.1
12
100
0
50
40
20
24
16
1.91
85141701--85141758
5
11.4
5
98
1
107
60
0
0
39
0.97
85141846--85141898
21
2.5
22
78
9
65
58
3
0
37
1.16
85146317--85146612
18
16.1
18
70
11
143
37
13
11
37
1.80
85146410--85146613
54
3.8
54
77
7
175
37
11
11
39
1.78
85146776--85146800
6
4.2
6
100
0
50
52
16
16
16
1.76
85146781--85146890
45
2.4
45
87
3
159
41
18
19
20
1.90
85146775--85146905
45
2.7
49
80
13
155
41
19
20
19
1.91
85146868--85146892
12
2.1
12
100
0
50
40
20
24
16
1.91
85147151--85147178
2
14.0
2
100
0
56
50
0
0
50
1.00
85148660--85148703
5
8.6
5
95
5
79
61
0
0
38
0.96
85148653--85148703
26
1.9
27
96
4
95
60
0
0
39
0.97
85150155--85150284
40
3.2
40
80
2
154
24
27
23
23
2.00
85153181--85153286
43
2.5
43
81
7
126
31
28
17
22
1.97
85153286--85153319
16
2.0
16
88
11
50
76
0
0
23
0.79
85153941--85153973
12
2.8
12
100
0
66
36
9
6
48
1.60
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
85157497--85157545
15
3.5
15
72
16
50
12
57
0
30
1.36
85158013--85158075
23
2.7
22
77
18
74
55
4
0
39
1.21
85159241--85159362
7
17.1
7
70
11
70
37
40
0
22
1.54
85159241--85159342
36
2.8
36
82
8
102
36
41
0
22
1.54
85159302--85159358
27
2.1
28
83
9
73
38
36
0
24
1.56
85159405--85159489
21
3.9
21
76
11
89
44
25
1
28
1.61
85159389--85159482
46
2.0
46
95
0
170
42
25
2
29
1.67
85159400--85159497
7
13.4
7
72
8
52
46
24
1
27
1.59
85159655--85159896
41
6.0
40
82
5
247
19
24
20
35
1.96
85159926--85159951
12
2.2
12
100
0
52
46
30
15
7
1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345