genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.329.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98487114--98487148	15	2.3	15	90	9	54	88	2	8	0	0.61
98487144--98487177	15	2.3	15	95	5	61	64	29	0	5	1.17
98489766--98489801	12	3.0	12	87	0	54	25	22	5	47	1.73
98496677--98496939	70	3.7	69	84	5	339	25	14	22	38	1.91
98496950--98497102	72	2.1	71	87	2	234	22	16	22	38	1.93
98496512--98497099	255	2.3	254	94	3	1016	25	14	22	37	1.92
98496911--98497361	212	2.1	213	83	7	565	26	17	20	35	1.95
98497166--98497306	74	1.9	75	89	2	221	29	19	23	27	1.98
98497327--98497471	74	1.9	76	88	5	224	31	18	22	28	1.97
98497166--98497642	165	2.9	166	89	3	705	29	18	20	31	1.96
98497499--98497839	72	4.6	73	80	6	364	29	17	19	33	1.95
98497864--98497896	12	2.6	13	85	9	50	27	15	6	51	1.66
98497985--98498046	30	2.1	30	90	6	99	19	9	29	41	1.83
98498049--98498258	87	2.4	87	98	1	404	31	17	19	31	1.95
98498943--98498980	17	2.3	16	90	4	58	89	2	7	0	0.57
98498971--98499011	14	2.5	17	81	18	52	70	21	2	4	1.18
98498976--98499010	16	2.3	16	90	9	56	68	25	0	5	1.11
98499285--98499345	21	2.8	22	80	5	61	3	16	4	75	1.11
98499307--98499341	10	3.4	10	84	7	52	0	8	5	85	0.73
98499394--98499423	10	3.0	10	100	0	60	10	30	50	10	1.69
98499722--98499790	29	2.4	30	75	7	70	31	4	7	56	1.46
98505333--98505366	13	2.6	13	100	0	68	38	11	26	23	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98507339--98507559	122	1.8	122	86	2	318	31	10	23	33	1.90
98507556--98507685	40	3.2	40	84	4	174	22	24	29	23	1.99
98511433--98511567	26	5.2	26	97	0	227	34	5	24	36	1.78
98516950--98516980	16	1.9	16	93	0	53	80	6	0	12	0.89
98529860--98529894	18	1.9	18	88	11	54	14	2	8	74	1.17
98530824--98530865	12	3.6	12	80	3	50	64	0	11	23	1.27
98530825--98530854	16	1.9	15	93	6	51	63	0	10	26	1.26
98532097--98532122	6	4.3	6	100	0	52	0	15	0	84	0.62
98541703--98541755	25	2.1	25	100	0	106	49	3	15	32	1.62
98545395--98545441	25	1.9	24	83	12	60	34	2	17	46	1.59
98559626--98559680	13	4.5	13	80	13	71	49	16	0	34	1.46
98565127--98565169	6	7.2	6	100	0	86	48	16	0	34	1.46
98583660--98583978	46	7.0	46	87	2	376	22	23	13	40	1.89
98583672--98583978	91	3.4	91	86	3	377	22	23	13	41	1.88
98583665--98583978	137	2.3	138	83	3	384	22	23	13	41	1.88
98586340--98586381	17	2.3	18	88	8	59	0	28	0	71	0.86
98586600--98586649	21	2.5	19	72	27	50	48	2	0	50	1.12
98588001--98588175	46	3.8	44	76	13	165	22	21	27	29	1.99
98587997--98588169	93	1.9	93	90	0	274	22	21	28	27	1.99
98589557--98589603	19	2.4	21	79	13	55	48	4	0	46	1.21
98591915--98591964	24	2.1	24	92	0	82	24	22	14	40	1.90
98600916--98600942	11	2.5	11	100	0	54	22	0	11	66	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98602980--98603048	25	2.7	26	79	4	86	27	17	24	30	1.97
98603161--98603208	26	1.9	25	91	4	71	33	16	20	29	1.95
98605860--98605993	61	2.3	58	79	8	137	42	3	4	49	1.41
98605885--98606001	58	2.0	61	86	5	168	41	3	3	51	1.35
98608649--98608689	21	2.0	21	100	0	82	41	14	29	14	1.86
98608790--98608838	24	2.0	24	92	0	80	24	22	6	46	1.74
98609419--98609484	30	2.2	30	94	0	114	54	18	3	24	1.57
98610831--98610888	11	5.1	11	77	8	62	63	3	0	32	1.11
98612644--98612716	23	3.1	22	77	11	56	27	23	19	30	1.98
98612662--98612716	24	2.3	23	79	11	58	27	21	16	34	1.95
98614246--98614309	31	2.1	31	87	0	92	23	23	15	37	1.93
98614501--98614667	24	7.0	24	87	3	221	27	20	21	29	1.98
98614500--98614667	71	2.3	71	88	4	239	27	20	21	30	1.98
98614520--98614668	47	3.1	47	88	1	199	27	20	20	31	1.97
98614717--98614757	20	2.0	20	100	0	82	36	19	9	34	1.85
98614800--98614847	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
98616086--98616667	27	21.6	27	85	3	708	41	9	21	28	1.84
98622668--98622719	25	2.0	26	85	3	70	40	11	3	44	1.59
98622828--98622945	62	2.0	61	86	5	168	48	4	5	42	1.44
98636319--98636425	7	15.7	7	68	20	50	57	0	4	38	1.20
98636357--98636421	21	3.1	21	78	8	62	61	0	4	33	1.16
98636359--98636419	28	2.2	29	77	19	67	59	0	4	36	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98636441--98636471	12	2.5	13	89	10	55	64	0	0	35	0.94
98636446--98636476	16	2.0	15	93	6	53	64	0	0	35	0.94
98636779--98636911	18	7.5	17	86	5	176	36	13	11	39	1.81
98636779--98636920	35	4.0	35	93	2	230	36	14	10	38	1.80
98637306--98637740	83	5.2	83	96	0	782	27	20	20	31	1.97
98637676--98638255	119	4.9	119	96	0	1056	29	19	18	33	1.95
98638247--98638424	44	4.1	44	73	11	177	28	25	16	29	1.97
98639295--98639359	22	3.0	21	82	6	76	3	20	0	76	0.91
98639310--98639362	12	4.5	12	77	18	58	1	15	0	83	0.74
98639301--98639362	21	3.0	21	90	6	92	3	14	0	82	0.80
98639305--98639350	14	3.5	13	82	11	58	2	15	0	82	0.76
98639304--98639350	13	3.4	14	80	11	53	2	14	0	82	0.75
98645274--98645326	21	2.5	21	81	6	63	60	0	3	35	1.15
98645350--98645380	12	2.5	13	89	10	55	64	0	0	35	0.94
98645355--98645385	16	2.0	15	93	6	53	64	0	0	35	0.94
98645685--98645782	18	5.5	18	89	4	146	36	13	11	38	1.80
98645685--98645791	35	3.0	35	94	4	178	37	14	10	38	1.80
98649751--98649898	43	3.4	43	87	0	224	24	18	28	28	1.98
98656922--98657031	26	4.2	26	92	0	184	33	5	24	36	1.79
98656922--98657031	52	2.1	52	100	0	220	33	5	24	36	1.79
98658518--98658570	26	2.0	26	82	7	63	37	20	15	26	1.92
98658818--98659104	137	2.1	137	96	0	529	24	18	24	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98664642--98664680	10	3.9	10	83	12	53	71	5	7	15	1.26
98668339--98668482	24	6.0	24	93	2	227	27	21	21	29	1.99
98668532--98668588	20	2.9	21	85	10	68	29	19	8	42	1.81
98673950--98674022	6	12.3	6	73	16	55	78	0	8	13	0.97
98673949--98674022	5	13.8	5	73	16	51	77	0	8	14	0.99
98673978--98674018	20	2.1	19	90	4	64	78	0	9	12	0.98
98676561--98676608	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
98676652--98676708	20	2.8	20	97	0	105	36	10	19	33	1.86
98676656--98676708	11	5.2	11	69	17	51	37	11	18	32	1.87
98676761--98676855	24	4.0	24	85	10	124	28	21	24	26	1.99
98676762--98676855	47	2.0	49	85	12	133	27	21	24	26	1.99
98677047--98677240	38	5.4	38	87	9	236	37	17	22	22	1.94
98677071--98677215	31	4.5	31	85	11	200	40	15	21	23	1.91
98677047--98677240	69	2.8	70	76	19	224	37	17	22	22	1.94
98684943--98684990	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
98685034--98685092	20	3.0	20	92	0	100	37	11	20	30	1.89
98685143--98685237	24	4.0	24	85	10	124	28	21	24	26	1.99
98685144--98685237	47	2.0	49	85	12	133	27	21	24	26	1.99
98685452--98685597	31	4.5	31	83	13	195	40	15	21	23	1.90
98685429--98685620	68	2.8	68	77	20	218	37	17	22	22	1.94
98685514--98685620	38	2.8	38	92	1	178	39	15	22	22	1.92
98691932--98691965	10	3.3	10	95	4	59	44	32	11	11	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98692219--98692475	130	2.0	128	81	6	295	41	14	13	30	1.84
98692513--98692585	26	2.8	26	89	2	101	47	17	0	34	1.48
98692994--98693031	19	2.0	19	89	0	58	60	21	2	15	1.47
98694158--98694221	6	10.5	6	83	3	83	78	4	3	14	1.04
98695858--98695899	22	1.9	22	81	18	52	76	2	2	19	1.01
98710939--98711030	47	2.0	47	97	0	175	41	18	10	29	1.84
98716156--98716229	34	2.2	33	83	7	96	24	22	24	28	2.00
98723656--98723729	34	2.2	34	83	7	98	25	21	22	29	1.99
98723664--98723745	34	2.4	34	80	8	87	24	21	25	28	1.99
98724977--98725015	10	3.9	10	87	12	62	71	2	7	17	1.21

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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