genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.332.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99312706--99312739	18	1.9	17	94	5	59	29	0	0	70	0.87
99317207--99317253	21	2.2	21	92	0	76	27	25	6	40	1.80
99317207--99317259	21	2.5	21	87	0	61	30	22	7	39	1.82
99325071--99325104	9	3.8	9	84	0	50	23	8	8	58	1.56
99327862--99327935	25	3.0	25	84	4	78	70	2	4	22	1.17
99328180--99328258	34	2.3	34	84	4	97	29	5	2	63	1.29
99336849--99336909	20	3.2	20	75	13	65	31	0	6	62	1.21
99336856--99336919	17	3.5	17	73	19	58	29	0	7	62	1.23
99336818--99336893	20	3.8	20	74	16	61	32	2	2	61	1.23
99336826--99336909	38	2.2	40	82	8	102	30	2	4	61	1.29
99345068--99345099	15	2.1	15	100	0	64	40	0	21	37	1.54
99347112--99347388	138	2.0	138	87	0	401	41	8	4	45	1.55
99350107--99350159	6	8.8	6	79	8	63	16	3	0	79	0.88
99350107--99350141	13	2.7	13	95	0	61	17	0	0	82	0.66
99352343--99352384	14	2.9	14	86	6	57	30	7	4	57	1.47
99361921--99361953	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
99363199--99363244	22	2.1	22	88	8	67	39	0	26	34	1.57
99364783--99364822	3	13.3	3	100	0	80	32	0	0	67	0.91
99364821--99364870	3	16.7	3	100	0	100	0	0	32	68	0.90
99376205--99376365	79	2.0	80	97	1	306	45	8	3	42	1.50
99377012--99377050	20	2.0	20	85	10	53	43	17	5	33	1.72
99379442--99379485	19	2.2	20	88	4	63	43	9	0	47	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99380315--99380573	113	2.3	115	84	5	321	30	16	19	32	1.95
99380368--99380744	58	6.6	59	72	15	206	28	17	20	33	1.95
99380855--99380941	28	3.0	29	86	5	122	21	0	27	50	1.49
99380854--99380944	29	3.2	28	81	9	112	20	0	28	50	1.49
99383749--99383789	20	2.0	20	100	0	82	9	24	41	24	1.85
99383751--99383796	20	2.3	20	92	0	74	10	19	39	30	1.86
99389308--99389337	5	6.0	5	100	0	60	40	0	0	60	0.97
99389619--99389671	5	10.0	5	84	11	70	35	5	0	58	1.22
99389616--99389672	28	2.1	27	93	3	96	33	10	0	56	1.34
99389624--99389666	23	1.9	22	90	4	68	34	6	0	58	1.25
99389619--99389696	38	2.1	38	87	4	113	32	7	1	58	1.34
99389823--99389893	15	4.8	15	75	21	62	26	8	0	64	1.22
99390073--99390135	5	12.0	5	90	6	90	36	3	0	60	1.13
99390073--99390165	48	1.9	48	84	4	125	34	6	1	58	1.31
99390155--99390203	21	2.3	20	83	10	62	38	4	4	53	1.39
99390166--99390211	21	2.2	21	92	0	74	32	4	4	58	1.37
99390312--99390377	13	4.9	13	74	9	53	25	7	0	66	1.18
99390341--99390411	36	2.1	35	82	10	85	26	8	0	64	1.22
99393576--99393731	52	3.0	53	84	3	199	23	26	17	32	1.97
99396515--99396928	114	3.6	114	78	4	431	30	16	17	36	1.92
99396555--99396741	59	3.3	56	68	8	162	28	17	18	35	1.94
99396599--99396917	58	5.5	58	69	12	197	31	17	18	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99396699--99396916	116	1.9	118	87	1	323	31	17	19	32	1.95
99401817--99401872	26	2.2	26	100	0	112	30	7	26	35	1.83
99403053--99403082	8	3.8	8	90	0	51	43	26	26	3	1.70
99403472--99403576	27	3.9	27	80	14	119	19	23	21	35	1.96
99411408--99411479	27	2.7	27	85	8	94	20	4	36	38	1.72
99417897--99417983	8	10.1	9	71	15	51	35	0	1	63	1.02
99417953--99417986	17	2.1	17	89	10	54	20	0	2	76	0.92
99418566--99418637	10	7.2	10	73	17	51	65	1	2	30	1.15
99421545--99421603	15	3.7	15	71	24	50	30	5	0	64	1.15
99421547--99421661	24	4.9	24	74	20	93	33	7	0	58	1.27
99421554--99421613	26	2.3	26	86	11	79	31	8	0	60	1.27
99421608--99421729	42	3.0	41	72	20	103	37	6	0	55	1.26
99421713--99421787	14	4.9	16	69	15	61	32	8	1	58	1.35
99421700--99421787	30	3.0	29	76	12	90	34	7	1	56	1.36
99421901--99421944	22	2.0	22	83	12	56	29	6	6	56	1.51
99422603--99422685	26	3.2	25	93	3	130	33	3	25	37	1.73
99424161--99424212	25	2.0	26	85	3	70	38	23	13	25	1.91
99428358--99428441	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
99429922--99429973	25	2.0	26	85	3	70	38	23	13	25	1.91
99430665--99430700	17	2.1	17	100	0	72	27	8	27	36	1.86
99434412--99434455	20	2.2	20	100	0	88	27	13	27	31	1.94
99434987--99435031	23	2.0	23	82	8	56	37	8	13	40	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99437227--99437279	26	2.1	25	82	3	61	22	1	9	66	1.31
99447716--99447745	5	6.2	5	92	7	53	76	0	0	23	0.78
99449739--99449780	15	2.8	15	82	7	50	42	4	0	52	1.22
99450157--99450215	27	2.2	26	76	5	64	27	28	15	28	1.96
99451682--99451824	27	5.7	25	72	12	114	53	4	8	32	1.52
99452363--99452452	6	15.5	6	69	19	50	62	2	3	32	1.24
99452332--99452418	22	4.0	22	73	16	56	58	3	5	32	1.38
99452377--99452452	22	3.5	22	75	18	70	63	1	2	32	1.17
99461738--99461792	25	2.1	28	86	10	80	47	0	18	34	1.49
99466122--99466298	58	3.1	58	90	0	221	28	20	6	44	1.77
99466155--99466301	58	2.6	58	94	1	251	28	23	4	43	1.74
99469746--99469860	5	23.6	5	69	21	66	58	1	5	34	1.31
99469722--99469819	30	3.1	30	83	14	117	58	1	5	35	1.27
99469757--99469819	19	3.3	19	78	8	56	57	1	4	36	1.30
99471670--99471797	44	2.9	44	81	1	150	29	23	13	33	1.93
99471790--99472109	87	3.7	87	71	15	235	28	19	19	33	1.96
99471826--99472388	176	3.2	176	88	0	856	26	18	19	34	1.95
99471937--99472467	87	5.9	94	70	15	314	26	18	19	34	1.96
99482766--99482808	20	2.2	20	83	8	52	48	6	16	27	1.71
99484418--99484493	22	3.7	21	76	15	68	40	17	6	35	1.75
99484454--99484525	19	3.9	19	85	10	114	37	15	9	37	1.80
99484643--99484685	23	1.9	22	85	4	59	13	2	13	69	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99484839--99485321	261	1.9	256	88	3	725	26	22	17	33	1.96
99485153--99485906	205	3.7	205	94	1	1284	28	22	18	31	1.97
99489651--99489729	6	12.8	6	73	15	63	49	12	17	20	1.79
99489651--99489729	31	2.5	31	87	0	104	49	12	17	20	1.79
99489657--99489726	25	2.8	25	81	14	83	48	14	18	18	1.81
99489848--99489907	27	2.3	26	82	2	66	33	20	25	21	1.97
99490242--99490520	27	10.3	27	85	3	298	24	20	17	37	1.93
99490242--99490520	54	5.2	54	84	3	330	24	20	17	37	1.93
99490246--99490518	81	3.4	81	87	0	386	24	20	16	37	1.93
99490503--99490897	27	14.6	28	80	3	287	30	8	21	38	1.84
99490540--99490897	81	4.4	81	83	1	387	31	8	20	39	1.84
99490611--99490897	27	10.6	27	85	0	340	31	8	20	39	1.83
99490540--99490897	54	6.6	54	82	5	373	31	8	20	39	1.84
99490611--99490897	81	3.5	81	85	0	394	31	8	20	39	1.83
99491476--99491615	71	2.0	70	89	9	214	35	14	11	38	1.82
99491483--99491607	17	6.9	19	90	9	201	36	14	11	38	1.82
99491483--99491607	54	2.3	53	97	1	232	36	14	11	38	1.82
99493553--99493649	32	3.1	31	82	12	117	56	1	6	36	1.31
99493577--99493690	5	23.6	5	69	22	57	57	1	6	35	1.34
99494226--99494263	19	2.1	19	85	9	53	50	0	7	42	1.31
99496089--99496156	27	2.5	28	88	7	104	42	26	10	20	1.84
99512466--99512742	44	6.3	44	87	1	421	27	14	30	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99515755--99515802	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
99515846--99515904	20	3.0	20	92	0	100	37	11	20	30	1.89
99515955--99516049	24	4.0	24	85	10	124	28	21	24	26	1.99
99515956--99516049	47	2.0	49	85	12	133	27	21	24	26	1.99
99516241--99516372	38	3.4	38	95	1	237	37	15	22	23	1.93
99525098--99525187	38	2.4	38	82	14	116	37	17	17	26	1.93
99525123--99525199	38	2.0	38	97	0	145	37	18	16	27	1.92
99534048--99534137	38	2.4	38	82	14	116	37	17	17	26	1.93
99534073--99534149	38	2.0	38	97	0	145	37	18	16	27	1.92
99536703--99536917	49	4.4	49	95	0	358	28	9	33	28	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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