genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21527043--21527109	21	3.2	21	78	14	52	64	1	1	32	1.12
21527084--21527132	25	2.0	25	84	8	64	55	0	4	40	1.19
21527146--21527177	2	16.0	2	93	0	55	53	0	0	46	1.00
21527180--21527233	28	1.9	28	84	0	72	55	1	1	40	1.21
21528642--21529107	44	10.8	44	83	3	604	31	26	13	29	1.93
21528936--21529087	81	1.9	81	88	0	232	32	26	13	27	1.94
21543176--21543240	30	2.2	30	81	10	73	64	3	3	29	1.23
21543198--21543252	18	3.0	18	86	10	60	69	3	1	25	1.15
21543779--21543914	26	5.2	26	97	0	236	33	5	24	36	1.78
21549222--21549278	18	3.1	18	76	5	60	24	1	3	70	1.13
21549281--21549353	22	3.3	23	75	11	64	41	1	2	54	1.23
21549565--21549592	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
21549634--21549694	26	2.3	27	83	11	81	52	0	0	47	1.00
21549665--21549706	21	2.0	21	90	4	68	45	0	0	54	0.99
21549858--21549920	26	2.4	27	81	2	74	52	3	1	42	1.27
21549969--21550011	17	2.5	17	88	11	61	16	2	2	79	0.95
21549970--21550021	12	4.2	12	79	13	52	17	1	1	78	0.93
21550016--21550090	21	3.4	21	75	13	71	38	1	4	56	1.27
21550200--21550238	18	2.2	18	90	0	60	61	0	0	38	0.96
21555507--21555628	30	4.1	30	80	6	140	25	20	24	29	1.99
21559083--21559224	18	7.9	18	65	22	59	45	1	1	51	1.18
21559083--21559171	33	2.7	33	85	13	121	44	1	0	53	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21559140--21559213	19	3.8	19	75	12	62	45	1	1	51	1.18
21559125--21559220	20	4.8	19	69	15	70	42	2	2	53	1.24
21559141--21559238	10	10.6	9	71	13	56	42	1	2	54	1.19
21559177--21559256	29	2.8	28	84	9	90	40	1	5	53	1.31
21559906--21559976	37	1.9	36	86	8	99	50	5	1	42	1.34
21560000--21560040	21	2.0	21	86	13	59	65	0	0	34	0.93
21559999--21560072	23	3.4	22	76	10	62	56	2	0	40	1.13
21560075--21560148	36	2.0	36	82	12	89	66	2	6	24	1.29
21560165--21560194	8	3.8	8	95	0	51	83	0	6	10	0.81
21565040--21565080	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
21569556--21569580	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
21572631--21572806	46	3.8	46	79	12	216	20	21	28	29	1.98
21572628--21572798	93	1.8	93	94	0	306	20	21	29	28	1.98
21585126--21585153	6	4.7	6	100	0	56	82	0	17	0	0.68
21585964--21585992	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
21590487--21590647	41	3.9	41	78	4	146	34	21	21	22	1.97
21590487--21590595	42	2.6	41	81	5	112	35	20	21	22	1.96
21590926--21590998	22	3.3	21	79	7	83	43	31	0	24	1.54
21591655--21591757	40	2.6	39	86	3	136	34	18	21	25	1.96
21595269--21595398	24	5.2	24	93	5	199	37	23	4	33	1.76
21601011--21601146	26	5.2	26	90	0	218	36	23	5	34	1.77
21604102--21604139	9	4.3	9	83	3	51	44	15	0	39	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21604102--21604274	18	9.2	18	69	18	84	44	21	0	33	1.53
21604159--21604311	9	16.0	9	71	17	87	44	23	0	31	1.58
21604106--21604240	51	2.6	52	90	3	211	45	20	0	34	1.51
21604443--21604481	15	2.6	15	95	0	69	30	7	5	56	1.49
21608788--21608816	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
21613103--21613165	21	3.2	21	69	17	62	39	1	9	49	1.45
21613465--21613497	13	2.4	14	95	5	59	57	21	6	15	1.59
21618151--21618198	24	2.0	24	100	0	96	41	29	12	16	1.85
21623995--21624043	6	7.5	6	82	17	62	22	0	0	77	0.77
21624205--21624248	19	2.3	19	92	4	70	34	56	4	4	1.40
21625319--21625356	7	5.6	7	90	3	60	86	0	10	2	0.66
21633382--21633456	36	2.1	37	97	2	143	16	20	5	58	1.56
21633380--21633438	18	3.2	19	66	9	59	20	16	5	57	1.58
21633767--21633829	31	2.1	30	88	5	92	53	12	0	33	1.39
21637210--21637359	75	2.0	75	100	0	300	41	6	18	33	1.77
21637381--21637463	43	1.9	43	100	0	166	30	7	18	44	1.76
21654271--21654366	47	2.0	47	97	0	183	21	16	7	54	1.67
21654460--21654784	129	2.5	126	84	2	425	25	16	19	38	1.92
21666170--21666600	44	9.7	43	72	11	293	28	18	23	29	1.98
21666216--21666593	133	2.8	133	91	0	578	27	19	24	29	1.98
21666174--21666600	89	4.8	86	72	10	308	28	18	24	29	1.98
21668505--21668540	17	2.1	17	100	0	72	25	0	11	63	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21670384--21670437	21	2.4	22	85	14	67	62	0	9	27	1.25
21670509--21670600	3	31.3	3	69	16	50	61	3	4	30	1.31
21670553--21670617	26	2.5	26	76	14	71	60	1	0	38	1.07
21670649--21670689	3	13.7	3	85	10	57	60	0	2	36	1.10
21671908--21671950	17	2.6	16	82	13	52	9	4	44	41	1.57
21672240--21672558	128	2.5	127	86	1	440	26	17	18	36	1.93
21677372--21677439	11	6.5	11	72	13	54	67	2	1	27	1.13
21677406--21677478	19	3.8	19	75	12	60	60	2	4	32	1.30
21677407--21677478	29	2.5	28	81	16	85	59	2	4	33	1.31
21677318--21677579	10	27.0	9	68	19	86	63	3	3	30	1.26
21677701--21677804	29	3.5	29	74	10	93	33	3	0	61	1.21
21677702--21677839	9	14.4	9	66	19	57	31	3	0	64	1.16
21677926--21678118	84	2.3	86	85	9	254	32	8	18	40	1.81
21677956--21678131	88	2.0	83	84	10	221	35	10	18	36	1.84
21686202--21686231	6	5.0	6	91	0	51	36	16	46	0	1.47
21691433--21691638	53	3.9	51	81	6	205	32	16	24	26	1.96
21694157--21694183	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
21695913--21695943	16	1.9	16	100	0	62	29	0	0	70	0.87
21706148--21706183	18	2.0	18	100	0	72	27	16	11	44	1.82
21712471--21712614	55	2.6	55	78	7	175	15	26	29	28	1.96
21712471--21712632	55	2.9	53	73	12	139	15	26	29	28	1.96
21713892--21714047	27	5.8	27	83	10	194	33	21	25	19	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21713892--21714050	54	3.0	54	91	2	250	33	21	25	19	1.97
21715644--21715751	26	4.2	26	91	2	173	36	23	7	33	1.83
21717909--21718102	50	3.9	48	80	8	201	27	27	18	26	1.98
21717963--21718044	26	3.2	26	66	13	71	31	29	12	26	1.92
21717918--21718106	101	1.9	99	84	4	254	28	28	16	25	1.97
21719527--21719573	25	1.9	24	82	4	58	70	6	14	8	1.32
21720525--21720625	38	2.5	41	71	12	102	23	19	28	27	1.99
21720527--21720661	39	3.4	39	76	8	123	24	20	27	27	1.99
21727168--21727296	46	2.8	46	96	0	231	20	21	28	29	1.98
21734015--21734338	46	7.0	46	86	3	393	20	24	14	40	1.90
21734020--21734331	92	3.4	92	90	2	448	20	24	15	40	1.90
21737844--21738089	49	4.9	50	80	2	280	26	17	26	29	1.98
21746103--21746226	53	2.3	55	81	5	155	21	24	20	33	1.97
21753001--21753042	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
21753001--21753053	10	5.0	11	88	8	67	52	0	0	47	1.00
21756512--21756621	26	4.2	26	95	0	184	34	3	24	37	1.73
21758230--21758329	27	3.7	27	82	1	119	18	25	22	35	1.96
21758228--21758335	54	2.0	54	85	7	148	17	24	21	37	1.94
21761177--21761285	26	4.2	26	91	4	168	33	4	24	36	1.76
21761177--21761285	51	2.1	52	89	5	168	33	4	24	36	1.76
21762899--21763011	27	4.2	27	82	3	120	16	23	22	37	1.94
21762897--21763011	54	2.1	54	87	6	162	16	23	22	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21765214--21765364	43	3.5	43	85	2	214	33	23	15	27	1.95
21768324--21768370	4	11.8	4	80	8	51	74	0	4	21	0.99
21771394--21772120	361	2.0	362	92	0	1224	39	17	20	22	1.92
21773404--21773455	19	2.8	19	73	2	52	25	1	1	71	1.07
21773434--21773465	17	1.9	17	93	6	57	18	0	0	81	0.70
21776822--21776870	18	2.7	19	87	9	75	38	14	22	24	1.91
21777190--21777549	27	13.3	27	82	1	425	41	17	14	26	1.87
21777190--21777549	81	4.4	81	90	2	544	41	17	14	26	1.87
21781024--21781059	18	2.1	17	94	5	63	41	16	22	19	1.90
21781026--21781071	24	1.9	24	86	0	65	43	19	19	17	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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